# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.081 0.024 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.137 0.015 0.071 0.542 2 S 0.040 0.098 0.010 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.122 0.011 0.155 0.539 3 M 0.068 0.086 0.006 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.005 0.003 0.161 0.016 0.085 0.537 4 K 0.052 0.145 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.019 0.010 0.004 0.002 0.105 0.014 0.234 0.389 5 K 0.139 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.021 0.218 0.436 6 T 0.141 0.223 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.034 0.094 0.366 7 K 0.064 0.174 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.024 0.087 0.544 8 N 0.053 0.100 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.039 0.218 0.505 9 W 0.215 0.109 0.065 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.053 0.131 0.295 10 L 0.052 0.224 0.016 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.010 0.098 0.181 11 L 0.024 0.207 0.016 0.003 0.030 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.453 0.009 0.070 0.160 12 V 0.018 0.254 0.005 0.001 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.531 0.010 0.036 0.120 13 F 0.021 0.335 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.391 0.012 0.038 0.179 14 L 0.016 0.273 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.490 0.010 0.051 0.143 15 T 0.029 0.242 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.027 0.083 0.325 16 V 0.044 0.274 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.027 0.067 0.274 17 T 0.020 0.311 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.015 0.155 0.230 18 F 0.040 0.419 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.034 0.080 0.218 19 C 0.034 0.560 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.021 0.042 0.142 20 F 0.031 0.648 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.018 0.047 0.100 21 L 0.031 0.703 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.019 0.023 0.084 22 M 0.034 0.674 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.016 0.016 0.080 23 L 0.066 0.547 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.059 0.026 0.140 24 G 0.252 0.205 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.106 0.038 0.258 25 C 0.132 0.092 0.269 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.066 0.033 0.057 0.335 26 Q 0.072 0.082 0.041 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.018 0.128 0.428 27 S 0.102 0.074 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.065 0.028 0.114 0.574 28 K 0.093 0.074 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.008 0.013 0.003 0.003 0.063 0.031 0.092 0.584 29 E 0.047 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.023 0.017 0.296 0.527 30 D 0.203 0.068 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.017 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.039 0.063 0.147 0.370 31 K 0.108 0.214 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.030 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.016 0.081 0.399 32 K 0.044 0.191 0.012 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.024 0.222 0.436 33 G 0.227 0.059 0.041 0.003 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.157 0.069 0.382 34 G 0.187 0.054 0.127 0.008 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.022 0.115 0.416 35 T 0.061 0.014 0.037 0.011 0.008 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.010 0.120 0.653 36 K 0.028 0.008 0.005 0.003 0.018 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.091 0.005 0.149 0.649 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 S 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.002 0.165 0.700 39 N 0.051 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.119 0.774 40 E 0.162 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.160 0.544 41 A 0.183 0.126 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 0.248 0.384 42 A 0.188 0.358 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.006 0.143 0.221 43 L 0.144 0.581 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.013 0.026 0.165 44 T 0.119 0.601 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.076 0.021 0.021 0.145 45 K 0.122 0.395 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.036 0.051 0.285 46 T 0.151 0.266 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.037 0.081 0.337 47 E 0.082 0.159 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.016 0.113 0.471 48 N 0.085 0.127 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.033 0.166 0.512 49 L 0.248 0.111 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.063 0.103 0.313 50 D 0.077 0.179 0.024 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.028 0.185 0.402 51 F 0.104 0.107 0.018 0.004 0.009 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.194 0.030 0.134 0.378 52 R 0.069 0.164 0.010 0.003 0.007 0.007 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.007 0.005 0.004 0.200 0.016 0.135 0.349 53 L 0.058 0.092 0.006 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.342 0.012 0.106 0.350 54 S 0.045 0.077 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.368 0.014 0.117 0.337 55 F 0.047 0.051 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.013 0.063 0.435 56 N 0.030 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.018 0.143 0.413 57 K 0.129 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.036 0.155 0.399 58 I 0.056 0.042 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.505 0.009 0.089 0.262 59 K 0.012 0.020 0.006 0.002 0.015 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.017 0.005 0.546 0.005 0.090 0.262 60 V 0.016 0.016 0.004 0.002 0.013 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.036 0.031 0.011 0.402 0.006 0.058 0.369 61 T 0.012 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.010 0.021 0.004 0.023 0.019 0.011 0.008 0.446 0.005 0.102 0.303 62 T 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.011 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.242 0.005 0.118 0.554 63 D 0.019 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 0.010 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.139 0.021 0.216 0.530 64 Q 0.065 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.044 0.364 0.423 65 N 0.112 0.055 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.061 0.396 0.321 66 H 0.255 0.080 0.036 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.057 0.182 0.317 67 F 0.103 0.157 0.034 0.008 0.015 0.009 0.003 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.061 0.023 0.188 0.373 68 S 0.072 0.076 0.025 0.006 0.015 0.017 0.014 0.005 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.065 0.034 0.150 0.502 69 G 0.103 0.058 0.021 0.004 0.004 0.008 0.012 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.032 0.114 0.550