# TARGET T0397 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.907 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.002 0.037 0.013 0.007 0.008 2 K 0.001 0.059 0.795 0.004 0.015 0.011 0.001 0.001 0.012 0.039 0.035 0.003 0.026 3 I 0.001 0.011 0.754 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.027 0.140 0.014 0.027 0.009 4 P 0.001 0.001 0.584 0.101 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.257 0.020 0.002 0.017 5 K 0.021 0.014 0.420 0.009 0.004 0.004 0.023 0.041 0.284 0.039 0.008 0.096 0.036 6 I 0.131 0.009 0.066 0.007 0.005 0.009 0.152 0.308 0.105 0.012 0.004 0.013 0.179 7 Y 0.143 0.003 0.023 0.001 0.001 0.004 0.188 0.399 0.116 0.001 0.001 0.101 0.018 8 V 0.194 0.003 0.067 0.010 0.001 0.005 0.166 0.258 0.127 0.004 0.004 0.014 0.147 9 E 0.177 0.013 0.277 0.058 0.002 0.013 0.055 0.035 0.111 0.060 0.019 0.130 0.050 10 G 0.032 0.005 0.515 0.005 0.005 0.012 0.004 0.004 0.046 0.185 0.031 0.039 0.118 11 E 0.014 0.015 0.331 0.004 0.024 0.027 0.001 0.001 0.013 0.273 0.174 0.027 0.095 12 L 0.016 0.026 0.240 0.012 0.042 0.057 0.001 0.002 0.005 0.234 0.249 0.048 0.068 13 N 0.007 0.018 0.338 0.012 0.048 0.058 0.001 0.001 0.003 0.217 0.198 0.031 0.069 14 D 0.011 0.011 0.267 0.022 0.071 0.090 0.001 0.001 0.001 0.202 0.249 0.023 0.052 15 G 0.032 0.016 0.198 0.022 0.095 0.108 0.002 0.001 0.001 0.183 0.188 0.070 0.086 16 D 0.063 0.017 0.234 0.020 0.062 0.127 0.005 0.001 0.003 0.113 0.082 0.040 0.232 17 R 0.148 0.012 0.177 0.020 0.022 0.148 0.007 0.001 0.004 0.049 0.031 0.258 0.123 18 V 0.228 0.012 0.094 0.023 0.012 0.103 0.009 0.001 0.003 0.015 0.014 0.061 0.424 19 A 0.280 0.012 0.092 0.023 0.014 0.100 0.010 0.001 0.003 0.018 0.019 0.255 0.173 20 I 0.167 0.013 0.107 0.050 0.023 0.129 0.006 0.001 0.005 0.050 0.055 0.064 0.330 21 E 0.075 0.014 0.184 0.021 0.024 0.106 0.004 0.001 0.004 0.097 0.110 0.192 0.167 22 K 0.024 0.007 0.152 0.031 0.018 0.047 0.002 0.001 0.002 0.213 0.381 0.043 0.080 23 D 0.030 0.004 0.180 0.036 0.011 0.024 0.004 0.001 0.006 0.258 0.317 0.072 0.057 24 G 0.172 0.006 0.184 0.018 0.005 0.027 0.027 0.008 0.035 0.069 0.028 0.104 0.318 25 N 0.358 0.006 0.081 0.014 0.002 0.016 0.055 0.020 0.044 0.014 0.003 0.257 0.129 26 A 0.362 0.007 0.032 0.012 0.001 0.016 0.115 0.031 0.057 0.005 0.001 0.068 0.292 27 I 0.367 0.004 0.053 0.030 0.002 0.023 0.128 0.025 0.061 0.006 0.002 0.147 0.152 28 I 0.232 0.006 0.100 0.036 0.002 0.033 0.081 0.011 0.076 0.014 0.006 0.126 0.277 29 F 0.131 0.013 0.161 0.039 0.007 0.056 0.033 0.006 0.048 0.056 0.027 0.168 0.255 30 L 0.047 0.014 0.231 0.024 0.014 0.114 0.012 0.003 0.030 0.150 0.062 0.102 0.197 31 E 0.015 0.010 0.413 0.012 0.022 0.154 0.003 0.001 0.017 0.129 0.036 0.093 0.095 32 K 0.010 0.014 0.206 0.005 0.067 0.435 0.002 0.001 0.009 0.057 0.084 0.023 0.085 33 D 0.012 0.013 0.106 0.011 0.100 0.547 0.002 0.001 0.006 0.062 0.091 0.017 0.033 34 E 0.011 0.006 0.101 0.006 0.116 0.536 0.001 0.001 0.003 0.073 0.109 0.019 0.019 35 E 0.013 0.007 0.101 0.003 0.090 0.533 0.002 0.001 0.002 0.056 0.154 0.012 0.028 36 Y 0.017 0.011 0.216 0.001 0.059 0.306 0.002 0.001 0.002 0.107 0.218 0.025 0.037 37 S 0.009 0.012 0.249 0.004 0.032 0.215 0.001 0.001 0.001 0.159 0.262 0.020 0.036 38 G 0.006 0.009 0.232 0.004 0.028 0.186 0.001 0.001 0.001 0.187 0.300 0.022 0.023 39 N 0.003 0.004 0.174 0.006 0.025 0.127 0.001 0.001 0.001 0.228 0.407 0.007 0.018 40 G 0.007 0.004 0.293 0.007 0.026 0.106 0.001 0.001 0.005 0.226 0.269 0.034 0.022 41 K 0.022 0.020 0.399 0.001 0.015 0.212 0.008 0.002 0.038 0.060 0.025 0.027 0.172 42 L 0.029 0.039 0.239 0.006 0.007 0.402 0.012 0.004 0.068 0.039 0.017 0.091 0.046 43 L 0.022 0.020 0.118 0.003 0.011 0.610 0.010 0.003 0.036 0.038 0.024 0.015 0.089 44 Y 0.011 0.001 0.038 0.003 0.043 0.842 0.003 0.002 0.008 0.011 0.025 0.005 0.008 45 Q 0.011 0.001 0.024 0.003 0.067 0.839 0.002 0.001 0.005 0.021 0.016 0.005 0.005 46 V 0.011 0.003 0.014 0.001 0.031 0.891 0.002 0.001 0.006 0.007 0.022 0.005 0.008 47 I 0.010 0.002 0.011 0.001 0.006 0.922 0.002 0.001 0.005 0.005 0.023 0.002 0.010 48 Y 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.002 49 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.012 0.001 0.013 0.844 0.001 0.001 0.001 0.010 0.119 0.001 0.001 55 M 0.001 0.008 0.040 0.001 0.013 0.752 0.001 0.001 0.001 0.030 0.147 0.001 0.007 56 S 0.001 0.006 0.270 0.004 0.028 0.450 0.001 0.001 0.001 0.071 0.151 0.010 0.006 57 L 0.001 0.002 0.098 0.002 0.078 0.503 0.001 0.001 0.001 0.093 0.214 0.004 0.006 58 D 0.001 0.002 0.145 0.004 0.116 0.287 0.001 0.001 0.001 0.124 0.305 0.006 0.009 59 T 0.001 0.009 0.260 0.002 0.134 0.200 0.001 0.001 0.004 0.121 0.234 0.013 0.019 60 L 0.005 0.028 0.360 0.012 0.078 0.128 0.007 0.007 0.022 0.127 0.153 0.029 0.044 61 K 0.007 0.027 0.410 0.045 0.042 0.035 0.012 0.003 0.036 0.134 0.116 0.025 0.109 62 K 0.017 0.006 0.505 0.065 0.009 0.009 0.005 0.002 0.033 0.212 0.046 0.059 0.032 63 D 0.030 0.002 0.354 0.081 0.003 0.003 0.015 0.008 0.096 0.241 0.021 0.038 0.108 64 V 0.175 0.006 0.125 0.007 0.001 0.002 0.144 0.073 0.199 0.021 0.002 0.115 0.132 65 L 0.267 0.005 0.026 0.006 0.001 0.002 0.273 0.131 0.131 0.002 0.001 0.060 0.099 66 I 0.349 0.005 0.038 0.005 0.001 0.002 0.228 0.119 0.084 0.002 0.001 0.062 0.106 67 Q 0.314 0.008 0.121 0.021 0.001 0.001 0.155 0.043 0.111 0.007 0.002 0.085 0.132 68 Y 0.018 0.009 0.630 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.054 0.075 0.014 0.074 0.109 69 P 0.001 0.006 0.270 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.331 0.336 0.005 0.030 70 D 0.001 0.013 0.184 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.328 0.015 0.011 71 K 0.001 0.004 0.136 0.005 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.335 0.458 0.006 0.023 72 H 0.023 0.013 0.244 0.006 0.032 0.005 0.005 0.001 0.002 0.246 0.248 0.090 0.085 73 T 0.072 0.020 0.208 0.025 0.015 0.004 0.010 0.001 0.009 0.090 0.037 0.074 0.436 74 L 0.235 0.008 0.169 0.034 0.004 0.003 0.030 0.001 0.011 0.035 0.009 0.208 0.251 75 T 0.375 0.006 0.043 0.004 0.001 0.001 0.046 0.002 0.010 0.006 0.001 0.273 0.232 76 Y 0.373 0.010 0.035 0.007 0.002 0.001 0.023 0.001 0.005 0.002 0.001 0.064 0.475 77 L 0.220 0.022 0.119 0.025 0.003 0.002 0.025 0.001 0.013 0.015 0.003 0.345 0.208 78 K 0.019 0.007 0.357 0.029 0.013 0.004 0.003 0.001 0.008 0.094 0.067 0.036 0.363 79 A 0.001 0.001 0.032 0.005 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.094 0.822 0.013 0.008 80 G 0.001 0.001 0.031 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.878 0.002 0.003 81 T 0.005 0.005 0.286 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.373 0.255 0.010 0.045 82 K 0.124 0.036 0.245 0.001 0.004 0.002 0.044 0.003 0.024 0.029 0.011 0.162 0.314 83 L 0.349 0.013 0.059 0.038 0.002 0.002 0.053 0.003 0.017 0.015 0.002 0.030 0.418 84 I 0.222 0.001 0.024 0.018 0.001 0.001 0.026 0.002 0.016 0.006 0.001 0.643 0.040 85 S 0.156 0.003 0.036 0.011 0.001 0.001 0.043 0.002 0.029 0.005 0.001 0.022 0.690 86 V 0.044 0.004 0.095 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 0.009 0.001 0.735 0.068 87 P 0.015 0.006 0.274 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.011 0.003 0.029 0.606 88 A 0.027 0.016 0.419 0.061 0.024 0.003 0.007 0.001 0.039 0.082 0.046 0.140 0.134 89 E 0.020 0.012 0.211 0.077 0.051 0.005 0.007 0.001 0.022 0.198 0.171 0.101 0.125 90 G 0.008 0.006 0.245 0.022 0.057 0.004 0.004 0.001 0.023 0.206 0.275 0.061 0.089 91 Y 0.038 0.011 0.266 0.017 0.011 0.004 0.031 0.007 0.030 0.103 0.072 0.071 0.339 92 K 0.066 0.012 0.107 0.005 0.002 0.002 0.053 0.002 0.038 0.024 0.008 0.559 0.122 93 V 0.061 0.013 0.111 0.008 0.001 0.002 0.033 0.005 0.068 0.011 0.002 0.024 0.659 94 Y 0.058 0.004 0.094 0.079 0.001 0.002 0.021 0.003 0.045 0.014 0.001 0.646 0.033 95 P 0.052 0.004 0.100 0.012 0.001 0.001 0.030 0.002 0.057 0.004 0.002 0.017 0.719 96 I 0.139 0.010 0.183 0.060 0.003 0.003 0.052 0.005 0.066 0.018 0.003 0.319 0.139 97 M 0.101 0.022 0.133 0.011 0.003 0.005 0.038 0.004 0.096 0.042 0.004 0.141 0.400 98 D 0.020 0.012 0.393 0.009 0.007 0.010 0.011 0.001 0.093 0.052 0.014 0.064 0.313 99 F 0.012 0.008 0.179 0.019 0.025 0.064 0.006 0.003 0.024 0.150 0.370 0.063 0.076 100 G 0.004 0.008 0.075 0.028 0.038 0.039 0.001 0.001 0.006 0.118 0.645 0.011 0.029 101 F 0.009 0.005 0.402 0.013 0.046 0.072 0.001 0.001 0.022 0.215 0.100 0.044 0.070 102 R 0.041 0.041 0.289 0.005 0.019 0.076 0.014 0.004 0.048 0.048 0.022 0.143 0.250 103 V 0.042 0.131 0.098 0.014 0.016 0.027 0.018 0.001 0.028 0.029 0.040 0.062 0.492 104 L 0.037 0.016 0.244 0.121 0.006 0.013 0.010 0.001 0.014 0.043 0.091 0.249 0.154 105 K 0.034 0.008 0.135 0.025 0.006 0.018 0.005 0.001 0.002 0.109 0.370 0.087 0.201 106 G 0.009 0.017 0.227 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.242 0.308 0.051 0.124 107 Y 0.003 0.004 0.395 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.361 0.095 0.080 0.030 108 R 0.039 0.018 0.283 0.012 0.002 0.003 0.006 0.001 0.007 0.139 0.024 0.036 0.430 109 L 0.196 0.013 0.071 0.025 0.001 0.002 0.033 0.003 0.018 0.016 0.003 0.419 0.201 110 A 0.610 0.001 0.021 0.021 0.001 0.001 0.060 0.003 0.005 0.006 0.001 0.101 0.170 111 T 0.765 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.035 0.002 0.002 0.002 0.001 0.059 0.119 112 L 0.750 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.033 0.003 0.003 0.002 0.001 0.100 0.083 113 E 0.661 0.005 0.022 0.007 0.001 0.001 0.029 0.002 0.005 0.005 0.002 0.052 0.207 114 S 0.256 0.006 0.139 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.025 0.016 0.295 0.238 115 K 0.025 0.006 0.235 0.057 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.272 0.236 0.037 0.115 116 K 0.009 0.005 0.094 0.014 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.289 0.519 0.022 0.026 117 G 0.031 0.007 0.172 0.010 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.327 0.289 0.084 0.060 118 D 0.139 0.008 0.350 0.009 0.005 0.002 0.004 0.001 0.004 0.112 0.026 0.104 0.236 119 L 0.293 0.007 0.071 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.014 0.002 0.066 0.503 120 R 0.338 0.002 0.019 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.005 0.001 0.529 0.078 121 Y 0.450 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.489 122 V 0.385 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.049 123 N 0.283 0.004 0.021 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 0.636 124 S 0.037 0.008 0.256 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.022 0.004 0.269 0.392 125 P 0.003 0.001 0.066 0.010 0.031 0.010 0.001 0.001 0.001 0.135 0.678 0.006 0.060 126 V 0.001 0.003 0.029 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.130 0.790 0.020 0.005 127 S 0.001 0.004 0.117 0.006 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.166 0.656 0.011 0.025 128 G 0.027 0.003 0.355 0.023 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.188 0.314 0.013 0.068 129 T 0.408 0.014 0.059 0.002 0.001 0.001 0.127 0.005 0.016 0.008 0.002 0.207 0.152 130 V 0.449 0.002 0.006 0.008 0.001 0.001 0.235 0.015 0.012 0.001 0.001 0.013 0.259 131 I 0.359 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.397 0.033 0.016 0.001 0.001 0.137 0.021 132 F 0.430 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.345 0.020 0.027 0.001 0.001 0.055 0.114 133 M 0.367 0.002 0.031 0.030 0.001 0.001 0.243 0.017 0.032 0.003 0.002 0.057 0.214 134 N 0.239 0.005 0.136 0.108 0.002 0.002 0.069 0.005 0.072 0.038 0.012 0.182 0.129 135 E 0.060 0.018 0.276 0.025 0.008 0.003 0.016 0.001 0.049 0.180 0.034 0.069 0.260 136 I 0.006 0.016 0.486 0.004 0.014 0.003 0.003 0.001 0.017 0.219 0.028 0.142 0.060 137 P 0.001 0.013 0.510 0.005 0.052 0.006 0.001 0.001 0.007 0.183 0.132 0.007 0.083 138 S 0.001 0.028 0.389 0.007 0.068 0.008 0.001 0.001 0.002 0.296 0.184 0.008 0.010 139 E 0.001 0.023 0.307 0.005 0.069 0.006 0.001 0.001 0.002 0.393 0.170 0.008 0.018 140 R 0.001 0.012 0.518 0.004 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.295 0.080 0.006 0.016 141 A 0.001 0.013 0.276 0.008 0.095 0.006 0.001 0.001 0.001 0.299 0.278 0.011 0.013 142 N 0.004 0.009 0.292 0.014 0.055 0.003 0.003 0.001 0.007 0.243 0.310 0.021 0.037 143 Y 0.091 0.020 0.328 0.010 0.006 0.003 0.045 0.007 0.086 0.094 0.019 0.040 0.251 144 V 0.347 0.010 0.100 0.024 0.001 0.003 0.093 0.011 0.083 0.013 0.002 0.183 0.131 145 F 0.457 0.004 0.025 0.007 0.001 0.002 0.185 0.051 0.082 0.006 0.001 0.055 0.126 146 Y 0.451 0.003 0.040 0.005 0.001 0.002 0.187 0.081 0.066 0.004 0.001 0.078 0.083 147 M 0.308 0.003 0.089 0.004 0.001 0.002 0.139 0.021 0.137 0.014 0.001 0.123 0.159 148 L 0.089 0.009 0.312 0.005 0.001 0.001 0.049 0.002 0.150 0.024 0.006 0.110 0.240 149 E 0.008 0.011 0.721 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 0.020 0.009 0.032 0.121 150 E 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011