# TARGET T0398 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10322 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.480 0.192 0.136 0.104 0.056 0.026 0.005 2 L 0.510 0.207 0.135 0.085 0.042 0.017 0.003 3 T 0.483 0.276 0.129 0.066 0.028 0.014 0.004 4 G 0.170 0.154 0.166 0.198 0.176 0.107 0.028 5 K 0.112 0.159 0.186 0.217 0.189 0.114 0.023 6 H 0.080 0.131 0.170 0.214 0.204 0.161 0.041 7 V 0.033 0.042 0.060 0.116 0.243 0.391 0.115 8 V 0.044 0.090 0.149 0.214 0.246 0.210 0.047 9 I 0.040 0.085 0.162 0.240 0.241 0.191 0.041 10 I 0.056 0.139 0.203 0.231 0.248 0.113 0.010 11 G 0.155 0.236 0.248 0.229 0.103 0.027 0.002 12 G 0.521 0.360 0.077 0.027 0.012 0.002 0.001 13 D 0.265 0.369 0.219 0.114 0.026 0.006 0.001 14 A 0.054 0.074 0.218 0.352 0.246 0.054 0.002 15 R 0.404 0.452 0.105 0.031 0.008 0.001 0.001 16 Q 0.142 0.306 0.297 0.193 0.052 0.011 0.001 17 L 0.038 0.056 0.126 0.271 0.383 0.122 0.004 18 E 0.205 0.460 0.212 0.092 0.027 0.004 0.001 19 I 0.102 0.207 0.273 0.258 0.127 0.032 0.001 20 I 0.090 0.172 0.285 0.293 0.132 0.027 0.001 21 R 0.379 0.314 0.175 0.091 0.035 0.007 0.001 22 K 0.422 0.333 0.151 0.067 0.022 0.005 0.001 23 L 0.255 0.255 0.214 0.168 0.084 0.022 0.002 24 S 0.159 0.230 0.243 0.214 0.115 0.036 0.003 25 T 0.180 0.335 0.260 0.145 0.056 0.021 0.003 26 F 0.036 0.055 0.114 0.227 0.321 0.214 0.033 27 D 0.050 0.158 0.256 0.265 0.163 0.088 0.022 28 A 0.011 0.017 0.029 0.087 0.198 0.433 0.225 29 K 0.020 0.085 0.175 0.282 0.233 0.165 0.042 30 I 0.011 0.031 0.055 0.117 0.241 0.380 0.165 31 S 0.009 0.021 0.035 0.082 0.178 0.391 0.285 32 L 0.012 0.025 0.041 0.108 0.208 0.370 0.237 33 V 0.026 0.061 0.096 0.168 0.230 0.263 0.156 34 G 0.052 0.110 0.155 0.210 0.233 0.187 0.054 35 F 0.126 0.205 0.211 0.212 0.132 0.089 0.025 36 D 0.186 0.183 0.195 0.189 0.146 0.083 0.018 37 Q 0.259 0.242 0.189 0.154 0.091 0.053 0.012 38 L 0.141 0.108 0.136 0.197 0.208 0.165 0.044 39 D 0.227 0.229 0.178 0.165 0.114 0.070 0.017 40 D 0.278 0.265 0.196 0.138 0.074 0.040 0.009 41 G 0.222 0.208 0.161 0.177 0.139 0.076 0.016 42 F 0.105 0.155 0.161 0.210 0.195 0.145 0.028 43 I 0.067 0.080 0.121 0.192 0.262 0.231 0.047 44 G 0.104 0.215 0.251 0.230 0.135 0.057 0.007 45 V 0.102 0.168 0.210 0.225 0.207 0.079 0.009 46 T 0.112 0.210 0.232 0.229 0.154 0.057 0.005 47 K 0.230 0.310 0.234 0.142 0.064 0.019 0.001 48 M 0.238 0.289 0.234 0.173 0.052 0.013 0.001 49 R 0.088 0.229 0.320 0.243 0.097 0.022 0.001 50 I 0.056 0.065 0.139 0.286 0.314 0.133 0.006 51 D 0.345 0.453 0.128 0.051 0.020 0.003 0.001 52 E 0.351 0.388 0.158 0.082 0.017 0.004 0.001 53 V 0.108 0.155 0.284 0.298 0.133 0.022 0.001 54 D 0.337 0.436 0.149 0.058 0.017 0.003 0.001 55 W 0.076 0.094 0.203 0.305 0.242 0.075 0.005 56 N 0.241 0.297 0.237 0.148 0.060 0.016 0.001 57 T 0.312 0.294 0.213 0.120 0.044 0.015 0.001 58 V 0.277 0.244 0.206 0.163 0.081 0.026 0.004 59 D 0.225 0.254 0.194 0.172 0.105 0.045 0.006 60 A 0.153 0.198 0.204 0.212 0.144 0.076 0.012 61 I 0.100 0.170 0.201 0.232 0.188 0.096 0.012 62 L 0.070 0.112 0.142 0.217 0.243 0.188 0.028 63 L 0.074 0.110 0.172 0.253 0.238 0.136 0.017 64 P 0.173 0.268 0.242 0.181 0.096 0.037 0.004 65 I 0.154 0.168 0.216 0.230 0.166 0.062 0.005 66 S 0.348 0.292 0.182 0.115 0.048 0.014 0.001 67 G 0.426 0.257 0.156 0.102 0.044 0.014 0.001 68 T 0.452 0.232 0.157 0.105 0.043 0.010 0.001 69 N 0.613 0.262 0.078 0.032 0.012 0.003 0.001 70 E 0.446 0.273 0.140 0.091 0.038 0.011 0.001 71 A 0.355 0.232 0.197 0.135 0.060 0.019 0.002 72 G 0.349 0.246 0.210 0.127 0.050 0.017 0.002 73 K 0.337 0.242 0.206 0.135 0.056 0.021 0.003 74 V 0.226 0.182 0.193 0.199 0.135 0.059 0.007 75 D 0.254 0.247 0.176 0.159 0.099 0.058 0.008 76 T 0.193 0.157 0.166 0.196 0.166 0.105 0.017 77 I 0.254 0.238 0.194 0.160 0.093 0.052 0.008 78 F 0.224 0.186 0.179 0.176 0.139 0.081 0.015 79 S 0.272 0.197 0.166 0.163 0.117 0.069 0.016 80 N 0.342 0.235 0.174 0.126 0.073 0.040 0.010 81 E 0.333 0.219 0.169 0.140 0.079 0.046 0.014 82 S 0.244 0.211 0.169 0.160 0.121 0.077 0.020 83 I 0.146 0.150 0.148 0.194 0.182 0.144 0.035 84 V 0.135 0.137 0.156 0.191 0.190 0.151 0.040 85 L 0.113 0.151 0.164 0.196 0.180 0.152 0.043 86 T 0.124 0.127 0.139 0.198 0.211 0.158 0.043 87 E 0.168 0.222 0.209 0.186 0.135 0.070 0.011 88 E 0.163 0.278 0.242 0.179 0.094 0.039 0.005 89 M 0.074 0.076 0.131 0.257 0.280 0.161 0.020 90 I 0.167 0.216 0.237 0.215 0.119 0.043 0.003 91 E 0.409 0.291 0.167 0.090 0.032 0.010 0.001 92 K 0.495 0.293 0.124 0.063 0.021 0.005 0.001 93 T 0.306 0.296 0.196 0.131 0.052 0.016 0.002 94 P 0.131 0.152 0.205 0.247 0.187 0.070 0.007 95 N 0.213 0.282 0.237 0.164 0.070 0.030 0.003 96 H 0.139 0.187 0.231 0.239 0.135 0.062 0.007 97 C 0.106 0.183 0.221 0.237 0.160 0.082 0.011 98 V 0.076 0.078 0.102 0.185 0.275 0.235 0.050 99 V 0.112 0.188 0.199 0.226 0.160 0.096 0.018 100 Y 0.166 0.197 0.215 0.200 0.133 0.075 0.015 101 S 0.176 0.230 0.216 0.193 0.111 0.061 0.013 102 G 0.161 0.178 0.163 0.192 0.175 0.107 0.023 103 I 0.099 0.123 0.165 0.202 0.221 0.151 0.039 104 S 0.112 0.199 0.190 0.191 0.157 0.119 0.033 105 N 0.071 0.104 0.151 0.216 0.235 0.178 0.045 106 T 0.118 0.204 0.219 0.221 0.142 0.079 0.018 107 Y 0.038 0.076 0.127 0.188 0.254 0.248 0.071 108 L 0.030 0.036 0.046 0.110 0.235 0.381 0.162 109 N 0.082 0.204 0.229 0.233 0.157 0.081 0.014 110 Q 0.068 0.162 0.237 0.263 0.166 0.087 0.017 111 C 0.035 0.064 0.098 0.183 0.312 0.267 0.043 112 M 0.080 0.135 0.194 0.263 0.203 0.109 0.016 113 K 0.241 0.280 0.240 0.147 0.060 0.029 0.004 114 K 0.271 0.265 0.215 0.156 0.065 0.025 0.003 115 T 0.145 0.116 0.151 0.210 0.225 0.130 0.022 116 N 0.199 0.250 0.194 0.163 0.121 0.064 0.009 117 R 0.231 0.275 0.227 0.151 0.075 0.036 0.005 118 T 0.143 0.201 0.208 0.223 0.147 0.066 0.011 119 L 0.068 0.138 0.179 0.225 0.229 0.140 0.021 120 V 0.046 0.087 0.150 0.260 0.282 0.158 0.016 121 K 0.191 0.424 0.206 0.105 0.055 0.016 0.001 122 L 0.025 0.099 0.223 0.374 0.214 0.062 0.004 123 M 0.027 0.049 0.116 0.237 0.365 0.195 0.012 124 E 0.220 0.357 0.233 0.130 0.049 0.010 0.001 125 R 0.484 0.368 0.096 0.038 0.010 0.003 0.001 126 D 0.118 0.183 0.286 0.291 0.097 0.024 0.002 127 D 0.137 0.270 0.269 0.210 0.078 0.032 0.003 128 I 0.047 0.054 0.086 0.176 0.306 0.279 0.052 129 A 0.063 0.105 0.138 0.209 0.215 0.207 0.062 130 I 0.036 0.053 0.078 0.124 0.190 0.314 0.204 131 Y 0.034 0.071 0.096 0.133 0.191 0.247 0.227 132 N 0.048 0.086 0.111 0.147 0.194 0.213 0.202 133 S 0.042 0.059 0.063 0.106 0.163 0.278 0.288 134 I 0.037 0.045 0.053 0.104 0.153 0.308 0.300 135 P 0.039 0.042 0.049 0.107 0.171 0.310 0.282 136 T 0.060 0.098 0.113 0.156 0.184 0.225 0.164 137 A 0.066 0.096 0.107 0.159 0.203 0.222 0.148 138 E 0.105 0.159 0.172 0.182 0.152 0.141 0.090 139 G 0.081 0.091 0.111 0.167 0.191 0.223 0.135 140 T 0.061 0.076 0.093 0.146 0.190 0.242 0.192 141 I 0.034 0.040 0.046 0.097 0.171 0.335 0.277 142 M 0.044 0.069 0.094 0.155 0.213 0.267 0.157 143 M 0.064 0.109 0.143 0.196 0.210 0.191 0.086 144 A 0.052 0.073 0.084 0.155 0.233 0.287 0.116 145 I 0.065 0.090 0.129 0.191 0.244 0.218 0.063 146 Q 0.133 0.221 0.228 0.212 0.126 0.069 0.011 147 H 0.178 0.200 0.222 0.201 0.129 0.062 0.008 148 T 0.261 0.202 0.192 0.193 0.107 0.041 0.004 149 D 0.576 0.271 0.094 0.038 0.016 0.006 0.001 150 F 0.253 0.204 0.225 0.201 0.088 0.027 0.002 151 T 0.337 0.345 0.179 0.089 0.038 0.012 0.001 152 I 0.103 0.142 0.228 0.293 0.180 0.051 0.004 153 H 0.286 0.361 0.184 0.097 0.057 0.014 0.001 154 G 0.108 0.245 0.228 0.235 0.135 0.045 0.005 155 A 0.043 0.141 0.220 0.292 0.215 0.082 0.007 156 N 0.006 0.039 0.152 0.341 0.287 0.161 0.015 157 V 0.001 0.003 0.009 0.027 0.142 0.559 0.259 158 A 0.001 0.001 0.003 0.013 0.048 0.310 0.626 159 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.176 0.794 160 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.152 0.810 161 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.179 0.797 162 L 0.001 0.005 0.011 0.034 0.076 0.251 0.621 163 G 0.005 0.018 0.033 0.082 0.193 0.371 0.298 164 R 0.008 0.035 0.079 0.147 0.287 0.305 0.139 165 V 0.005 0.009 0.018 0.066 0.164 0.408 0.331 166 G 0.004 0.013 0.022 0.049 0.152 0.405 0.355 167 M 0.009 0.029 0.083 0.165 0.234 0.298 0.182 168 S 0.009 0.029 0.071 0.108 0.216 0.297 0.269 169 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.041 0.316 0.628 170 A 0.002 0.005 0.012 0.040 0.136 0.387 0.419 171 R 0.009 0.074 0.194 0.280 0.229 0.173 0.042 172 K 0.005 0.036 0.132 0.293 0.336 0.177 0.022 173 F 0.003 0.008 0.019 0.065 0.252 0.572 0.081 174 A 0.027 0.139 0.251 0.332 0.184 0.063 0.005 175 A 0.124 0.329 0.259 0.170 0.079 0.036 0.004 176 L 0.030 0.109 0.274 0.370 0.160 0.054 0.004 177 G 0.056 0.243 0.264 0.207 0.158 0.066 0.007 178 A 0.004 0.012 0.031 0.135 0.402 0.351 0.066 179 K 0.004 0.052 0.181 0.361 0.267 0.121 0.014 180 V 0.001 0.002 0.003 0.013 0.095 0.624 0.262 181 K 0.001 0.019 0.112 0.326 0.323 0.183 0.035 182 V 0.001 0.003 0.007 0.025 0.125 0.561 0.278 183 G 0.002 0.013 0.051 0.107 0.278 0.396 0.152 184 A 0.020 0.087 0.181 0.290 0.252 0.146 0.024 185 R 0.053 0.174 0.278 0.256 0.168 0.065 0.005 186 E 0.245 0.264 0.200 0.166 0.090 0.033 0.002 187 S 0.467 0.293 0.140 0.066 0.028 0.007 0.001 188 D 0.420 0.349 0.143 0.065 0.018 0.004 0.001 189 L 0.133 0.195 0.240 0.247 0.146 0.037 0.002 190 L 0.088 0.168 0.248 0.297 0.156 0.042 0.001 191 A 0.367 0.413 0.142 0.052 0.022 0.005 0.001 192 R 0.087 0.224 0.298 0.280 0.093 0.018 0.001 193 I 0.051 0.075 0.159 0.253 0.342 0.115 0.005 194 A 0.188 0.358 0.245 0.147 0.052 0.011 0.001 195 E 0.457 0.359 0.124 0.045 0.012 0.003 0.001 196 M 0.134 0.188 0.272 0.288 0.093 0.023 0.001 197 G 0.203 0.305 0.225 0.159 0.081 0.026 0.002 198 M 0.075 0.082 0.177 0.279 0.253 0.120 0.013 199 E 0.207 0.395 0.221 0.111 0.051 0.014 0.001 200 P 0.093 0.213 0.256 0.236 0.149 0.050 0.003 201 F 0.069 0.134 0.245 0.293 0.198 0.059 0.004 202 H 0.199 0.317 0.256 0.145 0.064 0.018 0.001 203 I 0.084 0.134 0.249 0.314 0.170 0.046 0.002 204 S 0.491 0.405 0.080 0.018 0.005 0.001 0.001 205 K 0.274 0.487 0.160 0.066 0.012 0.002 0.001 206 A 0.029 0.055 0.153 0.308 0.374 0.079 0.002 207 A 0.094 0.310 0.328 0.221 0.043 0.005 0.001 208 Q 0.479 0.450 0.056 0.012 0.003 0.001 0.001 209 E 0.034 0.167 0.331 0.366 0.089 0.012 0.001 210 L 0.013 0.033 0.096 0.237 0.446 0.169 0.006 211 R 0.062 0.303 0.340 0.209 0.069 0.016 0.001 212 D 0.067 0.284 0.346 0.207 0.076 0.018 0.003 213 V 0.001 0.003 0.008 0.039 0.261 0.563 0.125 214 D 0.001 0.014 0.058 0.198 0.333 0.331 0.065 215 V 0.001 0.001 0.004 0.014 0.048 0.346 0.585 216 C 0.001 0.001 0.004 0.013 0.047 0.230 0.706 217 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.203 0.771 218 N 0.001 0.006 0.015 0.035 0.101 0.260 0.582 219 T 0.003 0.011 0.021 0.067 0.144 0.386 0.368 220 I 0.006 0.018 0.035 0.099 0.234 0.392 0.216 221 P 0.025 0.070 0.109 0.170 0.259 0.266 0.101 222 A 0.064 0.171 0.243 0.228 0.163 0.108 0.024 223 L 0.056 0.168 0.241 0.238 0.177 0.103 0.016 224 V 0.029 0.060 0.125 0.236 0.293 0.218 0.038 225 V 0.028 0.050 0.088 0.202 0.322 0.259 0.052 226 T 0.071 0.203 0.251 0.245 0.149 0.073 0.008 227 A 0.136 0.326 0.274 0.179 0.068 0.016 0.001 228 N 0.212 0.433 0.201 0.117 0.031 0.005 0.001 229 V 0.012 0.058 0.147 0.330 0.314 0.133 0.006 230 L 0.019 0.051 0.125 0.277 0.362 0.159 0.007 231 A 0.172 0.458 0.247 0.091 0.027 0.005 0.001 232 E 0.107 0.364 0.292 0.182 0.048 0.007 0.001 233 M 0.014 0.030 0.081 0.226 0.431 0.206 0.013 234 P 0.034 0.140 0.265 0.349 0.164 0.045 0.002 235 S 0.205 0.432 0.214 0.093 0.040 0.014 0.001 236 H 0.021 0.106 0.286 0.372 0.165 0.045 0.006 237 T 0.001 0.005 0.012 0.042 0.311 0.540 0.089 238 F 0.001 0.008 0.029 0.085 0.219 0.456 0.202 239 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.250 0.715 240 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.037 0.195 0.759 241 D 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.205 0.757 242 L 0.001 0.002 0.004 0.012 0.055 0.281 0.646 243 A 0.003 0.010 0.021 0.073 0.158 0.425 0.311 244 S 0.012 0.051 0.132 0.226 0.289 0.242 0.049 245 K 0.045 0.124 0.193 0.254 0.230 0.140 0.015 246 P 0.236 0.297 0.200 0.135 0.082 0.044 0.007 247 G 0.221 0.199 0.199 0.198 0.120 0.057 0.008 248 G 0.268 0.301 0.229 0.128 0.051 0.021 0.003 249 T 0.082 0.088 0.122 0.224 0.283 0.171 0.031 250 D 0.121 0.273 0.212 0.179 0.139 0.068 0.009 251 F 0.057 0.139 0.210 0.270 0.215 0.099 0.009 252 R 0.178 0.366 0.215 0.139 0.078 0.022 0.002 253 Y 0.024 0.093 0.216 0.344 0.234 0.084 0.005 254 A 0.028 0.045 0.109 0.196 0.354 0.245 0.022 255 E 0.190 0.373 0.242 0.140 0.046 0.009 0.001 256 K 0.378 0.352 0.150 0.085 0.027 0.007 0.001 257 R 0.169 0.217 0.286 0.234 0.077 0.016 0.001 258 G 0.344 0.369 0.171 0.078 0.028 0.009 0.001 259 I 0.067 0.118 0.221 0.301 0.213 0.071 0.008 260 K 0.056 0.170 0.248 0.282 0.160 0.076 0.008 261 A 0.027 0.049 0.076 0.156 0.261 0.354 0.077 262 L 0.028 0.053 0.083 0.156 0.219 0.313 0.148 263 L 0.021 0.035 0.053 0.102 0.206 0.335 0.248 264 V 0.022 0.043 0.060 0.106 0.164 0.297 0.308 265 P 0.030 0.055 0.084 0.137 0.202 0.286 0.205 266 G 0.067 0.145 0.175 0.197 0.159 0.154 0.102 267 L 0.040 0.046 0.064 0.129 0.228 0.311 0.184 268 P 0.089 0.124 0.126 0.170 0.201 0.199 0.090 269 G 0.147 0.186 0.161 0.168 0.148 0.136 0.053 270 I 0.120 0.137 0.146 0.191 0.186 0.160 0.059 271 V 0.145 0.160 0.140 0.165 0.178 0.159 0.053 272 A 0.138 0.126 0.137 0.181 0.192 0.168 0.059 273 P 0.236 0.221 0.186 0.159 0.108 0.069 0.019 274 K 0.232 0.214 0.207 0.174 0.104 0.056 0.014 275 T 0.189 0.191 0.169 0.174 0.163 0.089 0.025 276 A 0.120 0.150 0.158 0.191 0.189 0.151 0.042 277 G 0.114 0.169 0.184 0.192 0.173 0.139 0.031 278 R 0.075 0.149 0.222 0.252 0.173 0.105 0.023 279 I 0.021 0.039 0.086 0.155 0.316 0.277 0.106 280 L 0.005 0.014 0.018 0.037 0.143 0.491 0.292 281 A 0.020 0.083 0.211 0.325 0.207 0.128 0.027 282 D 0.061 0.194 0.276 0.272 0.123 0.063 0.012 283 V 0.008 0.024 0.058 0.147 0.303 0.382 0.078 284 L 0.011 0.020 0.040 0.110 0.287 0.418 0.114 285 V 0.063 0.224 0.300 0.240 0.110 0.056 0.008 286 K 0.099 0.214 0.241 0.246 0.140 0.054 0.006 287 L 0.047 0.063 0.101 0.211 0.312 0.243 0.022 288 L 0.104 0.174 0.225 0.236 0.177 0.078 0.005 289 A 0.281 0.267 0.205 0.145 0.074 0.026 0.002 290 E 0.526 0.261 0.117 0.066 0.024 0.006 0.001 291 P 0.731 0.179 0.055 0.025 0.008 0.002 0.001 292 S 0.759 0.166 0.048 0.019 0.006 0.002 0.001