# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.086 0.008 0.047 0.057 0.089 0.157 0.003 0.001 0.007 0.430 2 S 0.037 0.067 0.003 0.027 0.037 0.050 0.135 0.002 0.001 0.003 0.637 3 M 0.075 0.079 0.005 0.026 0.036 0.082 0.068 0.003 0.001 0.004 0.623 4 K 0.056 0.109 0.006 0.030 0.034 0.074 0.189 0.004 0.001 0.006 0.492 5 K 0.162 0.097 0.011 0.015 0.027 0.043 0.144 0.006 0.001 0.007 0.488 6 T 0.164 0.238 0.029 0.018 0.030 0.046 0.074 0.009 0.001 0.006 0.386 7 K 0.089 0.186 0.021 0.014 0.032 0.049 0.074 0.005 0.001 0.006 0.524 8 N 0.082 0.122 0.010 0.017 0.033 0.053 0.183 0.004 0.001 0.008 0.489 9 W 0.217 0.147 0.017 0.022 0.060 0.067 0.105 0.004 0.001 0.006 0.355 10 L 0.063 0.314 0.022 0.048 0.127 0.146 0.085 0.003 0.001 0.002 0.190 11 L 0.019 0.231 0.013 0.057 0.207 0.257 0.053 0.003 0.001 0.002 0.159 12 V 0.013 0.215 0.005 0.056 0.270 0.326 0.024 0.002 0.001 0.001 0.087 13 F 0.014 0.222 0.004 0.048 0.218 0.355 0.021 0.002 0.001 0.001 0.115 14 L 0.012 0.185 0.005 0.043 0.271 0.372 0.020 0.003 0.001 0.001 0.089 15 T 0.015 0.166 0.006 0.035 0.212 0.330 0.043 0.004 0.001 0.001 0.188 16 V 0.019 0.247 0.009 0.039 0.176 0.262 0.046 0.004 0.001 0.001 0.197 17 T 0.018 0.248 0.008 0.030 0.138 0.229 0.096 0.003 0.001 0.002 0.227 18 F 0.032 0.286 0.007 0.033 0.105 0.160 0.085 0.004 0.001 0.002 0.284 19 C 0.029 0.423 0.010 0.048 0.098 0.147 0.065 0.005 0.001 0.002 0.172 20 F 0.025 0.508 0.009 0.039 0.099 0.138 0.040 0.007 0.001 0.002 0.133 21 L 0.024 0.598 0.011 0.034 0.090 0.106 0.021 0.010 0.001 0.001 0.105 22 M 0.034 0.518 0.009 0.047 0.075 0.140 0.020 0.012 0.001 0.001 0.145 23 L 0.067 0.404 0.012 0.050 0.090 0.135 0.038 0.017 0.001 0.003 0.184 24 G 0.121 0.135 0.015 0.036 0.088 0.126 0.070 0.022 0.001 0.004 0.383 25 C 0.109 0.114 0.086 0.040 0.065 0.098 0.073 0.014 0.001 0.006 0.395 26 Q 0.052 0.069 0.015 0.036 0.067 0.106 0.135 0.008 0.001 0.004 0.508 27 S 0.047 0.030 0.007 0.027 0.033 0.050 0.141 0.004 0.001 0.005 0.657 28 K 0.100 0.048 0.010 0.036 0.034 0.060 0.096 0.004 0.001 0.010 0.603 29 E 0.035 0.028 0.005 0.018 0.020 0.031 0.359 0.002 0.001 0.014 0.488 30 D 0.166 0.036 0.010 0.023 0.026 0.035 0.216 0.004 0.001 0.027 0.457 31 K 0.182 0.132 0.017 0.036 0.038 0.061 0.140 0.005 0.001 0.016 0.373 32 K 0.039 0.093 0.008 0.032 0.032 0.039 0.299 0.003 0.001 0.010 0.445 33 G 0.207 0.059 0.011 0.029 0.057 0.076 0.120 0.007 0.001 0.028 0.407 34 G 0.249 0.043 0.029 0.034 0.056 0.063 0.094 0.006 0.001 0.018 0.408 35 T 0.047 0.012 0.020 0.033 0.034 0.046 0.101 0.002 0.001 0.003 0.702 36 K 0.020 0.005 0.005 0.022 0.079 0.062 0.082 0.001 0.001 0.002 0.722 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.982 38 S 0.009 0.003 0.001 0.023 0.029 0.090 0.169 0.001 0.001 0.002 0.674 39 N 0.143 0.016 0.002 0.012 0.017 0.027 0.140 0.001 0.001 0.020 0.623 40 E 0.126 0.098 0.003 0.017 0.019 0.035 0.208 0.001 0.001 0.012 0.482 41 A 0.113 0.142 0.004 0.019 0.026 0.046 0.322 0.001 0.001 0.011 0.315 42 A 0.146 0.393 0.004 0.013 0.038 0.056 0.111 0.004 0.001 0.005 0.230 43 L 0.089 0.685 0.005 0.012 0.031 0.052 0.023 0.008 0.001 0.002 0.093 44 T 0.076 0.552 0.009 0.019 0.056 0.079 0.030 0.021 0.001 0.002 0.155 45 K 0.104 0.340 0.011 0.011 0.045 0.069 0.029 0.023 0.001 0.003 0.366 46 T 0.107 0.196 0.034 0.019 0.065 0.113 0.081 0.019 0.001 0.007 0.359 47 E 0.155 0.087 0.022 0.014 0.036 0.055 0.129 0.011 0.001 0.009 0.484 48 N 0.127 0.077 0.032 0.020 0.024 0.033 0.195 0.007 0.001 0.013 0.471 49 L 0.311 0.081 0.044 0.045 0.041 0.042 0.088 0.005 0.001 0.014 0.328 50 D 0.049 0.064 0.009 0.046 0.046 0.052 0.261 0.003 0.001 0.009 0.462 51 F 0.070 0.054 0.014 0.083 0.082 0.091 0.168 0.002 0.001 0.013 0.422 52 R 0.048 0.079 0.007 0.095 0.114 0.217 0.161 0.002 0.001 0.011 0.264 53 L 0.048 0.077 0.009 0.091 0.133 0.179 0.141 0.003 0.001 0.007 0.313 54 S 0.035 0.080 0.007 0.088 0.171 0.276 0.090 0.003 0.001 0.004 0.246 55 F 0.042 0.065 0.007 0.068 0.139 0.229 0.064 0.003 0.001 0.006 0.376 56 N 0.057 0.061 0.007 0.065 0.157 0.239 0.105 0.003 0.001 0.010 0.297 57 K 0.103 0.028 0.007 0.053 0.071 0.110 0.151 0.002 0.001 0.011 0.465 58 I 0.156 0.062 0.022 0.089 0.153 0.169 0.090 0.003 0.001 0.008 0.248 59 K 0.031 0.025 0.006 0.076 0.158 0.192 0.100 0.002 0.001 0.003 0.406 60 V 0.024 0.021 0.007 0.091 0.163 0.249 0.049 0.002 0.001 0.003 0.391 61 T 0.021 0.020 0.004 0.127 0.206 0.290 0.065 0.002 0.001 0.004 0.262 62 T 0.024 0.014 0.003 0.069 0.114 0.145 0.095 0.002 0.001 0.005 0.530 63 D 0.026 0.018 0.005 0.080 0.064 0.117 0.180 0.001 0.001 0.011 0.498 64 Q 0.063 0.020 0.005 0.054 0.038 0.080 0.340 0.001 0.001 0.037 0.362 65 N 0.127 0.032 0.005 0.027 0.020 0.030 0.383 0.002 0.001 0.044 0.331 66 H 0.323 0.055 0.015 0.035 0.035 0.056 0.157 0.004 0.001 0.023 0.297 67 F 0.123 0.120 0.017 0.057 0.046 0.065 0.169 0.006 0.001 0.009 0.388 68 S 0.070 0.072 0.007 0.049 0.057 0.085 0.121 0.005 0.001 0.007 0.527 69 G 0.093 0.036 0.006 0.042 0.047 0.081 0.095 0.004 0.001 0.010 0.585