# TARGET T0397 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.237 0.061 0.016 0.352 0.009 0.011 0.029 0.031 0.060 0.046 2 K 0.118 0.236 0.156 0.023 0.290 0.011 0.021 0.026 0.024 0.061 0.034 3 I 0.223 0.231 0.134 0.029 0.265 0.007 0.007 0.014 0.010 0.018 0.063 4 P 0.055 0.317 0.089 0.059 0.222 0.066 0.075 0.051 0.023 0.024 0.019 5 K 0.149 0.185 0.027 0.003 0.577 0.002 0.006 0.013 0.008 0.012 0.018 6 I 0.360 0.037 0.002 0.001 0.562 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.025 7 Y 0.217 0.108 0.013 0.005 0.590 0.009 0.008 0.006 0.002 0.007 0.035 8 V 0.243 0.167 0.048 0.007 0.443 0.003 0.003 0.008 0.004 0.010 0.064 9 E 0.145 0.092 0.041 0.064 0.139 0.090 0.087 0.067 0.061 0.106 0.107 10 G 0.075 0.244 0.215 0.083 0.179 0.022 0.016 0.027 0.025 0.060 0.054 11 E 0.133 0.161 0.072 0.035 0.171 0.027 0.040 0.127 0.092 0.082 0.059 12 L 0.065 0.140 0.110 0.079 0.109 0.064 0.078 0.132 0.081 0.104 0.038 13 N 0.073 0.210 0.135 0.056 0.151 0.025 0.024 0.126 0.082 0.080 0.038 14 D 0.057 0.089 0.051 0.037 0.078 0.041 0.067 0.277 0.159 0.113 0.032 15 G 0.071 0.122 0.061 0.033 0.117 0.031 0.059 0.209 0.096 0.148 0.053 16 D 0.177 0.113 0.032 0.014 0.196 0.013 0.019 0.134 0.081 0.133 0.089 17 R 0.151 0.210 0.072 0.016 0.265 0.015 0.019 0.129 0.050 0.039 0.033 18 V 0.196 0.189 0.043 0.007 0.308 0.008 0.013 0.135 0.038 0.026 0.039 19 A 0.201 0.149 0.043 0.011 0.303 0.012 0.018 0.154 0.039 0.031 0.040 20 I 0.154 0.130 0.055 0.030 0.214 0.042 0.044 0.195 0.060 0.039 0.036 21 E 0.082 0.134 0.094 0.080 0.155 0.058 0.055 0.194 0.072 0.052 0.025 22 K 0.041 0.098 0.072 0.104 0.071 0.078 0.086 0.173 0.095 0.153 0.029 23 D 0.097 0.168 0.096 0.057 0.173 0.021 0.030 0.085 0.058 0.142 0.073 24 G 0.197 0.175 0.043 0.022 0.306 0.015 0.016 0.044 0.032 0.070 0.080 25 N 0.160 0.218 0.032 0.009 0.498 0.008 0.014 0.022 0.008 0.012 0.020 26 A 0.334 0.080 0.007 0.002 0.530 0.002 0.002 0.007 0.002 0.005 0.029 27 I 0.278 0.109 0.013 0.003 0.548 0.004 0.003 0.009 0.002 0.003 0.027 28 I 0.294 0.124 0.032 0.010 0.382 0.016 0.011 0.022 0.008 0.021 0.080 29 F 0.175 0.227 0.095 0.030 0.312 0.010 0.009 0.040 0.020 0.029 0.053 30 L 0.069 0.134 0.071 0.065 0.099 0.063 0.056 0.188 0.107 0.104 0.044 31 E 0.114 0.229 0.112 0.022 0.240 0.010 0.016 0.127 0.048 0.040 0.041 32 K 0.078 0.118 0.038 0.014 0.104 0.018 0.029 0.372 0.149 0.051 0.031 33 D 0.087 0.070 0.038 0.017 0.100 0.016 0.026 0.343 0.166 0.091 0.045 34 E 0.056 0.102 0.035 0.020 0.091 0.022 0.042 0.393 0.172 0.047 0.021 35 E 0.064 0.094 0.037 0.020 0.109 0.024 0.058 0.277 0.131 0.147 0.038 36 Y 0.105 0.106 0.042 0.027 0.166 0.027 0.048 0.191 0.089 0.145 0.056 37 S 0.073 0.092 0.052 0.048 0.107 0.063 0.105 0.253 0.089 0.080 0.037 38 G 0.072 0.096 0.099 0.119 0.103 0.068 0.056 0.135 0.061 0.136 0.056 39 N 0.051 0.160 0.078 0.085 0.094 0.044 0.053 0.191 0.113 0.100 0.031 40 G 0.029 0.059 0.053 0.051 0.044 0.044 0.058 0.247 0.165 0.218 0.033 41 K 0.076 0.228 0.105 0.014 0.181 0.008 0.025 0.209 0.072 0.055 0.025 42 L 0.112 0.195 0.057 0.007 0.239 0.007 0.017 0.235 0.056 0.037 0.039 43 L 0.078 0.068 0.022 0.012 0.102 0.013 0.020 0.480 0.111 0.055 0.039 44 Y 0.012 0.026 0.019 0.022 0.022 0.016 0.027 0.713 0.107 0.032 0.005 45 Q 0.023 0.033 0.009 0.005 0.039 0.004 0.012 0.728 0.122 0.016 0.010 46 V 0.016 0.037 0.006 0.003 0.044 0.006 0.016 0.819 0.048 0.003 0.003 47 I 0.014 0.013 0.004 0.001 0.015 0.001 0.006 0.819 0.080 0.034 0.011 48 Y 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.822 0.138 0.015 0.003 49 D 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.894 0.081 0.002 0.001 50 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.896 0.060 0.011 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.812 0.158 0.022 0.002 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.826 0.155 0.004 0.001 53 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.048 0.813 0.106 0.021 0.001 54 Y 0.005 0.006 0.003 0.002 0.011 0.010 0.096 0.613 0.121 0.128 0.004 55 M 0.072 0.085 0.011 0.003 0.107 0.006 0.035 0.419 0.119 0.097 0.047 56 S 0.049 0.075 0.033 0.017 0.074 0.022 0.038 0.369 0.139 0.153 0.032 57 L 0.021 0.099 0.046 0.019 0.072 0.015 0.057 0.433 0.162 0.063 0.013 58 D 0.034 0.072 0.032 0.012 0.049 0.013 0.038 0.336 0.241 0.140 0.033 59 T 0.060 0.126 0.048 0.012 0.130 0.010 0.043 0.243 0.142 0.151 0.035 60 L 0.107 0.163 0.037 0.008 0.225 0.014 0.048 0.191 0.090 0.081 0.037 61 K 0.164 0.153 0.052 0.021 0.262 0.022 0.037 0.096 0.061 0.084 0.048 62 K 0.058 0.190 0.058 0.043 0.208 0.105 0.126 0.116 0.046 0.036 0.013 63 D 0.422 0.022 0.005 0.005 0.314 0.002 0.004 0.009 0.007 0.058 0.151 64 V 0.084 0.231 0.014 0.005 0.649 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 65 L 0.176 0.041 0.003 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 66 I 0.460 0.034 0.002 0.001 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 67 Q 0.081 0.332 0.076 0.011 0.439 0.004 0.006 0.006 0.002 0.017 0.027 68 Y 0.105 0.365 0.268 0.020 0.200 0.005 0.003 0.007 0.002 0.004 0.022 69 P 0.023 0.037 0.028 0.055 0.039 0.135 0.157 0.271 0.178 0.058 0.018 70 D 0.035 0.116 0.122 0.132 0.070 0.081 0.126 0.125 0.095 0.075 0.023 71 K 0.051 0.069 0.034 0.024 0.069 0.028 0.079 0.166 0.201 0.238 0.041 72 H 0.118 0.200 0.047 0.012 0.263 0.034 0.042 0.061 0.067 0.091 0.065 73 T 0.209 0.081 0.019 0.033 0.350 0.020 0.020 0.034 0.041 0.095 0.097 74 L 0.328 0.096 0.024 0.023 0.377 0.017 0.016 0.022 0.012 0.028 0.055 75 T 0.136 0.239 0.032 0.005 0.544 0.003 0.003 0.007 0.004 0.006 0.019 76 Y 0.366 0.092 0.014 0.001 0.420 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.086 77 L 0.074 0.430 0.252 0.012 0.207 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.013 78 K 0.022 0.192 0.589 0.099 0.053 0.016 0.003 0.014 0.003 0.003 0.005 79 A 0.001 0.007 0.007 0.059 0.002 0.132 0.600 0.156 0.029 0.006 0.001 80 G 0.009 0.009 0.015 0.037 0.006 0.007 0.005 0.027 0.040 0.664 0.181 81 T 0.022 0.581 0.077 0.007 0.248 0.011 0.011 0.016 0.011 0.016 0.002 82 K 0.449 0.031 0.007 0.001 0.471 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.031 83 L 0.287 0.148 0.011 0.014 0.457 0.013 0.004 0.004 0.002 0.006 0.053 84 I 0.082 0.302 0.052 0.002 0.527 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.017 85 S 0.488 0.062 0.013 0.001 0.338 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.082 86 V 0.046 0.588 0.073 0.006 0.277 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 87 P 0.277 0.253 0.077 0.002 0.328 0.002 0.002 0.007 0.003 0.005 0.044 88 A 0.157 0.118 0.132 0.069 0.182 0.040 0.024 0.134 0.068 0.027 0.049 89 E 0.002 0.030 0.034 0.224 0.008 0.218 0.250 0.157 0.058 0.019 0.001 90 G 0.019 0.034 0.037 0.068 0.021 0.017 0.020 0.052 0.095 0.554 0.082 91 Y 0.109 0.344 0.072 0.005 0.387 0.003 0.004 0.012 0.015 0.028 0.020 92 K 0.111 0.240 0.032 0.001 0.597 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 93 V 0.444 0.048 0.008 0.003 0.424 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.063 94 Y 0.063 0.338 0.078 0.013 0.470 0.011 0.009 0.006 0.002 0.002 0.006 95 P 0.291 0.090 0.011 0.001 0.556 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.039 96 I 0.278 0.103 0.018 0.009 0.447 0.012 0.020 0.020 0.006 0.021 0.064 97 M 0.147 0.237 0.048 0.014 0.391 0.011 0.019 0.035 0.013 0.042 0.042 98 D 0.238 0.127 0.125 0.036 0.295 0.024 0.019 0.048 0.011 0.024 0.052 99 F 0.030 0.060 0.042 0.162 0.048 0.115 0.091 0.206 0.097 0.121 0.028 100 G 0.026 0.072 0.103 0.292 0.036 0.063 0.026 0.067 0.041 0.209 0.065 101 F 0.085 0.213 0.121 0.022 0.165 0.017 0.028 0.145 0.063 0.099 0.042 102 R 0.130 0.299 0.071 0.003 0.350 0.003 0.008 0.070 0.021 0.018 0.027 103 V 0.355 0.150 0.027 0.004 0.310 0.008 0.012 0.070 0.016 0.010 0.038 104 L 0.078 0.088 0.161 0.126 0.115 0.202 0.080 0.090 0.021 0.022 0.017 105 K 0.015 0.123 0.127 0.353 0.027 0.096 0.128 0.075 0.024 0.022 0.010 106 G 0.025 0.025 0.026 0.076 0.017 0.021 0.010 0.022 0.033 0.564 0.181 107 Y 0.042 0.469 0.123 0.032 0.219 0.021 0.023 0.024 0.014 0.024 0.008 108 R 0.445 0.055 0.010 0.004 0.380 0.003 0.011 0.019 0.007 0.017 0.050 109 L 0.286 0.131 0.023 0.041 0.385 0.042 0.018 0.012 0.004 0.011 0.048 110 A 0.226 0.116 0.015 0.004 0.586 0.004 0.002 0.004 0.002 0.006 0.036 111 T 0.367 0.072 0.009 0.001 0.514 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.029 112 L 0.243 0.155 0.013 0.003 0.540 0.005 0.004 0.006 0.002 0.003 0.026 113 E 0.391 0.063 0.006 0.003 0.382 0.007 0.005 0.006 0.005 0.028 0.104 114 S 0.084 0.286 0.291 0.112 0.158 0.016 0.007 0.009 0.006 0.011 0.019 115 K 0.033 0.115 0.280 0.230 0.055 0.071 0.036 0.068 0.041 0.049 0.022 116 K 0.014 0.076 0.055 0.169 0.025 0.122 0.250 0.129 0.104 0.042 0.014 117 G 0.043 0.105 0.110 0.105 0.082 0.014 0.008 0.021 0.027 0.320 0.167 118 D 0.095 0.295 0.031 0.004 0.524 0.005 0.010 0.010 0.006 0.012 0.009 119 L 0.540 0.020 0.002 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 120 R 0.097 0.231 0.048 0.060 0.388 0.081 0.053 0.011 0.003 0.007 0.020 121 Y 0.243 0.169 0.033 0.002 0.496 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.046 122 V 0.324 0.130 0.030 0.010 0.340 0.015 0.026 0.031 0.013 0.016 0.065 123 N 0.081 0.310 0.152 0.041 0.246 0.026 0.030 0.016 0.015 0.049 0.035 124 S 0.074 0.395 0.245 0.031 0.178 0.007 0.007 0.020 0.018 0.007 0.018 125 P 0.155 0.156 0.054 0.007 0.211 0.009 0.015 0.054 0.100 0.176 0.062 126 V 0.110 0.201 0.113 0.045 0.226 0.046 0.084 0.057 0.038 0.041 0.039 127 S 0.072 0.063 0.054 0.136 0.084 0.150 0.228 0.054 0.043 0.074 0.042 128 G 0.025 0.220 0.209 0.292 0.089 0.053 0.021 0.015 0.015 0.039 0.021 129 T 0.139 0.082 0.003 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 130 V 0.273 0.014 0.001 0.001 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 131 I 0.157 0.029 0.001 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 132 F 0.275 0.053 0.007 0.001 0.604 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.054 133 M 0.330 0.065 0.016 0.009 0.277 0.006 0.005 0.018 0.017 0.089 0.169 134 N 0.095 0.221 0.075 0.033 0.243 0.027 0.071 0.068 0.038 0.084 0.044 135 E 0.098 0.225 0.116 0.031 0.228 0.020 0.033 0.043 0.045 0.107 0.054 136 I 0.116 0.265 0.212 0.020 0.281 0.012 0.012 0.027 0.015 0.012 0.027 137 P 0.079 0.168 0.066 0.022 0.151 0.035 0.062 0.188 0.128 0.071 0.030 138 S 0.045 0.070 0.052 0.047 0.071 0.066 0.172 0.224 0.136 0.099 0.018 139 E 0.033 0.083 0.119 0.129 0.064 0.096 0.107 0.137 0.099 0.108 0.023 140 R 0.087 0.150 0.114 0.068 0.145 0.044 0.068 0.094 0.091 0.079 0.059 141 A 0.110 0.118 0.044 0.031 0.155 0.049 0.086 0.071 0.132 0.141 0.063 142 N 0.144 0.160 0.045 0.023 0.316 0.024 0.046 0.034 0.050 0.097 0.060 143 Y 0.435 0.042 0.004 0.003 0.409 0.005 0.006 0.006 0.007 0.016 0.067 144 V 0.221 0.091 0.010 0.011 0.608 0.006 0.003 0.003 0.003 0.010 0.036 145 F 0.301 0.041 0.003 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 146 Y 0.184 0.127 0.011 0.001 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 147 M 0.226 0.177 0.030 0.002 0.521 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.037 148 L 0.178 0.262 0.111 0.015 0.312 0.008 0.009 0.012 0.007 0.021 0.066 149 E 0.035 0.326 0.313 0.065 0.116 0.029 0.035 0.035 0.019 0.014 0.013 150 E 0.062 0.205 0.185 0.046 0.119 0.052 0.068 0.107 0.062 0.055 0.038