# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.075 0.038 0.090 0.075 0.084 0.124 0.125 0.135 0.113 0.078 2 K 0.141 0.163 0.052 0.181 0.149 0.116 0.098 0.044 0.029 0.017 0.009 3 I 0.021 0.020 0.013 0.048 0.063 0.079 0.142 0.163 0.185 0.148 0.118 4 P 0.039 0.042 0.024 0.095 0.117 0.123 0.203 0.153 0.115 0.062 0.027 5 K 0.029 0.075 0.064 0.273 0.232 0.146 0.096 0.043 0.024 0.011 0.006 6 I 0.002 0.003 0.003 0.009 0.013 0.025 0.094 0.181 0.256 0.257 0.158 7 Y 0.002 0.007 0.010 0.064 0.123 0.165 0.234 0.172 0.119 0.067 0.038 8 V 0.001 0.004 0.005 0.012 0.014 0.021 0.089 0.146 0.238 0.262 0.207 9 E 0.004 0.009 0.009 0.061 0.104 0.137 0.218 0.181 0.145 0.084 0.049 10 G 0.169 0.151 0.063 0.173 0.128 0.087 0.101 0.059 0.038 0.020 0.010 11 E 0.039 0.077 0.032 0.189 0.192 0.152 0.161 0.078 0.046 0.025 0.010 12 L 0.005 0.009 0.006 0.025 0.032 0.046 0.103 0.134 0.203 0.208 0.230 13 N 0.150 0.193 0.071 0.188 0.147 0.105 0.082 0.032 0.019 0.008 0.005 14 D 0.323 0.239 0.078 0.159 0.076 0.053 0.041 0.016 0.008 0.004 0.002 15 G 0.554 0.155 0.040 0.097 0.057 0.035 0.028 0.015 0.010 0.007 0.004 16 D 0.150 0.187 0.050 0.195 0.145 0.113 0.086 0.034 0.022 0.012 0.007 17 R 0.020 0.070 0.044 0.214 0.210 0.170 0.134 0.064 0.039 0.022 0.011 18 V 0.003 0.008 0.006 0.030 0.058 0.125 0.232 0.187 0.174 0.114 0.064 19 A 0.002 0.011 0.015 0.070 0.112 0.125 0.222 0.178 0.138 0.085 0.042 20 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.017 0.069 0.129 0.226 0.282 0.257 21 E 0.004 0.020 0.030 0.146 0.207 0.181 0.198 0.104 0.069 0.027 0.013 22 K 0.052 0.088 0.047 0.180 0.168 0.156 0.165 0.078 0.042 0.018 0.006 23 D 0.269 0.214 0.072 0.188 0.104 0.065 0.050 0.021 0.010 0.005 0.002 24 G 0.527 0.160 0.047 0.107 0.060 0.037 0.033 0.015 0.009 0.005 0.002 25 N 0.184 0.250 0.072 0.188 0.122 0.079 0.059 0.023 0.013 0.006 0.003 26 A 0.036 0.051 0.024 0.096 0.105 0.136 0.207 0.138 0.110 0.067 0.031 27 I 0.033 0.051 0.046 0.184 0.188 0.186 0.155 0.074 0.047 0.026 0.012 28 I 0.011 0.027 0.041 0.071 0.102 0.120 0.222 0.163 0.137 0.073 0.033 29 F 0.013 0.028 0.045 0.144 0.164 0.158 0.184 0.114 0.080 0.049 0.021 30 L 0.003 0.007 0.007 0.026 0.051 0.072 0.184 0.179 0.192 0.162 0.118 31 E 0.071 0.130 0.157 0.255 0.199 0.096 0.059 0.019 0.009 0.003 0.001 32 K 0.247 0.248 0.112 0.187 0.094 0.056 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 33 D 0.291 0.215 0.094 0.169 0.098 0.055 0.040 0.018 0.011 0.006 0.003 34 E 0.120 0.095 0.044 0.100 0.112 0.137 0.174 0.093 0.064 0.037 0.025 35 E 0.242 0.299 0.170 0.192 0.064 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.009 0.010 0.008 0.019 0.029 0.069 0.171 0.159 0.186 0.171 0.167 37 S 0.132 0.215 0.093 0.203 0.130 0.084 0.069 0.030 0.022 0.012 0.011 38 G 0.646 0.154 0.057 0.066 0.030 0.022 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 39 N 0.353 0.201 0.079 0.161 0.089 0.052 0.037 0.013 0.008 0.004 0.002 40 G 0.208 0.175 0.063 0.195 0.134 0.098 0.068 0.029 0.017 0.009 0.005 41 K 0.002 0.021 0.018 0.112 0.195 0.251 0.228 0.091 0.052 0.022 0.009 42 L 0.001 0.004 0.007 0.022 0.041 0.084 0.198 0.215 0.190 0.141 0.096 43 L 0.001 0.002 0.003 0.017 0.038 0.067 0.194 0.214 0.209 0.153 0.103 44 Y 0.001 0.003 0.004 0.023 0.037 0.055 0.188 0.228 0.224 0.156 0.079 45 Q 0.041 0.047 0.041 0.204 0.187 0.158 0.139 0.074 0.059 0.032 0.017 46 V 0.014 0.022 0.026 0.087 0.102 0.122 0.233 0.176 0.119 0.067 0.033 47 I 0.001 0.007 0.008 0.026 0.032 0.054 0.158 0.190 0.211 0.202 0.112 48 Y 0.001 0.002 0.006 0.012 0.027 0.056 0.198 0.184 0.199 0.173 0.141 49 D 0.070 0.095 0.288 0.299 0.150 0.055 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 50 D 0.006 0.026 0.033 0.131 0.176 0.214 0.262 0.091 0.039 0.016 0.007 51 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.005 0.029 0.086 0.246 0.318 0.305 52 A 0.001 0.002 0.012 0.045 0.127 0.265 0.352 0.110 0.056 0.021 0.009 53 K 0.014 0.037 0.628 0.210 0.069 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.002 0.005 0.012 0.032 0.110 0.377 0.218 0.142 0.074 0.028 55 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.047 0.121 0.227 0.307 0.282 56 S 0.048 0.223 0.231 0.250 0.139 0.062 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 57 L 0.029 0.054 0.107 0.170 0.161 0.176 0.154 0.073 0.047 0.022 0.008 58 D 0.570 0.158 0.053 0.088 0.048 0.032 0.029 0.012 0.006 0.003 0.002 59 T 0.179 0.185 0.108 0.194 0.109 0.092 0.081 0.026 0.015 0.006 0.005 60 L 0.012 0.008 0.007 0.016 0.022 0.044 0.112 0.134 0.199 0.229 0.216 61 K 0.070 0.154 0.127 0.232 0.173 0.120 0.079 0.024 0.013 0.005 0.002 62 K 0.033 0.046 0.091 0.153 0.145 0.118 0.171 0.108 0.073 0.041 0.021 63 D 0.022 0.066 0.068 0.305 0.229 0.170 0.086 0.031 0.013 0.007 0.004 64 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.055 0.192 0.248 0.237 0.160 0.078 65 L 0.001 0.002 0.003 0.015 0.028 0.050 0.151 0.214 0.226 0.184 0.127 66 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.092 0.151 0.256 0.264 0.205 67 Q 0.012 0.046 0.040 0.204 0.161 0.112 0.160 0.112 0.088 0.044 0.022 68 Y 0.001 0.002 0.001 0.010 0.021 0.046 0.152 0.215 0.249 0.194 0.109 69 P 0.051 0.132 0.059 0.246 0.187 0.123 0.100 0.052 0.032 0.013 0.005 70 D 0.215 0.168 0.037 0.181 0.139 0.100 0.088 0.039 0.021 0.008 0.003 71 K 0.513 0.185 0.054 0.137 0.057 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 72 H 0.078 0.106 0.033 0.134 0.132 0.158 0.151 0.090 0.065 0.037 0.016 73 T 0.061 0.139 0.062 0.221 0.183 0.137 0.098 0.048 0.029 0.015 0.007 74 L 0.015 0.020 0.021 0.074 0.109 0.140 0.208 0.163 0.133 0.078 0.039 75 T 0.007 0.027 0.043 0.145 0.187 0.189 0.194 0.097 0.062 0.032 0.017 76 Y 0.006 0.018 0.026 0.072 0.081 0.083 0.173 0.163 0.171 0.128 0.079 77 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.022 0.079 0.131 0.197 0.224 0.330 78 K 0.058 0.158 0.292 0.260 0.129 0.058 0.030 0.008 0.005 0.002 0.001 79 A 0.120 0.151 0.075 0.253 0.153 0.118 0.091 0.023 0.010 0.004 0.001 80 G 0.496 0.160 0.051 0.118 0.060 0.032 0.028 0.019 0.015 0.010 0.012 81 T 0.025 0.118 0.064 0.209 0.193 0.180 0.130 0.044 0.023 0.009 0.005 82 K 0.054 0.211 0.125 0.316 0.189 0.075 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.079 0.201 0.279 0.402 84 I 0.007 0.026 0.032 0.184 0.247 0.207 0.196 0.062 0.027 0.008 0.004 85 S 0.023 0.134 0.075 0.238 0.153 0.117 0.121 0.060 0.043 0.023 0.014 86 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.024 0.072 0.125 0.199 0.266 0.290 87 P 0.172 0.267 0.089 0.263 0.134 0.046 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 88 A 0.009 0.008 0.004 0.016 0.021 0.030 0.090 0.132 0.237 0.235 0.216 89 E 0.121 0.246 0.068 0.246 0.152 0.081 0.051 0.018 0.010 0.004 0.004 90 G 0.176 0.152 0.040 0.141 0.130 0.101 0.103 0.062 0.048 0.029 0.019 91 Y 0.049 0.059 0.026 0.114 0.126 0.138 0.159 0.107 0.090 0.072 0.059 92 K 0.215 0.212 0.078 0.218 0.126 0.067 0.044 0.017 0.012 0.006 0.004 93 V 0.043 0.040 0.018 0.083 0.098 0.103 0.167 0.149 0.141 0.098 0.060 94 Y 0.066 0.126 0.049 0.166 0.161 0.136 0.126 0.069 0.052 0.029 0.019 95 P 0.103 0.093 0.042 0.114 0.103 0.105 0.137 0.098 0.095 0.067 0.042 96 I 0.084 0.063 0.032 0.112 0.109 0.111 0.156 0.115 0.099 0.071 0.048 97 M 0.072 0.054 0.037 0.097 0.090 0.099 0.146 0.128 0.125 0.087 0.066 98 D 0.202 0.198 0.099 0.202 0.118 0.080 0.053 0.023 0.014 0.007 0.004 99 F 0.048 0.072 0.053 0.115 0.110 0.118 0.152 0.115 0.098 0.074 0.045 100 G 0.145 0.078 0.040 0.094 0.096 0.089 0.124 0.100 0.095 0.073 0.064 101 F 0.081 0.100 0.083 0.218 0.171 0.127 0.107 0.048 0.034 0.019 0.012 102 R 0.039 0.104 0.081 0.173 0.173 0.146 0.143 0.066 0.040 0.022 0.013 103 V 0.011 0.006 0.007 0.017 0.017 0.025 0.068 0.109 0.184 0.235 0.321 104 L 0.021 0.035 0.054 0.120 0.169 0.187 0.200 0.088 0.064 0.036 0.026 105 K 0.092 0.171 0.226 0.229 0.103 0.066 0.057 0.025 0.017 0.010 0.005 106 G 0.133 0.070 0.048 0.110 0.105 0.099 0.133 0.098 0.085 0.069 0.051 107 Y 0.038 0.096 0.073 0.169 0.162 0.139 0.145 0.077 0.053 0.030 0.018 108 R 0.033 0.081 0.108 0.225 0.199 0.152 0.122 0.039 0.023 0.012 0.007 109 L 0.008 0.005 0.009 0.018 0.017 0.025 0.071 0.109 0.184 0.235 0.320 110 A 0.012 0.011 0.017 0.045 0.053 0.090 0.219 0.190 0.178 0.118 0.067 111 T 0.016 0.065 0.091 0.168 0.140 0.131 0.155 0.097 0.075 0.040 0.022 112 L 0.004 0.004 0.012 0.012 0.010 0.018 0.057 0.090 0.195 0.276 0.322 113 E 0.027 0.064 0.054 0.226 0.247 0.149 0.126 0.051 0.033 0.014 0.007 114 S 0.024 0.030 0.015 0.038 0.036 0.044 0.116 0.147 0.230 0.189 0.132 115 K 0.211 0.181 0.089 0.225 0.131 0.087 0.043 0.017 0.009 0.004 0.002 116 K 0.110 0.168 0.049 0.174 0.154 0.122 0.117 0.053 0.029 0.015 0.008 117 G 0.179 0.074 0.027 0.095 0.096 0.098 0.130 0.112 0.095 0.062 0.032 118 D 0.111 0.161 0.075 0.257 0.177 0.103 0.065 0.023 0.015 0.008 0.005 119 L 0.005 0.009 0.009 0.026 0.028 0.036 0.101 0.173 0.236 0.219 0.160 120 R 0.022 0.035 0.027 0.148 0.193 0.202 0.184 0.101 0.052 0.023 0.012 121 Y 0.016 0.051 0.043 0.134 0.140 0.139 0.198 0.119 0.088 0.048 0.023 122 V 0.002 0.002 0.002 0.010 0.014 0.023 0.076 0.129 0.223 0.260 0.260 123 N 0.039 0.110 0.057 0.239 0.175 0.121 0.110 0.060 0.047 0.026 0.015 124 S 0.034 0.049 0.014 0.072 0.067 0.083 0.149 0.161 0.160 0.125 0.086 125 P 0.115 0.102 0.046 0.170 0.124 0.116 0.111 0.078 0.062 0.038 0.037 126 V 0.056 0.055 0.024 0.111 0.127 0.160 0.198 0.106 0.086 0.050 0.028 127 S 0.332 0.306 0.086 0.196 0.058 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 128 G 0.007 0.008 0.005 0.028 0.043 0.063 0.160 0.224 0.232 0.165 0.065 129 T 0.001 0.023 0.025 0.160 0.257 0.262 0.179 0.056 0.023 0.009 0.005 130 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.072 0.179 0.226 0.262 0.235 131 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.026 0.133 0.256 0.266 0.191 0.116 132 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.062 0.145 0.285 0.267 0.217 133 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.041 0.097 0.230 0.324 0.294 134 N 0.004 0.016 0.009 0.096 0.137 0.145 0.229 0.172 0.120 0.052 0.021 135 E 0.017 0.038 0.014 0.096 0.112 0.120 0.194 0.178 0.124 0.075 0.032 136 I 0.019 0.040 0.017 0.101 0.131 0.135 0.174 0.157 0.118 0.071 0.038 137 P 0.155 0.157 0.033 0.160 0.140 0.115 0.105 0.059 0.040 0.023 0.014 138 S 0.293 0.131 0.038 0.131 0.105 0.087 0.089 0.053 0.039 0.023 0.011 139 E 0.474 0.189 0.046 0.128 0.060 0.042 0.030 0.014 0.009 0.005 0.003 140 R 0.065 0.109 0.050 0.169 0.143 0.145 0.146 0.074 0.051 0.030 0.018 141 A 0.105 0.089 0.048 0.136 0.117 0.118 0.143 0.095 0.074 0.047 0.028 142 N 0.048 0.108 0.085 0.283 0.228 0.130 0.080 0.023 0.010 0.004 0.002 143 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.016 0.033 0.124 0.202 0.267 0.226 0.121 144 V 0.001 0.006 0.009 0.075 0.125 0.162 0.223 0.164 0.118 0.073 0.044 145 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.026 0.114 0.215 0.269 0.235 0.120 146 Y 0.001 0.002 0.005 0.023 0.041 0.071 0.200 0.243 0.218 0.135 0.062 147 M 0.001 0.004 0.004 0.012 0.014 0.020 0.087 0.157 0.255 0.268 0.178 148 L 0.001 0.004 0.004 0.031 0.049 0.064 0.159 0.196 0.240 0.164 0.088 149 E 0.092 0.197 0.085 0.251 0.168 0.096 0.068 0.026 0.012 0.004 0.001 150 E 0.269 0.163 0.055 0.176 0.127 0.081 0.067 0.034 0.017 0.008 0.003