# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3008 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.237 0.247 0.109 0.160 0.025 0.079 0.036 0.024 0.014 0.001 2 K 0.075 0.455 0.265 0.041 0.061 0.038 0.032 0.004 0.022 0.005 0.001 3 I 0.010 0.382 0.401 0.002 0.017 0.028 0.005 0.001 0.154 0.001 0.001 4 P 0.089 0.012 0.828 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 5 K 0.017 0.576 0.264 0.009 0.066 0.030 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 6 I 0.009 0.706 0.234 0.004 0.013 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 7 Y 0.004 0.773 0.142 0.003 0.038 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 8 V 0.007 0.669 0.206 0.006 0.014 0.061 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 9 E 0.016 0.501 0.280 0.030 0.063 0.059 0.005 0.001 0.044 0.001 0.001 10 G 0.021 0.092 0.076 0.018 0.560 0.007 0.022 0.048 0.006 0.149 0.001 11 E 0.051 0.526 0.288 0.031 0.055 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 12 L 0.124 0.292 0.422 0.055 0.022 0.050 0.007 0.002 0.021 0.003 0.001 13 N 0.092 0.381 0.177 0.065 0.109 0.039 0.034 0.006 0.082 0.014 0.001 14 D 0.295 0.046 0.218 0.250 0.024 0.020 0.100 0.009 0.019 0.014 0.004 15 G 0.039 0.003 0.022 0.029 0.025 0.001 0.066 0.659 0.001 0.154 0.001 16 D 0.113 0.147 0.430 0.180 0.028 0.048 0.031 0.005 0.015 0.002 0.001 17 R 0.063 0.494 0.335 0.018 0.048 0.017 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 18 V 0.086 0.625 0.216 0.014 0.021 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 A 0.064 0.564 0.285 0.009 0.040 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 20 I 0.125 0.587 0.158 0.028 0.037 0.037 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 21 E 0.168 0.333 0.328 0.037 0.074 0.030 0.005 0.002 0.017 0.004 0.001 22 K 0.360 0.270 0.088 0.121 0.064 0.021 0.028 0.006 0.036 0.006 0.001 23 D 0.098 0.076 0.104 0.352 0.028 0.021 0.257 0.009 0.049 0.006 0.001 24 G 0.026 0.015 0.072 0.013 0.090 0.001 0.060 0.542 0.001 0.179 0.001 25 N 0.065 0.419 0.325 0.068 0.073 0.026 0.008 0.001 0.011 0.002 0.001 26 A 0.018 0.583 0.326 0.006 0.041 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.012 0.875 0.053 0.005 0.033 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 28 I 0.012 0.662 0.273 0.002 0.012 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 29 F 0.025 0.624 0.200 0.007 0.050 0.045 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 30 L 0.144 0.403 0.318 0.028 0.039 0.035 0.006 0.001 0.023 0.002 0.001 31 E 0.115 0.389 0.294 0.038 0.087 0.028 0.012 0.003 0.029 0.003 0.001 32 K 0.413 0.182 0.270 0.057 0.034 0.018 0.006 0.002 0.010 0.007 0.001 33 D 0.334 0.143 0.235 0.110 0.057 0.046 0.030 0.010 0.027 0.008 0.001 34 E 0.687 0.086 0.108 0.064 0.022 0.013 0.007 0.002 0.007 0.003 0.001 35 E 0.494 0.128 0.154 0.149 0.027 0.019 0.008 0.004 0.014 0.001 0.001 36 Y 0.237 0.175 0.247 0.206 0.018 0.059 0.016 0.004 0.036 0.001 0.001 37 S 0.205 0.202 0.302 0.159 0.031 0.020 0.045 0.005 0.023 0.007 0.001 38 G 0.183 0.021 0.035 0.059 0.052 0.008 0.103 0.196 0.008 0.334 0.001 39 N 0.124 0.030 0.130 0.437 0.012 0.017 0.223 0.005 0.015 0.005 0.001 40 G 0.031 0.004 0.033 0.023 0.021 0.001 0.092 0.747 0.001 0.046 0.001 41 K 0.233 0.365 0.289 0.048 0.026 0.021 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 42 L 0.162 0.435 0.335 0.011 0.015 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 43 L 0.575 0.205 0.139 0.037 0.008 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 Y 0.544 0.191 0.154 0.030 0.055 0.010 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 45 Q 0.701 0.125 0.072 0.022 0.026 0.025 0.014 0.003 0.009 0.002 0.001 46 V 0.708 0.176 0.060 0.019 0.010 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 47 I 0.746 0.099 0.073 0.029 0.003 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 48 Y 0.889 0.034 0.024 0.018 0.005 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 49 D 0.948 0.004 0.006 0.025 0.003 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 50 D 0.924 0.004 0.005 0.043 0.002 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 51 L 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.913 0.001 0.002 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 M 0.775 0.017 0.026 0.167 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 56 S 0.601 0.024 0.099 0.165 0.005 0.041 0.043 0.005 0.010 0.006 0.001 57 L 0.775 0.022 0.046 0.121 0.006 0.008 0.013 0.002 0.004 0.002 0.001 58 D 0.566 0.012 0.035 0.229 0.006 0.031 0.099 0.013 0.008 0.001 0.001 59 T 0.598 0.091 0.049 0.209 0.013 0.013 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 60 L 0.195 0.197 0.372 0.103 0.032 0.065 0.013 0.004 0.017 0.002 0.001 61 K 0.366 0.212 0.148 0.178 0.029 0.026 0.016 0.003 0.018 0.002 0.001 62 K 0.109 0.438 0.254 0.026 0.131 0.014 0.007 0.002 0.015 0.003 0.001 63 D 0.201 0.186 0.294 0.158 0.018 0.076 0.020 0.001 0.043 0.001 0.003 64 V 0.009 0.761 0.124 0.007 0.077 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 65 L 0.005 0.790 0.148 0.002 0.011 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 66 I 0.004 0.849 0.090 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 67 Q 0.009 0.520 0.335 0.003 0.006 0.092 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 68 Y 0.004 0.276 0.281 0.001 0.015 0.053 0.007 0.001 0.361 0.001 0.001 69 P 0.303 0.005 0.508 0.020 0.001 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.121 70 D 0.149 0.086 0.162 0.265 0.081 0.112 0.074 0.019 0.042 0.006 0.004 71 K 0.244 0.157 0.059 0.359 0.044 0.019 0.078 0.016 0.020 0.003 0.001 72 H 0.060 0.306 0.266 0.152 0.066 0.038 0.071 0.009 0.029 0.002 0.001 73 T 0.043 0.651 0.151 0.044 0.077 0.016 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 74 L 0.023 0.633 0.194 0.014 0.099 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 75 T 0.015 0.818 0.089 0.007 0.047 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 76 Y 0.021 0.522 0.269 0.009 0.027 0.106 0.010 0.001 0.036 0.001 0.001 77 L 0.039 0.563 0.311 0.009 0.029 0.028 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 78 K 0.052 0.409 0.472 0.006 0.017 0.019 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 79 A 0.087 0.048 0.801 0.029 0.004 0.010 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 80 G 0.012 0.002 0.023 0.016 0.017 0.002 0.077 0.800 0.001 0.049 0.001 81 T 0.034 0.333 0.538 0.039 0.022 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 82 K 0.007 0.409 0.477 0.011 0.013 0.051 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 83 L 0.009 0.396 0.561 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 84 I 0.007 0.797 0.063 0.007 0.070 0.013 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 85 S 0.003 0.166 0.790 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 86 V 0.002 0.717 0.143 0.001 0.022 0.025 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 87 P 0.006 0.042 0.892 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 88 A 0.100 0.505 0.191 0.063 0.065 0.039 0.003 0.002 0.030 0.001 0.001 89 E 0.079 0.335 0.270 0.157 0.065 0.018 0.041 0.002 0.027 0.006 0.001 90 G 0.006 0.012 0.050 0.024 0.205 0.002 0.077 0.490 0.001 0.130 0.001 91 Y 0.010 0.452 0.428 0.020 0.063 0.011 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 92 K 0.001 0.426 0.516 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 93 V 0.014 0.345 0.545 0.004 0.002 0.073 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 94 Y 0.002 0.650 0.100 0.001 0.039 0.017 0.004 0.001 0.186 0.001 0.001 95 P 0.009 0.054 0.881 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 96 I 0.010 0.584 0.242 0.008 0.022 0.078 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 97 M 0.042 0.421 0.376 0.022 0.054 0.059 0.003 0.001 0.018 0.003 0.001 98 D 0.027 0.318 0.376 0.035 0.096 0.089 0.008 0.002 0.047 0.002 0.001 99 F 0.396 0.145 0.166 0.217 0.032 0.014 0.016 0.002 0.010 0.002 0.001 100 G 0.105 0.007 0.040 0.034 0.042 0.001 0.033 0.547 0.001 0.188 0.001 101 F 0.188 0.155 0.384 0.116 0.043 0.052 0.024 0.005 0.029 0.002 0.002 102 R 0.127 0.406 0.379 0.016 0.012 0.038 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 103 V 0.192 0.472 0.247 0.017 0.010 0.042 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 104 L 0.384 0.284 0.220 0.054 0.009 0.032 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 105 K 0.121 0.262 0.340 0.104 0.093 0.013 0.040 0.002 0.021 0.003 0.001 106 G 0.021 0.008 0.026 0.014 0.050 0.002 0.079 0.627 0.002 0.172 0.001 107 Y 0.056 0.304 0.475 0.035 0.053 0.034 0.010 0.001 0.028 0.002 0.001 108 R 0.150 0.246 0.511 0.026 0.017 0.036 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 109 L 0.184 0.485 0.223 0.032 0.032 0.027 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 110 A 0.139 0.568 0.116 0.021 0.124 0.011 0.003 0.001 0.014 0.002 0.001 111 T 0.132 0.551 0.182 0.013 0.064 0.038 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 112 L 0.140 0.601 0.118 0.028 0.059 0.032 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 113 E 0.210 0.446 0.138 0.080 0.054 0.035 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 114 S 0.203 0.261 0.150 0.196 0.149 0.010 0.012 0.004 0.012 0.004 0.001 115 K 0.111 0.059 0.069 0.092 0.085 0.036 0.395 0.088 0.034 0.031 0.001 116 K 0.090 0.293 0.224 0.291 0.036 0.024 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 117 G 0.018 0.016 0.054 0.008 0.258 0.001 0.017 0.177 0.001 0.451 0.001 118 D 0.038 0.256 0.509 0.043 0.067 0.062 0.008 0.001 0.011 0.002 0.004 119 L 0.007 0.510 0.420 0.002 0.009 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 120 R 0.212 0.483 0.050 0.203 0.027 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 121 Y 0.002 0.745 0.148 0.001 0.085 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 122 V 0.015 0.833 0.067 0.013 0.030 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 123 N 0.013 0.427 0.187 0.021 0.168 0.037 0.021 0.001 0.119 0.004 0.001 124 S 0.017 0.128 0.681 0.003 0.101 0.010 0.005 0.003 0.015 0.035 0.002 125 P 0.085 0.018 0.783 0.045 0.001 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 126 V 0.020 0.494 0.330 0.008 0.054 0.033 0.012 0.001 0.045 0.002 0.001 127 S 0.050 0.177 0.601 0.075 0.011 0.049 0.012 0.001 0.016 0.001 0.005 128 G 0.003 0.017 0.041 0.005 0.438 0.001 0.016 0.253 0.001 0.225 0.001 129 T 0.003 0.568 0.358 0.002 0.035 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 130 V 0.001 0.294 0.614 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 131 I 0.014 0.830 0.072 0.006 0.011 0.030 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 132 F 0.003 0.493 0.403 0.001 0.009 0.066 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 133 M 0.021 0.686 0.127 0.016 0.028 0.056 0.002 0.001 0.064 0.001 0.001 134 N 0.064 0.338 0.259 0.047 0.107 0.108 0.020 0.002 0.048 0.006 0.001 135 E 0.098 0.307 0.226 0.140 0.111 0.050 0.020 0.009 0.029 0.008 0.002 136 I 0.039 0.336 0.391 0.012 0.031 0.036 0.011 0.001 0.140 0.002 0.001 137 P 0.148 0.015 0.756 0.019 0.002 0.031 0.003 0.001 0.002 0.003 0.020 138 S 0.283 0.086 0.170 0.222 0.072 0.043 0.046 0.049 0.016 0.012 0.002 139 E 0.146 0.232 0.264 0.125 0.104 0.022 0.036 0.016 0.040 0.014 0.001 140 R 0.142 0.130 0.504 0.044 0.037 0.039 0.037 0.008 0.041 0.013 0.004 141 A 0.343 0.078 0.355 0.109 0.037 0.025 0.023 0.012 0.005 0.007 0.006 142 N 0.104 0.137 0.118 0.409 0.074 0.040 0.077 0.017 0.020 0.002 0.001 143 Y 0.007 0.658 0.198 0.014 0.098 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 144 V 0.002 0.893 0.062 0.002 0.025 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 145 F 0.001 0.856 0.107 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 146 Y 0.002 0.842 0.097 0.001 0.014 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 147 M 0.003 0.665 0.215 0.001 0.015 0.052 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 148 L 0.018 0.487 0.390 0.009 0.018 0.052 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 149 E 0.021 0.303 0.542 0.010 0.040 0.048 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 150 E 0.430 0.103 0.294 0.068 0.033 0.022 0.012 0.007 0.011 0.018 0.002