# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.149 0.004 0.019 0.044 0.050 0.054 0.008 0.002 0.059 0.543 2 S 0.064 0.072 0.003 0.012 0.036 0.056 0.075 0.008 0.002 0.136 0.537 3 M 0.064 0.128 0.005 0.012 0.031 0.029 0.092 0.004 0.002 0.108 0.525 4 K 0.064 0.085 0.007 0.016 0.030 0.029 0.100 0.005 0.003 0.137 0.522 5 K 0.044 0.138 0.008 0.008 0.016 0.020 0.089 0.005 0.003 0.093 0.576 6 T 0.091 0.356 0.007 0.009 0.016 0.023 0.068 0.006 0.003 0.087 0.334 7 K 0.028 0.493 0.004 0.013 0.019 0.026 0.075 0.003 0.001 0.080 0.260 8 N 0.008 0.584 0.003 0.022 0.027 0.052 0.037 0.002 0.001 0.114 0.149 9 W 0.006 0.647 0.004 0.023 0.042 0.064 0.029 0.002 0.001 0.097 0.085 10 L 0.004 0.733 0.003 0.024 0.055 0.064 0.010 0.001 0.001 0.070 0.034 11 L 0.006 0.356 0.003 0.030 0.088 0.129 0.013 0.003 0.001 0.304 0.067 12 V 0.004 0.699 0.005 0.025 0.080 0.056 0.007 0.001 0.002 0.095 0.027 13 F 0.009 0.349 0.005 0.024 0.072 0.094 0.014 0.002 0.003 0.370 0.059 14 L 0.006 0.634 0.015 0.013 0.050 0.042 0.014 0.002 0.005 0.159 0.059 15 T 0.007 0.870 0.005 0.004 0.012 0.017 0.006 0.002 0.003 0.037 0.039 16 V 0.003 0.953 0.002 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.014 17 T 0.003 0.939 0.002 0.001 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.026 0.011 18 F 0.004 0.903 0.005 0.002 0.008 0.012 0.004 0.001 0.001 0.047 0.012 19 C 0.013 0.677 0.034 0.011 0.030 0.033 0.013 0.004 0.009 0.144 0.031 20 F 0.025 0.431 0.139 0.021 0.054 0.063 0.028 0.008 0.035 0.107 0.090 21 L 0.139 0.291 0.033 0.020 0.054 0.125 0.048 0.022 0.024 0.063 0.183 22 M 0.160 0.132 0.012 0.027 0.058 0.070 0.054 0.019 0.009 0.079 0.380 23 L 0.048 0.054 0.011 0.044 0.066 0.063 0.106 0.012 0.007 0.100 0.489 24 G 0.080 0.042 0.008 0.034 0.027 0.070 0.111 0.018 0.006 0.084 0.521 25 C 0.089 0.070 0.005 0.032 0.028 0.022 0.124 0.011 0.003 0.046 0.571 26 Q 0.063 0.073 0.005 0.040 0.038 0.041 0.126 0.013 0.002 0.060 0.538 27 S 0.153 0.108 0.004 0.032 0.025 0.038 0.087 0.012 0.003 0.068 0.471 28 K 0.195 0.071 0.005 0.037 0.025 0.032 0.100 0.010 0.002 0.076 0.446 29 E 0.067 0.032 0.006 0.024 0.016 0.020 0.130 0.006 0.002 0.067 0.629 30 D 0.267 0.028 0.004 0.016 0.012 0.021 0.079 0.010 0.003 0.068 0.491 31 K 0.236 0.006 0.001 0.009 0.014 0.015 0.081 0.006 0.001 0.053 0.579 32 K 0.037 0.003 0.001 0.012 0.012 0.017 0.097 0.002 0.001 0.030 0.791 33 G 0.021 0.002 0.001 0.020 0.022 0.034 0.089 0.001 0.001 0.029 0.781 34 G 0.013 0.003 0.001 0.023 0.043 0.063 0.135 0.001 0.001 0.037 0.681 35 T 0.015 0.006 0.001 0.027 0.050 0.051 0.150 0.001 0.001 0.053 0.646 36 K 0.094 0.037 0.001 0.032 0.049 0.045 0.154 0.003 0.001 0.069 0.516 37 P 0.080 0.101 0.001 0.022 0.023 0.027 0.108 0.003 0.001 0.049 0.586 38 S 0.056 0.284 0.001 0.012 0.012 0.023 0.082 0.003 0.001 0.047 0.479 39 N 0.078 0.557 0.001 0.009 0.017 0.031 0.030 0.005 0.001 0.068 0.203 40 E 0.095 0.122 0.002 0.012 0.029 0.042 0.051 0.008 0.001 0.427 0.211 41 A 0.041 0.223 0.008 0.028 0.050 0.049 0.065 0.005 0.002 0.253 0.276 42 A 0.071 0.109 0.004 0.028 0.060 0.068 0.078 0.006 0.002 0.199 0.375 43 L 0.052 0.113 0.008 0.031 0.071 0.076 0.069 0.006 0.003 0.135 0.438 44 T 0.058 0.081 0.008 0.021 0.061 0.077 0.117 0.005 0.003 0.110 0.459 45 K 0.078 0.085 0.007 0.019 0.042 0.055 0.116 0.008 0.003 0.098 0.490 46 T 0.146 0.070 0.006 0.023 0.023 0.029 0.152 0.008 0.003 0.115 0.426 47 E 0.044 0.076 0.005 0.030 0.025 0.031 0.120 0.004 0.001 0.058 0.605 48 N 0.051 0.099 0.004 0.027 0.021 0.044 0.091 0.007 0.001 0.066 0.590 49 L 0.068 0.173 0.004 0.042 0.049 0.057 0.080 0.007 0.001 0.067 0.451 50 D 0.033 0.061 0.003 0.047 0.051 0.079 0.084 0.006 0.001 0.178 0.457 51 F 0.030 0.112 0.005 0.074 0.077 0.081 0.101 0.004 0.001 0.106 0.408 52 R 0.032 0.051 0.007 0.108 0.082 0.113 0.108 0.004 0.002 0.167 0.325 53 L 0.029 0.044 0.018 0.077 0.108 0.108 0.114 0.005 0.004 0.091 0.402 54 S 0.193 0.091 0.006 0.045 0.050 0.100 0.090 0.013 0.003 0.058 0.351 55 F 0.183 0.041 0.003 0.038 0.052 0.072 0.071 0.008 0.001 0.050 0.481 56 N 0.029 0.021 0.001 0.059 0.065 0.112 0.105 0.003 0.001 0.040 0.565 57 K 0.014 0.009 0.001 0.055 0.071 0.196 0.079 0.002 0.001 0.070 0.503 58 I 0.006 0.004 0.001 0.079 0.217 0.151 0.115 0.001 0.001 0.083 0.344 59 K 0.007 0.006 0.001 0.143 0.171 0.230 0.083 0.001 0.001 0.061 0.295 60 V 0.015 0.012 0.001 0.105 0.144 0.127 0.070 0.002 0.001 0.043 0.480 61 T 0.057 0.021 0.002 0.114 0.105 0.147 0.091 0.004 0.001 0.101 0.359 62 T 0.066 0.042 0.003 0.062 0.041 0.062 0.116 0.004 0.001 0.068 0.535 63 D 0.209 0.062 0.002 0.043 0.027 0.054 0.092 0.008 0.001 0.053 0.449 64 Q 0.125 0.018 0.001 0.032 0.031 0.049 0.095 0.005 0.001 0.089 0.553 65 N 0.042 0.009 0.003 0.032 0.044 0.074 0.144 0.003 0.001 0.085 0.563 66 H 0.104 0.005 0.002 0.021 0.036 0.073 0.084 0.003 0.001 0.046 0.624 67 F 0.104 0.002 0.001 0.021 0.045 0.042 0.092 0.002 0.001 0.029 0.662 68 S 0.008 0.002 0.001 0.010 0.027 0.040 0.116 0.001 0.001 0.014 0.782 69 G 0.009 0.004 0.001 0.014 0.044 0.067 0.147 0.001 0.001 0.027 0.687