# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.779 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.103 0.021 0.036 0.034 2 K 0.002 0.046 0.659 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.022 0.132 0.016 0.020 0.085 3 I 0.002 0.018 0.623 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.047 0.122 0.008 0.141 0.028 4 P 0.005 0.004 0.711 0.027 0.001 0.001 0.005 0.002 0.040 0.034 0.007 0.006 0.159 5 K 0.097 0.009 0.115 0.041 0.012 0.003 0.088 0.032 0.156 0.041 0.009 0.321 0.076 6 I 0.311 0.002 0.030 0.011 0.003 0.001 0.155 0.051 0.084 0.007 0.001 0.046 0.296 7 Y 0.367 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.101 0.023 0.042 0.001 0.001 0.408 0.031 8 V 0.226 0.004 0.039 0.006 0.001 0.001 0.046 0.010 0.056 0.001 0.001 0.052 0.557 9 E 0.115 0.003 0.133 0.384 0.004 0.001 0.019 0.004 0.047 0.013 0.010 0.118 0.149 10 G 0.114 0.003 0.128 0.041 0.008 0.001 0.005 0.001 0.017 0.126 0.036 0.383 0.137 11 E 0.054 0.018 0.144 0.013 0.015 0.005 0.009 0.001 0.023 0.094 0.044 0.025 0.556 12 L 0.038 0.077 0.172 0.014 0.019 0.006 0.009 0.002 0.019 0.064 0.059 0.416 0.107 13 N 0.018 0.012 0.242 0.009 0.019 0.004 0.003 0.001 0.004 0.111 0.353 0.025 0.200 14 D 0.008 0.007 0.064 0.005 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.134 0.687 0.043 0.026 15 G 0.003 0.003 0.075 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.651 0.025 0.014 16 D 0.018 0.003 0.332 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.193 0.026 0.075 17 R 0.218 0.007 0.109 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.006 0.410 0.213 18 V 0.580 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.335 19 A 0.753 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.035 20 I 0.774 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.164 21 E 0.559 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.002 0.002 0.141 0.239 22 K 0.225 0.003 0.032 0.010 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.026 0.042 0.295 0.353 23 D 0.013 0.002 0.064 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.606 0.053 0.086 24 G 0.009 0.001 0.055 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.515 0.038 0.024 25 N 0.108 0.006 0.156 0.012 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.147 0.121 0.236 0.199 26 A 0.309 0.004 0.039 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.010 0.002 0.132 0.482 27 I 0.625 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.173 28 I 0.493 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.123 29 F 0.339 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.078 0.517 30 L 0.239 0.003 0.051 0.042 0.001 0.001 0.027 0.001 0.004 0.005 0.001 0.398 0.230 31 E 0.076 0.003 0.215 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.047 0.013 0.213 0.411 32 K 0.019 0.006 0.182 0.017 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.178 0.358 0.076 0.113 33 D 0.006 0.004 0.264 0.024 0.064 0.006 0.001 0.001 0.001 0.212 0.349 0.024 0.047 34 E 0.008 0.010 0.445 0.006 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.228 0.084 0.102 0.052 35 E 0.046 0.052 0.297 0.003 0.032 0.024 0.007 0.001 0.003 0.093 0.055 0.057 0.331 36 Y 0.047 0.128 0.318 0.009 0.014 0.022 0.006 0.001 0.004 0.099 0.026 0.153 0.172 37 S 0.014 0.017 0.359 0.011 0.031 0.043 0.002 0.001 0.003 0.060 0.310 0.037 0.113 38 G 0.007 0.005 0.135 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.001 0.144 0.609 0.028 0.027 39 N 0.004 0.005 0.201 0.007 0.022 0.027 0.001 0.001 0.001 0.219 0.477 0.021 0.016 40 G 0.003 0.004 0.356 0.003 0.016 0.060 0.001 0.001 0.001 0.344 0.181 0.014 0.016 41 K 0.030 0.018 0.417 0.006 0.014 0.162 0.006 0.002 0.004 0.130 0.070 0.067 0.074 42 L 0.085 0.077 0.102 0.002 0.012 0.282 0.042 0.008 0.021 0.024 0.013 0.043 0.290 43 L 0.160 0.014 0.074 0.081 0.011 0.422 0.035 0.007 0.021 0.014 0.013 0.088 0.062 44 Y 0.159 0.003 0.044 0.011 0.006 0.560 0.026 0.010 0.026 0.011 0.009 0.062 0.073 45 Q 0.070 0.001 0.026 0.004 0.006 0.746 0.010 0.005 0.017 0.011 0.009 0.052 0.044 46 V 0.070 0.004 0.037 0.001 0.010 0.727 0.013 0.001 0.013 0.013 0.012 0.046 0.053 47 I 0.027 0.003 0.052 0.001 0.009 0.818 0.004 0.001 0.005 0.015 0.021 0.013 0.030 48 Y 0.006 0.001 0.018 0.002 0.008 0.933 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.004 0.007 49 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.082 0.874 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.070 0.837 0.001 0.001 0.001 0.005 0.081 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.124 0.733 0.001 0.001 0.001 0.006 0.128 0.001 0.001 55 M 0.001 0.011 0.204 0.001 0.029 0.460 0.001 0.001 0.003 0.201 0.084 0.002 0.005 56 S 0.001 0.012 0.530 0.004 0.052 0.130 0.001 0.001 0.001 0.077 0.185 0.004 0.004 57 L 0.001 0.004 0.204 0.001 0.188 0.270 0.001 0.001 0.001 0.141 0.184 0.001 0.006 58 D 0.001 0.002 0.108 0.003 0.356 0.133 0.001 0.001 0.001 0.099 0.291 0.004 0.002 59 T 0.001 0.011 0.224 0.003 0.364 0.116 0.001 0.001 0.007 0.060 0.183 0.005 0.026 60 L 0.005 0.038 0.423 0.011 0.090 0.053 0.004 0.004 0.048 0.159 0.075 0.026 0.065 61 K 0.009 0.016 0.508 0.065 0.040 0.015 0.009 0.006 0.068 0.090 0.065 0.058 0.051 62 K 0.019 0.005 0.294 0.038 0.030 0.009 0.011 0.012 0.138 0.275 0.044 0.052 0.074 63 D 0.061 0.001 0.165 0.310 0.008 0.001 0.028 0.021 0.093 0.148 0.019 0.062 0.083 64 V 0.370 0.001 0.026 0.005 0.001 0.001 0.155 0.088 0.110 0.008 0.001 0.126 0.109 65 L 0.506 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.205 0.135 0.064 0.001 0.001 0.034 0.048 66 I 0.595 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.210 0.054 0.037 0.001 0.001 0.061 0.032 67 Q 0.333 0.003 0.068 0.012 0.001 0.001 0.126 0.034 0.186 0.005 0.001 0.057 0.175 68 Y 0.023 0.005 0.591 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.067 0.052 0.009 0.113 0.121 69 P 0.004 0.015 0.367 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.262 0.228 0.016 0.078 70 D 0.001 0.005 0.219 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.298 0.430 0.013 0.013 71 K 0.001 0.002 0.098 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.421 0.423 0.009 0.007 72 H 0.042 0.014 0.284 0.005 0.040 0.004 0.004 0.001 0.002 0.198 0.188 0.079 0.140 73 T 0.191 0.014 0.139 0.019 0.013 0.003 0.011 0.001 0.002 0.069 0.026 0.138 0.374 74 L 0.579 0.004 0.038 0.018 0.003 0.003 0.017 0.001 0.002 0.008 0.004 0.149 0.175 75 T 0.675 0.004 0.007 0.012 0.001 0.002 0.033 0.001 0.004 0.003 0.001 0.109 0.148 76 Y 0.654 0.002 0.007 0.008 0.001 0.002 0.034 0.006 0.006 0.001 0.001 0.153 0.126 77 L 0.470 0.005 0.024 0.029 0.001 0.003 0.042 0.004 0.012 0.004 0.004 0.088 0.314 78 K 0.193 0.005 0.176 0.021 0.009 0.007 0.015 0.001 0.012 0.030 0.063 0.276 0.192 79 A 0.007 0.004 0.015 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.049 0.840 0.033 0.019 80 G 0.001 0.001 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.952 0.002 0.002 81 T 0.031 0.012 0.413 0.070 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.126 0.072 0.050 0.217 82 K 0.064 0.013 0.105 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.016 0.003 0.644 0.127 83 L 0.085 0.005 0.032 0.012 0.001 0.001 0.037 0.001 0.014 0.005 0.001 0.015 0.795 84 I 0.034 0.001 0.016 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.002 0.001 0.893 0.008 85 S 0.025 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 0.915 86 V 0.023 0.001 0.040 0.026 0.001 0.001 0.008 0.001 0.018 0.003 0.001 0.869 0.011 87 P 0.026 0.003 0.053 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 0.003 0.001 0.008 0.871 88 A 0.064 0.011 0.259 0.059 0.026 0.004 0.026 0.003 0.027 0.022 0.044 0.337 0.117 89 E 0.028 0.006 0.115 0.156 0.040 0.004 0.012 0.002 0.025 0.140 0.295 0.093 0.085 90 G 0.007 0.002 0.101 0.057 0.032 0.003 0.003 0.001 0.018 0.175 0.499 0.042 0.060 91 Y 0.044 0.009 0.301 0.045 0.004 0.001 0.026 0.002 0.071 0.081 0.028 0.090 0.296 92 K 0.033 0.009 0.072 0.003 0.001 0.001 0.024 0.002 0.172 0.013 0.001 0.587 0.085 93 V 0.021 0.010 0.082 0.005 0.001 0.001 0.032 0.004 0.167 0.003 0.001 0.011 0.665 94 Y 0.018 0.005 0.129 0.136 0.001 0.001 0.026 0.005 0.159 0.016 0.002 0.477 0.026 95 P 0.018 0.007 0.209 0.015 0.002 0.003 0.031 0.007 0.230 0.028 0.006 0.022 0.422 96 I 0.030 0.019 0.286 0.031 0.010 0.012 0.047 0.029 0.228 0.027 0.017 0.132 0.132 97 M 0.039 0.023 0.282 0.040 0.017 0.017 0.034 0.012 0.118 0.060 0.033 0.139 0.186 98 D 0.023 0.015 0.446 0.022 0.021 0.014 0.008 0.004 0.041 0.112 0.067 0.078 0.150 99 F 0.012 0.015 0.157 0.025 0.045 0.057 0.004 0.002 0.015 0.136 0.410 0.058 0.062 100 G 0.014 0.009 0.188 0.031 0.037 0.043 0.002 0.001 0.007 0.164 0.400 0.044 0.062 101 F 0.070 0.013 0.271 0.042 0.031 0.043 0.006 0.001 0.009 0.144 0.071 0.079 0.218 102 R 0.212 0.033 0.081 0.007 0.011 0.028 0.021 0.002 0.015 0.021 0.016 0.302 0.250 103 V 0.163 0.024 0.084 0.011 0.016 0.037 0.023 0.002 0.012 0.016 0.027 0.063 0.523 104 L 0.129 0.013 0.129 0.046 0.021 0.044 0.014 0.001 0.006 0.048 0.113 0.306 0.130 105 K 0.018 0.007 0.034 0.023 0.015 0.023 0.002 0.001 0.001 0.094 0.635 0.082 0.068 106 G 0.003 0.001 0.062 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.105 0.776 0.010 0.016 107 Y 0.089 0.008 0.308 0.013 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.123 0.089 0.150 0.206 108 R 0.346 0.018 0.052 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.018 0.007 0.201 0.337 109 L 0.578 0.002 0.023 0.022 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.120 0.226 110 A 0.720 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.077 111 T 0.788 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.142 112 L 0.721 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.098 113 E 0.578 0.002 0.016 0.012 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.012 0.012 0.110 0.238 114 S 0.140 0.004 0.144 0.026 0.007 0.002 0.006 0.001 0.002 0.116 0.154 0.110 0.287 115 K 0.029 0.007 0.120 0.016 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.259 0.341 0.164 0.040 116 K 0.009 0.005 0.087 0.009 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.223 0.571 0.016 0.059 117 G 0.055 0.009 0.214 0.054 0.009 0.001 0.004 0.001 0.004 0.215 0.211 0.138 0.084 118 D 0.143 0.017 0.251 0.009 0.003 0.001 0.033 0.002 0.021 0.039 0.010 0.162 0.309 119 L 0.210 0.016 0.046 0.010 0.001 0.001 0.077 0.003 0.019 0.004 0.001 0.050 0.564 120 R 0.225 0.002 0.023 0.047 0.001 0.001 0.050 0.004 0.019 0.003 0.001 0.594 0.032 121 Y 0.201 0.004 0.022 0.004 0.001 0.001 0.096 0.011 0.059 0.003 0.001 0.023 0.573 122 V 0.213 0.006 0.097 0.063 0.002 0.002 0.081 0.011 0.035 0.009 0.009 0.367 0.105 123 N 0.086 0.017 0.168 0.036 0.003 0.002 0.037 0.004 0.054 0.072 0.021 0.057 0.443 124 S 0.006 0.005 0.446 0.025 0.005 0.002 0.002 0.001 0.021 0.225 0.039 0.178 0.045 125 P 0.005 0.018 0.326 0.034 0.014 0.002 0.002 0.001 0.015 0.315 0.180 0.005 0.084 126 V 0.008 0.028 0.364 0.007 0.016 0.002 0.005 0.003 0.057 0.232 0.075 0.178 0.026 127 S 0.011 0.021 0.413 0.059 0.009 0.001 0.013 0.004 0.044 0.241 0.070 0.007 0.106 128 G 0.028 0.006 0.384 0.028 0.003 0.001 0.039 0.023 0.139 0.157 0.016 0.154 0.025 129 T 0.105 0.004 0.197 0.034 0.001 0.001 0.165 0.123 0.160 0.034 0.001 0.027 0.147 130 V 0.131 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.272 0.402 0.122 0.002 0.001 0.033 0.017 131 I 0.071 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.240 0.627 0.046 0.001 0.001 0.005 0.007 132 F 0.099 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.243 0.547 0.080 0.001 0.001 0.013 0.008 133 M 0.091 0.002 0.124 0.014 0.001 0.001 0.158 0.244 0.270 0.003 0.002 0.021 0.068 134 N 0.031 0.004 0.327 0.055 0.005 0.001 0.029 0.039 0.317 0.072 0.026 0.044 0.050 135 E 0.008 0.012 0.426 0.014 0.011 0.001 0.003 0.003 0.056 0.350 0.031 0.033 0.052 136 I 0.001 0.012 0.606 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.303 0.012 0.022 0.023 137 P 0.001 0.019 0.580 0.012 0.083 0.005 0.001 0.001 0.004 0.111 0.155 0.005 0.024 138 S 0.001 0.009 0.278 0.002 0.133 0.006 0.001 0.001 0.001 0.178 0.376 0.007 0.009 139 E 0.001 0.011 0.302 0.004 0.142 0.008 0.001 0.001 0.001 0.234 0.278 0.006 0.014 140 R 0.001 0.015 0.566 0.005 0.083 0.005 0.001 0.001 0.001 0.231 0.068 0.010 0.014 141 A 0.002 0.006 0.343 0.032 0.080 0.003 0.001 0.001 0.003 0.251 0.237 0.014 0.028 142 N 0.029 0.006 0.327 0.062 0.032 0.001 0.007 0.001 0.015 0.229 0.175 0.064 0.053 143 Y 0.227 0.006 0.104 0.004 0.003 0.001 0.049 0.019 0.111 0.029 0.003 0.173 0.272 144 V 0.318 0.001 0.033 0.039 0.001 0.001 0.178 0.080 0.154 0.007 0.001 0.088 0.101 145 F 0.463 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.290 0.108 0.048 0.001 0.001 0.048 0.034 146 Y 0.442 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.276 0.088 0.055 0.001 0.001 0.092 0.035 147 M 0.274 0.002 0.067 0.005 0.001 0.001 0.196 0.046 0.125 0.003 0.001 0.039 0.244 148 L 0.067 0.007 0.469 0.055 0.002 0.001 0.023 0.015 0.090 0.026 0.008 0.146 0.091 149 E 0.010 0.005 0.562 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.030 0.189 0.029 0.031 0.119 150 E 0.001 0.009 0.652 0.008 0.040 0.008 0.001 0.001 0.006 0.159 0.055 0.023 0.038