# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.023 0.337 0.015 0.048 0.180 0.004 0.001 0.026 0.098 0.063 0.069 0.110 2 S 0.026 0.015 0.372 0.009 0.048 0.158 0.003 0.001 0.021 0.064 0.044 0.081 0.158 3 M 0.014 0.017 0.185 0.013 0.101 0.295 0.003 0.001 0.012 0.045 0.103 0.030 0.183 4 K 0.009 0.011 0.211 0.017 0.097 0.297 0.002 0.001 0.010 0.063 0.140 0.075 0.068 5 K 0.008 0.015 0.175 0.008 0.104 0.288 0.001 0.001 0.008 0.097 0.159 0.030 0.107 6 T 0.007 0.012 0.353 0.012 0.050 0.186 0.001 0.001 0.006 0.126 0.131 0.051 0.064 7 K 0.008 0.008 0.208 0.031 0.056 0.223 0.001 0.001 0.007 0.116 0.253 0.034 0.055 8 N 0.024 0.010 0.183 0.049 0.058 0.169 0.002 0.001 0.012 0.114 0.236 0.054 0.088 9 W 0.091 0.010 0.168 0.056 0.028 0.184 0.012 0.002 0.027 0.052 0.067 0.099 0.203 10 L 0.369 0.008 0.045 0.030 0.007 0.068 0.056 0.015 0.042 0.011 0.013 0.136 0.199 11 L 0.471 0.005 0.015 0.021 0.003 0.039 0.102 0.022 0.025 0.004 0.004 0.144 0.146 12 V 0.615 0.002 0.007 0.019 0.001 0.038 0.065 0.020 0.024 0.002 0.003 0.142 0.063 13 F 0.527 0.004 0.016 0.036 0.002 0.061 0.064 0.017 0.022 0.005 0.006 0.056 0.186 14 L 0.386 0.004 0.035 0.065 0.003 0.125 0.033 0.006 0.025 0.012 0.012 0.204 0.089 15 T 0.315 0.005 0.053 0.037 0.004 0.227 0.014 0.003 0.027 0.019 0.018 0.072 0.206 16 V 0.176 0.004 0.055 0.056 0.010 0.424 0.010 0.002 0.014 0.022 0.022 0.096 0.110 17 T 0.135 0.004 0.033 0.037 0.013 0.515 0.008 0.002 0.011 0.016 0.029 0.060 0.139 18 F 0.139 0.003 0.015 0.020 0.016 0.626 0.008 0.002 0.007 0.009 0.022 0.047 0.085 19 C 0.162 0.003 0.010 0.019 0.015 0.629 0.011 0.003 0.007 0.005 0.029 0.033 0.075 20 F 0.170 0.003 0.009 0.015 0.021 0.613 0.014 0.003 0.005 0.005 0.025 0.045 0.073 21 L 0.210 0.004 0.010 0.012 0.015 0.586 0.010 0.004 0.007 0.006 0.023 0.071 0.043 22 M 0.121 0.005 0.027 0.016 0.019 0.611 0.008 0.003 0.006 0.014 0.057 0.038 0.075 23 L 0.056 0.006 0.082 0.034 0.038 0.454 0.003 0.001 0.007 0.042 0.195 0.040 0.042 24 G 0.022 0.006 0.203 0.010 0.028 0.282 0.001 0.001 0.007 0.111 0.237 0.045 0.047 25 C 0.012 0.011 0.380 0.005 0.033 0.219 0.001 0.001 0.007 0.129 0.116 0.019 0.067 26 Q 0.007 0.019 0.390 0.008 0.039 0.220 0.001 0.001 0.008 0.128 0.101 0.039 0.039 27 S 0.005 0.011 0.430 0.005 0.064 0.173 0.001 0.001 0.007 0.102 0.096 0.021 0.086 28 K 0.003 0.008 0.184 0.006 0.115 0.375 0.001 0.001 0.004 0.062 0.190 0.013 0.038 29 E 0.005 0.019 0.168 0.007 0.174 0.300 0.001 0.001 0.007 0.072 0.154 0.027 0.067 30 D 0.005 0.016 0.300 0.007 0.123 0.208 0.001 0.001 0.006 0.077 0.143 0.030 0.085 31 K 0.002 0.017 0.219 0.008 0.106 0.185 0.001 0.001 0.005 0.095 0.308 0.023 0.031 32 K 0.002 0.013 0.155 0.005 0.072 0.090 0.001 0.001 0.004 0.129 0.489 0.020 0.018 33 G 0.002 0.017 0.193 0.005 0.047 0.036 0.001 0.001 0.004 0.197 0.469 0.013 0.018 34 G 0.002 0.027 0.440 0.004 0.019 0.018 0.001 0.001 0.006 0.251 0.175 0.035 0.021 35 T 0.002 0.049 0.565 0.003 0.012 0.011 0.001 0.001 0.013 0.203 0.079 0.020 0.042 36 K 0.001 0.038 0.690 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.007 0.154 0.034 0.037 0.022 37 P 0.001 0.028 0.685 0.004 0.020 0.022 0.001 0.001 0.006 0.111 0.068 0.010 0.044 38 S 0.002 0.020 0.452 0.012 0.061 0.074 0.001 0.001 0.009 0.162 0.160 0.025 0.024 39 N 0.002 0.011 0.368 0.008 0.124 0.145 0.001 0.001 0.008 0.159 0.124 0.014 0.036 40 E 0.003 0.010 0.172 0.007 0.235 0.350 0.001 0.001 0.006 0.059 0.103 0.010 0.043 41 A 0.009 0.018 0.112 0.013 0.191 0.440 0.003 0.001 0.013 0.042 0.077 0.028 0.054 42 A 0.029 0.019 0.090 0.011 0.128 0.448 0.006 0.002 0.016 0.038 0.078 0.052 0.080 43 L 0.070 0.026 0.141 0.016 0.060 0.301 0.009 0.004 0.019 0.050 0.103 0.061 0.141 44 T 0.055 0.019 0.231 0.021 0.033 0.199 0.005 0.002 0.015 0.084 0.120 0.135 0.082 45 K 0.028 0.020 0.244 0.010 0.043 0.184 0.003 0.001 0.011 0.111 0.191 0.035 0.118 46 T 0.015 0.017 0.388 0.017 0.056 0.111 0.002 0.001 0.008 0.127 0.145 0.052 0.063 47 E 0.008 0.011 0.227 0.015 0.078 0.102 0.001 0.001 0.008 0.167 0.303 0.037 0.042 48 N 0.008 0.014 0.283 0.015 0.062 0.076 0.001 0.001 0.010 0.145 0.300 0.026 0.059 49 L 0.015 0.021 0.402 0.018 0.049 0.076 0.002 0.001 0.018 0.162 0.103 0.064 0.068 50 D 0.037 0.020 0.361 0.023 0.028 0.074 0.007 0.002 0.031 0.093 0.069 0.089 0.167 51 F 0.087 0.024 0.199 0.029 0.038 0.089 0.018 0.006 0.046 0.057 0.051 0.124 0.232 52 R 0.153 0.017 0.153 0.034 0.019 0.079 0.027 0.008 0.036 0.037 0.032 0.191 0.215 53 L 0.191 0.019 0.098 0.023 0.026 0.048 0.027 0.012 0.037 0.030 0.020 0.156 0.314 54 S 0.175 0.011 0.156 0.038 0.018 0.048 0.013 0.007 0.044 0.034 0.037 0.216 0.204 55 F 0.115 0.011 0.170 0.069 0.045 0.038 0.008 0.003 0.032 0.057 0.101 0.086 0.265 56 N 0.056 0.005 0.206 0.122 0.028 0.037 0.005 0.001 0.027 0.097 0.192 0.133 0.090 57 K 0.091 0.009 0.212 0.037 0.040 0.038 0.013 0.003 0.038 0.099 0.106 0.089 0.225 58 I 0.189 0.013 0.195 0.025 0.012 0.021 0.029 0.009 0.067 0.047 0.020 0.152 0.221 59 K 0.163 0.012 0.148 0.019 0.009 0.018 0.047 0.012 0.067 0.029 0.014 0.278 0.183 60 V 0.143 0.020 0.139 0.024 0.010 0.016 0.055 0.021 0.070 0.028 0.025 0.087 0.363 61 T 0.058 0.016 0.327 0.032 0.009 0.017 0.019 0.010 0.069 0.062 0.034 0.222 0.124 62 T 0.025 0.022 0.337 0.016 0.029 0.028 0.008 0.005 0.049 0.133 0.095 0.074 0.181 63 D 0.007 0.015 0.461 0.014 0.046 0.035 0.003 0.001 0.018 0.148 0.135 0.058 0.059 64 Q 0.004 0.018 0.216 0.021 0.152 0.061 0.002 0.001 0.011 0.147 0.313 0.018 0.037 65 N 0.004 0.019 0.224 0.008 0.115 0.049 0.001 0.001 0.007 0.207 0.311 0.031 0.023 66 H 0.006 0.040 0.342 0.006 0.124 0.059 0.002 0.001 0.010 0.170 0.155 0.024 0.061 67 F 0.010 0.062 0.383 0.008 0.049 0.054 0.003 0.002 0.014 0.157 0.155 0.050 0.053 68 S 0.009 0.038 0.420 0.011 0.027 0.035 0.002 0.001 0.012 0.208 0.157 0.035 0.045 69 G 0.004 0.016 0.501 0.005 0.021 0.022 0.001 0.001 0.005 0.268 0.110 0.021 0.026