# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3008 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.039 0.033 0.072 0.069 0.087 0.145 0.144 0.159 0.135 0.096 2 K 0.083 0.157 0.076 0.226 0.175 0.126 0.093 0.032 0.018 0.009 0.005 3 I 0.005 0.006 0.005 0.016 0.024 0.033 0.096 0.145 0.230 0.228 0.213 4 P 0.026 0.045 0.032 0.131 0.151 0.150 0.215 0.122 0.075 0.037 0.017 5 K 0.018 0.062 0.047 0.243 0.226 0.162 0.123 0.060 0.034 0.016 0.008 6 I 0.002 0.002 0.002 0.008 0.010 0.020 0.083 0.165 0.252 0.275 0.180 7 Y 0.002 0.007 0.011 0.073 0.124 0.159 0.223 0.162 0.126 0.073 0.040 8 V 0.001 0.006 0.009 0.019 0.023 0.036 0.121 0.169 0.255 0.226 0.135 9 E 0.005 0.013 0.014 0.083 0.112 0.130 0.217 0.183 0.138 0.074 0.032 10 G 0.033 0.051 0.030 0.084 0.101 0.108 0.209 0.159 0.124 0.074 0.029 11 E 0.087 0.147 0.068 0.265 0.189 0.104 0.076 0.034 0.017 0.009 0.003 12 L 0.056 0.078 0.041 0.137 0.146 0.139 0.158 0.105 0.075 0.044 0.020 13 N 0.286 0.230 0.092 0.153 0.095 0.058 0.044 0.021 0.013 0.007 0.003 14 D 0.262 0.216 0.062 0.140 0.097 0.068 0.076 0.039 0.022 0.012 0.005 15 G 0.564 0.167 0.038 0.081 0.054 0.034 0.027 0.014 0.010 0.007 0.004 16 D 0.187 0.170 0.054 0.160 0.117 0.095 0.099 0.047 0.036 0.023 0.014 17 R 0.119 0.113 0.082 0.196 0.143 0.120 0.102 0.048 0.039 0.024 0.014 18 V 0.119 0.104 0.076 0.154 0.132 0.115 0.123 0.073 0.055 0.032 0.017 19 A 0.036 0.049 0.058 0.105 0.109 0.119 0.182 0.125 0.102 0.072 0.043 20 I 0.022 0.042 0.051 0.118 0.123 0.140 0.189 0.120 0.095 0.063 0.038 21 E 0.056 0.090 0.096 0.204 0.182 0.139 0.117 0.055 0.036 0.017 0.009 22 K 0.234 0.166 0.154 0.177 0.100 0.071 0.051 0.022 0.013 0.007 0.003 23 D 0.366 0.211 0.083 0.146 0.082 0.046 0.037 0.014 0.009 0.005 0.002 24 G 0.310 0.151 0.060 0.128 0.095 0.083 0.076 0.041 0.029 0.017 0.010 25 N 0.043 0.103 0.054 0.183 0.173 0.150 0.148 0.069 0.044 0.022 0.010 26 A 0.016 0.032 0.032 0.085 0.096 0.126 0.204 0.144 0.133 0.083 0.047 27 I 0.008 0.010 0.014 0.045 0.060 0.087 0.183 0.186 0.189 0.141 0.076 28 I 0.011 0.034 0.047 0.124 0.163 0.153 0.197 0.124 0.086 0.043 0.018 29 F 0.020 0.037 0.047 0.101 0.108 0.116 0.170 0.145 0.127 0.088 0.039 30 L 0.043 0.050 0.035 0.119 0.150 0.142 0.197 0.116 0.081 0.045 0.021 31 E 0.131 0.120 0.083 0.142 0.121 0.106 0.128 0.077 0.051 0.029 0.013 32 K 0.198 0.235 0.106 0.169 0.109 0.069 0.057 0.025 0.016 0.011 0.006 33 D 0.255 0.162 0.083 0.144 0.103 0.080 0.078 0.041 0.029 0.018 0.009 34 E 0.268 0.109 0.069 0.116 0.099 0.085 0.105 0.058 0.047 0.028 0.016 35 E 0.234 0.210 0.193 0.200 0.081 0.037 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 36 Y 0.023 0.026 0.030 0.057 0.068 0.123 0.212 0.155 0.132 0.100 0.075 37 S 0.071 0.136 0.110 0.179 0.144 0.121 0.109 0.054 0.039 0.022 0.015 38 G 0.356 0.182 0.151 0.115 0.068 0.052 0.041 0.016 0.010 0.006 0.004 39 N 0.340 0.216 0.087 0.170 0.091 0.045 0.030 0.010 0.005 0.003 0.001 40 G 0.292 0.174 0.064 0.176 0.114 0.082 0.054 0.021 0.012 0.006 0.003 41 K 0.004 0.032 0.026 0.143 0.210 0.244 0.203 0.075 0.040 0.015 0.006 42 L 0.002 0.004 0.007 0.022 0.040 0.077 0.196 0.214 0.203 0.143 0.093 43 L 0.001 0.004 0.005 0.024 0.046 0.082 0.224 0.207 0.190 0.131 0.086 44 Y 0.001 0.003 0.004 0.027 0.051 0.079 0.242 0.236 0.194 0.113 0.048 45 Q 0.034 0.046 0.041 0.217 0.193 0.177 0.137 0.066 0.049 0.027 0.014 46 V 0.004 0.010 0.017 0.066 0.090 0.118 0.251 0.200 0.133 0.077 0.034 47 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.009 0.014 0.071 0.145 0.237 0.301 0.209 48 Y 0.001 0.001 0.007 0.016 0.032 0.061 0.204 0.185 0.191 0.173 0.129 49 D 0.012 0.040 0.261 0.265 0.197 0.101 0.066 0.030 0.018 0.007 0.003 50 D 0.005 0.018 0.021 0.096 0.142 0.221 0.320 0.110 0.044 0.016 0.006 51 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.031 0.099 0.283 0.334 0.237 52 A 0.003 0.004 0.016 0.060 0.136 0.263 0.324 0.108 0.055 0.021 0.010 53 K 0.014 0.046 0.460 0.271 0.113 0.056 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.002 0.006 0.012 0.025 0.071 0.270 0.244 0.202 0.121 0.047 55 M 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.012 0.060 0.136 0.239 0.297 0.241 56 S 0.025 0.134 0.187 0.233 0.179 0.109 0.075 0.028 0.017 0.009 0.005 57 L 0.019 0.042 0.061 0.148 0.152 0.200 0.188 0.092 0.060 0.028 0.009 58 D 0.508 0.126 0.058 0.093 0.056 0.046 0.054 0.028 0.017 0.009 0.005 59 T 0.130 0.148 0.100 0.189 0.117 0.106 0.113 0.047 0.028 0.013 0.010 60 L 0.020 0.014 0.014 0.025 0.032 0.060 0.135 0.148 0.191 0.199 0.163 61 K 0.055 0.100 0.104 0.210 0.185 0.146 0.116 0.043 0.025 0.011 0.005 62 K 0.041 0.053 0.129 0.169 0.148 0.111 0.152 0.090 0.060 0.032 0.016 63 D 0.013 0.049 0.061 0.292 0.241 0.190 0.094 0.035 0.015 0.008 0.003 64 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.049 0.175 0.244 0.245 0.170 0.088 65 L 0.001 0.002 0.004 0.021 0.037 0.061 0.171 0.220 0.212 0.161 0.109 66 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.022 0.104 0.153 0.257 0.255 0.192 67 Q 0.019 0.072 0.054 0.261 0.188 0.116 0.133 0.074 0.051 0.022 0.011 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.034 0.125 0.197 0.254 0.214 0.150 69 P 0.059 0.176 0.079 0.266 0.190 0.104 0.070 0.030 0.017 0.006 0.003 70 D 0.386 0.200 0.038 0.176 0.098 0.051 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 71 K 0.558 0.185 0.053 0.122 0.048 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 72 H 0.011 0.034 0.012 0.070 0.096 0.173 0.221 0.158 0.122 0.070 0.032 73 T 0.064 0.192 0.074 0.262 0.195 0.112 0.061 0.021 0.011 0.005 0.003 74 L 0.010 0.012 0.014 0.043 0.067 0.102 0.198 0.179 0.183 0.123 0.070 75 T 0.007 0.024 0.032 0.164 0.214 0.203 0.192 0.084 0.046 0.022 0.013 76 Y 0.002 0.011 0.015 0.046 0.052 0.058 0.151 0.167 0.207 0.169 0.120 77 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.030 0.099 0.146 0.197 0.209 0.297 78 K 0.060 0.159 0.325 0.258 0.118 0.046 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 79 A 0.103 0.141 0.061 0.255 0.160 0.134 0.107 0.025 0.009 0.004 0.001 80 G 0.547 0.160 0.043 0.106 0.050 0.025 0.022 0.015 0.012 0.008 0.010 81 T 0.032 0.137 0.065 0.218 0.189 0.172 0.118 0.038 0.019 0.008 0.004 82 K 0.046 0.202 0.126 0.319 0.196 0.081 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.085 0.205 0.280 0.389 84 I 0.006 0.021 0.025 0.163 0.236 0.215 0.216 0.072 0.031 0.010 0.005 85 S 0.018 0.118 0.068 0.228 0.153 0.121 0.129 0.068 0.051 0.028 0.017 86 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.019 0.063 0.119 0.201 0.279 0.304 87 P 0.115 0.218 0.077 0.288 0.176 0.073 0.036 0.010 0.004 0.002 0.001 88 A 0.005 0.006 0.003 0.013 0.016 0.023 0.074 0.121 0.238 0.254 0.247 89 E 0.106 0.209 0.061 0.259 0.165 0.095 0.061 0.022 0.012 0.005 0.004 90 G 0.137 0.136 0.035 0.141 0.132 0.108 0.119 0.074 0.059 0.035 0.022 91 Y 0.041 0.049 0.021 0.110 0.124 0.137 0.161 0.114 0.101 0.077 0.064 92 K 0.188 0.201 0.074 0.242 0.141 0.071 0.045 0.017 0.011 0.006 0.004 93 V 0.027 0.030 0.014 0.076 0.097 0.105 0.187 0.174 0.150 0.094 0.046 94 Y 0.022 0.069 0.033 0.162 0.185 0.187 0.163 0.082 0.054 0.027 0.016 95 P 0.012 0.015 0.009 0.030 0.037 0.054 0.127 0.159 0.216 0.194 0.147 96 I 0.037 0.038 0.023 0.102 0.109 0.120 0.183 0.143 0.119 0.077 0.051 97 M 0.026 0.021 0.014 0.041 0.041 0.054 0.122 0.163 0.206 0.171 0.141 98 D 0.148 0.173 0.073 0.225 0.144 0.100 0.069 0.033 0.020 0.010 0.005 99 F 0.042 0.067 0.042 0.112 0.112 0.117 0.156 0.122 0.104 0.079 0.046 100 G 0.121 0.085 0.044 0.119 0.114 0.093 0.117 0.093 0.088 0.067 0.060 101 F 0.064 0.088 0.066 0.202 0.172 0.146 0.131 0.058 0.039 0.021 0.012 102 R 0.044 0.110 0.077 0.177 0.180 0.142 0.137 0.063 0.037 0.020 0.012 103 V 0.009 0.005 0.005 0.014 0.014 0.022 0.061 0.102 0.180 0.238 0.351 104 L 0.016 0.033 0.052 0.122 0.175 0.188 0.198 0.086 0.066 0.036 0.027 105 K 0.098 0.169 0.206 0.223 0.104 0.070 0.065 0.029 0.020 0.011 0.006 106 G 0.205 0.097 0.059 0.134 0.111 0.092 0.103 0.068 0.055 0.043 0.032 107 Y 0.030 0.088 0.067 0.157 0.161 0.141 0.156 0.086 0.061 0.034 0.019 108 R 0.043 0.103 0.119 0.252 0.199 0.135 0.095 0.027 0.015 0.007 0.004 109 L 0.008 0.005 0.008 0.016 0.016 0.024 0.071 0.109 0.187 0.236 0.320 110 A 0.014 0.012 0.016 0.046 0.054 0.095 0.225 0.188 0.173 0.112 0.064 111 T 0.016 0.067 0.086 0.162 0.135 0.130 0.158 0.100 0.079 0.043 0.024 112 L 0.004 0.004 0.012 0.012 0.010 0.017 0.056 0.088 0.192 0.277 0.327 113 E 0.029 0.066 0.055 0.231 0.250 0.148 0.121 0.049 0.031 0.013 0.007 114 S 0.023 0.029 0.015 0.038 0.037 0.044 0.114 0.146 0.231 0.192 0.132 115 K 0.196 0.176 0.086 0.234 0.135 0.091 0.046 0.018 0.010 0.005 0.002 116 K 0.100 0.162 0.049 0.180 0.161 0.125 0.119 0.053 0.029 0.015 0.008 117 G 0.167 0.069 0.026 0.096 0.096 0.099 0.138 0.119 0.099 0.061 0.029 118 D 0.107 0.173 0.082 0.290 0.182 0.092 0.047 0.014 0.008 0.004 0.002 119 L 0.003 0.005 0.005 0.016 0.018 0.025 0.080 0.166 0.252 0.248 0.181 120 R 0.011 0.027 0.023 0.157 0.218 0.223 0.185 0.091 0.041 0.016 0.007 121 Y 0.012 0.049 0.041 0.123 0.128 0.132 0.207 0.132 0.100 0.054 0.024 122 V 0.001 0.002 0.001 0.009 0.013 0.023 0.077 0.132 0.229 0.260 0.253 123 N 0.040 0.121 0.058 0.252 0.180 0.116 0.103 0.055 0.042 0.022 0.012 124 S 0.033 0.052 0.013 0.084 0.078 0.089 0.152 0.161 0.152 0.113 0.073 125 P 0.099 0.096 0.043 0.169 0.127 0.121 0.116 0.083 0.067 0.040 0.039 126 V 0.063 0.063 0.025 0.124 0.139 0.169 0.192 0.096 0.071 0.038 0.019 127 S 0.364 0.312 0.078 0.180 0.049 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.007 0.008 0.005 0.029 0.042 0.062 0.158 0.223 0.233 0.167 0.065 129 T 0.002 0.032 0.035 0.198 0.278 0.251 0.143 0.039 0.015 0.005 0.003 130 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.082 0.189 0.226 0.253 0.219 131 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.035 0.153 0.267 0.252 0.177 0.101 132 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.074 0.157 0.294 0.249 0.194 133 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.041 0.098 0.230 0.332 0.284 134 N 0.005 0.016 0.009 0.100 0.147 0.148 0.232 0.162 0.114 0.048 0.020 135 E 0.035 0.066 0.028 0.148 0.140 0.130 0.180 0.133 0.080 0.044 0.017 136 I 0.019 0.040 0.017 0.103 0.142 0.144 0.179 0.151 0.108 0.065 0.033 137 P 0.055 0.101 0.026 0.115 0.126 0.130 0.152 0.110 0.091 0.057 0.036 138 S 0.335 0.147 0.041 0.133 0.104 0.077 0.072 0.039 0.028 0.015 0.008 139 E 0.534 0.178 0.047 0.109 0.051 0.033 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 140 R 0.131 0.112 0.052 0.133 0.097 0.116 0.138 0.080 0.066 0.046 0.029 141 A 0.209 0.134 0.091 0.177 0.118 0.097 0.081 0.038 0.027 0.016 0.010 142 N 0.112 0.146 0.145 0.209 0.142 0.092 0.084 0.036 0.020 0.009 0.004 143 Y 0.003 0.016 0.031 0.103 0.162 0.205 0.224 0.125 0.076 0.040 0.016 144 V 0.001 0.003 0.004 0.018 0.034 0.062 0.161 0.197 0.214 0.180 0.127 145 F 0.001 0.002 0.004 0.022 0.042 0.085 0.219 0.230 0.191 0.133 0.070 146 Y 0.001 0.002 0.005 0.013 0.021 0.038 0.137 0.212 0.257 0.208 0.107 147 M 0.003 0.006 0.006 0.025 0.029 0.039 0.124 0.181 0.237 0.213 0.137 148 L 0.002 0.003 0.003 0.014 0.020 0.031 0.103 0.160 0.252 0.242 0.170 149 E 0.041 0.107 0.068 0.223 0.210 0.137 0.120 0.053 0.028 0.010 0.003 150 E 0.259 0.191 0.056 0.177 0.115 0.075 0.064 0.033 0.018 0.009 0.003