# TARGET T0398 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1610 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.271 0.222 0.176 0.176 0.107 0.041 0.007 2 L 0.397 0.258 0.142 0.101 0.068 0.029 0.005 3 T 0.187 0.249 0.212 0.196 0.108 0.043 0.005 4 G 0.052 0.112 0.171 0.255 0.247 0.145 0.018 5 K 0.014 0.057 0.128 0.260 0.281 0.221 0.038 6 H 0.003 0.011 0.029 0.090 0.254 0.441 0.173 7 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.054 0.336 0.595 8 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.037 0.260 0.691 9 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.236 0.716 10 I 0.002 0.006 0.011 0.032 0.097 0.343 0.508 11 G 0.013 0.033 0.063 0.130 0.224 0.307 0.230 12 G 0.047 0.112 0.152 0.193 0.207 0.193 0.096 13 D 0.052 0.094 0.136 0.206 0.217 0.217 0.077 14 A 0.065 0.074 0.100 0.168 0.251 0.268 0.073 15 R 0.147 0.208 0.184 0.193 0.150 0.095 0.023 16 Q 0.110 0.168 0.213 0.231 0.157 0.094 0.027 17 L 0.050 0.070 0.086 0.152 0.266 0.298 0.078 18 E 0.079 0.148 0.199 0.239 0.190 0.117 0.028 19 I 0.154 0.171 0.165 0.197 0.160 0.121 0.032 20 I 0.122 0.132 0.159 0.195 0.207 0.153 0.032 21 R 0.182 0.173 0.150 0.156 0.150 0.145 0.044 22 K 0.109 0.129 0.155 0.216 0.213 0.147 0.029 23 L 0.146 0.188 0.180 0.180 0.162 0.118 0.025 24 S 0.092 0.104 0.123 0.209 0.238 0.195 0.040 25 T 0.127 0.141 0.152 0.193 0.197 0.152 0.038 26 F 0.178 0.163 0.177 0.208 0.163 0.094 0.018 27 D 0.291 0.190 0.133 0.143 0.130 0.091 0.021 28 A 0.146 0.144 0.170 0.203 0.185 0.125 0.027 29 K 0.238 0.223 0.179 0.164 0.110 0.070 0.016 30 I 0.083 0.064 0.089 0.153 0.231 0.288 0.092 31 S 0.132 0.124 0.137 0.195 0.202 0.167 0.043 32 L 0.097 0.096 0.129 0.180 0.222 0.217 0.059 33 V 0.124 0.130 0.146 0.201 0.211 0.153 0.035 34 G 0.215 0.250 0.206 0.163 0.101 0.053 0.012 35 F 0.205 0.195 0.176 0.192 0.144 0.075 0.012 36 D 0.235 0.233 0.190 0.176 0.111 0.047 0.008 37 Q 0.377 0.273 0.167 0.111 0.052 0.018 0.003 38 L 0.393 0.260 0.168 0.107 0.050 0.018 0.003 39 D 0.579 0.239 0.095 0.052 0.023 0.010 0.002 40 D 0.277 0.257 0.195 0.146 0.081 0.034 0.009 41 G 0.097 0.108 0.148 0.212 0.232 0.167 0.035 42 F 0.118 0.160 0.174 0.195 0.178 0.138 0.038 43 I 0.151 0.176 0.179 0.188 0.153 0.120 0.033 44 G 0.061 0.069 0.097 0.172 0.249 0.277 0.074 45 V 0.044 0.047 0.074 0.148 0.237 0.326 0.124 46 T 0.104 0.148 0.160 0.180 0.185 0.167 0.056 47 K 0.080 0.149 0.191 0.235 0.199 0.123 0.024 48 M 0.041 0.050 0.074 0.159 0.264 0.323 0.090 49 R 0.095 0.143 0.172 0.212 0.194 0.147 0.037 50 I 0.170 0.239 0.205 0.184 0.126 0.064 0.013 51 D 0.108 0.141 0.162 0.211 0.216 0.134 0.028 52 E 0.251 0.209 0.169 0.166 0.118 0.073 0.014 53 V 0.328 0.282 0.171 0.115 0.064 0.034 0.007 54 D 0.196 0.189 0.192 0.202 0.144 0.069 0.009 55 W 0.135 0.121 0.145 0.205 0.219 0.152 0.022 56 N 0.278 0.221 0.177 0.162 0.107 0.048 0.007 57 T 0.362 0.280 0.169 0.111 0.052 0.022 0.005 58 V 0.237 0.206 0.184 0.185 0.124 0.054 0.010 59 D 0.296 0.276 0.189 0.123 0.071 0.036 0.009 60 A 0.120 0.127 0.154 0.217 0.212 0.147 0.023 61 I 0.087 0.101 0.143 0.210 0.237 0.189 0.033 62 L 0.073 0.083 0.111 0.184 0.258 0.244 0.048 63 L 0.084 0.149 0.200 0.239 0.194 0.111 0.023 64 P 0.084 0.111 0.153 0.219 0.240 0.164 0.028 65 I 0.155 0.232 0.201 0.196 0.135 0.070 0.011 66 S 0.194 0.218 0.208 0.187 0.125 0.061 0.008 67 G 0.228 0.228 0.187 0.178 0.118 0.055 0.006 68 T 0.241 0.212 0.194 0.192 0.117 0.041 0.004 69 N 0.515 0.256 0.121 0.068 0.029 0.010 0.001 70 E 0.565 0.242 0.110 0.054 0.020 0.007 0.001 71 A 0.391 0.248 0.151 0.112 0.066 0.027 0.004 72 G 0.176 0.185 0.207 0.217 0.150 0.059 0.007 73 K 0.270 0.317 0.211 0.130 0.052 0.018 0.002 74 V 0.106 0.136 0.171 0.247 0.222 0.107 0.011 75 D 0.081 0.088 0.123 0.215 0.272 0.192 0.029 76 T 0.162 0.187 0.194 0.213 0.153 0.078 0.013 77 I 0.242 0.215 0.184 0.169 0.114 0.061 0.014 78 F 0.147 0.139 0.141 0.183 0.188 0.158 0.043 79 S 0.112 0.121 0.148 0.187 0.194 0.180 0.059 80 N 0.128 0.118 0.128 0.175 0.202 0.191 0.059 81 E 0.110 0.139 0.148 0.192 0.190 0.170 0.051 82 S 0.071 0.058 0.076 0.151 0.248 0.285 0.111 83 I 0.132 0.189 0.192 0.183 0.153 0.117 0.034 84 V 0.098 0.143 0.169 0.212 0.189 0.146 0.043 85 L 0.063 0.068 0.080 0.154 0.248 0.297 0.091 86 T 0.060 0.102 0.147 0.212 0.237 0.196 0.046 87 E 0.170 0.194 0.177 0.171 0.143 0.115 0.030 88 E 0.167 0.236 0.210 0.181 0.119 0.072 0.016 89 M 0.091 0.116 0.160 0.231 0.237 0.147 0.018 90 I 0.164 0.227 0.202 0.196 0.135 0.067 0.009 91 E 0.412 0.306 0.150 0.082 0.034 0.014 0.002 92 K 0.329 0.279 0.182 0.129 0.059 0.019 0.003 93 T 0.338 0.216 0.174 0.151 0.087 0.031 0.003 94 P 0.419 0.245 0.146 0.109 0.057 0.022 0.004 95 N 0.405 0.246 0.156 0.108 0.059 0.023 0.004 96 H 0.278 0.231 0.189 0.161 0.093 0.041 0.007 97 C 0.127 0.120 0.140 0.203 0.231 0.150 0.029 98 V 0.131 0.147 0.170 0.208 0.183 0.128 0.033 99 V 0.093 0.082 0.102 0.173 0.232 0.244 0.075 100 Y 0.066 0.067 0.087 0.156 0.231 0.271 0.122 101 S 0.098 0.102 0.124 0.171 0.202 0.207 0.096 102 G 0.106 0.106 0.120 0.173 0.201 0.191 0.102 103 I 0.130 0.132 0.128 0.158 0.169 0.181 0.103 104 S 0.090 0.079 0.089 0.140 0.190 0.241 0.171 105 N 0.148 0.117 0.113 0.141 0.154 0.192 0.135 106 T 0.129 0.103 0.102 0.137 0.167 0.210 0.152 107 Y 0.117 0.098 0.097 0.137 0.181 0.219 0.149 108 L 0.126 0.119 0.117 0.151 0.173 0.187 0.127 109 N 0.149 0.126 0.122 0.153 0.162 0.172 0.115 110 Q 0.197 0.168 0.142 0.147 0.131 0.127 0.089 111 C 0.157 0.112 0.106 0.138 0.169 0.193 0.125 112 M 0.092 0.071 0.079 0.118 0.184 0.280 0.176 113 K 0.129 0.110 0.110 0.155 0.178 0.202 0.116 114 K 0.149 0.126 0.119 0.147 0.157 0.176 0.127 115 T 0.081 0.061 0.069 0.110 0.176 0.284 0.220 116 N 0.063 0.053 0.063 0.099 0.160 0.297 0.265 117 R 0.074 0.076 0.089 0.142 0.184 0.243 0.192 118 T 0.064 0.062 0.076 0.128 0.184 0.268 0.218 119 L 0.032 0.025 0.027 0.053 0.113 0.316 0.433 120 V 0.045 0.045 0.061 0.108 0.161 0.289 0.291 121 K 0.061 0.064 0.079 0.127 0.188 0.281 0.199 122 L 0.046 0.037 0.050 0.096 0.182 0.338 0.252 123 M 0.037 0.039 0.052 0.106 0.182 0.330 0.254 124 E 0.091 0.104 0.111 0.150 0.182 0.225 0.137 125 R 0.101 0.116 0.127 0.164 0.188 0.188 0.115 126 D 0.183 0.144 0.122 0.145 0.154 0.163 0.088 127 D 0.139 0.144 0.145 0.161 0.161 0.165 0.085 128 I 0.149 0.093 0.100 0.144 0.188 0.226 0.100 129 A 0.135 0.115 0.113 0.148 0.170 0.200 0.120 130 I 0.151 0.087 0.088 0.122 0.172 0.248 0.133 131 Y 0.119 0.111 0.122 0.161 0.188 0.208 0.091 132 N 0.155 0.129 0.125 0.151 0.165 0.186 0.089 133 S 0.102 0.089 0.094 0.144 0.191 0.241 0.137 134 I 0.080 0.060 0.081 0.133 0.197 0.293 0.156 135 P 0.117 0.110 0.114 0.155 0.189 0.209 0.106 136 T 0.131 0.119 0.123 0.154 0.173 0.192 0.108 137 A 0.137 0.100 0.099 0.147 0.187 0.221 0.109 138 E 0.160 0.148 0.138 0.146 0.145 0.166 0.096 139 G 0.139 0.119 0.113 0.151 0.181 0.203 0.094 140 T 0.119 0.117 0.122 0.162 0.193 0.205 0.083 141 I 0.133 0.104 0.115 0.161 0.191 0.213 0.084 142 M 0.186 0.158 0.139 0.161 0.155 0.141 0.059 143 M 0.179 0.164 0.154 0.159 0.151 0.141 0.053 144 A 0.143 0.118 0.122 0.175 0.196 0.183 0.062 145 I 0.184 0.166 0.156 0.173 0.158 0.126 0.037 146 Q 0.249 0.210 0.173 0.162 0.115 0.073 0.019 147 H 0.147 0.142 0.145 0.192 0.191 0.142 0.041 148 T 0.151 0.163 0.166 0.186 0.172 0.120 0.042 149 D 0.126 0.154 0.166 0.192 0.167 0.137 0.057 150 F 0.081 0.122 0.129 0.199 0.215 0.186 0.068 151 T 0.104 0.193 0.204 0.211 0.163 0.098 0.026 152 I 0.049 0.073 0.111 0.221 0.307 0.211 0.028 153 H 0.129 0.264 0.267 0.218 0.096 0.025 0.001 154 G 0.118 0.335 0.279 0.184 0.072 0.012 0.001 155 A 0.009 0.094 0.216 0.364 0.254 0.061 0.001 156 N 0.001 0.022 0.103 0.319 0.377 0.171 0.007 157 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.120 0.583 0.276 158 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.341 0.614 159 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.133 0.856 160 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.127 0.859 161 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.209 0.743 162 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.276 0.665 163 G 0.001 0.003 0.013 0.051 0.192 0.364 0.377 164 R 0.001 0.009 0.037 0.109 0.225 0.341 0.278 165 V 0.001 0.001 0.005 0.024 0.092 0.396 0.481 166 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.067 0.346 0.574 167 M 0.001 0.009 0.042 0.190 0.307 0.342 0.109 168 S 0.001 0.003 0.015 0.097 0.313 0.432 0.141 169 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.247 0.738 170 A 0.001 0.001 0.003 0.041 0.215 0.594 0.147 171 R 0.001 0.023 0.122 0.324 0.365 0.157 0.009 172 K 0.001 0.003 0.014 0.099 0.313 0.507 0.064 173 F 0.001 0.002 0.005 0.029 0.212 0.632 0.119 174 A 0.010 0.084 0.260 0.363 0.194 0.081 0.009 175 A 0.093 0.282 0.213 0.220 0.141 0.046 0.005 176 L 0.005 0.053 0.198 0.364 0.281 0.090 0.008 177 G 0.056 0.262 0.290 0.225 0.125 0.039 0.003 178 A 0.002 0.012 0.051 0.182 0.357 0.340 0.056 179 K 0.007 0.058 0.159 0.320 0.312 0.131 0.014 180 V 0.001 0.002 0.008 0.038 0.177 0.532 0.242 181 K 0.003 0.015 0.045 0.120 0.239 0.408 0.170 182 V 0.001 0.004 0.013 0.050 0.149 0.477 0.306 183 G 0.009 0.027 0.055 0.129 0.282 0.391 0.106 184 A 0.038 0.106 0.181 0.241 0.245 0.165 0.023 185 R 0.117 0.193 0.210 0.238 0.164 0.070 0.009 186 E 0.237 0.271 0.210 0.155 0.085 0.037 0.005 187 S 0.473 0.256 0.137 0.082 0.036 0.014 0.002 188 D 0.477 0.307 0.124 0.058 0.024 0.009 0.002 189 L 0.251 0.263 0.226 0.155 0.078 0.024 0.003 190 L 0.215 0.253 0.232 0.199 0.082 0.018 0.001 191 A 0.447 0.358 0.128 0.047 0.015 0.004 0.001 192 R 0.182 0.299 0.265 0.177 0.062 0.014 0.001 193 I 0.090 0.103 0.157 0.274 0.266 0.103 0.008 194 A 0.246 0.282 0.220 0.152 0.071 0.025 0.003 195 E 0.402 0.290 0.156 0.092 0.042 0.016 0.002 196 M 0.166 0.198 0.220 0.214 0.138 0.057 0.007 197 G 0.202 0.218 0.207 0.179 0.122 0.064 0.009 198 M 0.128 0.105 0.136 0.223 0.246 0.139 0.022 199 E 0.289 0.287 0.195 0.131 0.069 0.027 0.003 200 P 0.140 0.191 0.202 0.232 0.160 0.068 0.008 201 F 0.087 0.117 0.145 0.227 0.245 0.154 0.025 202 H 0.206 0.274 0.224 0.168 0.088 0.034 0.006 203 I 0.145 0.166 0.187 0.237 0.178 0.074 0.013 204 S 0.279 0.270 0.188 0.142 0.080 0.034 0.007 205 K 0.311 0.286 0.188 0.124 0.062 0.024 0.005 206 A 0.103 0.156 0.196 0.232 0.198 0.099 0.016 207 A 0.068 0.128 0.179 0.250 0.227 0.126 0.021 208 Q 0.127 0.240 0.209 0.191 0.141 0.076 0.017 209 E 0.040 0.101 0.153 0.242 0.247 0.177 0.040 210 L 0.010 0.016 0.030 0.084 0.206 0.415 0.239 211 R 0.009 0.018 0.039 0.091 0.179 0.346 0.317 212 D 0.015 0.025 0.045 0.088 0.156 0.332 0.340 213 V 0.009 0.014 0.022 0.055 0.120 0.318 0.462 214 D 0.006 0.012 0.024 0.055 0.116 0.313 0.474 215 V 0.006 0.009 0.018 0.041 0.103 0.346 0.477 216 C 0.015 0.034 0.056 0.120 0.214 0.326 0.235 217 I 0.034 0.063 0.096 0.173 0.244 0.273 0.118 218 N 0.082 0.184 0.212 0.240 0.180 0.083 0.019 219 T 0.182 0.278 0.234 0.176 0.090 0.033 0.007 220 I 0.162 0.254 0.240 0.189 0.102 0.045 0.010 221 P 0.088 0.133 0.153 0.221 0.232 0.148 0.025 222 A 0.076 0.149 0.198 0.242 0.204 0.113 0.018 223 L 0.047 0.118 0.175 0.251 0.216 0.168 0.025 224 V 0.016 0.030 0.050 0.109 0.248 0.464 0.083 225 V 0.006 0.024 0.064 0.192 0.362 0.301 0.050 226 T 0.026 0.168 0.283 0.284 0.162 0.068 0.009 227 A 0.063 0.249 0.324 0.254 0.092 0.016 0.002 228 N 0.267 0.515 0.163 0.041 0.010 0.003 0.001 229 V 0.004 0.028 0.114 0.306 0.388 0.148 0.011 230 L 0.002 0.012 0.056 0.239 0.437 0.239 0.016 231 A 0.074 0.467 0.287 0.124 0.036 0.011 0.001 232 E 0.042 0.193 0.313 0.294 0.123 0.033 0.002 233 M 0.003 0.012 0.028 0.127 0.488 0.325 0.017 234 P 0.036 0.160 0.331 0.328 0.123 0.021 0.001 235 S 0.129 0.506 0.258 0.086 0.018 0.004 0.001 236 H 0.006 0.096 0.295 0.410 0.163 0.030 0.001 237 T 0.001 0.001 0.008 0.061 0.342 0.532 0.056 238 F 0.001 0.001 0.002 0.014 0.109 0.513 0.362 239 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.166 0.816 240 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.119 0.870 241 D 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.190 0.775 242 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.272 0.661 243 A 0.001 0.006 0.016 0.052 0.168 0.393 0.364 244 S 0.005 0.029 0.073 0.158 0.274 0.314 0.148 245 K 0.028 0.073 0.118 0.196 0.248 0.233 0.104 246 P 0.097 0.168 0.184 0.188 0.167 0.138 0.056 247 G 0.060 0.097 0.134 0.195 0.216 0.220 0.078 248 G 0.052 0.092 0.127 0.190 0.228 0.235 0.077 249 T 0.035 0.092 0.136 0.213 0.258 0.200 0.067 250 D 0.036 0.079 0.117 0.175 0.235 0.261 0.097 251 F 0.206 0.280 0.206 0.156 0.088 0.052 0.012 252 R 0.108 0.265 0.294 0.193 0.093 0.039 0.007 253 Y 0.015 0.031 0.073 0.212 0.381 0.266 0.022 254 A 0.038 0.095 0.174 0.285 0.258 0.133 0.018 255 E 0.289 0.434 0.188 0.065 0.017 0.006 0.001 256 K 0.142 0.262 0.247 0.226 0.100 0.022 0.002 257 R 0.068 0.106 0.186 0.292 0.257 0.084 0.007 258 G 0.375 0.341 0.171 0.078 0.027 0.008 0.001 259 I 0.232 0.272 0.219 0.168 0.083 0.023 0.002 260 K 0.154 0.254 0.242 0.205 0.107 0.035 0.003 261 A 0.054 0.119 0.168 0.241 0.261 0.137 0.019 262 L 0.034 0.031 0.059 0.141 0.248 0.352 0.134 263 L 0.031 0.041 0.057 0.123 0.226 0.347 0.176 264 V 0.024 0.021 0.037 0.069 0.133 0.330 0.386 265 P 0.036 0.045 0.056 0.103 0.178 0.296 0.285 266 G 0.051 0.077 0.101 0.134 0.164 0.237 0.237 267 L 0.033 0.041 0.059 0.112 0.192 0.307 0.257 268 P 0.077 0.109 0.136 0.168 0.178 0.216 0.116 269 G 0.078 0.079 0.102 0.152 0.204 0.250 0.134 270 I 0.129 0.117 0.124 0.184 0.204 0.174 0.068 271 V 0.165 0.172 0.169 0.175 0.158 0.114 0.047 272 A 0.236 0.201 0.165 0.170 0.124 0.079 0.025 273 P 0.174 0.194 0.181 0.192 0.142 0.089 0.029 274 K 0.316 0.218 0.161 0.138 0.096 0.056 0.015 275 T 0.280 0.231 0.168 0.142 0.103 0.058 0.017 276 A 0.194 0.144 0.138 0.178 0.175 0.137 0.033 277 G 0.214 0.219 0.180 0.178 0.119 0.070 0.020 278 R 0.220 0.225 0.184 0.164 0.125 0.065 0.016 279 I 0.117 0.141 0.172 0.213 0.202 0.126 0.030 280 L 0.113 0.079 0.088 0.148 0.202 0.271 0.099 281 A 0.202 0.198 0.170 0.187 0.134 0.084 0.025 282 D 0.242 0.211 0.178 0.149 0.111 0.084 0.025 283 V 0.180 0.109 0.106 0.170 0.214 0.172 0.048 284 L 0.240 0.161 0.149 0.161 0.138 0.115 0.037 285 V 0.262 0.146 0.142 0.173 0.144 0.105 0.029 286 K 0.326 0.197 0.154 0.134 0.112 0.059 0.018 287 L 0.270 0.142 0.141 0.165 0.149 0.104 0.029 288 L 0.304 0.134 0.128 0.151 0.136 0.122 0.025 289 A 0.339 0.201 0.135 0.141 0.108 0.067 0.010 290 E 0.411 0.226 0.147 0.115 0.069 0.028 0.004 291 P 0.485 0.195 0.129 0.108 0.060 0.021 0.002 292 S 0.667 0.187 0.075 0.044 0.019 0.007 0.001