# TARGET T0398 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.504 0.201 0.112 0.091 0.056 0.030 0.006 2 L 0.343 0.190 0.167 0.150 0.091 0.047 0.010 3 T 0.332 0.221 0.189 0.140 0.070 0.039 0.009 4 G 0.282 0.254 0.193 0.138 0.077 0.043 0.013 5 K 0.113 0.130 0.160 0.219 0.213 0.128 0.038 6 H 0.049 0.103 0.154 0.249 0.236 0.169 0.040 7 V 0.020 0.028 0.036 0.077 0.193 0.442 0.203 8 V 0.022 0.040 0.070 0.170 0.218 0.304 0.176 9 I 0.016 0.023 0.033 0.079 0.157 0.365 0.327 10 I 0.022 0.047 0.083 0.161 0.231 0.287 0.168 11 G 0.063 0.127 0.194 0.250 0.179 0.138 0.050 12 G 0.071 0.131 0.203 0.238 0.181 0.137 0.038 13 D 0.094 0.146 0.161 0.196 0.176 0.165 0.062 14 A 0.051 0.054 0.089 0.168 0.263 0.273 0.103 15 R 0.089 0.171 0.210 0.212 0.164 0.117 0.037 16 Q 0.050 0.085 0.108 0.156 0.221 0.271 0.110 17 L 0.036 0.048 0.069 0.140 0.237 0.335 0.135 18 E 0.078 0.175 0.216 0.241 0.172 0.098 0.020 19 I 0.043 0.088 0.145 0.223 0.254 0.202 0.045 20 I 0.045 0.076 0.122 0.219 0.279 0.223 0.035 21 R 0.170 0.269 0.243 0.177 0.101 0.036 0.004 22 K 0.166 0.289 0.230 0.185 0.094 0.033 0.003 23 L 0.088 0.129 0.192 0.249 0.235 0.100 0.008 24 S 0.110 0.169 0.219 0.261 0.178 0.060 0.004 25 T 0.281 0.338 0.211 0.109 0.046 0.013 0.001 26 F 0.126 0.145 0.204 0.270 0.190 0.059 0.005 27 D 0.317 0.344 0.172 0.099 0.047 0.018 0.002 28 A 0.130 0.162 0.244 0.267 0.132 0.058 0.007 29 K 0.139 0.232 0.289 0.222 0.079 0.033 0.005 30 I 0.045 0.042 0.055 0.119 0.249 0.381 0.109 31 S 0.044 0.068 0.085 0.174 0.242 0.279 0.108 32 L 0.050 0.080 0.097 0.148 0.220 0.290 0.115 33 V 0.051 0.102 0.144 0.200 0.236 0.201 0.067 34 G 0.079 0.164 0.203 0.231 0.187 0.112 0.024 35 F 0.073 0.114 0.179 0.233 0.243 0.135 0.022 36 D 0.284 0.274 0.191 0.138 0.077 0.031 0.004 37 Q 0.374 0.279 0.166 0.105 0.049 0.024 0.003 38 L 0.279 0.202 0.202 0.180 0.090 0.040 0.006 39 D 0.352 0.256 0.186 0.125 0.055 0.023 0.003 40 D 0.281 0.262 0.193 0.147 0.075 0.036 0.006 41 G 0.135 0.151 0.152 0.208 0.211 0.125 0.018 42 F 0.103 0.157 0.173 0.216 0.194 0.137 0.020 43 I 0.107 0.143 0.178 0.216 0.196 0.136 0.025 44 G 0.119 0.184 0.197 0.210 0.174 0.098 0.017 45 V 0.107 0.131 0.175 0.233 0.218 0.120 0.017 46 T 0.242 0.285 0.199 0.143 0.091 0.037 0.004 47 K 0.208 0.256 0.232 0.177 0.088 0.036 0.003 48 M 0.134 0.143 0.204 0.244 0.200 0.070 0.005 49 R 0.308 0.343 0.195 0.099 0.043 0.012 0.001 50 I 0.269 0.239 0.217 0.177 0.076 0.020 0.001 51 D 0.391 0.291 0.168 0.097 0.043 0.010 0.001 52 E 0.414 0.311 0.156 0.086 0.027 0.006 0.001 53 V 0.393 0.298 0.170 0.097 0.035 0.007 0.001 54 D 0.153 0.330 0.269 0.178 0.055 0.014 0.001 55 W 0.067 0.079 0.157 0.274 0.288 0.127 0.007 56 N 0.191 0.298 0.254 0.172 0.067 0.017 0.001 57 T 0.313 0.337 0.192 0.103 0.040 0.013 0.001 58 V 0.084 0.117 0.201 0.305 0.207 0.079 0.008 59 D 0.160 0.298 0.236 0.180 0.085 0.037 0.004 60 A 0.080 0.120 0.163 0.231 0.225 0.153 0.028 61 I 0.086 0.142 0.164 0.226 0.220 0.138 0.024 62 L 0.071 0.100 0.142 0.205 0.242 0.197 0.042 63 L 0.099 0.168 0.200 0.215 0.180 0.109 0.029 64 P 0.120 0.156 0.144 0.185 0.208 0.151 0.036 65 I 0.122 0.176 0.199 0.207 0.175 0.102 0.018 66 S 0.161 0.230 0.227 0.196 0.116 0.062 0.009 67 G 0.092 0.114 0.173 0.233 0.229 0.140 0.019 68 T 0.120 0.136 0.190 0.256 0.210 0.081 0.007 69 N 0.409 0.326 0.152 0.072 0.032 0.008 0.001 70 E 0.506 0.332 0.097 0.046 0.015 0.004 0.001 71 A 0.429 0.281 0.149 0.096 0.034 0.009 0.001 72 G 0.302 0.247 0.237 0.153 0.049 0.012 0.001 73 K 0.305 0.339 0.220 0.098 0.030 0.008 0.001 74 V 0.078 0.095 0.162 0.282 0.275 0.102 0.007 75 D 0.132 0.273 0.245 0.211 0.100 0.037 0.002 76 T 0.138 0.225 0.233 0.219 0.122 0.057 0.005 77 I 0.100 0.143 0.190 0.252 0.196 0.105 0.014 78 F 0.093 0.107 0.144 0.214 0.255 0.161 0.026 79 S 0.182 0.231 0.224 0.182 0.111 0.058 0.011 80 N 0.241 0.245 0.209 0.166 0.091 0.040 0.008 81 E 0.222 0.228 0.184 0.168 0.120 0.064 0.015 82 S 0.115 0.143 0.147 0.191 0.210 0.157 0.036 83 I 0.101 0.145 0.169 0.204 0.205 0.146 0.029 84 V 0.099 0.149 0.205 0.221 0.179 0.119 0.028 85 L 0.056 0.082 0.107 0.177 0.259 0.251 0.067 86 T 0.065 0.102 0.155 0.227 0.248 0.174 0.030 87 E 0.193 0.282 0.236 0.166 0.088 0.032 0.003 88 E 0.232 0.380 0.219 0.114 0.042 0.012 0.001 89 M 0.051 0.060 0.106 0.257 0.330 0.182 0.013 90 I 0.125 0.228 0.291 0.226 0.105 0.024 0.001 91 E 0.441 0.359 0.134 0.050 0.012 0.003 0.001 92 K 0.369 0.312 0.173 0.102 0.037 0.006 0.001 93 T 0.213 0.232 0.223 0.211 0.096 0.024 0.001 94 P 0.287 0.270 0.236 0.142 0.051 0.013 0.001 95 N 0.446 0.331 0.147 0.057 0.014 0.003 0.001 96 H 0.219 0.291 0.226 0.167 0.072 0.023 0.002 97 C 0.045 0.079 0.136 0.251 0.309 0.164 0.016 98 V 0.048 0.137 0.194 0.254 0.201 0.145 0.022 99 V 0.033 0.054 0.086 0.155 0.251 0.312 0.109 100 Y 0.026 0.050 0.074 0.140 0.222 0.334 0.154 101 S 0.044 0.082 0.124 0.184 0.229 0.232 0.104 102 G 0.064 0.124 0.169 0.213 0.186 0.165 0.080 103 I 0.047 0.073 0.099 0.162 0.250 0.262 0.106 104 S 0.075 0.099 0.114 0.164 0.214 0.233 0.102 105 N 0.101 0.144 0.150 0.174 0.183 0.181 0.068 106 T 0.138 0.162 0.160 0.188 0.173 0.134 0.046 107 Y 0.094 0.115 0.141 0.180 0.229 0.180 0.061 108 L 0.084 0.125 0.136 0.168 0.206 0.206 0.075 109 N 0.119 0.182 0.217 0.219 0.152 0.090 0.020 110 Q 0.174 0.256 0.238 0.192 0.089 0.042 0.008 111 C 0.048 0.100 0.174 0.260 0.235 0.157 0.027 112 M 0.049 0.049 0.071 0.161 0.283 0.316 0.071 113 K 0.095 0.226 0.261 0.236 0.123 0.053 0.006 114 K 0.166 0.280 0.225 0.182 0.102 0.040 0.005 115 T 0.040 0.085 0.146 0.245 0.275 0.180 0.030 116 N 0.035 0.090 0.139 0.227 0.278 0.198 0.034 117 R 0.050 0.111 0.205 0.257 0.203 0.145 0.030 118 T 0.053 0.110 0.185 0.230 0.222 0.156 0.044 119 L 0.015 0.022 0.035 0.076 0.185 0.421 0.245 120 V 0.020 0.032 0.052 0.113 0.223 0.364 0.196 121 K 0.043 0.129 0.207 0.254 0.194 0.134 0.039 122 L 0.025 0.050 0.088 0.173 0.289 0.296 0.078 123 M 0.032 0.060 0.102 0.184 0.278 0.279 0.065 124 E 0.120 0.209 0.221 0.206 0.151 0.079 0.013 125 R 0.190 0.245 0.234 0.192 0.090 0.043 0.007 126 D 0.251 0.223 0.202 0.173 0.102 0.044 0.005 127 D 0.214 0.247 0.211 0.176 0.092 0.051 0.008 128 I 0.146 0.111 0.139 0.203 0.238 0.140 0.023 129 A 0.175 0.235 0.214 0.177 0.116 0.069 0.013 130 I 0.109 0.135 0.156 0.201 0.202 0.156 0.041 131 Y 0.108 0.165 0.187 0.212 0.182 0.118 0.028 132 N 0.115 0.182 0.186 0.201 0.179 0.112 0.025 133 S 0.070 0.115 0.151 0.224 0.226 0.169 0.044 134 I 0.056 0.066 0.087 0.160 0.248 0.297 0.086 135 P 0.096 0.167 0.210 0.233 0.175 0.100 0.020 136 T 0.151 0.207 0.194 0.202 0.144 0.084 0.017 137 A 0.111 0.141 0.186 0.235 0.193 0.114 0.020 138 E 0.206 0.248 0.223 0.177 0.088 0.049 0.010 139 G 0.154 0.156 0.182 0.215 0.166 0.104 0.024 140 T 0.135 0.166 0.164 0.196 0.179 0.127 0.033 141 I 0.097 0.102 0.111 0.177 0.224 0.224 0.065 142 M 0.136 0.172 0.171 0.190 0.164 0.130 0.037 143 M 0.137 0.164 0.174 0.197 0.170 0.121 0.037 144 A 0.127 0.123 0.121 0.174 0.205 0.187 0.062 145 I 0.136 0.158 0.181 0.187 0.182 0.123 0.032 146 Q 0.193 0.224 0.197 0.182 0.113 0.074 0.017 147 H 0.163 0.168 0.196 0.199 0.157 0.095 0.022 148 T 0.167 0.196 0.208 0.211 0.133 0.072 0.013 149 D 0.301 0.301 0.169 0.114 0.073 0.036 0.006 150 F 0.080 0.123 0.180 0.249 0.234 0.119 0.015 151 T 0.074 0.202 0.248 0.245 0.150 0.073 0.007 152 I 0.036 0.063 0.128 0.257 0.322 0.175 0.019 153 H 0.138 0.287 0.241 0.180 0.116 0.034 0.003 154 G 0.130 0.296 0.221 0.195 0.112 0.041 0.005 155 A 0.043 0.148 0.239 0.309 0.181 0.073 0.007 156 N 0.005 0.038 0.149 0.358 0.282 0.155 0.013 157 V 0.001 0.003 0.010 0.029 0.156 0.557 0.243 158 A 0.001 0.002 0.005 0.020 0.058 0.314 0.600 159 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.189 0.775 160 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.032 0.156 0.800 161 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.152 0.830 162 L 0.001 0.003 0.007 0.022 0.048 0.205 0.714 163 G 0.004 0.014 0.024 0.066 0.164 0.363 0.365 164 R 0.008 0.033 0.077 0.145 0.300 0.297 0.140 165 V 0.005 0.011 0.021 0.072 0.174 0.404 0.314 166 G 0.006 0.018 0.031 0.064 0.178 0.404 0.300 167 M 0.014 0.044 0.122 0.221 0.247 0.249 0.102 168 S 0.018 0.051 0.114 0.159 0.257 0.253 0.147 169 V 0.001 0.003 0.006 0.015 0.059 0.385 0.531 170 A 0.003 0.008 0.021 0.067 0.188 0.407 0.307 171 R 0.014 0.087 0.214 0.297 0.211 0.148 0.029 172 K 0.009 0.046 0.145 0.297 0.308 0.172 0.023 173 F 0.004 0.008 0.017 0.058 0.206 0.586 0.121 174 A 0.026 0.123 0.233 0.319 0.209 0.082 0.008 175 A 0.097 0.255 0.240 0.203 0.123 0.072 0.011 176 L 0.017 0.054 0.141 0.262 0.287 0.212 0.028 177 G 0.046 0.161 0.221 0.241 0.195 0.114 0.023 178 A 0.006 0.015 0.034 0.102 0.291 0.418 0.134 179 K 0.011 0.079 0.193 0.317 0.246 0.129 0.026 180 V 0.002 0.005 0.008 0.025 0.126 0.587 0.248 181 K 0.004 0.038 0.142 0.325 0.303 0.162 0.026 182 V 0.003 0.010 0.019 0.056 0.191 0.547 0.173 183 G 0.008 0.031 0.096 0.187 0.327 0.290 0.061 184 A 0.060 0.179 0.251 0.266 0.169 0.069 0.007 185 R 0.075 0.184 0.274 0.258 0.156 0.050 0.003 186 E 0.286 0.285 0.195 0.138 0.071 0.024 0.001 187 S 0.374 0.282 0.181 0.109 0.043 0.011 0.001 188 D 0.470 0.346 0.119 0.047 0.014 0.003 0.001 189 L 0.117 0.214 0.253 0.256 0.125 0.033 0.002 190 L 0.064 0.134 0.211 0.294 0.223 0.072 0.003 191 A 0.163 0.315 0.261 0.166 0.076 0.019 0.001 192 R 0.097 0.251 0.299 0.242 0.091 0.020 0.001 193 I 0.038 0.060 0.120 0.239 0.365 0.168 0.011 194 A 0.121 0.283 0.261 0.208 0.098 0.027 0.002 195 E 0.280 0.355 0.202 0.111 0.037 0.013 0.001 196 M 0.092 0.158 0.262 0.294 0.141 0.049 0.004 197 G 0.093 0.165 0.190 0.239 0.189 0.110 0.015 198 M 0.049 0.054 0.093 0.168 0.267 0.290 0.081 199 E 0.086 0.214 0.248 0.224 0.136 0.080 0.013 200 P 0.077 0.139 0.171 0.202 0.227 0.156 0.028 201 F 0.049 0.085 0.133 0.187 0.246 0.242 0.058 202 H 0.059 0.158 0.244 0.264 0.169 0.093 0.013 203 I 0.040 0.079 0.158 0.257 0.289 0.163 0.014 204 S 0.362 0.418 0.143 0.054 0.020 0.003 0.001 205 K 0.304 0.436 0.156 0.074 0.025 0.006 0.001 206 A 0.040 0.080 0.187 0.331 0.281 0.078 0.004 207 A 0.100 0.300 0.320 0.213 0.057 0.009 0.001 208 Q 0.368 0.492 0.098 0.033 0.008 0.001 0.001 209 E 0.018 0.087 0.233 0.401 0.212 0.047 0.001 210 L 0.017 0.038 0.088 0.213 0.402 0.231 0.010 211 R 0.073 0.309 0.342 0.194 0.065 0.016 0.001 212 D 0.060 0.250 0.355 0.243 0.073 0.017 0.003 213 V 0.001 0.002 0.005 0.021 0.200 0.622 0.149 214 D 0.002 0.017 0.065 0.252 0.305 0.301 0.058 215 V 0.001 0.002 0.004 0.013 0.043 0.344 0.594 216 C 0.001 0.001 0.003 0.009 0.042 0.229 0.716 217 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.163 0.815 218 N 0.001 0.004 0.008 0.018 0.055 0.206 0.708 219 T 0.004 0.009 0.016 0.050 0.102 0.325 0.495 220 I 0.005 0.013 0.024 0.069 0.182 0.372 0.334 221 P 0.016 0.045 0.076 0.128 0.220 0.311 0.204 222 A 0.033 0.091 0.150 0.194 0.244 0.218 0.069 223 L 0.043 0.128 0.203 0.216 0.216 0.155 0.039 224 V 0.032 0.051 0.100 0.212 0.241 0.277 0.086 225 V 0.030 0.045 0.078 0.185 0.284 0.289 0.089 226 T 0.058 0.144 0.211 0.246 0.196 0.130 0.016 227 A 0.150 0.320 0.264 0.170 0.075 0.021 0.001 228 N 0.224 0.408 0.198 0.126 0.036 0.008 0.001 229 V 0.017 0.064 0.150 0.316 0.317 0.131 0.006 230 L 0.021 0.056 0.138 0.275 0.355 0.150 0.005 231 A 0.206 0.475 0.216 0.074 0.024 0.004 0.001 232 E 0.119 0.382 0.272 0.173 0.049 0.006 0.001 233 M 0.016 0.034 0.084 0.220 0.434 0.201 0.010 234 P 0.037 0.149 0.284 0.349 0.145 0.035 0.001 235 S 0.236 0.443 0.206 0.080 0.026 0.009 0.001 236 H 0.021 0.096 0.284 0.394 0.159 0.042 0.004 237 T 0.001 0.003 0.007 0.026 0.236 0.613 0.114 238 F 0.002 0.006 0.023 0.072 0.173 0.429 0.296 239 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.201 0.777 240 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.047 0.199 0.740 241 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.235 0.725 242 L 0.001 0.003 0.007 0.021 0.075 0.305 0.589 243 A 0.002 0.007 0.014 0.054 0.131 0.416 0.375 244 S 0.016 0.060 0.132 0.214 0.270 0.244 0.063 245 K 0.043 0.106 0.187 0.256 0.212 0.169 0.027 246 P 0.175 0.243 0.199 0.169 0.123 0.078 0.013 247 G 0.123 0.126 0.137 0.198 0.227 0.161 0.028 248 G 0.153 0.157 0.187 0.194 0.179 0.109 0.021 249 T 0.118 0.162 0.168 0.200 0.190 0.131 0.030 250 D 0.177 0.255 0.203 0.157 0.121 0.071 0.016 251 F 0.139 0.194 0.224 0.221 0.151 0.063 0.009 252 R 0.204 0.296 0.211 0.164 0.090 0.032 0.004 253 Y 0.025 0.060 0.116 0.220 0.296 0.256 0.028 254 A 0.036 0.065 0.139 0.267 0.306 0.171 0.015 255 E 0.215 0.433 0.206 0.098 0.040 0.009 0.001 256 K 0.173 0.289 0.239 0.205 0.074 0.018 0.001 257 R 0.085 0.136 0.260 0.303 0.171 0.042 0.001 258 G 0.295 0.364 0.201 0.098 0.031 0.009 0.001 259 I 0.130 0.190 0.259 0.247 0.130 0.039 0.004 260 K 0.131 0.245 0.237 0.223 0.120 0.041 0.003 261 A 0.047 0.118 0.171 0.263 0.238 0.145 0.017 262 L 0.031 0.042 0.062 0.130 0.246 0.355 0.133 263 L 0.021 0.039 0.062 0.125 0.198 0.341 0.214 264 V 0.021 0.030 0.044 0.086 0.159 0.308 0.352 265 P 0.023 0.041 0.062 0.106 0.166 0.303 0.299 266 G 0.040 0.073 0.094 0.146 0.155 0.242 0.250 267 L 0.021 0.027 0.047 0.099 0.184 0.336 0.286 268 P 0.077 0.138 0.147 0.170 0.168 0.182 0.117 269 G 0.040 0.049 0.061 0.113 0.206 0.327 0.203 270 I 0.059 0.092 0.115 0.178 0.218 0.236 0.102 271 V 0.102 0.143 0.165 0.187 0.184 0.167 0.051 272 A 0.131 0.171 0.167 0.195 0.174 0.124 0.039 273 P 0.120 0.144 0.158 0.199 0.214 0.137 0.028 274 K 0.190 0.223 0.218 0.182 0.119 0.058 0.009 275 T 0.201 0.204 0.191 0.191 0.134 0.068 0.011 276 A 0.169 0.163 0.171 0.195 0.172 0.108 0.022 277 G 0.229 0.224 0.194 0.170 0.111 0.062 0.010 278 R 0.289 0.280 0.198 0.136 0.061 0.031 0.005 279 I 0.090 0.112 0.173 0.234 0.224 0.134 0.032 280 L 0.046 0.051 0.063 0.108 0.214 0.363 0.155 281 A 0.046 0.094 0.158 0.231 0.230 0.191 0.050 282 D 0.109 0.226 0.260 0.217 0.115 0.060 0.013 283 V 0.041 0.080 0.145 0.229 0.275 0.182 0.047 284 L 0.015 0.029 0.043 0.100 0.216 0.395 0.201 285 V 0.018 0.057 0.124 0.226 0.275 0.241 0.059 286 K 0.083 0.205 0.250 0.234 0.130 0.081 0.018 287 L 0.022 0.036 0.071 0.153 0.277 0.347 0.094 288 L 0.028 0.031 0.049 0.119 0.189 0.393 0.191 289 A 0.049 0.072 0.129 0.228 0.233 0.222 0.067 290 E 0.251 0.279 0.191 0.139 0.088 0.044 0.007 291 P 0.240 0.197 0.177 0.197 0.115 0.064 0.009 292 S 0.526 0.214 0.101 0.081 0.051 0.024 0.003