# TARGET T0398 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0398.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 789 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.008 0.025 0.008 0.595 0.277 2 L 0.136 0.011 0.079 0.021 0.609 0.144 3 T 0.367 0.012 0.049 0.015 0.382 0.176 4 G 0.584 0.009 0.029 0.011 0.244 0.122 5 K 0.817 0.014 0.005 0.004 0.060 0.100 6 H 0.877 0.008 0.002 0.004 0.031 0.078 7 V 0.838 0.008 0.002 0.008 0.043 0.101 8 V 0.677 0.026 0.003 0.018 0.065 0.210 9 I 0.240 0.028 0.004 0.053 0.197 0.477 10 I 0.030 0.003 0.014 0.608 0.179 0.166 11 G 0.017 0.003 0.008 0.740 0.136 0.096 12 G 0.003 0.001 0.002 0.973 0.014 0.007 13 D 0.002 0.001 0.002 0.989 0.005 0.002 14 A 0.002 0.001 0.002 0.990 0.005 0.001 15 R 0.002 0.001 0.003 0.987 0.007 0.001 16 Q 0.002 0.001 0.002 0.983 0.009 0.003 17 L 0.003 0.001 0.004 0.973 0.013 0.006 18 E 0.004 0.001 0.005 0.960 0.018 0.012 19 I 0.011 0.002 0.008 0.896 0.036 0.047 20 I 0.048 0.003 0.006 0.234 0.199 0.509 21 R 0.077 0.004 0.009 0.109 0.232 0.570 22 K 0.394 0.013 0.008 0.098 0.178 0.308 23 L 0.656 0.010 0.010 0.115 0.090 0.119 24 S 0.784 0.005 0.008 0.102 0.046 0.055 25 T 0.782 0.005 0.008 0.105 0.061 0.039 26 F 0.610 0.006 0.011 0.194 0.113 0.066 27 D 0.218 0.003 0.016 0.240 0.357 0.166 28 A 0.131 0.004 0.010 0.119 0.420 0.315 29 K 0.396 0.018 0.019 0.110 0.222 0.236 30 I 0.610 0.023 0.032 0.122 0.120 0.093 31 S 0.654 0.007 0.056 0.113 0.088 0.082 32 L 0.630 0.013 0.076 0.107 0.106 0.068 33 V 0.562 0.006 0.048 0.090 0.159 0.134 34 G 0.481 0.010 0.013 0.033 0.209 0.254 35 F 0.317 0.023 0.011 0.029 0.217 0.402 36 D 0.109 0.013 0.011 0.048 0.351 0.468 37 Q 0.009 0.002 0.062 0.411 0.315 0.201 38 L 0.006 0.001 0.022 0.783 0.135 0.052 39 D 0.007 0.002 0.021 0.850 0.091 0.029 40 D 0.022 0.004 0.018 0.875 0.050 0.032 41 G 0.036 0.001 0.032 0.868 0.043 0.020 42 F 0.051 0.002 0.052 0.812 0.059 0.024 43 I 0.020 0.001 0.028 0.867 0.042 0.043 44 G 0.039 0.004 0.012 0.296 0.146 0.504 45 V 0.131 0.006 0.013 0.236 0.161 0.452 46 T 0.329 0.018 0.012 0.213 0.143 0.286 47 K 0.328 0.021 0.011 0.180 0.138 0.322 48 M 0.220 0.013 0.009 0.154 0.174 0.430 49 R 0.090 0.006 0.015 0.180 0.216 0.491 50 I 0.056 0.007 0.017 0.201 0.215 0.504 51 D 0.027 0.003 0.031 0.552 0.174 0.213 52 E 0.023 0.004 0.046 0.657 0.173 0.096 53 V 0.021 0.004 0.055 0.699 0.166 0.054 54 D 0.022 0.003 0.058 0.706 0.152 0.058 55 W 0.025 0.003 0.096 0.669 0.150 0.057 56 N 0.029 0.004 0.110 0.539 0.217 0.102 57 T 0.059 0.006 0.085 0.286 0.294 0.272 58 V 0.114 0.006 0.052 0.103 0.342 0.382 59 D 0.276 0.010 0.042 0.043 0.245 0.384 60 A 0.716 0.008 0.014 0.026 0.087 0.149 61 I 0.837 0.003 0.005 0.014 0.044 0.097 62 L 0.911 0.004 0.001 0.006 0.014 0.064 63 L 0.857 0.004 0.001 0.005 0.020 0.114 64 P 0.575 0.008 0.001 0.006 0.041 0.369 65 I 0.275 0.010 0.002 0.008 0.082 0.622 66 S 0.134 0.012 0.002 0.005 0.088 0.759 67 G 0.076 0.013 0.004 0.009 0.120 0.779 68 T 0.045 0.012 0.013 0.020 0.229 0.680 69 N 0.031 0.008 0.074 0.140 0.392 0.355 70 E 0.014 0.004 0.104 0.256 0.413 0.209 71 A 0.026 0.008 0.123 0.328 0.368 0.147 72 G 0.058 0.012 0.101 0.363 0.303 0.163 73 K 0.107 0.011 0.095 0.366 0.224 0.197 74 V 0.185 0.018 0.081 0.414 0.160 0.142 75 D 0.247 0.016 0.045 0.379 0.147 0.166 76 T 0.266 0.010 0.029 0.335 0.172 0.189 77 I 0.178 0.007 0.040 0.410 0.181 0.184 78 F 0.116 0.008 0.042 0.456 0.200 0.179 79 S 0.098 0.004 0.041 0.516 0.189 0.153 80 N 0.107 0.007 0.025 0.480 0.184 0.198 81 E 0.164 0.018 0.025 0.459 0.134 0.199 82 S 0.197 0.012 0.032 0.538 0.090 0.131 83 I 0.172 0.006 0.047 0.601 0.071 0.103 84 V 0.132 0.008 0.059 0.637 0.079 0.085 85 L 0.126 0.008 0.046 0.635 0.072 0.113 86 T 0.119 0.004 0.072 0.593 0.101 0.111 87 E 0.054 0.003 0.138 0.648 0.093 0.064 88 E 0.037 0.003 0.129 0.648 0.117 0.066 89 M 0.029 0.004 0.095 0.640 0.153 0.078 90 I 0.025 0.004 0.071 0.592 0.196 0.112 91 E 0.024 0.004 0.061 0.430 0.283 0.199 92 K 0.034 0.006 0.043 0.248 0.344 0.326 93 T 0.056 0.012 0.040 0.223 0.324 0.345 94 P 0.111 0.009 0.059 0.194 0.371 0.255 95 N 0.176 0.008 0.080 0.219 0.290 0.227 96 H 0.372 0.010 0.060 0.139 0.216 0.203 97 C 0.543 0.007 0.026 0.135 0.126 0.163 98 V 0.679 0.006 0.012 0.123 0.066 0.113 99 V 0.725 0.005 0.009 0.135 0.053 0.073 100 Y 0.737 0.005 0.009 0.131 0.051 0.067 101 S 0.691 0.005 0.011 0.140 0.075 0.078 102 G 0.573 0.005 0.011 0.137 0.136 0.138 103 I 0.445 0.014 0.007 0.092 0.186 0.256 104 S 0.426 0.026 0.009 0.084 0.207 0.249 105 N 0.289 0.012 0.025 0.195 0.226 0.253 106 T 0.178 0.011 0.070 0.345 0.211 0.185 107 Y 0.137 0.010 0.098 0.430 0.205 0.119 108 L 0.107 0.005 0.071 0.534 0.161 0.122 109 N 0.093 0.005 0.061 0.559 0.153 0.129 110 Q 0.095 0.006 0.037 0.527 0.156 0.179 111 C 0.111 0.007 0.040 0.516 0.147 0.180 112 M 0.133 0.009 0.026 0.584 0.110 0.138 113 K 0.079 0.005 0.037 0.702 0.087 0.090 114 K 0.064 0.004 0.049 0.733 0.082 0.069 115 T 0.036 0.002 0.044 0.795 0.059 0.064 116 N 0.056 0.005 0.039 0.770 0.057 0.073 117 R 0.055 0.004 0.028 0.791 0.051 0.071 118 T 0.057 0.006 0.028 0.641 0.075 0.193 119 L 0.030 0.003 0.069 0.762 0.060 0.076 120 V 0.023 0.003 0.107 0.730 0.077 0.060 121 K 0.013 0.001 0.092 0.777 0.068 0.047 122 L 0.013 0.003 0.045 0.799 0.080 0.060 123 M 0.015 0.004 0.025 0.656 0.124 0.177 124 E 0.017 0.005 0.032 0.658 0.118 0.171 125 R 0.013 0.004 0.031 0.742 0.093 0.117 126 D 0.015 0.004 0.025 0.719 0.083 0.154 127 D 0.009 0.002 0.011 0.814 0.048 0.115 128 I 0.004 0.001 0.006 0.922 0.026 0.041 129 A 0.004 0.001 0.010 0.925 0.031 0.028 130 I 0.003 0.001 0.011 0.934 0.028 0.023 131 Y 0.005 0.001 0.014 0.909 0.037 0.035 132 N 0.004 0.001 0.011 0.921 0.034 0.029 133 S 0.005 0.002 0.007 0.920 0.030 0.036 134 I 0.007 0.002 0.009 0.894 0.039 0.050 135 P 0.012 0.003 0.013 0.855 0.051 0.067 136 T 0.012 0.002 0.013 0.836 0.059 0.078 137 A 0.012 0.001 0.012 0.837 0.058 0.080 138 E 0.025 0.002 0.018 0.843 0.056 0.056 139 G 0.024 0.003 0.024 0.829 0.061 0.059 140 T 0.027 0.003 0.033 0.815 0.059 0.062 141 I 0.031 0.003 0.039 0.771 0.081 0.076 142 M 0.025 0.002 0.037 0.751 0.097 0.089 143 M 0.029 0.005 0.038 0.724 0.104 0.100 144 A 0.047 0.008 0.058 0.578 0.172 0.137 145 I 0.066 0.006 0.123 0.416 0.264 0.126 146 Q 0.087 0.007 0.139 0.232 0.369 0.166 147 H 0.122 0.005 0.096 0.129 0.441 0.207 148 T 0.174 0.011 0.042 0.053 0.407 0.312 149 D 0.222 0.009 0.026 0.025 0.324 0.393 150 F 0.543 0.026 0.016 0.017 0.174 0.224 151 T 0.635 0.018 0.009 0.012 0.140 0.184 152 I 0.515 0.038 0.009 0.009 0.375 0.055 153 H 0.247 0.015 0.007 0.005 0.660 0.065 154 G 0.064 0.001 0.005 0.002 0.870 0.057 155 A 0.355 0.004 0.002 0.001 0.516 0.122 156 N 0.928 0.010 0.001 0.001 0.018 0.044 157 V 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 158 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 159 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 160 L 0.953 0.001 0.001 0.002 0.010 0.033 161 G 0.488 0.005 0.001 0.008 0.062 0.436 162 L 0.119 0.012 0.004 0.049 0.140 0.676 163 G 0.005 0.005 0.004 0.076 0.079 0.831 164 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.004 0.005 165 V 0.001 0.001 0.005 0.992 0.003 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 171 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 172 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 173 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 174 A 0.001 0.001 0.016 0.949 0.025 0.009 175 A 0.001 0.001 0.051 0.902 0.034 0.012 176 L 0.003 0.002 0.039 0.764 0.077 0.115 177 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.066 0.927 178 A 0.048 0.001 0.001 0.001 0.061 0.890 179 K 0.725 0.003 0.001 0.001 0.027 0.245 180 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 181 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 182 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 183 G 0.923 0.001 0.001 0.001 0.012 0.064 184 A 0.561 0.008 0.002 0.001 0.146 0.282 185 R 0.048 0.017 0.009 0.006 0.335 0.585 186 E 0.022 0.013 0.011 0.014 0.360 0.579 187 S 0.005 0.001 0.221 0.327 0.365 0.080 188 D 0.004 0.001 0.105 0.498 0.265 0.126 189 L 0.005 0.003 0.097 0.699 0.152 0.045 190 L 0.005 0.001 0.037 0.747 0.131 0.079 191 A 0.013 0.002 0.020 0.785 0.110 0.070 192 R 0.014 0.006 0.038 0.823 0.086 0.034 193 I 0.017 0.002 0.054 0.812 0.087 0.028 194 A 0.009 0.001 0.072 0.839 0.059 0.020 195 E 0.007 0.001 0.044 0.869 0.053 0.027 196 M 0.006 0.001 0.017 0.807 0.062 0.107 197 G 0.011 0.002 0.004 0.094 0.127 0.761 198 M 0.045 0.006 0.009 0.066 0.193 0.682 199 E 0.157 0.011 0.016 0.080 0.193 0.543 200 P 0.314 0.018 0.027 0.122 0.164 0.354 201 F 0.322 0.015 0.021 0.111 0.130 0.401 202 H 0.238 0.009 0.023 0.114 0.162 0.454 203 I 0.086 0.006 0.066 0.247 0.214 0.382 204 S 0.059 0.006 0.106 0.236 0.288 0.305 205 K 0.058 0.005 0.179 0.286 0.308 0.164 206 A 0.097 0.008 0.199 0.253 0.286 0.157 207 A 0.185 0.011 0.179 0.191 0.292 0.143 208 Q 0.210 0.005 0.148 0.127 0.308 0.202 209 E 0.530 0.007 0.051 0.071 0.181 0.159 210 L 0.697 0.005 0.021 0.041 0.106 0.130 211 R 0.849 0.004 0.008 0.025 0.041 0.073 212 D 0.913 0.003 0.005 0.017 0.020 0.042 213 V 0.873 0.002 0.004 0.022 0.026 0.073 214 D 0.822 0.005 0.003 0.023 0.033 0.114 215 V 0.701 0.018 0.003 0.017 0.069 0.193 216 C 0.391 0.020 0.005 0.018 0.181 0.386 217 I 0.169 0.022 0.009 0.013 0.294 0.493 218 N 0.103 0.029 0.015 0.009 0.509 0.336 219 T 0.062 0.024 0.032 0.020 0.567 0.295 220 I 0.026 0.011 0.030 0.019 0.587 0.327 221 P 0.028 0.016 0.049 0.015 0.708 0.185 222 A 0.032 0.013 0.132 0.038 0.588 0.198 223 L 0.054 0.016 0.182 0.042 0.551 0.154 224 V 0.129 0.059 0.109 0.044 0.452 0.208 225 V 0.110 0.084 0.011 0.031 0.195 0.569 226 T 0.022 0.005 0.003 0.058 0.105 0.807 227 A 0.001 0.001 0.007 0.958 0.015 0.019 228 N 0.001 0.001 0.005 0.977 0.014 0.004 229 V 0.001 0.001 0.009 0.980 0.010 0.001 230 L 0.001 0.001 0.012 0.978 0.007 0.002 231 A 0.001 0.001 0.022 0.965 0.010 0.002 232 E 0.001 0.001 0.028 0.885 0.054 0.032 233 M 0.002 0.005 0.011 0.308 0.179 0.495 234 P 0.002 0.022 0.008 0.014 0.830 0.123 235 S 0.007 0.003 0.011 0.004 0.902 0.074 236 H 0.018 0.001 0.009 0.001 0.929 0.043 237 T 0.782 0.007 0.001 0.001 0.191 0.019 238 F 0.984 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 239 V 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 240 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 241 D 0.810 0.007 0.001 0.004 0.036 0.142 242 L 0.371 0.005 0.015 0.015 0.244 0.349 243 A 0.146 0.012 0.028 0.021 0.419 0.374 244 S 0.074 0.029 0.055 0.039 0.487 0.317 245 K 0.038 0.023 0.036 0.030 0.578 0.294 246 P 0.035 0.009 0.033 0.043 0.537 0.342 247 G 0.058 0.015 0.028 0.099 0.416 0.384 248 G 0.119 0.028 0.026 0.169 0.303 0.356 249 T 0.129 0.033 0.010 0.221 0.120 0.488 250 D 0.028 0.003 0.016 0.809 0.050 0.095 251 F 0.007 0.001 0.010 0.925 0.028 0.029 252 R 0.005 0.001 0.007 0.962 0.017 0.008 253 Y 0.005 0.001 0.007 0.963 0.019 0.005 254 A 0.004 0.001 0.007 0.963 0.019 0.006 255 E 0.005 0.001 0.012 0.947 0.027 0.008 256 K 0.004 0.001 0.012 0.948 0.025 0.010 257 R 0.005 0.002 0.012 0.853 0.060 0.068 258 G 0.011 0.001 0.004 0.037 0.183 0.763 259 I 0.124 0.002 0.006 0.014 0.225 0.629 260 K 0.528 0.013 0.006 0.008 0.152 0.293 261 A 0.846 0.008 0.003 0.006 0.049 0.088 262 L 0.910 0.007 0.002 0.004 0.026 0.051 263 L 0.813 0.012 0.004 0.006 0.049 0.116 264 V 0.597 0.016 0.020 0.010 0.210 0.148 265 P 0.224 0.005 0.027 0.010 0.420 0.314 266 G 0.115 0.014 0.023 0.007 0.520 0.321 267 L 0.141 0.036 0.013 0.006 0.463 0.341 268 P 0.154 0.013 0.012 0.007 0.268 0.546 269 G 0.269 0.039 0.024 0.022 0.250 0.397 270 I 0.333 0.034 0.024 0.034 0.213 0.361 271 V 0.235 0.024 0.015 0.054 0.157 0.515 272 A 0.076 0.011 0.009 0.042 0.173 0.688 273 P 0.019 0.006 0.007 0.044 0.126 0.799 274 K 0.013 0.008 0.017 0.127 0.160 0.674 275 T 0.009 0.011 0.020 0.162 0.170 0.628 276 A 0.004 0.004 0.024 0.700 0.092 0.176 277 G 0.003 0.002 0.024 0.796 0.074 0.101 278 R 0.001 0.001 0.038 0.920 0.027 0.013 279 I 0.001 0.001 0.064 0.901 0.026 0.007 280 L 0.002 0.001 0.050 0.918 0.023 0.006 281 A 0.001 0.001 0.027 0.931 0.026 0.014 282 D 0.001 0.001 0.023 0.866 0.037 0.071 283 V 0.002 0.006 0.059 0.869 0.032 0.032 284 L 0.005 0.008 0.060 0.774 0.063 0.090 285 V 0.004 0.002 0.307 0.582 0.066 0.040 286 K 0.003 0.001 0.402 0.490 0.068 0.035 287 L 0.001 0.001 0.400 0.534 0.048 0.016 288 L 0.004 0.005 0.248 0.625 0.085 0.032 289 A 0.006 0.003 0.146 0.583 0.147 0.115 290 E 0.008 0.004 0.024 0.184 0.194 0.586 291 P 0.009 0.008 0.005 0.036 0.104 0.838 292 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.986