# TARGET T0398 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1138.46 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.290 0.223 0.163 0.140 0.095 0.067 0.022 2 L 0.232 0.176 0.164 0.181 0.149 0.078 0.019 3 T 0.330 0.241 0.166 0.132 0.075 0.044 0.012 4 G 0.238 0.155 0.152 0.181 0.159 0.095 0.021 5 K 0.244 0.202 0.188 0.157 0.109 0.076 0.024 6 H 0.294 0.198 0.168 0.158 0.111 0.057 0.015 7 V 0.179 0.172 0.182 0.195 0.159 0.093 0.020 8 V 0.298 0.203 0.169 0.158 0.108 0.052 0.011 9 I 0.274 0.277 0.210 0.140 0.069 0.025 0.004 10 I 0.374 0.280 0.170 0.102 0.049 0.019 0.004 11 G 0.559 0.214 0.100 0.066 0.038 0.018 0.005 12 G 0.490 0.284 0.135 0.063 0.022 0.006 0.001 13 D 0.525 0.207 0.119 0.090 0.044 0.013 0.002 14 A 0.469 0.287 0.141 0.066 0.026 0.009 0.001 15 R 0.170 0.293 0.265 0.173 0.074 0.023 0.003 16 Q 0.103 0.118 0.150 0.271 0.242 0.103 0.013 17 L 0.088 0.172 0.254 0.257 0.164 0.057 0.008 18 E 0.186 0.355 0.258 0.140 0.045 0.014 0.002 19 I 0.078 0.136 0.189 0.283 0.218 0.088 0.008 20 I 0.048 0.109 0.218 0.310 0.237 0.073 0.005 21 R 0.319 0.416 0.176 0.064 0.019 0.005 0.001 22 K 0.256 0.349 0.231 0.114 0.038 0.010 0.001 23 L 0.034 0.077 0.140 0.274 0.304 0.159 0.012 24 S 0.109 0.234 0.276 0.234 0.111 0.032 0.003 25 T 0.222 0.340 0.229 0.142 0.055 0.011 0.001 26 F 0.110 0.238 0.269 0.234 0.120 0.027 0.002 27 D 0.136 0.412 0.272 0.131 0.038 0.010 0.001 28 A 0.003 0.012 0.051 0.202 0.419 0.286 0.027 29 K 0.007 0.053 0.195 0.355 0.279 0.100 0.011 30 I 0.001 0.002 0.008 0.034 0.159 0.597 0.199 31 S 0.001 0.005 0.011 0.036 0.150 0.511 0.286 32 L 0.001 0.003 0.008 0.027 0.107 0.394 0.460 33 V 0.001 0.002 0.005 0.023 0.115 0.409 0.446 34 G 0.003 0.021 0.060 0.150 0.259 0.360 0.147 35 F 0.012 0.054 0.120 0.236 0.282 0.227 0.069 36 D 0.121 0.263 0.234 0.180 0.110 0.067 0.024 37 Q 0.257 0.273 0.193 0.136 0.084 0.043 0.014 38 L 0.159 0.155 0.165 0.191 0.172 0.120 0.038 39 D 0.285 0.217 0.167 0.136 0.100 0.073 0.023 40 D 0.257 0.229 0.183 0.149 0.092 0.067 0.022 41 G 0.230 0.182 0.163 0.172 0.129 0.093 0.031 42 F 0.162 0.129 0.128 0.163 0.172 0.179 0.068 43 I 0.169 0.117 0.128 0.163 0.172 0.173 0.079 44 G 0.137 0.171 0.182 0.192 0.156 0.118 0.043 45 V 0.086 0.093 0.120 0.177 0.224 0.217 0.082 46 T 0.088 0.152 0.189 0.234 0.199 0.116 0.022 47 K 0.129 0.215 0.224 0.202 0.148 0.070 0.012 48 M 0.068 0.180 0.251 0.272 0.167 0.055 0.007 49 R 0.326 0.365 0.176 0.083 0.034 0.013 0.002 50 I 0.104 0.186 0.263 0.269 0.140 0.035 0.003 51 D 0.502 0.259 0.129 0.070 0.029 0.010 0.002 52 E 0.539 0.277 0.116 0.048 0.015 0.005 0.001 53 V 0.182 0.188 0.239 0.232 0.124 0.034 0.002 54 D 0.242 0.280 0.210 0.152 0.078 0.034 0.004 55 W 0.081 0.068 0.108 0.225 0.310 0.185 0.022 56 N 0.206 0.275 0.244 0.167 0.075 0.028 0.005 57 T 0.266 0.240 0.177 0.165 0.103 0.043 0.005 58 V 0.148 0.176 0.227 0.223 0.153 0.062 0.011 59 D 0.235 0.324 0.219 0.128 0.060 0.029 0.006 60 A 0.071 0.116 0.170 0.238 0.234 0.142 0.029 61 I 0.032 0.061 0.101 0.183 0.282 0.274 0.067 62 L 0.033 0.117 0.204 0.231 0.196 0.160 0.058 63 L 0.008 0.015 0.038 0.156 0.362 0.360 0.060 64 P 0.079 0.234 0.281 0.211 0.124 0.060 0.012 65 I 0.074 0.144 0.214 0.278 0.204 0.077 0.008 66 S 0.403 0.363 0.152 0.055 0.019 0.007 0.002 67 G 0.152 0.210 0.248 0.241 0.117 0.030 0.002 68 T 0.246 0.204 0.182 0.182 0.126 0.056 0.004 69 N 0.531 0.268 0.120 0.055 0.020 0.005 0.001 70 E 0.444 0.294 0.148 0.075 0.028 0.010 0.002 71 A 0.158 0.157 0.188 0.239 0.178 0.074 0.005 72 G 0.274 0.274 0.226 0.143 0.063 0.019 0.002 73 K 0.523 0.323 0.107 0.034 0.009 0.002 0.001 74 V 0.116 0.192 0.242 0.245 0.154 0.048 0.003 75 D 0.040 0.076 0.156 0.314 0.293 0.115 0.006 76 T 0.258 0.466 0.202 0.059 0.013 0.002 0.001 77 I 0.074 0.220 0.313 0.273 0.099 0.020 0.001 78 F 0.015 0.034 0.085 0.257 0.403 0.194 0.011 79 S 0.210 0.287 0.258 0.166 0.063 0.014 0.001 80 N 0.512 0.300 0.122 0.048 0.014 0.004 0.001 81 E 0.231 0.297 0.239 0.148 0.062 0.020 0.002 82 S 0.102 0.154 0.203 0.248 0.190 0.093 0.010 83 I 0.063 0.093 0.144 0.224 0.253 0.188 0.035 84 V 0.044 0.056 0.095 0.167 0.249 0.299 0.090 85 L 0.041 0.047 0.069 0.147 0.237 0.342 0.117 86 T 0.070 0.092 0.121 0.162 0.205 0.246 0.104 87 E 0.081 0.117 0.146 0.191 0.210 0.183 0.072 88 E 0.059 0.111 0.159 0.217 0.227 0.178 0.049 89 M 0.035 0.068 0.106 0.186 0.275 0.270 0.060 90 I 0.044 0.073 0.122 0.224 0.279 0.220 0.039 91 E 0.201 0.314 0.223 0.145 0.074 0.034 0.008 92 K 0.152 0.251 0.241 0.202 0.099 0.045 0.010 93 T 0.082 0.121 0.162 0.252 0.245 0.124 0.015 94 P 0.219 0.267 0.243 0.169 0.074 0.024 0.004 95 N 0.499 0.296 0.118 0.055 0.021 0.008 0.002 96 H 0.116 0.180 0.241 0.235 0.152 0.068 0.008 97 C 0.065 0.115 0.177 0.239 0.227 0.151 0.026 98 V 0.040 0.056 0.084 0.155 0.245 0.314 0.105 99 V 0.100 0.155 0.179 0.203 0.189 0.133 0.042 100 Y 0.112 0.146 0.165 0.212 0.192 0.137 0.036 101 S 0.219 0.208 0.196 0.185 0.121 0.058 0.013 102 G 0.271 0.277 0.201 0.131 0.072 0.038 0.010 103 I 0.124 0.117 0.139 0.189 0.210 0.173 0.047 104 S 0.078 0.080 0.111 0.189 0.247 0.230 0.064 105 N 0.132 0.203 0.211 0.200 0.128 0.091 0.034 106 T 0.079 0.123 0.148 0.193 0.206 0.187 0.063 107 Y 0.033 0.053 0.088 0.163 0.260 0.300 0.103 108 L 0.041 0.061 0.097 0.167 0.245 0.278 0.112 109 N 0.120 0.184 0.204 0.214 0.152 0.091 0.034 110 Q 0.190 0.285 0.207 0.154 0.093 0.054 0.018 111 C 0.063 0.122 0.186 0.242 0.222 0.136 0.030 112 M 0.071 0.096 0.146 0.235 0.255 0.162 0.036 113 K 0.412 0.295 0.142 0.079 0.040 0.023 0.009 114 K 0.287 0.249 0.182 0.142 0.083 0.046 0.011 115 T 0.161 0.144 0.144 0.181 0.171 0.151 0.048 116 N 0.142 0.136 0.163 0.204 0.173 0.127 0.055 117 R 0.169 0.197 0.198 0.184 0.127 0.090 0.035 118 T 0.182 0.160 0.146 0.165 0.173 0.127 0.047 119 L 0.077 0.077 0.103 0.146 0.201 0.263 0.131 120 V 0.079 0.067 0.085 0.139 0.211 0.298 0.121 121 K 0.115 0.208 0.231 0.239 0.133 0.060 0.013 122 L 0.097 0.129 0.140 0.196 0.208 0.175 0.056 123 M 0.039 0.048 0.077 0.158 0.262 0.305 0.110 124 E 0.230 0.265 0.198 0.155 0.087 0.050 0.016 125 R 0.188 0.219 0.206 0.192 0.121 0.055 0.018 126 D 0.168 0.216 0.187 0.165 0.130 0.098 0.035 127 D 0.130 0.211 0.208 0.192 0.137 0.093 0.030 128 I 0.059 0.087 0.128 0.205 0.248 0.202 0.071 129 A 0.057 0.084 0.124 0.178 0.221 0.241 0.095 130 I 0.042 0.064 0.079 0.129 0.194 0.323 0.168 131 Y 0.063 0.086 0.124 0.201 0.233 0.207 0.084 132 N 0.082 0.149 0.185 0.206 0.181 0.144 0.053 133 S 0.043 0.054 0.087 0.178 0.263 0.280 0.096 134 I 0.060 0.103 0.141 0.206 0.228 0.204 0.060 135 P 0.138 0.190 0.186 0.196 0.154 0.099 0.037 136 T 0.287 0.290 0.179 0.120 0.068 0.038 0.017 137 A 0.253 0.228 0.194 0.156 0.101 0.053 0.016 138 E 0.352 0.236 0.160 0.119 0.075 0.044 0.014 139 G 0.297 0.220 0.170 0.141 0.097 0.059 0.016 140 T 0.242 0.188 0.165 0.165 0.128 0.086 0.026 141 I 0.113 0.099 0.116 0.181 0.201 0.205 0.085 142 M 0.077 0.081 0.105 0.162 0.208 0.244 0.125 143 M 0.089 0.095 0.123 0.177 0.201 0.202 0.113 144 A 0.067 0.081 0.095 0.128 0.178 0.267 0.185 145 I 0.055 0.080 0.113 0.174 0.239 0.236 0.102 146 Q 0.104 0.205 0.204 0.187 0.151 0.109 0.040 147 H 0.104 0.161 0.180 0.214 0.196 0.112 0.033 148 T 0.041 0.075 0.132 0.224 0.277 0.210 0.041 149 D 0.161 0.275 0.229 0.176 0.094 0.050 0.015 150 F 0.035 0.094 0.173 0.277 0.258 0.143 0.021 151 T 0.092 0.337 0.308 0.175 0.066 0.019 0.003 152 I 0.010 0.020 0.069 0.260 0.456 0.176 0.010 153 H 0.104 0.334 0.317 0.179 0.058 0.009 0.001 154 G 0.133 0.425 0.285 0.122 0.029 0.005 0.001 155 A 0.002 0.021 0.100 0.323 0.407 0.141 0.006 156 N 0.002 0.021 0.122 0.335 0.389 0.121 0.011 157 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.080 0.572 0.336 158 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.260 0.727 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.110 0.879 160 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.101 0.888 161 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.273 0.687 162 L 0.001 0.002 0.006 0.028 0.106 0.365 0.492 163 G 0.002 0.011 0.038 0.118 0.214 0.398 0.218 164 R 0.008 0.038 0.098 0.198 0.297 0.280 0.080 165 V 0.002 0.008 0.024 0.068 0.179 0.476 0.243 166 G 0.004 0.014 0.028 0.095 0.213 0.428 0.219 167 M 0.009 0.064 0.164 0.296 0.279 0.161 0.027 168 S 0.010 0.037 0.124 0.278 0.347 0.173 0.031 169 V 0.003 0.006 0.008 0.016 0.074 0.499 0.394 170 A 0.005 0.015 0.034 0.162 0.344 0.375 0.065 171 R 0.021 0.203 0.333 0.282 0.117 0.038 0.006 172 K 0.005 0.041 0.132 0.363 0.319 0.131 0.010 173 F 0.008 0.011 0.019 0.080 0.304 0.502 0.075 174 A 0.042 0.254 0.339 0.253 0.092 0.018 0.001 175 A 0.244 0.448 0.212 0.074 0.019 0.003 0.001 176 L 0.021 0.125 0.289 0.340 0.190 0.034 0.002 177 G 0.133 0.430 0.302 0.115 0.018 0.003 0.001 178 A 0.018 0.059 0.115 0.268 0.355 0.174 0.011 179 K 0.008 0.113 0.389 0.325 0.138 0.025 0.002 180 V 0.001 0.002 0.011 0.087 0.339 0.513 0.047 181 K 0.003 0.041 0.162 0.325 0.314 0.142 0.013 182 V 0.006 0.016 0.031 0.108 0.316 0.461 0.061 183 G 0.015 0.054 0.121 0.284 0.296 0.197 0.033 184 A 0.042 0.181 0.268 0.287 0.158 0.058 0.008 185 R 0.126 0.313 0.296 0.183 0.065 0.015 0.001 186 E 0.314 0.358 0.200 0.090 0.030 0.006 0.001 187 S 0.653 0.211 0.077 0.037 0.017 0.005 0.001 188 D 0.477 0.267 0.128 0.077 0.035 0.014 0.002 189 L 0.253 0.240 0.222 0.176 0.083 0.023 0.002 190 L 0.268 0.308 0.219 0.142 0.048 0.013 0.001 191 A 0.501 0.314 0.114 0.046 0.018 0.006 0.001 192 R 0.143 0.240 0.274 0.208 0.101 0.031 0.003 193 I 0.062 0.077 0.136 0.264 0.304 0.146 0.010 194 A 0.269 0.324 0.233 0.123 0.040 0.010 0.001 195 E 0.352 0.314 0.179 0.100 0.037 0.016 0.002 196 M 0.110 0.107 0.151 0.251 0.251 0.116 0.013 197 G 0.252 0.221 0.191 0.161 0.102 0.059 0.014 198 M 0.123 0.110 0.148 0.219 0.234 0.141 0.024 199 E 0.224 0.290 0.229 0.141 0.075 0.034 0.006 200 P 0.165 0.200 0.212 0.217 0.144 0.056 0.005 201 F 0.037 0.072 0.142 0.269 0.320 0.146 0.014 202 H 0.237 0.365 0.224 0.115 0.045 0.013 0.002 203 I 0.078 0.201 0.285 0.266 0.127 0.040 0.003 204 S 0.683 0.225 0.056 0.023 0.009 0.003 0.001 205 K 0.389 0.359 0.159 0.067 0.020 0.005 0.001 206 A 0.027 0.039 0.100 0.322 0.385 0.124 0.004 207 A 0.094 0.266 0.318 0.219 0.080 0.020 0.002 208 Q 0.255 0.512 0.183 0.042 0.007 0.001 0.001 209 E 0.012 0.086 0.276 0.387 0.205 0.033 0.001 210 L 0.002 0.006 0.026 0.166 0.490 0.298 0.012 211 R 0.019 0.195 0.335 0.295 0.131 0.024 0.001 212 D 0.027 0.214 0.361 0.290 0.084 0.021 0.003 213 V 0.001 0.001 0.006 0.039 0.207 0.609 0.138 214 D 0.001 0.001 0.006 0.055 0.296 0.469 0.173 215 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.318 0.646 216 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.141 0.853 217 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.128 0.860 218 N 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.209 0.736 219 T 0.001 0.002 0.007 0.038 0.150 0.446 0.357 220 I 0.003 0.022 0.066 0.196 0.315 0.311 0.086 221 P 0.074 0.228 0.258 0.214 0.144 0.067 0.015 222 A 0.100 0.237 0.292 0.219 0.104 0.039 0.007 223 L 0.085 0.230 0.243 0.214 0.146 0.071 0.011 224 V 0.009 0.034 0.099 0.210 0.329 0.273 0.045 225 V 0.003 0.011 0.037 0.165 0.401 0.346 0.037 226 T 0.025 0.156 0.223 0.210 0.196 0.155 0.035 227 A 0.022 0.135 0.226 0.358 0.198 0.057 0.004 228 N 0.064 0.425 0.362 0.118 0.026 0.005 0.001 229 V 0.001 0.020 0.115 0.314 0.380 0.161 0.009 230 L 0.001 0.002 0.006 0.069 0.382 0.492 0.047 231 A 0.011 0.178 0.394 0.320 0.085 0.013 0.001 232 E 0.017 0.237 0.373 0.274 0.082 0.016 0.001 233 M 0.001 0.007 0.037 0.211 0.433 0.298 0.014 234 P 0.002 0.025 0.127 0.369 0.396 0.076 0.004 235 S 0.074 0.498 0.270 0.110 0.037 0.009 0.001 236 H 0.006 0.061 0.226 0.393 0.230 0.077 0.009 237 T 0.001 0.002 0.011 0.050 0.220 0.537 0.180 238 F 0.001 0.001 0.006 0.047 0.211 0.420 0.314 239 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.179 0.803 240 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.126 0.867 241 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.196 0.775 242 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.218 0.758 243 A 0.001 0.001 0.004 0.026 0.132 0.453 0.383 244 S 0.001 0.004 0.018 0.084 0.275 0.445 0.174 245 K 0.017 0.119 0.236 0.287 0.194 0.117 0.031 246 P 0.079 0.257 0.278 0.231 0.113 0.036 0.006 247 G 0.095 0.169 0.212 0.231 0.187 0.094 0.013 248 G 0.174 0.267 0.237 0.167 0.104 0.043 0.008 249 T 0.030 0.051 0.118 0.250 0.312 0.202 0.036 250 D 0.124 0.253 0.232 0.186 0.115 0.070 0.018 251 F 0.049 0.142 0.248 0.274 0.188 0.085 0.014 252 R 0.325 0.356 0.172 0.090 0.039 0.015 0.003 253 Y 0.059 0.160 0.254 0.277 0.173 0.069 0.008 254 A 0.045 0.082 0.155 0.271 0.287 0.146 0.013 255 E 0.311 0.387 0.197 0.077 0.022 0.005 0.001 256 K 0.400 0.297 0.165 0.094 0.035 0.008 0.001 257 R 0.149 0.244 0.264 0.211 0.106 0.024 0.002 258 G 0.288 0.417 0.188 0.078 0.022 0.006 0.001 259 I 0.008 0.033 0.099 0.275 0.388 0.183 0.014 260 K 0.009 0.049 0.143 0.294 0.319 0.161 0.025 261 A 0.001 0.003 0.009 0.034 0.129 0.516 0.309 262 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.303 0.636 263 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.036 0.194 0.760 264 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.095 0.895 265 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.160 0.808 266 G 0.001 0.005 0.014 0.044 0.109 0.256 0.570 267 L 0.002 0.006 0.013 0.041 0.123 0.327 0.488 268 P 0.022 0.043 0.064 0.134 0.210 0.318 0.209 269 G 0.022 0.033 0.052 0.098 0.185 0.338 0.271 270 I 0.036 0.052 0.076 0.134 0.193 0.270 0.240 271 V 0.043 0.072 0.104 0.140 0.165 0.230 0.246 272 A 0.059 0.075 0.081 0.121 0.166 0.244 0.254 273 P 0.086 0.103 0.118 0.149 0.172 0.197 0.176 274 K 0.105 0.129 0.139 0.155 0.158 0.187 0.128 275 T 0.056 0.073 0.097 0.144 0.171 0.252 0.206 276 A 0.035 0.038 0.051 0.089 0.152 0.312 0.322 277 G 0.039 0.071 0.104 0.178 0.227 0.250 0.132 278 R 0.058 0.121 0.162 0.208 0.200 0.170 0.082 279 I 0.022 0.031 0.051 0.106 0.205 0.377 0.207 280 L 0.032 0.030 0.039 0.074 0.162 0.396 0.267 281 A 0.038 0.099 0.173 0.256 0.229 0.170 0.034 282 D 0.031 0.076 0.185 0.308 0.265 0.113 0.022 283 V 0.017 0.026 0.037 0.076 0.201 0.491 0.152 284 L 0.018 0.024 0.042 0.122 0.311 0.403 0.079 285 V 0.075 0.120 0.177 0.234 0.239 0.133 0.022 286 K 0.106 0.220 0.276 0.249 0.118 0.028 0.002 287 L 0.048 0.086 0.163 0.313 0.291 0.094 0.005 288 L 0.205 0.317 0.258 0.150 0.058 0.011 0.001 289 A 0.574 0.271 0.099 0.042 0.012 0.002 0.001 290 E 0.769 0.162 0.047 0.018 0.004 0.001 0.001 291 P 0.761 0.152 0.055 0.025 0.006 0.001 0.001 292 S 0.820 0.134 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001