# TARGET T0398 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1138.46 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.958 2 L 0.238 0.038 0.006 0.043 0.012 0.016 0.648 3 T 0.334 0.010 0.016 0.039 0.136 0.135 0.329 4 G 0.316 0.001 0.011 0.008 0.174 0.206 0.284 5 K 0.756 0.008 0.003 0.006 0.027 0.010 0.189 6 H 0.909 0.008 0.001 0.005 0.014 0.002 0.060 7 V 0.905 0.002 0.003 0.010 0.016 0.004 0.061 8 V 0.874 0.005 0.003 0.011 0.013 0.005 0.090 9 I 0.807 0.004 0.002 0.013 0.018 0.006 0.150 10 I 0.664 0.016 0.004 0.049 0.037 0.020 0.209 11 G 0.195 0.004 0.010 0.132 0.131 0.356 0.172 12 G 0.058 0.002 0.011 0.147 0.159 0.505 0.118 13 D 0.076 0.007 0.007 0.660 0.062 0.059 0.129 14 A 0.062 0.006 0.004 0.825 0.022 0.018 0.061 15 R 0.056 0.004 0.004 0.869 0.017 0.008 0.043 16 Q 0.016 0.001 0.002 0.968 0.002 0.003 0.009 17 L 0.007 0.001 0.001 0.986 0.001 0.002 0.002 18 E 0.007 0.001 0.002 0.982 0.001 0.004 0.003 19 I 0.012 0.001 0.008 0.964 0.003 0.006 0.007 20 I 0.007 0.001 0.011 0.971 0.002 0.006 0.003 21 R 0.005 0.001 0.022 0.944 0.003 0.023 0.003 22 K 0.002 0.001 0.016 0.871 0.004 0.102 0.005 23 L 0.012 0.004 0.026 0.646 0.040 0.214 0.058 24 S 0.023 0.014 0.029 0.352 0.190 0.128 0.264 25 T 0.044 0.007 0.034 0.066 0.228 0.117 0.504 26 F 0.016 0.002 0.034 0.027 0.174 0.658 0.090 27 D 0.074 0.004 0.027 0.004 0.131 0.638 0.121 28 A 0.524 0.009 0.006 0.001 0.046 0.011 0.403 29 K 0.870 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.103 30 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 31 S 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 32 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 33 V 0.756 0.006 0.001 0.001 0.032 0.014 0.190 34 G 0.332 0.006 0.002 0.001 0.172 0.045 0.441 35 F 0.137 0.020 0.013 0.006 0.295 0.073 0.456 36 D 0.077 0.032 0.036 0.014 0.238 0.083 0.520 37 Q 0.038 0.010 0.158 0.067 0.205 0.307 0.214 38 L 0.025 0.012 0.165 0.162 0.120 0.276 0.241 39 D 0.040 0.017 0.121 0.222 0.146 0.179 0.275 40 D 0.046 0.010 0.121 0.364 0.096 0.225 0.139 41 G 0.103 0.010 0.069 0.414 0.078 0.151 0.175 42 F 0.166 0.020 0.041 0.443 0.070 0.089 0.171 43 I 0.170 0.014 0.020 0.434 0.086 0.150 0.127 44 G 0.189 0.007 0.010 0.291 0.099 0.247 0.156 45 V 0.300 0.013 0.009 0.303 0.060 0.035 0.280 46 T 0.458 0.012 0.007 0.308 0.037 0.021 0.157 47 K 0.475 0.010 0.013 0.334 0.043 0.020 0.106 48 M 0.475 0.009 0.011 0.305 0.063 0.024 0.114 49 R 0.430 0.011 0.013 0.272 0.045 0.040 0.189 50 I 0.228 0.007 0.055 0.424 0.057 0.065 0.163 51 D 0.289 0.005 0.080 0.289 0.107 0.094 0.135 52 E 0.361 0.012 0.114 0.242 0.068 0.099 0.104 53 V 0.440 0.017 0.062 0.162 0.065 0.101 0.152 54 D 0.512 0.015 0.028 0.075 0.062 0.124 0.183 55 W 0.562 0.016 0.022 0.025 0.042 0.041 0.294 56 N 0.596 0.014 0.022 0.014 0.073 0.038 0.244 57 T 0.623 0.012 0.042 0.011 0.091 0.040 0.181 58 V 0.543 0.008 0.039 0.007 0.137 0.042 0.223 59 D 0.528 0.004 0.026 0.006 0.158 0.049 0.229 60 A 0.851 0.005 0.013 0.003 0.023 0.023 0.081 61 I 0.927 0.006 0.003 0.003 0.005 0.004 0.051 62 L 0.953 0.004 0.002 0.002 0.007 0.003 0.030 63 L 0.822 0.009 0.001 0.001 0.030 0.003 0.133 64 P 0.529 0.010 0.002 0.001 0.030 0.006 0.421 65 I 0.142 0.015 0.026 0.010 0.144 0.079 0.584 66 S 0.058 0.023 0.042 0.021 0.235 0.147 0.474 67 G 0.017 0.008 0.053 0.041 0.172 0.076 0.632 68 T 0.014 0.015 0.144 0.170 0.058 0.112 0.486 69 N 0.012 0.008 0.264 0.271 0.075 0.187 0.183 70 E 0.009 0.005 0.212 0.238 0.062 0.154 0.321 71 A 0.007 0.007 0.114 0.461 0.045 0.138 0.227 72 G 0.004 0.003 0.050 0.524 0.045 0.212 0.162 73 K 0.008 0.006 0.044 0.569 0.048 0.092 0.234 74 V 0.007 0.002 0.030 0.833 0.018 0.046 0.065 75 D 0.013 0.004 0.051 0.800 0.023 0.032 0.077 76 T 0.011 0.001 0.059 0.803 0.026 0.038 0.061 77 I 0.017 0.005 0.043 0.834 0.016 0.045 0.040 78 F 0.038 0.019 0.037 0.661 0.053 0.110 0.082 79 S 0.030 0.004 0.038 0.434 0.047 0.324 0.122 80 N 0.018 0.002 0.043 0.218 0.167 0.481 0.071 81 E 0.024 0.004 0.064 0.130 0.198 0.375 0.206 82 S 0.044 0.010 0.113 0.076 0.229 0.231 0.298 83 I 0.218 0.041 0.079 0.111 0.136 0.143 0.271 84 V 0.411 0.063 0.037 0.119 0.059 0.052 0.260 85 L 0.498 0.059 0.014 0.102 0.060 0.050 0.217 86 T 0.423 0.015 0.012 0.070 0.119 0.054 0.309 87 E 0.137 0.007 0.074 0.437 0.094 0.122 0.130 88 E 0.078 0.014 0.090 0.598 0.061 0.085 0.073 89 M 0.061 0.013 0.135 0.571 0.026 0.047 0.146 90 I 0.042 0.006 0.145 0.677 0.015 0.044 0.071 91 E 0.055 0.010 0.095 0.619 0.042 0.092 0.087 92 K 0.055 0.039 0.069 0.483 0.100 0.160 0.093 93 T 0.028 0.017 0.007 0.011 0.168 0.019 0.749 94 P 0.008 0.004 0.113 0.036 0.049 0.656 0.134 95 N 0.004 0.002 0.088 0.015 0.091 0.763 0.037 96 H 0.056 0.009 0.148 0.019 0.202 0.362 0.205 97 C 0.277 0.032 0.034 0.043 0.132 0.068 0.415 98 V 0.619 0.043 0.025 0.052 0.046 0.026 0.189 99 V 0.703 0.015 0.021 0.065 0.023 0.025 0.148 100 Y 0.645 0.016 0.021 0.076 0.035 0.049 0.158 101 S 0.501 0.015 0.025 0.055 0.098 0.140 0.165 102 G 0.243 0.009 0.017 0.041 0.140 0.214 0.337 103 I 0.122 0.012 0.008 0.025 0.109 0.053 0.671 104 S 0.145 0.031 0.016 0.057 0.090 0.056 0.605 105 N 0.114 0.012 0.081 0.170 0.145 0.180 0.297 106 T 0.105 0.015 0.109 0.217 0.118 0.200 0.236 107 Y 0.136 0.040 0.092 0.321 0.088 0.090 0.231 108 L 0.126 0.025 0.052 0.295 0.094 0.049 0.358 109 N 0.052 0.010 0.120 0.511 0.047 0.080 0.179 110 Q 0.024 0.005 0.121 0.608 0.051 0.129 0.063 111 C 0.028 0.012 0.134 0.542 0.051 0.101 0.133 112 M 0.023 0.012 0.137 0.618 0.043 0.077 0.090 113 K 0.016 0.004 0.132 0.592 0.040 0.164 0.053 114 K 0.009 0.005 0.128 0.510 0.038 0.267 0.042 115 T 0.015 0.016 0.061 0.533 0.088 0.139 0.148 116 N 0.025 0.012 0.031 0.451 0.141 0.051 0.289 117 R 0.004 0.002 0.051 0.866 0.012 0.046 0.020 118 T 0.004 0.002 0.052 0.888 0.008 0.036 0.009 119 L 0.004 0.002 0.062 0.898 0.004 0.023 0.009 120 V 0.003 0.001 0.086 0.885 0.003 0.017 0.006 121 K 0.003 0.001 0.069 0.871 0.003 0.046 0.006 122 L 0.003 0.001 0.077 0.841 0.007 0.059 0.011 123 M 0.016 0.006 0.048 0.551 0.160 0.091 0.129 124 E 0.017 0.008 0.064 0.368 0.065 0.254 0.222 125 R 0.014 0.008 0.077 0.209 0.162 0.394 0.137 126 D 0.025 0.008 0.055 0.122 0.274 0.251 0.265 127 D 0.063 0.009 0.080 0.153 0.213 0.095 0.388 128 I 0.152 0.049 0.093 0.247 0.106 0.072 0.281 129 A 0.159 0.028 0.141 0.308 0.085 0.104 0.176 130 I 0.152 0.030 0.186 0.314 0.065 0.112 0.140 131 Y 0.150 0.025 0.224 0.233 0.092 0.093 0.182 132 N 0.118 0.008 0.196 0.172 0.109 0.240 0.157 133 S 0.123 0.030 0.153 0.214 0.118 0.172 0.190 134 I 0.155 0.025 0.046 0.102 0.330 0.029 0.313 135 P 0.117 0.023 0.110 0.106 0.111 0.119 0.414 136 T 0.061 0.040 0.160 0.092 0.097 0.176 0.374 137 A 0.057 0.015 0.121 0.098 0.172 0.223 0.313 138 E 0.030 0.008 0.088 0.119 0.122 0.523 0.110 139 G 0.038 0.004 0.041 0.098 0.255 0.452 0.112 140 T 0.175 0.018 0.026 0.147 0.179 0.087 0.368 141 I 0.534 0.049 0.019 0.135 0.069 0.035 0.159 142 M 0.604 0.017 0.024 0.116 0.044 0.030 0.165 143 M 0.622 0.017 0.041 0.130 0.047 0.026 0.117 144 A 0.634 0.023 0.059 0.119 0.035 0.027 0.104 145 I 0.472 0.022 0.115 0.109 0.055 0.072 0.155 146 Q 0.283 0.009 0.117 0.118 0.085 0.245 0.142 147 H 0.196 0.011 0.095 0.087 0.185 0.226 0.198 148 T 0.256 0.032 0.024 0.026 0.254 0.122 0.285 149 D 0.229 0.014 0.019 0.013 0.178 0.150 0.396 150 F 0.444 0.025 0.007 0.006 0.118 0.020 0.380 151 T 0.526 0.034 0.010 0.005 0.044 0.016 0.365 152 I 0.594 0.040 0.017 0.005 0.051 0.023 0.271 153 H 0.268 0.014 0.032 0.005 0.112 0.239 0.330 154 G 0.118 0.005 0.027 0.001 0.246 0.415 0.189 155 A 0.206 0.004 0.007 0.001 0.181 0.085 0.517 156 N 0.740 0.003 0.003 0.001 0.097 0.019 0.138 157 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 158 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 159 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 161 G 0.531 0.002 0.003 0.002 0.088 0.016 0.357 162 L 0.141 0.011 0.010 0.006 0.340 0.035 0.457 163 G 0.103 0.015 0.016 0.017 0.507 0.060 0.281 164 R 0.033 0.014 0.113 0.328 0.146 0.191 0.175 165 V 0.008 0.009 0.094 0.572 0.089 0.171 0.057 166 G 0.001 0.001 0.017 0.874 0.021 0.055 0.031 167 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 168 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 169 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 171 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 172 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 174 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.010 0.001 175 A 0.001 0.001 0.009 0.921 0.001 0.069 0.001 176 L 0.001 0.001 0.009 0.105 0.009 0.875 0.002 177 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.006 178 A 0.048 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.939 179 K 0.963 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 180 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 181 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 182 V 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 183 G 0.663 0.005 0.002 0.001 0.062 0.003 0.263 184 A 0.258 0.011 0.003 0.001 0.114 0.009 0.604 185 R 0.049 0.012 0.006 0.002 0.427 0.062 0.443 186 E 0.026 0.009 0.009 0.015 0.279 0.050 0.612 187 S 0.015 0.007 0.059 0.396 0.133 0.113 0.278 188 D 0.007 0.012 0.066 0.660 0.035 0.063 0.156 189 L 0.007 0.005 0.056 0.814 0.012 0.026 0.082 190 L 0.001 0.001 0.011 0.978 0.001 0.004 0.004 191 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.001 192 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 193 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 194 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.006 0.001 195 E 0.001 0.001 0.004 0.937 0.001 0.058 0.001 196 M 0.001 0.001 0.007 0.325 0.004 0.660 0.003 197 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.943 0.025 198 M 0.007 0.006 0.002 0.002 0.068 0.011 0.903 199 E 0.138 0.038 0.015 0.006 0.197 0.018 0.588 200 P 0.254 0.043 0.030 0.009 0.097 0.039 0.528 201 F 0.292 0.060 0.017 0.006 0.159 0.021 0.446 202 H 0.119 0.044 0.013 0.007 0.114 0.013 0.690 203 I 0.021 0.009 0.242 0.321 0.058 0.066 0.283 204 S 0.003 0.003 0.264 0.553 0.033 0.113 0.032 205 K 0.004 0.007 0.312 0.509 0.021 0.095 0.052 206 A 0.001 0.002 0.100 0.824 0.007 0.026 0.040 207 A 0.001 0.001 0.037 0.945 0.002 0.010 0.005 208 Q 0.001 0.001 0.041 0.940 0.001 0.016 0.001 209 E 0.001 0.001 0.047 0.924 0.002 0.022 0.003 210 L 0.003 0.003 0.055 0.888 0.007 0.036 0.008 211 R 0.002 0.001 0.070 0.775 0.009 0.139 0.004 212 D 0.002 0.001 0.063 0.315 0.016 0.593 0.010 213 V 0.027 0.004 0.035 0.077 0.154 0.189 0.514 214 D 0.049 0.002 0.010 0.023 0.637 0.070 0.209 215 V 0.880 0.003 0.013 0.019 0.013 0.030 0.042 216 C 0.972 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.007 217 I 0.983 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 218 N 0.881 0.002 0.004 0.004 0.010 0.008 0.091 219 T 0.391 0.005 0.007 0.001 0.161 0.020 0.415 220 I 0.049 0.008 0.007 0.002 0.568 0.005 0.361 221 P 0.023 0.011 0.039 0.009 0.198 0.024 0.695 222 A 0.005 0.004 0.493 0.086 0.066 0.164 0.181 223 L 0.012 0.005 0.507 0.126 0.068 0.216 0.066 224 V 0.035 0.017 0.321 0.148 0.122 0.187 0.170 225 V 0.057 0.076 0.010 0.071 0.266 0.041 0.479 226 T 0.007 0.017 0.001 0.030 0.063 0.005 0.877 227 A 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.006 0.001 228 N 0.001 0.001 0.022 0.973 0.001 0.005 0.001 229 V 0.001 0.001 0.063 0.932 0.001 0.004 0.001 230 L 0.001 0.001 0.073 0.909 0.001 0.015 0.001 231 A 0.001 0.001 0.054 0.696 0.002 0.246 0.002 232 E 0.001 0.002 0.050 0.454 0.015 0.466 0.013 233 M 0.005 0.007 0.002 0.019 0.573 0.010 0.384 234 P 0.019 0.010 0.038 0.020 0.141 0.092 0.680 235 S 0.001 0.002 0.067 0.016 0.059 0.850 0.006 236 H 0.051 0.004 0.114 0.009 0.108 0.642 0.072 237 T 0.379 0.006 0.006 0.002 0.049 0.005 0.553 238 F 0.958 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.032 239 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 240 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 241 D 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 242 L 0.826 0.001 0.015 0.003 0.024 0.004 0.127 243 A 0.372 0.005 0.024 0.003 0.174 0.010 0.412 244 S 0.148 0.028 0.031 0.004 0.262 0.024 0.503 245 K 0.049 0.015 0.011 0.003 0.403 0.027 0.492 246 P 0.028 0.007 0.086 0.032 0.283 0.197 0.366 247 G 0.028 0.006 0.096 0.045 0.279 0.355 0.192 248 G 0.059 0.017 0.075 0.073 0.235 0.203 0.338 249 T 0.155 0.031 0.017 0.097 0.137 0.040 0.523 250 D 0.212 0.024 0.007 0.223 0.058 0.028 0.448 251 F 0.082 0.003 0.008 0.750 0.039 0.028 0.092 252 R 0.062 0.004 0.005 0.818 0.037 0.015 0.058 253 Y 0.061 0.002 0.005 0.895 0.009 0.006 0.022 254 A 0.124 0.004 0.011 0.822 0.009 0.008 0.021 255 E 0.067 0.001 0.020 0.857 0.008 0.019 0.027 256 K 0.055 0.002 0.026 0.833 0.019 0.048 0.017 257 R 0.025 0.001 0.016 0.281 0.027 0.626 0.024 258 G 0.052 0.001 0.004 0.019 0.076 0.760 0.089 259 I 0.416 0.009 0.001 0.008 0.029 0.007 0.531 260 K 0.836 0.012 0.002 0.007 0.029 0.002 0.113 261 A 0.941 0.002 0.002 0.005 0.016 0.002 0.033 262 L 0.953 0.003 0.001 0.004 0.007 0.001 0.030 263 L 0.942 0.006 0.003 0.008 0.010 0.002 0.030 264 V 0.685 0.018 0.007 0.008 0.022 0.012 0.247 265 P 0.184 0.005 0.014 0.004 0.090 0.512 0.191 266 G 0.054 0.006 0.015 0.002 0.267 0.526 0.132 267 L 0.109 0.017 0.007 0.002 0.343 0.025 0.498 268 P 0.138 0.030 0.013 0.004 0.126 0.046 0.644 269 G 0.267 0.050 0.027 0.005 0.200 0.104 0.347 270 I 0.317 0.027 0.017 0.006 0.113 0.058 0.462 271 V 0.287 0.059 0.008 0.009 0.127 0.020 0.491 272 A 0.166 0.021 0.004 0.004 0.080 0.015 0.710 273 P 0.076 0.018 0.013 0.026 0.060 0.033 0.774 274 K 0.057 0.022 0.010 0.032 0.137 0.023 0.719 275 T 0.073 0.045 0.025 0.153 0.115 0.037 0.552 276 A 0.008 0.003 0.033 0.845 0.013 0.055 0.044 277 G 0.004 0.001 0.029 0.891 0.017 0.029 0.028 278 R 0.002 0.001 0.033 0.936 0.007 0.009 0.012 279 I 0.005 0.003 0.035 0.926 0.005 0.013 0.013 280 L 0.003 0.001 0.029 0.923 0.004 0.029 0.010 281 A 0.002 0.001 0.018 0.901 0.005 0.071 0.003 282 D 0.002 0.001 0.016 0.779 0.008 0.185 0.010 283 V 0.021 0.020 0.024 0.746 0.026 0.070 0.093 284 L 0.013 0.005 0.018 0.883 0.012 0.040 0.029 285 V 0.017 0.003 0.041 0.881 0.011 0.019 0.027 286 K 0.013 0.002 0.065 0.837 0.014 0.030 0.040 287 L 0.005 0.001 0.073 0.763 0.011 0.092 0.056 288 L 0.018 0.006 0.086 0.533 0.030 0.234 0.092 289 A 0.041 0.011 0.044 0.143 0.313 0.147 0.303 290 E 0.029 0.004 0.011 0.017 0.331 0.085 0.523 291 P 0.012 0.015 0.003 0.008 0.044 0.024 0.894 292 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.991