# TARGET T0397 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.390 0.269 0.167 0.109 0.048 0.016 0.001 2 K 0.199 0.298 0.217 0.176 0.087 0.021 0.001 3 I 0.034 0.113 0.177 0.301 0.264 0.104 0.007 4 P 0.038 0.101 0.159 0.256 0.260 0.166 0.020 5 K 0.011 0.089 0.233 0.337 0.229 0.089 0.013 6 I 0.001 0.004 0.016 0.071 0.240 0.506 0.162 7 Y 0.005 0.028 0.096 0.212 0.319 0.305 0.036 8 V 0.001 0.003 0.012 0.059 0.228 0.581 0.116 9 E 0.006 0.058 0.177 0.291 0.327 0.133 0.008 10 G 0.035 0.145 0.244 0.289 0.212 0.071 0.004 11 E 0.227 0.348 0.229 0.138 0.046 0.012 0.001 12 L 0.387 0.284 0.179 0.107 0.036 0.006 0.001 13 N 0.604 0.230 0.101 0.046 0.014 0.003 0.001 14 D 0.719 0.178 0.066 0.028 0.008 0.002 0.001 15 G 0.697 0.196 0.069 0.026 0.009 0.002 0.001 16 D 0.291 0.249 0.211 0.176 0.062 0.010 0.001 17 R 0.461 0.308 0.138 0.066 0.022 0.005 0.001 18 V 0.341 0.356 0.178 0.093 0.027 0.005 0.001 19 A 0.202 0.201 0.221 0.238 0.115 0.023 0.001 20 I 0.421 0.284 0.161 0.095 0.032 0.006 0.001 21 E 0.566 0.232 0.109 0.066 0.022 0.004 0.001 22 K 0.668 0.204 0.076 0.037 0.012 0.003 0.001 23 D 0.537 0.258 0.121 0.059 0.020 0.005 0.001 24 G 0.231 0.236 0.210 0.188 0.102 0.030 0.002 25 N 0.130 0.206 0.224 0.221 0.149 0.066 0.005 26 A 0.050 0.090 0.151 0.256 0.272 0.166 0.014 27 I 0.037 0.049 0.091 0.189 0.313 0.290 0.031 28 I 0.066 0.167 0.244 0.279 0.177 0.063 0.005 29 F 0.111 0.171 0.206 0.244 0.189 0.072 0.007 30 L 0.267 0.313 0.206 0.137 0.058 0.017 0.001 31 E 0.362 0.301 0.181 0.104 0.040 0.010 0.001 32 K 0.325 0.277 0.194 0.128 0.059 0.016 0.001 33 D 0.237 0.208 0.211 0.199 0.113 0.031 0.002 34 E 0.460 0.292 0.141 0.072 0.027 0.007 0.001 35 E 0.550 0.279 0.106 0.046 0.015 0.004 0.001 36 Y 0.211 0.212 0.239 0.231 0.092 0.014 0.001 37 S 0.463 0.264 0.160 0.081 0.026 0.005 0.001 38 G 0.655 0.231 0.071 0.032 0.009 0.002 0.001 39 N 0.561 0.248 0.114 0.056 0.017 0.003 0.001 40 G 0.333 0.292 0.180 0.129 0.053 0.011 0.001 41 K 0.157 0.315 0.267 0.186 0.064 0.012 0.001 42 L 0.046 0.104 0.169 0.286 0.273 0.114 0.008 43 L 0.021 0.042 0.074 0.172 0.307 0.341 0.044 44 Y 0.019 0.067 0.111 0.247 0.293 0.227 0.037 45 Q 0.031 0.136 0.249 0.283 0.197 0.091 0.013 46 V 0.014 0.051 0.115 0.245 0.316 0.223 0.036 47 I 0.005 0.015 0.026 0.085 0.246 0.493 0.129 48 Y 0.003 0.017 0.065 0.208 0.370 0.308 0.030 49 D 0.042 0.261 0.322 0.217 0.113 0.042 0.003 50 D 0.010 0.064 0.212 0.389 0.240 0.077 0.007 51 L 0.003 0.005 0.010 0.052 0.285 0.581 0.064 52 A 0.015 0.100 0.232 0.347 0.234 0.067 0.004 53 K 0.149 0.491 0.233 0.088 0.030 0.008 0.001 54 Y 0.014 0.066 0.232 0.409 0.230 0.048 0.001 55 M 0.024 0.056 0.117 0.291 0.369 0.140 0.004 56 S 0.249 0.400 0.212 0.102 0.031 0.006 0.001 57 L 0.405 0.385 0.144 0.054 0.010 0.002 0.001 58 D 0.426 0.332 0.162 0.066 0.012 0.002 0.001 59 T 0.424 0.371 0.131 0.049 0.021 0.005 0.001 60 L 0.031 0.098 0.201 0.399 0.239 0.032 0.001 61 K 0.050 0.282 0.340 0.237 0.080 0.011 0.001 62 K 0.034 0.188 0.256 0.283 0.182 0.055 0.002 63 D 0.003 0.039 0.164 0.369 0.311 0.109 0.005 64 V 0.001 0.001 0.008 0.058 0.246 0.575 0.111 65 L 0.001 0.001 0.005 0.025 0.130 0.589 0.250 66 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.076 0.543 0.365 67 Q 0.002 0.021 0.103 0.218 0.330 0.290 0.035 68 Y 0.005 0.044 0.155 0.313 0.339 0.134 0.010 69 P 0.082 0.225 0.273 0.277 0.113 0.027 0.002 70 D 0.530 0.313 0.102 0.040 0.012 0.002 0.001 71 K 0.434 0.365 0.144 0.046 0.010 0.001 0.001 72 H 0.180 0.216 0.229 0.245 0.111 0.019 0.001 73 T 0.193 0.319 0.252 0.153 0.065 0.017 0.001 74 L 0.085 0.203 0.234 0.260 0.161 0.054 0.003 75 T 0.038 0.100 0.170 0.269 0.265 0.148 0.010 76 Y 0.017 0.090 0.192 0.320 0.267 0.110 0.004 77 L 0.017 0.055 0.125 0.290 0.364 0.143 0.006 78 K 0.224 0.416 0.231 0.104 0.022 0.003 0.001 79 A 0.342 0.415 0.173 0.061 0.009 0.001 0.001 80 G 0.235 0.395 0.213 0.122 0.033 0.003 0.001 81 T 0.155 0.377 0.263 0.154 0.045 0.007 0.001 82 K 0.121 0.415 0.300 0.129 0.029 0.005 0.001 83 L 0.009 0.024 0.076 0.259 0.427 0.198 0.007 84 I 0.037 0.203 0.271 0.280 0.167 0.040 0.001 85 S 0.042 0.195 0.299 0.271 0.142 0.048 0.003 86 V 0.007 0.030 0.075 0.257 0.391 0.224 0.016 87 P 0.090 0.359 0.302 0.172 0.062 0.014 0.001 88 A 0.034 0.076 0.149 0.332 0.304 0.099 0.006 89 E 0.299 0.397 0.186 0.086 0.026 0.006 0.001 90 G 0.226 0.373 0.231 0.122 0.040 0.008 0.001 91 Y 0.041 0.127 0.225 0.327 0.222 0.057 0.002 92 K 0.090 0.291 0.301 0.219 0.081 0.018 0.001 93 V 0.013 0.037 0.081 0.203 0.354 0.282 0.030 94 Y 0.024 0.055 0.126 0.231 0.291 0.246 0.027 95 P 0.018 0.038 0.069 0.154 0.266 0.358 0.096 96 I 0.025 0.058 0.111 0.189 0.263 0.278 0.076 97 M 0.022 0.050 0.096 0.200 0.301 0.279 0.052 98 D 0.103 0.249 0.246 0.207 0.125 0.058 0.011 99 F 0.089 0.171 0.214 0.247 0.177 0.087 0.015 100 G 0.168 0.207 0.170 0.188 0.164 0.088 0.014 101 F 0.157 0.245 0.246 0.215 0.101 0.031 0.004 102 R 0.253 0.324 0.203 0.136 0.061 0.021 0.002 103 V 0.066 0.107 0.168 0.290 0.265 0.096 0.007 104 L 0.289 0.265 0.198 0.159 0.073 0.016 0.001 105 K 0.447 0.342 0.147 0.052 0.010 0.002 0.001 106 G 0.472 0.296 0.128 0.070 0.027 0.007 0.001 107 Y 0.110 0.240 0.256 0.228 0.123 0.038 0.004 108 R 0.070 0.172 0.224 0.267 0.184 0.076 0.007 109 L 0.032 0.050 0.089 0.185 0.282 0.304 0.057 110 A 0.055 0.076 0.098 0.169 0.257 0.283 0.063 111 T 0.039 0.074 0.125 0.209 0.235 0.244 0.075 112 L 0.017 0.021 0.034 0.093 0.210 0.441 0.184 113 E 0.046 0.114 0.178 0.248 0.240 0.139 0.035 114 S 0.044 0.101 0.162 0.243 0.253 0.164 0.034 115 K 0.129 0.215 0.251 0.231 0.120 0.046 0.007 116 K 0.222 0.330 0.227 0.137 0.061 0.020 0.003 117 G 0.097 0.172 0.181 0.234 0.200 0.106 0.011 118 D 0.074 0.170 0.204 0.247 0.199 0.096 0.011 119 L 0.057 0.072 0.101 0.176 0.241 0.297 0.056 120 R 0.051 0.154 0.220 0.277 0.201 0.084 0.011 121 Y 0.047 0.103 0.173 0.240 0.255 0.159 0.023 122 V 0.036 0.080 0.122 0.246 0.311 0.181 0.025 123 N 0.200 0.370 0.244 0.137 0.038 0.010 0.001 124 S 0.182 0.261 0.216 0.198 0.111 0.029 0.002 125 P 0.225 0.353 0.226 0.147 0.042 0.006 0.001 126 V 0.222 0.294 0.220 0.180 0.072 0.011 0.001 127 S 0.207 0.498 0.230 0.058 0.006 0.001 0.001 128 G 0.009 0.061 0.133 0.276 0.369 0.145 0.007 129 T 0.002 0.034 0.142 0.392 0.302 0.116 0.012 130 V 0.001 0.003 0.011 0.040 0.166 0.583 0.196 131 I 0.001 0.002 0.010 0.037 0.124 0.465 0.361 132 F 0.002 0.007 0.021 0.045 0.113 0.446 0.367 133 M 0.002 0.007 0.017 0.067 0.181 0.442 0.285 134 N 0.007 0.040 0.121 0.225 0.314 0.244 0.048 135 E 0.023 0.090 0.124 0.244 0.298 0.193 0.028 136 I 0.048 0.150 0.226 0.264 0.213 0.088 0.010 137 P 0.181 0.193 0.190 0.240 0.137 0.055 0.005 138 S 0.447 0.291 0.145 0.078 0.031 0.008 0.001 139 E 0.496 0.281 0.119 0.069 0.027 0.008 0.001 140 R 0.398 0.253 0.159 0.119 0.055 0.015 0.001 141 A 0.457 0.268 0.152 0.083 0.032 0.007 0.001 142 N 0.257 0.317 0.240 0.135 0.043 0.008 0.001 143 Y 0.062 0.151 0.245 0.292 0.188 0.059 0.003 144 V 0.014 0.028 0.068 0.199 0.363 0.297 0.030 145 F 0.014 0.020 0.048 0.123 0.283 0.435 0.077 146 Y 0.007 0.007 0.019 0.061 0.160 0.525 0.221 147 M 0.022 0.046 0.081 0.176 0.302 0.326 0.048 148 L 0.031 0.063 0.123 0.233 0.311 0.211 0.029 149 E 0.189 0.234 0.227 0.200 0.106 0.040 0.005 150 E 0.505 0.295 0.115 0.054 0.022 0.008 0.001