# TARGET T0398 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1610 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.012 0.015 0.006 0.502 0.387 2 L 0.067 0.010 0.016 0.003 0.546 0.358 3 T 0.144 0.010 0.022 0.005 0.514 0.305 4 G 0.395 0.012 0.012 0.004 0.188 0.389 5 K 0.758 0.016 0.007 0.003 0.072 0.145 6 H 0.882 0.006 0.003 0.002 0.030 0.076 7 V 0.905 0.006 0.002 0.002 0.021 0.065 8 V 0.913 0.004 0.002 0.002 0.027 0.053 9 I 0.859 0.008 0.003 0.004 0.037 0.089 10 I 0.529 0.022 0.006 0.008 0.130 0.305 11 G 0.127 0.027 0.018 0.037 0.461 0.329 12 G 0.015 0.005 0.045 0.154 0.502 0.280 13 D 0.008 0.010 0.037 0.339 0.362 0.245 14 A 0.003 0.002 0.018 0.855 0.090 0.032 15 R 0.003 0.001 0.007 0.906 0.050 0.033 16 Q 0.004 0.002 0.005 0.945 0.033 0.011 17 L 0.005 0.001 0.005 0.939 0.039 0.012 18 E 0.012 0.001 0.004 0.927 0.042 0.014 19 I 0.009 0.001 0.005 0.940 0.035 0.010 20 I 0.009 0.001 0.006 0.928 0.035 0.021 21 R 0.013 0.001 0.008 0.731 0.095 0.152 22 K 0.032 0.003 0.013 0.712 0.108 0.133 23 L 0.068 0.008 0.011 0.757 0.076 0.079 24 S 0.111 0.004 0.016 0.762 0.060 0.047 25 T 0.187 0.004 0.017 0.711 0.047 0.034 26 F 0.146 0.004 0.027 0.667 0.090 0.066 27 D 0.237 0.005 0.012 0.286 0.203 0.258 28 A 0.260 0.006 0.013 0.160 0.220 0.341 29 K 0.381 0.013 0.007 0.081 0.180 0.339 30 I 0.581 0.014 0.012 0.077 0.120 0.195 31 S 0.612 0.014 0.025 0.098 0.120 0.130 32 L 0.535 0.013 0.055 0.130 0.142 0.125 33 V 0.310 0.015 0.073 0.117 0.270 0.215 34 G 0.159 0.008 0.045 0.071 0.356 0.362 35 F 0.104 0.015 0.022 0.029 0.406 0.424 36 D 0.075 0.024 0.021 0.029 0.365 0.485 37 Q 0.033 0.010 0.016 0.043 0.300 0.598 38 L 0.007 0.002 0.061 0.528 0.254 0.149 39 D 0.003 0.001 0.041 0.797 0.124 0.034 40 D 0.006 0.002 0.039 0.762 0.154 0.037 41 G 0.020 0.003 0.017 0.806 0.102 0.052 42 F 0.029 0.002 0.013 0.846 0.066 0.044 43 I 0.037 0.003 0.016 0.825 0.070 0.049 44 G 0.023 0.002 0.014 0.872 0.039 0.050 45 V 0.028 0.004 0.019 0.821 0.052 0.076 46 T 0.018 0.002 0.016 0.853 0.047 0.063 47 K 0.023 0.002 0.013 0.819 0.046 0.098 48 M 0.035 0.004 0.011 0.743 0.059 0.148 49 R 0.035 0.004 0.018 0.752 0.062 0.129 50 I 0.036 0.003 0.022 0.622 0.082 0.235 51 D 0.019 0.002 0.025 0.725 0.072 0.158 52 E 0.022 0.003 0.045 0.745 0.098 0.087 53 V 0.020 0.003 0.055 0.758 0.107 0.057 54 D 0.017 0.002 0.060 0.749 0.113 0.057 55 W 0.027 0.003 0.080 0.686 0.138 0.066 56 N 0.027 0.003 0.086 0.572 0.205 0.105 57 T 0.047 0.006 0.075 0.327 0.309 0.236 58 V 0.066 0.007 0.069 0.119 0.406 0.333 59 D 0.127 0.011 0.058 0.051 0.359 0.394 60 A 0.428 0.013 0.037 0.056 0.209 0.258 61 I 0.595 0.007 0.015 0.042 0.117 0.225 62 L 0.815 0.008 0.003 0.022 0.035 0.117 63 L 0.769 0.008 0.003 0.018 0.037 0.164 64 P 0.515 0.009 0.003 0.024 0.058 0.390 65 I 0.262 0.009 0.006 0.029 0.103 0.591 66 S 0.138 0.011 0.009 0.024 0.131 0.687 67 G 0.063 0.010 0.013 0.030 0.182 0.700 68 T 0.031 0.008 0.029 0.062 0.244 0.626 69 N 0.025 0.006 0.102 0.236 0.353 0.279 70 E 0.013 0.004 0.110 0.348 0.353 0.171 71 A 0.025 0.006 0.125 0.421 0.294 0.129 72 G 0.058 0.008 0.089 0.471 0.238 0.136 73 K 0.128 0.011 0.079 0.478 0.165 0.139 74 V 0.289 0.019 0.063 0.412 0.112 0.104 75 D 0.420 0.014 0.045 0.308 0.110 0.103 76 T 0.459 0.009 0.035 0.239 0.154 0.105 77 I 0.328 0.005 0.043 0.237 0.235 0.151 78 F 0.296 0.008 0.028 0.149 0.292 0.227 79 S 0.457 0.011 0.016 0.075 0.235 0.207 80 N 0.549 0.021 0.009 0.068 0.146 0.207 81 E 0.485 0.021 0.011 0.063 0.154 0.265 82 S 0.395 0.019 0.022 0.080 0.209 0.274 83 I 0.270 0.011 0.036 0.096 0.246 0.341 84 V 0.224 0.020 0.056 0.149 0.259 0.292 85 L 0.183 0.033 0.034 0.172 0.215 0.363 86 T 0.117 0.012 0.031 0.181 0.236 0.423 87 E 0.024 0.002 0.163 0.567 0.155 0.088 88 E 0.022 0.004 0.164 0.583 0.163 0.064 89 M 0.021 0.003 0.141 0.610 0.176 0.049 90 I 0.030 0.005 0.078 0.579 0.210 0.098 91 E 0.036 0.005 0.068 0.507 0.262 0.122 92 K 0.042 0.006 0.065 0.383 0.316 0.187 93 T 0.054 0.010 0.051 0.306 0.307 0.273 94 P 0.076 0.007 0.055 0.171 0.410 0.281 95 N 0.137 0.006 0.065 0.167 0.337 0.288 96 H 0.354 0.009 0.044 0.091 0.252 0.251 97 C 0.570 0.007 0.018 0.069 0.149 0.186 98 V 0.716 0.005 0.008 0.052 0.077 0.141 99 V 0.826 0.004 0.004 0.046 0.046 0.074 100 Y 0.848 0.004 0.004 0.042 0.039 0.063 101 S 0.828 0.005 0.004 0.042 0.054 0.067 102 G 0.723 0.006 0.006 0.044 0.105 0.116 103 I 0.495 0.014 0.006 0.042 0.185 0.258 104 S 0.392 0.022 0.010 0.046 0.283 0.246 105 N 0.255 0.011 0.033 0.126 0.320 0.255 106 T 0.195 0.013 0.076 0.219 0.301 0.196 107 Y 0.174 0.015 0.092 0.296 0.281 0.143 108 L 0.155 0.009 0.064 0.377 0.212 0.184 109 N 0.148 0.008 0.065 0.446 0.176 0.157 110 Q 0.146 0.009 0.045 0.490 0.155 0.156 111 C 0.170 0.007 0.045 0.481 0.135 0.162 112 M 0.205 0.009 0.027 0.549 0.094 0.116 113 K 0.136 0.005 0.029 0.672 0.072 0.086 114 K 0.122 0.004 0.035 0.703 0.069 0.067 115 T 0.062 0.002 0.032 0.812 0.043 0.048 116 N 0.080 0.003 0.032 0.790 0.042 0.053 117 R 0.065 0.004 0.024 0.824 0.036 0.048 118 T 0.060 0.005 0.025 0.749 0.050 0.110 119 L 0.033 0.003 0.050 0.813 0.045 0.057 120 V 0.028 0.003 0.075 0.773 0.062 0.058 121 K 0.017 0.001 0.064 0.806 0.059 0.052 122 L 0.017 0.003 0.034 0.803 0.074 0.068 123 M 0.018 0.004 0.024 0.671 0.117 0.167 124 E 0.019 0.004 0.030 0.657 0.122 0.167 125 R 0.014 0.004 0.031 0.683 0.115 0.152 126 D 0.013 0.005 0.023 0.652 0.101 0.207 127 D 0.009 0.003 0.012 0.751 0.063 0.162 128 I 0.004 0.001 0.007 0.896 0.034 0.057 129 A 0.005 0.001 0.013 0.901 0.042 0.038 130 I 0.004 0.001 0.013 0.914 0.037 0.031 131 Y 0.006 0.001 0.014 0.895 0.044 0.041 132 N 0.004 0.001 0.010 0.922 0.035 0.028 133 S 0.007 0.002 0.009 0.913 0.034 0.035 134 I 0.009 0.002 0.012 0.895 0.039 0.043 135 P 0.017 0.003 0.016 0.850 0.053 0.060 136 T 0.017 0.002 0.015 0.826 0.062 0.078 137 A 0.021 0.002 0.014 0.749 0.085 0.128 138 E 0.054 0.004 0.026 0.718 0.094 0.104 139 G 0.066 0.006 0.036 0.705 0.094 0.093 140 T 0.073 0.007 0.053 0.662 0.100 0.105 141 I 0.072 0.005 0.056 0.600 0.136 0.131 142 M 0.058 0.004 0.049 0.574 0.156 0.159 143 M 0.069 0.009 0.049 0.522 0.178 0.174 144 A 0.080 0.012 0.069 0.454 0.218 0.169 145 I 0.113 0.010 0.128 0.300 0.295 0.155 146 Q 0.128 0.009 0.152 0.183 0.372 0.157 147 H 0.156 0.006 0.108 0.121 0.422 0.187 148 T 0.194 0.014 0.050 0.063 0.385 0.294 149 D 0.215 0.011 0.028 0.029 0.326 0.391 150 F 0.434 0.027 0.020 0.021 0.210 0.288 151 T 0.509 0.028 0.013 0.018 0.188 0.244 152 I 0.358 0.043 0.012 0.012 0.521 0.054 153 H 0.153 0.012 0.008 0.006 0.761 0.060 154 G 0.053 0.001 0.004 0.001 0.884 0.057 155 A 0.383 0.005 0.001 0.001 0.490 0.120 156 N 0.925 0.011 0.001 0.001 0.016 0.049 157 V 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 158 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 159 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 160 L 0.952 0.001 0.001 0.002 0.010 0.034 161 G 0.459 0.006 0.001 0.007 0.057 0.470 162 L 0.098 0.011 0.004 0.052 0.132 0.703 163 G 0.004 0.004 0.004 0.081 0.078 0.829 164 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.004 0.005 165 V 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 171 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 172 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 173 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 174 A 0.001 0.001 0.014 0.956 0.022 0.008 175 A 0.001 0.001 0.045 0.911 0.032 0.012 176 L 0.003 0.001 0.033 0.769 0.074 0.119 177 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.061 0.934 178 A 0.046 0.001 0.001 0.001 0.057 0.896 179 K 0.700 0.002 0.001 0.001 0.027 0.270 180 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 181 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 182 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 183 G 0.921 0.001 0.001 0.001 0.011 0.065 184 A 0.536 0.009 0.002 0.002 0.169 0.283 185 R 0.045 0.013 0.011 0.008 0.399 0.523 186 E 0.025 0.013 0.014 0.017 0.424 0.507 187 S 0.008 0.002 0.169 0.263 0.449 0.110 188 D 0.007 0.002 0.070 0.424 0.290 0.207 189 L 0.007 0.004 0.071 0.683 0.166 0.069 190 L 0.005 0.001 0.036 0.729 0.146 0.081 191 A 0.013 0.002 0.022 0.770 0.121 0.073 192 R 0.012 0.005 0.040 0.816 0.094 0.033 193 I 0.014 0.001 0.056 0.814 0.087 0.027 194 A 0.007 0.001 0.074 0.833 0.063 0.022 195 E 0.006 0.001 0.042 0.863 0.058 0.030 196 M 0.005 0.001 0.015 0.794 0.064 0.121 197 G 0.008 0.001 0.004 0.083 0.122 0.782 198 M 0.041 0.005 0.009 0.065 0.206 0.675 199 E 0.157 0.010 0.019 0.077 0.199 0.538 200 P 0.354 0.018 0.032 0.113 0.158 0.324 201 F 0.384 0.014 0.026 0.105 0.127 0.344 202 H 0.273 0.009 0.027 0.112 0.169 0.410 203 I 0.092 0.006 0.074 0.245 0.237 0.346 204 S 0.060 0.005 0.133 0.234 0.320 0.248 205 K 0.052 0.004 0.206 0.253 0.341 0.144 206 A 0.093 0.007 0.222 0.207 0.324 0.147 207 A 0.182 0.010 0.161 0.152 0.330 0.165 208 Q 0.204 0.004 0.118 0.088 0.333 0.253 209 E 0.587 0.006 0.035 0.045 0.168 0.160 210 L 0.774 0.004 0.011 0.021 0.079 0.111 211 R 0.907 0.003 0.004 0.011 0.025 0.050 212 D 0.945 0.002 0.002 0.008 0.013 0.030 213 V 0.908 0.002 0.002 0.011 0.019 0.058 214 D 0.836 0.004 0.002 0.016 0.032 0.110 215 V 0.700 0.017 0.003 0.013 0.071 0.196 216 C 0.373 0.023 0.004 0.014 0.183 0.402 217 I 0.150 0.025 0.007 0.010 0.280 0.529 218 N 0.085 0.029 0.012 0.008 0.534 0.332 219 T 0.044 0.019 0.040 0.027 0.625 0.245 220 I 0.018 0.009 0.039 0.027 0.675 0.233 221 P 0.020 0.015 0.054 0.020 0.756 0.135 222 A 0.028 0.014 0.123 0.048 0.605 0.182 223 L 0.042 0.016 0.171 0.051 0.569 0.150 224 V 0.105 0.056 0.117 0.053 0.473 0.195 225 V 0.100 0.082 0.014 0.039 0.216 0.549 226 T 0.021 0.006 0.003 0.070 0.118 0.782 227 A 0.001 0.001 0.008 0.954 0.017 0.020 228 N 0.001 0.001 0.005 0.973 0.016 0.004 229 V 0.001 0.001 0.009 0.979 0.011 0.001 230 L 0.001 0.001 0.013 0.976 0.009 0.002 231 A 0.001 0.001 0.024 0.959 0.013 0.003 232 E 0.001 0.001 0.032 0.872 0.060 0.035 233 M 0.002 0.005 0.014 0.324 0.187 0.468 234 P 0.002 0.020 0.010 0.015 0.830 0.123 235 S 0.008 0.003 0.011 0.004 0.895 0.079 236 H 0.020 0.001 0.008 0.001 0.922 0.048 237 T 0.777 0.007 0.001 0.001 0.194 0.020 238 F 0.983 0.003 0.001 0.001 0.004 0.010 239 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 240 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 241 D 0.811 0.007 0.001 0.005 0.037 0.139 242 L 0.366 0.006 0.014 0.017 0.243 0.354 243 A 0.132 0.012 0.027 0.023 0.433 0.373 244 S 0.066 0.023 0.061 0.037 0.499 0.315 245 K 0.034 0.020 0.039 0.025 0.560 0.323 246 P 0.038 0.010 0.034 0.034 0.502 0.383 247 G 0.070 0.017 0.025 0.069 0.357 0.462 248 G 0.135 0.038 0.024 0.119 0.266 0.419 249 T 0.113 0.032 0.009 0.156 0.121 0.570 250 D 0.010 0.001 0.016 0.891 0.035 0.047 251 F 0.003 0.001 0.008 0.951 0.022 0.016 252 R 0.002 0.001 0.005 0.975 0.013 0.004 253 Y 0.002 0.001 0.005 0.972 0.016 0.003 254 A 0.002 0.001 0.005 0.970 0.017 0.005 255 E 0.003 0.001 0.011 0.949 0.028 0.008 256 K 0.003 0.001 0.011 0.947 0.027 0.011 257 R 0.004 0.002 0.015 0.859 0.062 0.058 258 G 0.014 0.002 0.008 0.076 0.231 0.669 259 I 0.110 0.003 0.011 0.024 0.285 0.567 260 K 0.399 0.010 0.008 0.010 0.203 0.370 261 A 0.807 0.008 0.004 0.006 0.066 0.110 262 L 0.913 0.008 0.002 0.004 0.026 0.046 263 L 0.838 0.009 0.005 0.007 0.046 0.095 264 V 0.696 0.013 0.020 0.011 0.143 0.117 265 P 0.289 0.004 0.033 0.014 0.336 0.323 266 G 0.164 0.013 0.021 0.007 0.417 0.378 267 L 0.171 0.029 0.011 0.005 0.374 0.410 268 P 0.159 0.011 0.009 0.004 0.231 0.586 269 G 0.339 0.039 0.017 0.013 0.203 0.390 270 I 0.431 0.041 0.017 0.020 0.184 0.306 271 V 0.332 0.025 0.012 0.034 0.149 0.449 272 A 0.084 0.010 0.007 0.024 0.176 0.698 273 P 0.019 0.005 0.003 0.016 0.108 0.849 274 K 0.019 0.010 0.011 0.056 0.151 0.753 275 T 0.015 0.014 0.016 0.071 0.207 0.677 276 A 0.011 0.008 0.028 0.322 0.197 0.434 277 G 0.008 0.006 0.039 0.487 0.189 0.271 278 R 0.004 0.003 0.081 0.778 0.091 0.044 279 I 0.004 0.003 0.119 0.759 0.087 0.028 280 L 0.007 0.003 0.100 0.797 0.072 0.020 281 A 0.005 0.001 0.048 0.846 0.062 0.039 282 D 0.007 0.002 0.033 0.683 0.098 0.178 283 V 0.013 0.013 0.072 0.665 0.106 0.131 284 L 0.021 0.022 0.060 0.575 0.116 0.206 285 V 0.013 0.003 0.340 0.473 0.102 0.069 286 K 0.007 0.002 0.510 0.358 0.082 0.041 287 L 0.003 0.001 0.547 0.370 0.060 0.020 288 L 0.015 0.007 0.300 0.532 0.100 0.047 289 A 0.016 0.005 0.163 0.502 0.151 0.162 290 E 0.018 0.004 0.022 0.136 0.174 0.647 291 P 0.017 0.008 0.005 0.027 0.088 0.854 292 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.987