# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.196 0.076 0.067 0.099 0.098 0.095 0.141 0.092 0.067 0.043 0.025 2 S 0.112 0.161 0.099 0.188 0.133 0.090 0.096 0.051 0.036 0.020 0.012 3 M 0.048 0.033 0.040 0.066 0.085 0.093 0.173 0.142 0.140 0.105 0.076 4 K 0.187 0.182 0.168 0.203 0.115 0.059 0.044 0.021 0.012 0.007 0.003 5 K 0.063 0.109 0.125 0.213 0.156 0.119 0.101 0.054 0.032 0.020 0.009 6 T 0.078 0.102 0.067 0.115 0.106 0.115 0.141 0.102 0.077 0.065 0.033 7 K 0.084 0.095 0.084 0.176 0.148 0.130 0.132 0.070 0.044 0.025 0.011 8 N 0.151 0.123 0.177 0.197 0.118 0.083 0.071 0.038 0.022 0.014 0.006 9 W 0.011 0.015 0.031 0.056 0.071 0.133 0.216 0.141 0.153 0.114 0.058 10 L 0.009 0.020 0.032 0.058 0.072 0.103 0.183 0.152 0.165 0.130 0.075 11 L 0.005 0.011 0.038 0.050 0.067 0.101 0.159 0.143 0.175 0.155 0.097 12 V 0.008 0.013 0.038 0.055 0.076 0.111 0.186 0.151 0.156 0.121 0.084 13 F 0.006 0.010 0.023 0.042 0.057 0.069 0.143 0.160 0.182 0.174 0.134 14 L 0.005 0.006 0.014 0.024 0.039 0.077 0.161 0.160 0.206 0.185 0.123 15 T 0.032 0.064 0.083 0.165 0.139 0.108 0.139 0.095 0.083 0.057 0.035 16 V 0.008 0.010 0.019 0.032 0.046 0.084 0.169 0.147 0.195 0.171 0.118 17 T 0.039 0.065 0.062 0.141 0.135 0.128 0.160 0.100 0.081 0.055 0.034 18 F 0.010 0.014 0.026 0.044 0.053 0.085 0.162 0.157 0.179 0.169 0.103 19 C 0.007 0.013 0.020 0.042 0.056 0.091 0.163 0.152 0.181 0.161 0.114 20 F 0.008 0.012 0.023 0.042 0.055 0.070 0.139 0.155 0.188 0.179 0.129 21 L 0.007 0.012 0.027 0.047 0.068 0.096 0.172 0.164 0.174 0.143 0.090 22 M 0.010 0.017 0.032 0.059 0.075 0.091 0.160 0.150 0.164 0.143 0.096 23 L 0.014 0.013 0.022 0.041 0.056 0.088 0.174 0.173 0.183 0.142 0.094 24 G 0.098 0.110 0.085 0.181 0.145 0.099 0.122 0.067 0.048 0.027 0.018 25 C 0.016 0.011 0.020 0.028 0.044 0.058 0.143 0.158 0.192 0.174 0.156 26 Q 0.105 0.128 0.104 0.204 0.156 0.101 0.095 0.048 0.031 0.019 0.009 27 S 0.089 0.164 0.128 0.157 0.112 0.106 0.117 0.053 0.037 0.024 0.012 28 K 0.210 0.161 0.095 0.182 0.136 0.079 0.068 0.034 0.019 0.011 0.006 29 E 0.496 0.181 0.065 0.110 0.051 0.031 0.031 0.018 0.009 0.006 0.002 30 D 0.097 0.111 0.081 0.166 0.123 0.125 0.120 0.070 0.054 0.039 0.016 31 K 0.096 0.165 0.108 0.153 0.121 0.118 0.109 0.059 0.035 0.025 0.010 32 K 0.137 0.199 0.148 0.203 0.120 0.085 0.054 0.027 0.014 0.008 0.004 33 G 0.350 0.153 0.065 0.101 0.072 0.071 0.083 0.050 0.029 0.018 0.008 34 G 0.290 0.111 0.038 0.117 0.085 0.075 0.099 0.073 0.057 0.038 0.018 35 T 0.173 0.157 0.069 0.134 0.102 0.104 0.109 0.063 0.045 0.031 0.013 36 K 0.125 0.222 0.111 0.203 0.132 0.088 0.058 0.030 0.017 0.009 0.005 37 P 0.269 0.148 0.047 0.108 0.093 0.084 0.102 0.072 0.039 0.023 0.014 38 S 0.269 0.196 0.049 0.140 0.099 0.069 0.071 0.049 0.030 0.019 0.011 39 N 0.218 0.162 0.058 0.154 0.116 0.087 0.091 0.054 0.032 0.019 0.009 40 E 0.233 0.123 0.078 0.182 0.132 0.092 0.079 0.041 0.022 0.012 0.006 41 A 0.117 0.083 0.088 0.146 0.127 0.123 0.144 0.082 0.049 0.027 0.014 42 A 0.039 0.061 0.079 0.159 0.150 0.135 0.162 0.097 0.062 0.036 0.019 43 L 0.016 0.014 0.036 0.048 0.065 0.092 0.182 0.160 0.165 0.140 0.082 44 T 0.054 0.119 0.236 0.226 0.145 0.086 0.063 0.032 0.020 0.013 0.006 45 K 0.063 0.135 0.157 0.227 0.156 0.094 0.082 0.045 0.022 0.013 0.006 46 T 0.180 0.104 0.067 0.114 0.107 0.104 0.125 0.087 0.053 0.040 0.019 47 E 0.264 0.170 0.102 0.171 0.105 0.070 0.061 0.031 0.015 0.007 0.003 48 N 0.174 0.177 0.133 0.181 0.112 0.078 0.071 0.036 0.019 0.012 0.006 49 L 0.019 0.018 0.022 0.033 0.050 0.109 0.219 0.146 0.177 0.130 0.076 50 D 0.214 0.247 0.134 0.213 0.098 0.041 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 51 F 0.018 0.015 0.036 0.046 0.062 0.121 0.208 0.154 0.156 0.121 0.063 52 R 0.074 0.120 0.108 0.247 0.176 0.104 0.082 0.045 0.023 0.013 0.007 53 L 0.018 0.013 0.028 0.040 0.057 0.108 0.202 0.181 0.159 0.127 0.066 54 S 0.047 0.158 0.152 0.238 0.161 0.098 0.074 0.036 0.019 0.010 0.006 55 F 0.024 0.014 0.025 0.043 0.067 0.082 0.174 0.172 0.160 0.138 0.100 56 N 0.175 0.164 0.156 0.189 0.118 0.077 0.063 0.029 0.016 0.009 0.004 57 K 0.073 0.111 0.115 0.260 0.171 0.097 0.086 0.043 0.024 0.012 0.006 58 I 0.024 0.011 0.016 0.020 0.031 0.060 0.138 0.146 0.191 0.207 0.156 59 K 0.047 0.197 0.159 0.304 0.159 0.068 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 60 V 0.018 0.012 0.031 0.029 0.044 0.079 0.158 0.162 0.176 0.168 0.123 61 T 0.104 0.168 0.112 0.208 0.144 0.094 0.078 0.041 0.027 0.016 0.009 62 T 0.172 0.116 0.075 0.126 0.100 0.094 0.126 0.080 0.058 0.035 0.018 63 D 0.250 0.192 0.085 0.167 0.102 0.068 0.060 0.035 0.021 0.014 0.007 64 Q 0.198 0.132 0.058 0.150 0.114 0.101 0.112 0.063 0.040 0.023 0.011 65 N 0.306 0.156 0.087 0.151 0.100 0.066 0.058 0.038 0.020 0.012 0.006 66 H 0.079 0.078 0.064 0.147 0.132 0.132 0.151 0.096 0.063 0.037 0.020 67 F 0.040 0.049 0.036 0.056 0.063 0.096 0.166 0.140 0.145 0.126 0.084 68 S 0.143 0.204 0.115 0.215 0.140 0.068 0.052 0.029 0.018 0.009 0.006 69 G 0.540 0.123 0.055 0.089 0.060 0.036 0.041 0.026 0.015 0.009 0.006