# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.228 0.012 0.029 0.044 0.075 0.039 0.498 2 S 0.061 0.146 0.027 0.033 0.063 0.096 0.244 0.330 3 M 0.056 0.239 0.027 0.049 0.051 0.090 0.183 0.305 4 K 0.089 0.104 0.032 0.034 0.034 0.082 0.283 0.343 5 K 0.051 0.119 0.019 0.033 0.020 0.102 0.091 0.565 6 T 0.135 0.273 0.014 0.010 0.019 0.075 0.077 0.397 7 K 0.045 0.232 0.028 0.019 0.022 0.099 0.123 0.433 8 N 0.018 0.476 0.026 0.039 0.053 0.052 0.116 0.220 9 W 0.019 0.479 0.045 0.047 0.139 0.036 0.091 0.144 10 L 0.011 0.409 0.090 0.108 0.190 0.026 0.105 0.062 11 L 0.009 0.151 0.091 0.121 0.236 0.037 0.281 0.075 12 V 0.010 0.295 0.085 0.162 0.160 0.024 0.214 0.049 13 F 0.023 0.198 0.074 0.113 0.149 0.042 0.272 0.129 14 L 0.004 0.381 0.106 0.197 0.071 0.022 0.178 0.040 15 T 0.019 0.574 0.039 0.043 0.085 0.025 0.106 0.109 16 V 0.012 0.537 0.052 0.111 0.066 0.026 0.121 0.074 17 T 0.015 0.599 0.037 0.065 0.072 0.019 0.124 0.069 18 F 0.030 0.593 0.040 0.051 0.081 0.018 0.104 0.083 19 C 0.032 0.394 0.084 0.078 0.105 0.029 0.181 0.098 20 F 0.036 0.140 0.133 0.106 0.135 0.047 0.253 0.149 21 L 0.079 0.120 0.096 0.095 0.175 0.061 0.145 0.229 22 M 0.095 0.074 0.096 0.057 0.129 0.096 0.076 0.376 23 L 0.045 0.044 0.091 0.057 0.096 0.113 0.116 0.439 24 G 0.040 0.043 0.054 0.051 0.086 0.137 0.099 0.490 25 C 0.052 0.038 0.042 0.043 0.070 0.132 0.077 0.548 26 Q 0.039 0.067 0.030 0.045 0.059 0.104 0.086 0.570 27 S 0.149 0.106 0.018 0.024 0.035 0.085 0.097 0.485 28 K 0.150 0.065 0.022 0.036 0.048 0.092 0.156 0.431 29 E 0.059 0.020 0.033 0.031 0.062 0.107 0.082 0.606 30 D 0.172 0.011 0.021 0.037 0.064 0.091 0.093 0.512 31 K 0.182 0.006 0.018 0.030 0.047 0.104 0.069 0.542 32 K 0.046 0.004 0.021 0.018 0.039 0.118 0.028 0.727 33 G 0.017 0.003 0.017 0.021 0.040 0.145 0.020 0.736 34 G 0.010 0.003 0.029 0.039 0.042 0.162 0.038 0.678 35 T 0.014 0.006 0.026 0.039 0.043 0.128 0.064 0.679 36 K 0.091 0.043 0.033 0.033 0.027 0.101 0.141 0.530 37 P 0.088 0.076 0.010 0.012 0.012 0.071 0.060 0.670 38 S 0.088 0.314 0.015 0.015 0.021 0.067 0.067 0.413 39 N 0.103 0.611 0.009 0.010 0.023 0.029 0.068 0.145 40 E 0.064 0.060 0.019 0.025 0.039 0.078 0.500 0.216 41 A 0.043 0.195 0.028 0.067 0.102 0.093 0.211 0.261 42 A 0.062 0.035 0.052 0.031 0.085 0.107 0.302 0.325 43 L 0.030 0.068 0.043 0.101 0.055 0.149 0.107 0.448 44 T 0.050 0.033 0.053 0.026 0.047 0.154 0.142 0.495 45 K 0.063 0.036 0.029 0.047 0.024 0.114 0.059 0.628 46 T 0.267 0.036 0.014 0.008 0.015 0.086 0.081 0.493 47 E 0.031 0.042 0.023 0.025 0.023 0.119 0.041 0.696 48 N 0.085 0.053 0.014 0.012 0.038 0.110 0.050 0.638 49 L 0.055 0.088 0.028 0.066 0.078 0.120 0.054 0.511 50 D 0.045 0.045 0.038 0.045 0.125 0.102 0.115 0.484 51 F 0.025 0.073 0.063 0.154 0.207 0.075 0.115 0.288 52 R 0.043 0.032 0.088 0.125 0.187 0.079 0.141 0.305 53 L 0.021 0.020 0.076 0.233 0.169 0.075 0.069 0.337 54 S 0.159 0.049 0.061 0.078 0.188 0.066 0.081 0.319 55 F 0.119 0.022 0.043 0.104 0.098 0.093 0.069 0.452 56 N 0.038 0.022 0.060 0.072 0.162 0.101 0.059 0.485 57 K 0.015 0.008 0.068 0.078 0.179 0.100 0.075 0.478 58 I 0.007 0.005 0.125 0.184 0.193 0.087 0.076 0.324 59 K 0.008 0.008 0.166 0.180 0.215 0.088 0.059 0.277 60 V 0.019 0.009 0.096 0.095 0.125 0.080 0.032 0.543 61 T 0.053 0.016 0.124 0.097 0.140 0.096 0.149 0.326 62 T 0.069 0.025 0.074 0.054 0.066 0.118 0.078 0.517 63 D 0.228 0.052 0.032 0.028 0.053 0.077 0.104 0.424 64 Q 0.108 0.018 0.026 0.048 0.063 0.109 0.087 0.540 65 N 0.029 0.007 0.036 0.068 0.118 0.121 0.092 0.529 66 H 0.095 0.004 0.024 0.050 0.084 0.109 0.046 0.587 67 F 0.300 0.005 0.020 0.034 0.070 0.080 0.057 0.434 68 S 0.016 0.003 0.014 0.030 0.052 0.134 0.016 0.735 69 G 0.014 0.002 0.007 0.025 0.062 0.130 0.017 0.741