# TARGET T0398 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1610 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.008 0.032 0.010 0.112 0.123 0.694 2 L 0.052 0.011 0.059 0.012 0.094 0.389 0.384 3 T 0.136 0.013 0.049 0.011 0.279 0.162 0.350 4 G 0.380 0.017 0.018 0.006 0.144 0.043 0.392 5 K 0.624 0.013 0.006 0.005 0.057 0.008 0.286 6 H 0.859 0.009 0.003 0.004 0.022 0.004 0.100 7 V 0.927 0.007 0.002 0.003 0.006 0.003 0.052 8 V 0.934 0.003 0.002 0.002 0.008 0.003 0.048 9 I 0.878 0.016 0.002 0.002 0.020 0.005 0.077 10 I 0.489 0.014 0.002 0.003 0.083 0.011 0.398 11 G 0.082 0.006 0.021 0.023 0.279 0.094 0.494 12 G 0.010 0.006 0.088 0.135 0.338 0.272 0.151 13 D 0.005 0.007 0.088 0.297 0.194 0.232 0.177 14 A 0.002 0.002 0.042 0.758 0.056 0.057 0.083 15 R 0.003 0.001 0.010 0.910 0.021 0.024 0.032 16 Q 0.002 0.001 0.004 0.966 0.008 0.008 0.011 17 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.006 0.003 0.006 18 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 19 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 20 I 0.002 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.002 21 R 0.003 0.001 0.001 0.953 0.003 0.035 0.004 22 K 0.014 0.001 0.002 0.946 0.010 0.013 0.014 23 L 0.028 0.001 0.004 0.930 0.011 0.010 0.015 24 S 0.039 0.001 0.007 0.910 0.009 0.020 0.013 25 T 0.053 0.002 0.010 0.877 0.007 0.036 0.015 26 F 0.041 0.002 0.012 0.818 0.014 0.096 0.017 27 D 0.055 0.002 0.012 0.679 0.046 0.156 0.050 28 A 0.074 0.005 0.015 0.545 0.123 0.087 0.151 29 K 0.147 0.014 0.023 0.343 0.128 0.143 0.201 30 I 0.264 0.025 0.035 0.240 0.097 0.117 0.223 31 S 0.308 0.027 0.046 0.167 0.113 0.137 0.201 32 L 0.299 0.020 0.061 0.164 0.124 0.152 0.180 33 V 0.210 0.020 0.071 0.110 0.167 0.197 0.224 34 G 0.119 0.017 0.056 0.078 0.234 0.244 0.251 35 F 0.074 0.016 0.037 0.052 0.283 0.174 0.363 36 D 0.035 0.025 0.026 0.071 0.288 0.098 0.458 37 Q 0.020 0.015 0.013 0.132 0.220 0.052 0.549 38 L 0.003 0.002 0.025 0.827 0.039 0.041 0.064 39 D 0.002 0.001 0.014 0.932 0.009 0.029 0.013 40 D 0.003 0.001 0.011 0.946 0.007 0.019 0.013 41 G 0.007 0.002 0.005 0.956 0.008 0.010 0.012 42 F 0.015 0.001 0.004 0.950 0.006 0.013 0.011 43 I 0.023 0.001 0.006 0.917 0.006 0.036 0.011 44 G 0.029 0.002 0.010 0.872 0.009 0.063 0.016 45 V 0.053 0.003 0.021 0.792 0.021 0.081 0.029 46 T 0.090 0.003 0.039 0.700 0.037 0.076 0.054 47 K 0.088 0.006 0.042 0.664 0.054 0.071 0.076 48 M 0.117 0.010 0.036 0.571 0.064 0.069 0.133 49 R 0.098 0.009 0.037 0.533 0.085 0.082 0.156 50 I 0.069 0.010 0.026 0.511 0.097 0.087 0.201 51 D 0.030 0.005 0.031 0.658 0.051 0.082 0.144 52 E 0.019 0.003 0.045 0.735 0.036 0.077 0.084 53 V 0.030 0.003 0.059 0.739 0.041 0.062 0.066 54 D 0.047 0.007 0.064 0.695 0.042 0.076 0.069 55 W 0.092 0.012 0.056 0.583 0.056 0.102 0.099 56 N 0.094 0.008 0.059 0.430 0.071 0.206 0.132 57 T 0.087 0.006 0.056 0.253 0.159 0.267 0.172 58 V 0.115 0.009 0.057 0.116 0.205 0.150 0.348 59 D 0.160 0.009 0.043 0.056 0.202 0.144 0.388 60 A 0.452 0.013 0.028 0.052 0.098 0.059 0.298 61 I 0.703 0.011 0.010 0.026 0.042 0.017 0.191 62 L 0.760 0.011 0.006 0.021 0.021 0.006 0.175 63 L 0.728 0.014 0.006 0.016 0.023 0.006 0.206 64 P 0.435 0.020 0.011 0.019 0.054 0.013 0.448 65 I 0.221 0.018 0.016 0.023 0.126 0.023 0.573 66 S 0.087 0.016 0.022 0.034 0.167 0.039 0.635 67 G 0.028 0.009 0.035 0.052 0.091 0.080 0.705 68 T 0.015 0.006 0.033 0.066 0.102 0.052 0.726 69 N 0.013 0.007 0.113 0.288 0.126 0.176 0.277 70 E 0.013 0.004 0.095 0.360 0.101 0.244 0.183 71 A 0.024 0.009 0.081 0.413 0.092 0.151 0.231 72 G 0.069 0.010 0.045 0.520 0.064 0.068 0.224 73 K 0.168 0.009 0.039 0.574 0.038 0.052 0.120 74 V 0.193 0.009 0.035 0.615 0.037 0.037 0.073 75 D 0.244 0.011 0.026 0.604 0.024 0.034 0.057 76 T 0.160 0.005 0.035 0.644 0.033 0.053 0.069 77 I 0.096 0.004 0.051 0.591 0.057 0.138 0.063 78 F 0.069 0.004 0.053 0.457 0.095 0.216 0.106 79 S 0.121 0.012 0.063 0.287 0.118 0.206 0.193 80 N 0.212 0.015 0.045 0.222 0.138 0.143 0.225 81 E 0.245 0.019 0.040 0.210 0.111 0.147 0.228 82 S 0.230 0.018 0.032 0.162 0.120 0.060 0.378 83 I 0.191 0.017 0.036 0.148 0.139 0.095 0.372 84 V 0.207 0.018 0.069 0.234 0.127 0.130 0.216 85 L 0.214 0.043 0.048 0.210 0.128 0.067 0.288 86 T 0.113 0.015 0.029 0.243 0.081 0.033 0.488 87 E 0.010 0.002 0.104 0.783 0.023 0.043 0.036 88 E 0.009 0.001 0.103 0.751 0.032 0.069 0.035 89 M 0.008 0.003 0.124 0.720 0.024 0.074 0.047 90 I 0.011 0.005 0.065 0.682 0.058 0.093 0.085 91 E 0.016 0.004 0.072 0.556 0.044 0.225 0.083 92 K 0.019 0.006 0.060 0.485 0.091 0.205 0.134 93 T 0.032 0.012 0.047 0.321 0.146 0.247 0.195 94 P 0.057 0.008 0.048 0.166 0.174 0.265 0.283 95 N 0.093 0.015 0.058 0.123 0.219 0.178 0.313 96 H 0.225 0.014 0.043 0.111 0.164 0.129 0.314 97 C 0.440 0.012 0.018 0.063 0.094 0.056 0.317 98 V 0.637 0.011 0.014 0.043 0.064 0.028 0.203 99 V 0.811 0.011 0.008 0.024 0.028 0.013 0.105 100 Y 0.856 0.007 0.007 0.029 0.018 0.009 0.074 101 S 0.843 0.011 0.007 0.029 0.015 0.014 0.082 102 G 0.728 0.007 0.008 0.032 0.037 0.038 0.150 103 I 0.568 0.019 0.009 0.035 0.136 0.060 0.173 104 S 0.361 0.016 0.010 0.050 0.165 0.031 0.367 105 N 0.176 0.017 0.041 0.119 0.159 0.132 0.355 106 T 0.109 0.012 0.082 0.242 0.157 0.202 0.196 107 Y 0.091 0.015 0.109 0.336 0.099 0.167 0.184 108 L 0.066 0.010 0.068 0.421 0.113 0.143 0.180 109 N 0.047 0.008 0.058 0.520 0.096 0.131 0.140 110 Q 0.030 0.005 0.049 0.614 0.091 0.094 0.118 111 C 0.028 0.006 0.047 0.703 0.048 0.075 0.094 112 M 0.022 0.005 0.024 0.806 0.031 0.046 0.067 113 K 0.017 0.002 0.012 0.866 0.026 0.028 0.048 114 K 0.011 0.001 0.012 0.900 0.019 0.024 0.033 115 T 0.007 0.001 0.013 0.920 0.011 0.028 0.020 116 N 0.008 0.002 0.013 0.920 0.009 0.031 0.017 117 R 0.014 0.001 0.016 0.893 0.013 0.044 0.019 118 T 0.016 0.002 0.022 0.864 0.015 0.056 0.025 119 L 0.014 0.003 0.035 0.837 0.028 0.041 0.043 120 V 0.013 0.002 0.064 0.806 0.023 0.053 0.040 121 K 0.013 0.001 0.079 0.739 0.033 0.084 0.050 122 L 0.008 0.002 0.070 0.703 0.045 0.113 0.058 123 M 0.010 0.003 0.037 0.644 0.090 0.097 0.120 124 E 0.009 0.005 0.042 0.556 0.059 0.173 0.156 125 R 0.008 0.003 0.049 0.619 0.066 0.150 0.105 126 D 0.009 0.003 0.044 0.648 0.050 0.114 0.132 127 D 0.010 0.004 0.024 0.694 0.070 0.049 0.149 128 I 0.018 0.006 0.021 0.775 0.031 0.042 0.107 129 A 0.011 0.002 0.026 0.800 0.030 0.060 0.069 130 I 0.012 0.002 0.023 0.840 0.020 0.061 0.043 131 Y 0.010 0.001 0.019 0.855 0.022 0.054 0.038 132 N 0.016 0.002 0.016 0.838 0.022 0.073 0.034 133 S 0.020 0.004 0.015 0.797 0.034 0.050 0.080 134 I 0.022 0.005 0.013 0.830 0.037 0.035 0.059 135 P 0.025 0.003 0.012 0.835 0.025 0.053 0.047 136 T 0.018 0.003 0.010 0.819 0.028 0.075 0.046 137 A 0.020 0.003 0.010 0.794 0.030 0.093 0.050 138 E 0.034 0.003 0.018 0.733 0.047 0.089 0.076 139 G 0.048 0.006 0.030 0.724 0.052 0.064 0.077 140 T 0.052 0.007 0.035 0.707 0.045 0.072 0.082 141 I 0.070 0.009 0.039 0.625 0.046 0.096 0.115 142 M 0.064 0.008 0.053 0.554 0.068 0.140 0.114 143 M 0.052 0.006 0.062 0.481 0.111 0.147 0.140 144 A 0.056 0.011 0.084 0.399 0.093 0.145 0.213 145 I 0.070 0.013 0.130 0.284 0.117 0.214 0.173 146 Q 0.073 0.009 0.123 0.178 0.140 0.300 0.177 147 H 0.065 0.012 0.120 0.152 0.168 0.250 0.233 148 T 0.141 0.014 0.075 0.099 0.208 0.191 0.271 149 D 0.204 0.009 0.049 0.046 0.148 0.175 0.370 150 F 0.452 0.028 0.031 0.039 0.086 0.047 0.317 151 T 0.541 0.064 0.023 0.026 0.043 0.035 0.268 152 I 0.416 0.028 0.045 0.017 0.056 0.092 0.345 153 H 0.049 0.007 0.040 0.007 0.105 0.747 0.046 154 G 0.031 0.003 0.022 0.001 0.139 0.742 0.061 155 A 0.255 0.005 0.003 0.001 0.179 0.038 0.518 156 N 0.761 0.006 0.001 0.001 0.083 0.006 0.143 157 V 0.980 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 158 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 159 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 160 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 161 G 0.638 0.005 0.001 0.001 0.048 0.010 0.298 162 L 0.138 0.013 0.013 0.037 0.353 0.071 0.375 163 G 0.018 0.005 0.010 0.181 0.442 0.060 0.284 164 R 0.001 0.001 0.010 0.970 0.005 0.012 0.002 165 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 167 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 168 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 169 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 171 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 172 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.002 174 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 175 A 0.001 0.001 0.007 0.870 0.003 0.117 0.003 176 L 0.001 0.001 0.006 0.224 0.011 0.757 0.002 177 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.958 0.024 178 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.937 179 K 0.590 0.004 0.001 0.001 0.140 0.001 0.265 180 V 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 181 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 182 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 183 G 0.917 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.072 184 A 0.431 0.004 0.001 0.001 0.163 0.009 0.390 185 R 0.031 0.003 0.003 0.002 0.309 0.018 0.634 186 E 0.012 0.006 0.003 0.004 0.230 0.012 0.733 187 S 0.003 0.002 0.217 0.389 0.117 0.186 0.084 188 D 0.002 0.005 0.163 0.542 0.076 0.122 0.090 189 L 0.002 0.003 0.092 0.686 0.047 0.062 0.109 190 L 0.002 0.001 0.022 0.893 0.015 0.025 0.043 191 A 0.003 0.001 0.014 0.903 0.014 0.029 0.035 192 R 0.002 0.001 0.010 0.939 0.010 0.018 0.019 193 I 0.002 0.001 0.008 0.951 0.012 0.013 0.014 194 A 0.002 0.001 0.011 0.944 0.006 0.030 0.007 195 E 0.001 0.001 0.014 0.875 0.008 0.090 0.011 196 M 0.001 0.001 0.013 0.502 0.025 0.436 0.022 197 G 0.003 0.002 0.012 0.125 0.048 0.713 0.097 198 M 0.017 0.007 0.015 0.046 0.105 0.037 0.772 199 E 0.100 0.022 0.051 0.085 0.127 0.050 0.565 200 P 0.215 0.026 0.082 0.150 0.098 0.092 0.337 201 F 0.268 0.027 0.089 0.130 0.078 0.060 0.349 202 H 0.264 0.020 0.094 0.128 0.075 0.053 0.365 203 I 0.123 0.010 0.126 0.244 0.082 0.059 0.356 204 S 0.054 0.006 0.196 0.347 0.067 0.079 0.251 205 K 0.049 0.004 0.144 0.396 0.083 0.113 0.211 206 A 0.050 0.014 0.154 0.340 0.075 0.098 0.269 207 A 0.052 0.007 0.200 0.252 0.080 0.203 0.206 208 Q 0.107 0.006 0.146 0.171 0.109 0.318 0.143 209 E 0.184 0.014 0.095 0.111 0.180 0.169 0.248 210 L 0.455 0.007 0.007 0.023 0.102 0.029 0.377 211 R 0.753 0.001 0.003 0.016 0.117 0.013 0.096 212 D 0.958 0.005 0.002 0.009 0.004 0.003 0.020 213 V 0.954 0.001 0.002 0.010 0.002 0.003 0.028 214 D 0.945 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.036 215 V 0.767 0.007 0.001 0.005 0.029 0.003 0.188 216 C 0.498 0.021 0.002 0.003 0.062 0.012 0.402 217 I 0.251 0.031 0.009 0.008 0.112 0.062 0.527 218 N 0.050 0.030 0.022 0.008 0.320 0.133 0.439 219 T 0.020 0.008 0.046 0.021 0.473 0.233 0.198 220 I 0.013 0.018 0.052 0.035 0.454 0.170 0.257 221 P 0.016 0.021 0.050 0.047 0.266 0.069 0.531 222 A 0.019 0.007 0.228 0.091 0.135 0.336 0.183 223 L 0.045 0.008 0.252 0.077 0.096 0.343 0.179 224 V 0.127 0.115 0.161 0.068 0.159 0.132 0.238 225 V 0.186 0.200 0.012 0.030 0.146 0.026 0.400 226 T 0.106 0.014 0.001 0.031 0.068 0.010 0.770 227 A 0.001 0.001 0.020 0.966 0.003 0.007 0.002 228 N 0.001 0.001 0.020 0.967 0.003 0.008 0.001 229 V 0.001 0.001 0.040 0.949 0.001 0.008 0.001 230 L 0.002 0.001 0.060 0.917 0.002 0.013 0.005 231 A 0.012 0.001 0.115 0.695 0.005 0.163 0.009 232 E 0.017 0.003 0.102 0.294 0.013 0.554 0.017 233 M 0.047 0.018 0.017 0.056 0.343 0.058 0.461 234 P 0.085 0.006 0.013 0.003 0.108 0.018 0.767 235 S 0.054 0.008 0.030 0.004 0.176 0.645 0.082 236 H 0.132 0.001 0.018 0.001 0.148 0.644 0.056 237 T 0.878 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.117 238 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 239 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 240 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 241 D 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 242 L 0.685 0.002 0.009 0.002 0.032 0.012 0.259 243 A 0.282 0.019 0.037 0.008 0.200 0.063 0.392 244 S 0.103 0.011 0.033 0.009 0.417 0.071 0.356 245 K 0.034 0.009 0.055 0.009 0.280 0.112 0.500 246 P 0.049 0.015 0.100 0.033 0.290 0.242 0.271 247 G 0.068 0.012 0.101 0.067 0.246 0.173 0.332 248 G 0.078 0.018 0.089 0.117 0.219 0.082 0.396 249 T 0.072 0.044 0.029 0.123 0.108 0.053 0.571 250 D 0.023 0.008 0.023 0.412 0.062 0.037 0.435 251 F 0.002 0.001 0.024 0.926 0.009 0.017 0.022 252 R 0.003 0.001 0.015 0.952 0.006 0.013 0.011 253 Y 0.004 0.001 0.010 0.960 0.006 0.009 0.011 254 A 0.004 0.001 0.005 0.971 0.004 0.007 0.008 255 E 0.006 0.001 0.007 0.942 0.006 0.026 0.012 256 K 0.007 0.001 0.015 0.858 0.015 0.086 0.019 257 R 0.007 0.003 0.025 0.537 0.041 0.353 0.035 258 G 0.011 0.003 0.027 0.184 0.060 0.656 0.059 259 I 0.043 0.006 0.021 0.094 0.199 0.265 0.373 260 K 0.138 0.008 0.014 0.044 0.276 0.166 0.354 261 A 0.451 0.031 0.013 0.024 0.096 0.049 0.336 262 L 0.569 0.039 0.013 0.018 0.050 0.023 0.287 263 L 0.527 0.017 0.018 0.020 0.075 0.057 0.284 264 V 0.331 0.017 0.029 0.024 0.098 0.081 0.421 265 P 0.133 0.012 0.047 0.031 0.149 0.385 0.242 266 G 0.101 0.013 0.036 0.019 0.212 0.362 0.257 267 L 0.151 0.030 0.027 0.023 0.160 0.042 0.567 268 P 0.238 0.020 0.026 0.027 0.113 0.061 0.515 269 G 0.433 0.030 0.063 0.062 0.092 0.104 0.215 270 I 0.460 0.026 0.061 0.057 0.103 0.072 0.221 271 V 0.417 0.019 0.037 0.057 0.164 0.044 0.261 272 A 0.254 0.037 0.020 0.064 0.165 0.033 0.428 273 P 0.054 0.013 0.022 0.083 0.259 0.045 0.523 274 K 0.017 0.005 0.040 0.112 0.200 0.218 0.407 275 T 0.023 0.035 0.058 0.200 0.163 0.236 0.285 276 A 0.019 0.015 0.040 0.360 0.182 0.085 0.298 277 G 0.016 0.003 0.051 0.601 0.086 0.068 0.174 278 R 0.020 0.004 0.065 0.755 0.045 0.049 0.063 279 I 0.019 0.006 0.069 0.800 0.019 0.046 0.040 280 L 0.023 0.006 0.070 0.772 0.017 0.072 0.039 281 A 0.031 0.004 0.084 0.632 0.032 0.174 0.042 282 D 0.032 0.003 0.090 0.494 0.047 0.273 0.060 283 V 0.040 0.013 0.082 0.434 0.078 0.219 0.134 284 L 0.105 0.020 0.061 0.258 0.152 0.156 0.248 285 V 0.146 0.008 0.091 0.216 0.155 0.098 0.286 286 K 0.199 0.005 0.112 0.216 0.105 0.094 0.270 287 L 0.376 0.018 0.104 0.219 0.051 0.087 0.145 288 L 0.505 0.014 0.034 0.154 0.075 0.061 0.156 289 A 0.398 0.008 0.012 0.072 0.135 0.044 0.331 290 E 0.279 0.014 0.003 0.021 0.136 0.024 0.523 291 P 0.075 0.015 0.001 0.005 0.013 0.013 0.878 292 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995