# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.003 0.002 0.001 0.079 0.886 2 K 0.140 0.014 0.002 0.001 0.078 0.765 3 I 0.165 0.013 0.001 0.001 0.101 0.720 4 P 0.244 0.008 0.002 0.001 0.133 0.613 5 K 0.781 0.004 0.001 0.001 0.054 0.160 6 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 7 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 8 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 9 E 0.880 0.001 0.001 0.004 0.059 0.055 10 G 0.550 0.004 0.002 0.005 0.283 0.155 11 E 0.675 0.021 0.004 0.006 0.210 0.085 12 L 0.550 0.053 0.016 0.008 0.161 0.212 13 N 0.249 0.024 0.032 0.007 0.642 0.046 14 D 0.098 0.008 0.058 0.006 0.772 0.058 15 G 0.046 0.002 0.025 0.001 0.866 0.061 16 D 0.358 0.007 0.009 0.001 0.533 0.093 17 R 0.815 0.008 0.001 0.001 0.037 0.139 18 V 0.961 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 19 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 20 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 22 K 0.903 0.002 0.001 0.001 0.086 0.009 23 D 0.252 0.002 0.003 0.001 0.707 0.035 24 G 0.082 0.003 0.004 0.001 0.876 0.033 25 N 0.365 0.008 0.002 0.001 0.488 0.136 26 A 0.840 0.004 0.001 0.001 0.038 0.116 27 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 28 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 29 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 30 L 0.870 0.003 0.001 0.001 0.020 0.107 31 E 0.654 0.005 0.003 0.002 0.234 0.102 32 K 0.296 0.006 0.010 0.006 0.539 0.142 33 D 0.133 0.006 0.023 0.012 0.678 0.149 34 E 0.510 0.030 0.021 0.011 0.345 0.084 35 E 0.610 0.041 0.016 0.017 0.109 0.207 36 Y 0.425 0.099 0.032 0.026 0.321 0.097 37 S 0.192 0.022 0.030 0.017 0.630 0.108 38 G 0.065 0.004 0.040 0.020 0.759 0.112 39 N 0.065 0.008 0.028 0.017 0.748 0.135 40 G 0.185 0.019 0.016 0.016 0.355 0.408 41 K 0.457 0.022 0.016 0.034 0.139 0.332 42 L 0.618 0.029 0.018 0.094 0.074 0.168 43 L 0.608 0.009 0.015 0.187 0.053 0.127 44 Y 0.597 0.004 0.019 0.279 0.029 0.072 45 Q 0.472 0.003 0.023 0.407 0.036 0.059 46 V 0.603 0.007 0.027 0.227 0.049 0.088 47 I 0.385 0.009 0.036 0.369 0.063 0.138 48 Y 0.142 0.006 0.042 0.681 0.048 0.082 49 D 0.034 0.002 0.060 0.810 0.059 0.036 50 D 0.010 0.001 0.058 0.872 0.041 0.018 51 L 0.003 0.001 0.033 0.930 0.021 0.012 52 A 0.004 0.001 0.073 0.860 0.042 0.020 53 K 0.004 0.001 0.085 0.762 0.087 0.062 54 Y 0.020 0.005 0.080 0.551 0.128 0.217 55 M 0.043 0.032 0.030 0.381 0.168 0.346 56 S 0.058 0.012 0.016 0.098 0.300 0.516 57 L 0.008 0.001 0.219 0.431 0.240 0.101 58 D 0.022 0.001 0.340 0.227 0.346 0.064 59 T 0.124 0.007 0.344 0.147 0.323 0.055 60 L 0.417 0.019 0.062 0.094 0.160 0.247 61 K 0.688 0.021 0.015 0.029 0.117 0.130 62 K 0.729 0.004 0.004 0.007 0.103 0.152 63 D 0.782 0.001 0.001 0.002 0.066 0.148 64 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 65 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 66 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 Q 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 68 Y 0.657 0.007 0.001 0.001 0.138 0.198 69 P 0.144 0.014 0.001 0.001 0.491 0.349 70 D 0.027 0.006 0.004 0.001 0.731 0.232 71 K 0.082 0.014 0.010 0.003 0.815 0.077 72 H 0.245 0.008 0.011 0.004 0.480 0.250 73 T 0.628 0.017 0.010 0.007 0.174 0.164 74 L 0.760 0.008 0.006 0.010 0.080 0.135 75 T 0.874 0.008 0.004 0.013 0.027 0.074 76 Y 0.923 0.007 0.004 0.008 0.018 0.040 77 L 0.824 0.026 0.005 0.008 0.088 0.049 78 K 0.448 0.007 0.011 0.007 0.510 0.017 79 A 0.124 0.002 0.010 0.005 0.831 0.027 80 G 0.065 0.006 0.005 0.002 0.885 0.037 81 T 0.595 0.018 0.001 0.001 0.247 0.137 82 K 0.922 0.008 0.001 0.001 0.013 0.056 83 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 84 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 85 S 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 86 V 0.879 0.003 0.001 0.002 0.020 0.095 87 P 0.698 0.006 0.003 0.002 0.082 0.208 88 A 0.408 0.018 0.019 0.003 0.336 0.216 89 E 0.160 0.006 0.022 0.003 0.613 0.196 90 G 0.261 0.006 0.018 0.003 0.485 0.227 91 Y 0.723 0.018 0.002 0.001 0.096 0.160 92 K 0.890 0.005 0.001 0.001 0.022 0.082 93 V 0.932 0.006 0.001 0.001 0.014 0.045 94 Y 0.839 0.006 0.003 0.004 0.037 0.111 95 P 0.822 0.005 0.007 0.005 0.047 0.114 96 I 0.747 0.020 0.020 0.015 0.068 0.130 97 M 0.609 0.024 0.040 0.021 0.155 0.151 98 D 0.498 0.016 0.067 0.042 0.270 0.108 99 F 0.257 0.009 0.060 0.073 0.467 0.135 100 G 0.185 0.008 0.035 0.066 0.519 0.186 101 F 0.453 0.011 0.012 0.028 0.240 0.255 102 R 0.802 0.019 0.009 0.023 0.056 0.091 103 V 0.765 0.041 0.008 0.018 0.076 0.091 104 L 0.489 0.019 0.015 0.017 0.433 0.027 105 K 0.158 0.006 0.008 0.018 0.757 0.053 106 G 0.047 0.002 0.011 0.017 0.855 0.066 107 Y 0.424 0.018 0.009 0.013 0.455 0.082 108 R 0.865 0.015 0.003 0.009 0.039 0.069 109 L 0.947 0.003 0.002 0.009 0.017 0.022 110 A 0.948 0.001 0.003 0.015 0.015 0.019 111 T 0.958 0.001 0.002 0.015 0.012 0.013 112 L 0.962 0.001 0.001 0.012 0.013 0.011 113 E 0.931 0.003 0.001 0.011 0.022 0.032 114 S 0.709 0.010 0.003 0.007 0.178 0.093 115 K 0.301 0.008 0.008 0.004 0.506 0.172 116 K 0.190 0.008 0.008 0.004 0.577 0.214 117 G 0.487 0.008 0.002 0.001 0.357 0.145 118 D 0.788 0.005 0.001 0.001 0.048 0.158 119 L 0.960 0.004 0.001 0.001 0.008 0.026 120 R 0.971 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 121 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 122 V 0.962 0.002 0.001 0.001 0.009 0.026 123 N 0.841 0.004 0.001 0.001 0.044 0.109 124 S 0.462 0.004 0.003 0.001 0.133 0.398 125 P 0.365 0.016 0.014 0.001 0.308 0.296 126 V 0.368 0.018 0.019 0.001 0.407 0.187 127 S 0.312 0.006 0.008 0.001 0.469 0.205 128 G 0.745 0.002 0.002 0.001 0.137 0.114 129 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 130 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 131 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 132 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 133 M 0.932 0.002 0.001 0.001 0.015 0.050 134 N 0.732 0.006 0.002 0.001 0.097 0.163 135 E 0.360 0.014 0.007 0.003 0.234 0.382 136 I 0.095 0.013 0.016 0.003 0.541 0.331 137 P 0.030 0.008 0.030 0.006 0.725 0.201 138 S 0.008 0.004 0.158 0.021 0.679 0.129 139 E 0.016 0.012 0.179 0.031 0.608 0.154 140 R 0.027 0.021 0.164 0.014 0.600 0.174 141 A 0.028 0.006 0.111 0.007 0.576 0.272 142 N 0.105 0.006 0.036 0.002 0.483 0.367 143 Y 0.769 0.009 0.004 0.001 0.110 0.108 144 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 145 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 147 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 148 L 0.775 0.002 0.001 0.001 0.013 0.210 149 E 0.313 0.004 0.001 0.001 0.111 0.570 150 E 0.139 0.004 0.022 0.039 0.354 0.441