# TARGET T0398 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 944.963 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.450 0.189 0.147 0.107 0.069 0.033 0.006 2 L 0.466 0.199 0.144 0.107 0.053 0.027 0.005 3 T 0.529 0.200 0.134 0.074 0.038 0.021 0.004 4 G 0.438 0.209 0.151 0.096 0.064 0.035 0.007 5 K 0.373 0.204 0.156 0.138 0.077 0.042 0.010 6 H 0.366 0.224 0.165 0.126 0.077 0.036 0.006 7 V 0.287 0.162 0.169 0.176 0.129 0.068 0.008 8 V 0.343 0.226 0.189 0.130 0.073 0.034 0.004 9 I 0.279 0.202 0.195 0.168 0.108 0.044 0.005 10 I 0.389 0.262 0.160 0.119 0.052 0.016 0.002 11 G 0.460 0.217 0.148 0.111 0.047 0.015 0.001 12 G 0.721 0.169 0.075 0.025 0.007 0.002 0.001 13 D 0.558 0.224 0.132 0.056 0.022 0.007 0.001 14 A 0.363 0.251 0.185 0.128 0.053 0.018 0.002 15 R 0.254 0.245 0.232 0.147 0.082 0.036 0.004 16 Q 0.110 0.113 0.160 0.219 0.227 0.155 0.016 17 L 0.107 0.204 0.234 0.252 0.143 0.055 0.006 18 E 0.172 0.276 0.281 0.161 0.073 0.033 0.004 19 I 0.059 0.084 0.143 0.239 0.322 0.140 0.013 20 I 0.047 0.093 0.190 0.312 0.240 0.107 0.010 21 R 0.388 0.350 0.191 0.054 0.013 0.004 0.001 22 K 0.179 0.366 0.269 0.134 0.043 0.009 0.001 23 L 0.039 0.054 0.102 0.266 0.382 0.151 0.007 24 S 0.130 0.291 0.272 0.212 0.074 0.020 0.001 25 T 0.367 0.373 0.172 0.064 0.019 0.004 0.001 26 F 0.111 0.236 0.227 0.268 0.129 0.027 0.002 27 D 0.213 0.350 0.261 0.114 0.038 0.021 0.004 28 A 0.013 0.044 0.076 0.218 0.395 0.229 0.024 29 K 0.020 0.101 0.236 0.357 0.192 0.079 0.016 30 I 0.004 0.011 0.026 0.057 0.193 0.495 0.215 31 S 0.008 0.022 0.043 0.096 0.167 0.410 0.254 32 L 0.005 0.011 0.025 0.074 0.189 0.390 0.305 33 V 0.011 0.025 0.052 0.110 0.222 0.348 0.231 34 G 0.037 0.117 0.191 0.222 0.198 0.177 0.057 35 F 0.028 0.054 0.113 0.251 0.298 0.219 0.036 36 D 0.228 0.284 0.218 0.150 0.075 0.040 0.007 37 Q 0.304 0.266 0.192 0.130 0.072 0.032 0.005 38 L 0.323 0.222 0.188 0.156 0.082 0.025 0.004 39 D 0.504 0.291 0.106 0.067 0.021 0.009 0.001 40 D 0.400 0.210 0.171 0.116 0.073 0.027 0.004 41 G 0.249 0.221 0.193 0.168 0.103 0.057 0.008 42 F 0.142 0.131 0.202 0.210 0.185 0.110 0.019 43 I 0.156 0.182 0.192 0.216 0.154 0.086 0.014 44 G 0.207 0.210 0.227 0.157 0.110 0.073 0.015 45 V 0.135 0.119 0.167 0.228 0.210 0.118 0.021 46 T 0.150 0.252 0.250 0.194 0.100 0.048 0.007 47 K 0.124 0.177 0.191 0.221 0.187 0.091 0.009 48 M 0.171 0.193 0.194 0.249 0.134 0.054 0.005 49 R 0.250 0.321 0.227 0.133 0.051 0.016 0.002 50 I 0.125 0.153 0.190 0.307 0.162 0.058 0.004 51 D 0.433 0.259 0.203 0.069 0.026 0.009 0.001 52 E 0.456 0.358 0.108 0.061 0.013 0.004 0.001 53 V 0.188 0.172 0.214 0.199 0.165 0.057 0.004 54 D 0.118 0.197 0.219 0.224 0.148 0.085 0.010 55 W 0.073 0.079 0.119 0.195 0.261 0.231 0.041 56 N 0.179 0.259 0.202 0.198 0.105 0.046 0.010 57 T 0.184 0.233 0.191 0.169 0.122 0.077 0.023 58 V 0.112 0.132 0.167 0.227 0.195 0.132 0.035 59 D 0.122 0.190 0.201 0.209 0.146 0.101 0.031 60 A 0.055 0.077 0.133 0.198 0.267 0.216 0.055 61 I 0.069 0.134 0.169 0.218 0.209 0.171 0.030 62 L 0.079 0.158 0.242 0.238 0.175 0.092 0.015 63 L 0.043 0.059 0.109 0.241 0.290 0.225 0.032 64 P 0.162 0.284 0.263 0.151 0.085 0.049 0.006 65 I 0.105 0.180 0.219 0.299 0.152 0.041 0.004 66 S 0.493 0.341 0.117 0.038 0.008 0.003 0.001 67 G 0.132 0.201 0.243 0.244 0.144 0.035 0.002 68 T 0.109 0.132 0.200 0.278 0.218 0.062 0.003 69 N 0.523 0.302 0.126 0.041 0.007 0.002 0.001 70 E 0.421 0.384 0.130 0.047 0.015 0.003 0.001 71 A 0.089 0.131 0.215 0.278 0.205 0.078 0.003 72 G 0.243 0.290 0.249 0.161 0.046 0.010 0.001 73 K 0.295 0.429 0.167 0.079 0.023 0.006 0.001 74 V 0.042 0.088 0.148 0.267 0.307 0.141 0.008 75 D 0.043 0.100 0.201 0.311 0.234 0.101 0.010 76 T 0.106 0.333 0.257 0.186 0.083 0.032 0.004 77 I 0.042 0.112 0.240 0.295 0.222 0.084 0.006 78 F 0.023 0.037 0.081 0.238 0.393 0.210 0.018 79 S 0.164 0.309 0.292 0.162 0.054 0.018 0.002 80 N 0.325 0.312 0.215 0.090 0.040 0.015 0.002 81 E 0.180 0.281 0.260 0.170 0.066 0.035 0.007 82 S 0.058 0.137 0.170 0.254 0.233 0.127 0.021 83 I 0.038 0.097 0.148 0.231 0.277 0.173 0.036 84 V 0.010 0.014 0.023 0.049 0.130 0.469 0.304 85 L 0.014 0.029 0.047 0.110 0.186 0.337 0.277 86 T 0.020 0.042 0.061 0.130 0.206 0.284 0.259 87 E 0.033 0.069 0.108 0.169 0.201 0.232 0.189 88 E 0.031 0.057 0.102 0.162 0.227 0.274 0.147 89 M 0.025 0.043 0.081 0.144 0.267 0.350 0.088 90 I 0.046 0.100 0.174 0.254 0.241 0.164 0.020 91 E 0.135 0.235 0.252 0.190 0.121 0.060 0.007 92 K 0.143 0.264 0.233 0.206 0.105 0.043 0.005 93 T 0.130 0.189 0.185 0.241 0.172 0.071 0.011 94 P 0.258 0.288 0.213 0.169 0.050 0.020 0.003 95 N 0.246 0.281 0.270 0.132 0.051 0.018 0.002 96 H 0.037 0.114 0.219 0.294 0.240 0.089 0.008 97 C 0.012 0.023 0.047 0.115 0.281 0.438 0.083 98 V 0.027 0.085 0.152 0.219 0.248 0.223 0.045 99 V 0.038 0.115 0.157 0.250 0.222 0.165 0.053 100 Y 0.038 0.110 0.183 0.269 0.232 0.128 0.040 101 S 0.107 0.231 0.235 0.191 0.118 0.086 0.032 102 G 0.028 0.072 0.126 0.212 0.280 0.219 0.064 103 I 0.010 0.018 0.036 0.092 0.242 0.429 0.173 104 S 0.026 0.111 0.175 0.239 0.208 0.182 0.058 105 N 0.035 0.087 0.148 0.198 0.219 0.223 0.090 106 T 0.013 0.033 0.064 0.128 0.234 0.378 0.150 107 Y 0.017 0.045 0.081 0.154 0.266 0.304 0.132 108 L 0.021 0.052 0.133 0.242 0.320 0.187 0.045 109 N 0.153 0.360 0.283 0.136 0.043 0.021 0.004 110 Q 0.053 0.162 0.251 0.265 0.202 0.060 0.007 111 C 0.024 0.029 0.049 0.147 0.401 0.313 0.037 112 M 0.108 0.265 0.305 0.220 0.081 0.020 0.002 113 K 0.310 0.401 0.147 0.095 0.035 0.011 0.001 114 K 0.159 0.221 0.228 0.200 0.128 0.059 0.007 115 T 0.077 0.149 0.184 0.243 0.203 0.117 0.027 116 N 0.063 0.170 0.189 0.225 0.184 0.129 0.041 117 R 0.042 0.083 0.148 0.218 0.236 0.210 0.063 118 T 0.028 0.073 0.113 0.187 0.253 0.243 0.103 119 L 0.013 0.024 0.046 0.094 0.192 0.363 0.267 120 V 0.007 0.010 0.018 0.037 0.116 0.410 0.402 121 K 0.019 0.070 0.131 0.240 0.218 0.210 0.112 122 L 0.015 0.026 0.054 0.122 0.251 0.377 0.154 123 M 0.026 0.056 0.102 0.196 0.270 0.269 0.081 124 E 0.128 0.230 0.223 0.187 0.124 0.084 0.023 125 R 0.122 0.182 0.208 0.241 0.159 0.073 0.015 126 D 0.280 0.283 0.189 0.135 0.062 0.041 0.010 127 D 0.156 0.210 0.204 0.199 0.136 0.080 0.015 128 I 0.084 0.109 0.153 0.217 0.252 0.159 0.026 129 A 0.063 0.161 0.230 0.234 0.163 0.117 0.032 130 I 0.027 0.050 0.077 0.137 0.223 0.345 0.142 131 Y 0.023 0.062 0.124 0.220 0.265 0.211 0.094 132 N 0.063 0.179 0.243 0.221 0.143 0.096 0.054 133 S 0.015 0.032 0.071 0.147 0.288 0.336 0.111 134 I 0.010 0.015 0.036 0.093 0.265 0.410 0.171 135 P 0.039 0.101 0.161 0.187 0.221 0.217 0.075 136 T 0.104 0.207 0.226 0.229 0.135 0.075 0.025 137 A 0.070 0.106 0.129 0.200 0.234 0.200 0.062 138 E 0.221 0.261 0.186 0.147 0.082 0.068 0.034 139 G 0.161 0.197 0.171 0.176 0.162 0.100 0.033 140 T 0.124 0.193 0.153 0.192 0.160 0.128 0.051 141 I 0.049 0.067 0.105 0.170 0.228 0.252 0.130 142 M 0.041 0.038 0.063 0.094 0.178 0.348 0.238 143 M 0.042 0.075 0.116 0.200 0.224 0.210 0.133 144 A 0.038 0.041 0.060 0.092 0.177 0.329 0.263 145 I 0.035 0.038 0.064 0.120 0.220 0.322 0.201 146 Q 0.083 0.172 0.179 0.214 0.162 0.129 0.061 147 H 0.102 0.125 0.164 0.208 0.198 0.160 0.043 148 T 0.113 0.134 0.145 0.207 0.215 0.150 0.036 149 D 0.238 0.303 0.202 0.145 0.066 0.039 0.008 150 F 0.139 0.143 0.174 0.231 0.216 0.087 0.011 151 T 0.178 0.347 0.228 0.162 0.053 0.029 0.003 152 I 0.050 0.068 0.142 0.250 0.325 0.154 0.011 153 H 0.109 0.298 0.237 0.220 0.098 0.033 0.005 154 G 0.074 0.249 0.250 0.226 0.121 0.066 0.015 155 A 0.010 0.050 0.109 0.286 0.347 0.176 0.023 156 N 0.007 0.050 0.171 0.365 0.243 0.136 0.028 157 V 0.001 0.003 0.009 0.028 0.146 0.539 0.275 158 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.036 0.359 0.592 159 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.196 0.777 160 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.171 0.791 161 G 0.001 0.004 0.008 0.027 0.070 0.246 0.644 162 L 0.003 0.009 0.022 0.057 0.121 0.297 0.491 163 G 0.005 0.016 0.029 0.073 0.174 0.399 0.303 164 R 0.016 0.055 0.104 0.181 0.243 0.259 0.144 165 V 0.007 0.013 0.022 0.052 0.143 0.379 0.385 166 G 0.011 0.030 0.049 0.094 0.169 0.314 0.332 167 M 0.017 0.057 0.113 0.200 0.222 0.222 0.168 168 S 0.014 0.050 0.113 0.191 0.264 0.232 0.136 169 V 0.003 0.006 0.013 0.035 0.130 0.441 0.373 170 A 0.003 0.006 0.019 0.052 0.193 0.438 0.288 171 R 0.022 0.105 0.179 0.235 0.207 0.174 0.077 172 K 0.024 0.098 0.194 0.299 0.227 0.127 0.031 173 F 0.015 0.020 0.039 0.108 0.291 0.425 0.103 174 A 0.052 0.179 0.223 0.280 0.169 0.084 0.014 175 A 0.140 0.316 0.247 0.158 0.087 0.045 0.006 176 L 0.052 0.149 0.191 0.293 0.215 0.089 0.012 177 G 0.140 0.359 0.214 0.173 0.063 0.039 0.011 178 A 0.009 0.029 0.054 0.167 0.395 0.307 0.039 179 K 0.021 0.090 0.251 0.351 0.175 0.087 0.026 180 V 0.003 0.008 0.018 0.050 0.208 0.527 0.187 181 K 0.012 0.059 0.145 0.259 0.244 0.199 0.083 182 V 0.006 0.012 0.022 0.059 0.166 0.464 0.271 183 G 0.015 0.040 0.073 0.150 0.257 0.342 0.124 184 A 0.043 0.100 0.150 0.253 0.225 0.182 0.047 185 R 0.103 0.178 0.228 0.231 0.160 0.086 0.014 186 E 0.224 0.233 0.230 0.164 0.098 0.046 0.005 187 S 0.380 0.275 0.160 0.123 0.046 0.015 0.001 188 D 0.587 0.241 0.110 0.043 0.014 0.004 0.001 189 L 0.390 0.271 0.174 0.103 0.049 0.013 0.001 190 L 0.350 0.240 0.208 0.143 0.048 0.010 0.001 191 A 0.626 0.263 0.074 0.029 0.007 0.002 0.001 192 R 0.259 0.269 0.211 0.154 0.085 0.021 0.001 193 I 0.122 0.145 0.208 0.250 0.195 0.074 0.006 194 A 0.277 0.361 0.184 0.122 0.043 0.012 0.002 195 E 0.225 0.329 0.169 0.171 0.079 0.024 0.003 196 M 0.060 0.083 0.145 0.221 0.288 0.184 0.019 197 G 0.076 0.156 0.210 0.235 0.168 0.123 0.032 198 M 0.034 0.066 0.131 0.188 0.267 0.239 0.075 199 E 0.058 0.213 0.180 0.238 0.163 0.118 0.031 200 P 0.044 0.112 0.204 0.233 0.232 0.141 0.033 201 F 0.033 0.058 0.111 0.233 0.283 0.236 0.046 202 H 0.052 0.179 0.286 0.228 0.172 0.072 0.011 203 I 0.023 0.049 0.128 0.293 0.349 0.149 0.009 204 S 0.280 0.419 0.218 0.063 0.015 0.004 0.001 205 K 0.169 0.494 0.197 0.104 0.029 0.007 0.001 206 A 0.021 0.038 0.083 0.227 0.487 0.138 0.006 207 A 0.113 0.348 0.288 0.214 0.030 0.006 0.001 208 Q 0.347 0.444 0.152 0.040 0.014 0.002 0.001 209 E 0.019 0.138 0.292 0.354 0.168 0.028 0.001 210 L 0.002 0.008 0.035 0.128 0.478 0.318 0.029 211 R 0.015 0.235 0.277 0.299 0.140 0.032 0.004 212 D 0.009 0.105 0.265 0.355 0.183 0.068 0.016 213 V 0.001 0.004 0.016 0.068 0.311 0.526 0.076 214 D 0.001 0.008 0.031 0.129 0.284 0.342 0.204 215 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.302 0.664 216 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.204 0.778 217 I 0.001 0.002 0.003 0.014 0.039 0.226 0.715 218 N 0.001 0.003 0.006 0.020 0.064 0.307 0.600 219 T 0.004 0.012 0.030 0.077 0.172 0.398 0.308 220 I 0.005 0.019 0.047 0.132 0.229 0.389 0.179 221 P 0.026 0.082 0.116 0.188 0.249 0.256 0.082 222 A 0.076 0.194 0.235 0.275 0.135 0.072 0.014 223 L 0.084 0.212 0.319 0.222 0.112 0.045 0.005 224 V 0.026 0.053 0.126 0.249 0.341 0.190 0.015 225 V 0.018 0.045 0.093 0.223 0.351 0.244 0.025 226 T 0.125 0.310 0.308 0.159 0.071 0.025 0.003 227 A 0.155 0.348 0.241 0.191 0.053 0.012 0.001 228 N 0.212 0.371 0.260 0.103 0.038 0.014 0.001 229 V 0.026 0.077 0.169 0.303 0.317 0.100 0.008 230 L 0.012 0.029 0.084 0.230 0.435 0.200 0.010 231 A 0.116 0.437 0.276 0.134 0.029 0.007 0.001 232 E 0.080 0.288 0.334 0.188 0.088 0.021 0.001 233 M 0.010 0.028 0.071 0.232 0.432 0.209 0.019 234 P 0.025 0.172 0.267 0.353 0.129 0.045 0.008 235 S 0.112 0.343 0.304 0.142 0.071 0.024 0.003 236 H 0.004 0.047 0.168 0.341 0.305 0.117 0.019 237 T 0.001 0.001 0.006 0.029 0.209 0.595 0.159 238 F 0.001 0.001 0.004 0.016 0.076 0.436 0.466 239 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.153 0.840 240 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.156 0.836 241 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.162 0.808 242 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.210 0.774 243 A 0.001 0.001 0.005 0.021 0.077 0.372 0.524 244 S 0.002 0.008 0.020 0.077 0.214 0.412 0.267 245 K 0.029 0.093 0.153 0.221 0.208 0.196 0.100 246 P 0.076 0.147 0.211 0.195 0.162 0.150 0.058 247 G 0.054 0.150 0.142 0.230 0.222 0.169 0.033 248 G 0.074 0.147 0.221 0.239 0.208 0.094 0.016 249 T 0.030 0.039 0.081 0.155 0.268 0.359 0.068 250 D 0.055 0.145 0.203 0.237 0.208 0.132 0.020 251 F 0.046 0.098 0.191 0.270 0.279 0.102 0.016 252 R 0.237 0.436 0.189 0.104 0.024 0.010 0.001 253 Y 0.064 0.161 0.266 0.258 0.202 0.046 0.002 254 A 0.039 0.056 0.116 0.315 0.357 0.113 0.005 255 E 0.334 0.358 0.224 0.065 0.015 0.003 0.001 256 K 0.470 0.395 0.092 0.033 0.008 0.002 0.001 257 R 0.220 0.244 0.246 0.185 0.085 0.019 0.001 258 G 0.331 0.369 0.186 0.083 0.021 0.008 0.001 259 I 0.041 0.124 0.198 0.286 0.264 0.079 0.007 260 K 0.034 0.115 0.179 0.282 0.241 0.129 0.021 261 A 0.010 0.027 0.065 0.143 0.292 0.343 0.119 262 L 0.006 0.010 0.020 0.038 0.107 0.422 0.396 263 L 0.004 0.007 0.013 0.038 0.090 0.311 0.537 264 V 0.004 0.005 0.008 0.018 0.051 0.228 0.687 265 P 0.005 0.008 0.011 0.030 0.072 0.251 0.623 266 G 0.013 0.023 0.038 0.078 0.133 0.270 0.445 267 L 0.016 0.027 0.042 0.093 0.182 0.330 0.311 268 P 0.057 0.097 0.132 0.178 0.194 0.209 0.133 269 G 0.050 0.055 0.082 0.133 0.224 0.308 0.148 270 I 0.094 0.098 0.130 0.173 0.208 0.205 0.092 271 V 0.140 0.154 0.158 0.178 0.166 0.144 0.060 272 A 0.181 0.195 0.182 0.179 0.124 0.098 0.041 273 P 0.133 0.136 0.148 0.174 0.179 0.169 0.062 274 K 0.113 0.139 0.167 0.202 0.177 0.147 0.055 275 T 0.085 0.124 0.148 0.184 0.196 0.181 0.082 276 A 0.044 0.063 0.085 0.140 0.185 0.306 0.175 277 G 0.043 0.077 0.119 0.193 0.227 0.237 0.105 278 R 0.048 0.111 0.164 0.207 0.202 0.182 0.085 279 I 0.016 0.031 0.063 0.125 0.228 0.342 0.195 280 L 0.009 0.018 0.028 0.066 0.159 0.393 0.327 281 A 0.023 0.085 0.148 0.252 0.229 0.176 0.086 282 D 0.039 0.121 0.213 0.246 0.194 0.127 0.060 283 V 0.012 0.029 0.054 0.125 0.247 0.381 0.152 284 L 0.016 0.026 0.046 0.099 0.236 0.405 0.173 285 V 0.037 0.093 0.136 0.223 0.270 0.196 0.045 286 K 0.090 0.250 0.265 0.230 0.109 0.048 0.008 287 L 0.045 0.075 0.144 0.254 0.282 0.188 0.013 288 L 0.177 0.293 0.225 0.178 0.091 0.034 0.002 289 A 0.342 0.296 0.189 0.126 0.040 0.007 0.001 290 E 0.690 0.216 0.067 0.021 0.005 0.001 0.001 291 P 0.650 0.221 0.085 0.036 0.007 0.001 0.001 292 S 0.832 0.125 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001