This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA L A 3 3 NATAA T A 4 4 NATAA G A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA H A 7 7 NATAA V A 8 8 NATAA V A 9 9 NATAA I A 10 10 NATAA I A 11 11 NATAA G A 12 12 NATAA G A 13 13 NATAA D A 14 14 NATAA A A 15 15 NATAA R A 16 16 NATAA Q A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA I A 20 20 NATAA I A 21 21 NATAA R A 22 22 NATAA K A 23 23 NATAA L A 24 24 NATAA S A 25 25 NATAA T A 26 26 NATAA F A 27 27 NATAA D A 28 28 NATAA A A 29 29 NATAA K A 30 30 NATAA I A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA V A 34 34 NATAA G A 35 35 NATAA F A 36 36 NATAA D A 37 37 NATAA Q A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA D A 40 40 NATAA D A 41 41 NATAA G A 42 42 NATAA F A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA V A 46 46 NATAA T A 47 47 NATAA K A 48 48 NATAA M A 49 49 NATAA R A 50 50 NATAA I A 51 51 NATAA D A 52 52 NATAA E A 53 53 NATAA V A 54 54 NATAA D A 55 55 NATAA W A 56 56 NATAA N A 57 57 NATAA T A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA D A 60 60 NATAA A A 61 61 NATAA I A 62 62 NATAA L A 63 63 NATAA L A 64 64 NATRO P A 65 65 NATAA I A 66 66 NATAA S A 67 67 NATAA G A 68 68 NATAA T A 69 69 NATAA N A 70 70 NATAA E A 71 71 NATAA A A 72 72 NATAA G A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA V A 75 75 NATAA D A 76 76 NATAA T A 77 77 NATAA I A 78 78 NATAA F A 79 79 NATAA S A 80 80 NATAA N A 81 81 NATAA E A 82 82 NATAA S A 83 83 NATAA I A 84 84 NATAA V A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA T A 87 87 NATAA E A 88 88 NATAA E A 89 89 NATAA M A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA E A 92 92 NATAA K A 93 93 NATAA T A 94 94 NATRO P A 95 95 NATAA N A 96 96 NATAA H A 97 97 NATRO C A 98 98 NATAA V A 99 99 NATAA V A 100 100 NATAA Y A 101 101 NATAA S A 102 102 NATAA G A 103 103 NATAA I A 104 104 NATAA S A 105 105 NATAA N A 106 106 NATAA T A 107 107 NATAA Y A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA N A 110 110 NATAA Q A 111 111 NATRO C A 112 112 NATAA M A 113 113 NATAA K A 114 114 NATAA K A 115 115 NATAA T A 116 116 NATAA N A 117 117 NATAA R A 118 118 NATAA T A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA V A 121 121 NATAA K A 122 122 NATAA L A 123 123 NATAA M A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA R A 126 126 NATAA D A 127 127 NATAA D A 128 128 NATAA I A 129 129 NATAA A A 130 130 NATAA I A 131 131 NATAA Y A 132 132 NATAA N A 133 133 NATAA S A 134 134 NATAA I A 135 135 NATRO P A 136 136 NATAA T A 137 137 NATAA A A 138 138 NATAA E A 139 139 NATAA G A 140 140 NATAA T A 141 141 NATAA I A 142 142 NATAA M A 143 143 NATAA M A 144 144 NATAA A A 145 145 NATAA I A 146 146 NATAA Q A 147 147 NATAA H A 148 148 NATAA T A 149 149 NATAA D A 150 150 NATAA F A 151 151 NATAA T A 152 152 NATAA I A 153 153 NATAA H A 154 154 NATAA G A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA N A 157 157 NATAA V A 158 158 NATAA A A 159 159 NATAA V A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA G A 162 162 NATAA L A 163 163 NATAA G A 164 164 NATAA R A 165 165 NATAA V A 166 166 NATAA G A 167 167 NATAA M A 168 168 NATAA S A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA A A 171 171 NATAA R A 172 172 NATAA K A 173 173 NATAA F A 174 174 NATAA A A 175 175 NATAA A A 176 176 NATAA L A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA A A 179 179 NATAA K A 180 180 NATAA V A 181 181 NATAA K A 182 182 NATAA V A 183 183 NATAA G A 184 184 NATAA A A 185 185 NATAA R A 186 186 NATAA E A 187 187 NATAA S A 188 188 NATAA D A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA A A 192 192 NATAA R A 193 193 NATAA I A 194 194 NATAA A A 195 195 NATAA E A 196 196 NATAA M A 197 197 NATAA G A 198 198 NATAA M A 199 199 NATAA E A 200 200 NATRO P A 201 201 NATAA F A 202 202 NATAA H A 203 203 NATAA I A 204 204 NATAA S A 205 205 NATAA K A 206 206 NATAA A A 207 207 NATAA A A 208 208 NATAA Q A 209 209 NATAA E A 210 210 NATAA L A 211 211 NATAA R A 212 212 NATAA D A 213 213 NATAA V A 214 214 NATAA D A 215 215 NATAA V A 216 216 NATRO C A 217 217 NATAA I A 218 218 NATAA N A 219 219 NATAA T A 220 220 NATAA I A 221 221 NATRO P A 222 222 NATAA A A 223 223 NATAA L A 224 224 NATAA V A 225 225 NATAA V A 226 226 NATAA T A 227 227 NATAA A A 228 228 NATAA N A 229 229 NATAA V A 230 230 NATAA L A 231 231 NATAA A A 232 232 NATAA E A 233 233 NATAA M A 234 234 NATRO P A 235 235 NATAA S A 236 236 NATAA H A 237 237 NATAA T A 238 238 NATAA F A 239 239 NATAA V A 240 240 NATAA I A 241 241 NATAA D A 242 242 NATAA L A 243 243 NATAA A A 244 244 NATAA S A 245 245 NATAA K A 246 246 NATRO P A 247 247 NATAA G A 248 248 NATAA G A 249 249 NATAA T A 250 250 NATAA D A 251 251 NATAA F A 252 252 NATAA R A 253 253 NATAA Y A 254 254 NATAA A A 255 255 NATAA E A 256 256 NATAA K A 257 257 NATAA R A 258 258 NATAA G A 259 259 NATAA I A 260 260 NATAA K A 261 261 NATAA A A 262 262 NATAA L A 263 263 NATAA L A 264 264 NATAA V A 265 265 NATRO P A 266 266 NATAA G A 267 267 NATAA L A 268 268 NATRO P A 269 269 NATAA G A 270 270 NATAA I A 271 271 NATAA V A 272 272 NATAA A A 273 273 NATRO P A 274 274 NATAA K A 275 275 NATAA T A 276 276 NATAA A A 277 277 NATAA G A 278 278 NATAA R A 279 279 NATAA I A 280 280 NATAA L A 281 281 NATAA A A 282 282 NATAA D A 283 283 NATAA V A 284 284 NATAA L A 285 285 NATAA V A 286 286 NATAA K A 287 287 NATAA L A 288 288 NATAA L A 289 289 NATAA A A 290 290 NATAA E A 291 291 NATRO P A 292 292 NATAA S