# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.183 0.250 0.113 0.158 0.022 0.096 0.065 0.017 0.025 0.001 2 K 0.083 0.376 0.288 0.054 0.091 0.027 0.036 0.012 0.015 0.016 0.001 3 I 0.010 0.396 0.387 0.002 0.021 0.026 0.007 0.001 0.150 0.001 0.001 4 P 0.105 0.011 0.808 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 5 K 0.023 0.586 0.253 0.011 0.063 0.029 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 6 I 0.012 0.693 0.241 0.004 0.012 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 7 Y 0.006 0.745 0.155 0.003 0.040 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 8 V 0.010 0.690 0.180 0.008 0.013 0.056 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 9 E 0.028 0.406 0.313 0.041 0.106 0.048 0.010 0.002 0.042 0.003 0.001 10 G 0.038 0.056 0.070 0.020 0.382 0.006 0.055 0.121 0.006 0.246 0.001 11 E 0.073 0.321 0.365 0.070 0.062 0.055 0.015 0.003 0.030 0.002 0.005 12 L 0.116 0.333 0.408 0.040 0.029 0.047 0.004 0.002 0.016 0.002 0.001 13 N 0.116 0.350 0.201 0.111 0.070 0.068 0.025 0.004 0.048 0.007 0.001 14 D 0.190 0.120 0.206 0.290 0.042 0.020 0.078 0.005 0.042 0.007 0.001 15 G 0.027 0.003 0.021 0.021 0.032 0.001 0.027 0.611 0.001 0.257 0.001 16 D 0.051 0.114 0.411 0.221 0.041 0.059 0.069 0.010 0.020 0.003 0.002 17 R 0.005 0.623 0.301 0.005 0.047 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 18 V 0.007 0.781 0.154 0.004 0.016 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 19 A 0.002 0.798 0.142 0.001 0.036 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 I 0.004 0.833 0.102 0.002 0.020 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 E 0.009 0.701 0.208 0.004 0.033 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 K 0.074 0.578 0.131 0.038 0.099 0.026 0.008 0.001 0.040 0.004 0.001 23 D 0.064 0.185 0.203 0.138 0.076 0.040 0.177 0.006 0.099 0.011 0.002 24 G 0.054 0.013 0.064 0.027 0.076 0.001 0.078 0.395 0.001 0.290 0.001 25 N 0.095 0.169 0.237 0.278 0.072 0.027 0.078 0.024 0.014 0.006 0.002 26 A 0.010 0.579 0.304 0.009 0.072 0.012 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.005 0.816 0.135 0.003 0.016 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 28 I 0.005 0.804 0.144 0.002 0.017 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 29 F 0.006 0.625 0.270 0.002 0.022 0.048 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 30 L 0.030 0.542 0.336 0.011 0.017 0.041 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 31 E 0.031 0.437 0.389 0.016 0.057 0.029 0.004 0.001 0.034 0.002 0.001 32 K 0.253 0.196 0.375 0.066 0.046 0.019 0.014 0.004 0.012 0.015 0.001 33 D 0.200 0.116 0.199 0.209 0.065 0.042 0.103 0.034 0.024 0.008 0.001 34 E 0.301 0.214 0.325 0.075 0.038 0.022 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 35 E 0.197 0.243 0.370 0.093 0.024 0.036 0.008 0.002 0.025 0.001 0.001 36 Y 0.123 0.281 0.380 0.079 0.015 0.063 0.005 0.001 0.050 0.001 0.001 37 S 0.152 0.104 0.551 0.091 0.021 0.023 0.027 0.004 0.014 0.011 0.001 38 G 0.164 0.019 0.030 0.049 0.051 0.004 0.076 0.344 0.004 0.259 0.001 39 N 0.155 0.070 0.173 0.440 0.017 0.016 0.104 0.006 0.014 0.004 0.001 40 G 0.024 0.014 0.072 0.023 0.050 0.003 0.127 0.615 0.001 0.070 0.001 41 K 0.134 0.411 0.334 0.034 0.028 0.034 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 42 L 0.102 0.398 0.431 0.007 0.012 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 L 0.412 0.305 0.169 0.061 0.012 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 44 Y 0.229 0.354 0.205 0.030 0.139 0.014 0.010 0.003 0.010 0.004 0.001 45 Q 0.363 0.327 0.160 0.020 0.056 0.038 0.011 0.003 0.017 0.002 0.001 46 V 0.369 0.372 0.152 0.024 0.029 0.029 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 47 I 0.411 0.153 0.288 0.020 0.006 0.086 0.002 0.001 0.031 0.002 0.001 48 Y 0.903 0.026 0.022 0.021 0.005 0.014 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 49 D 0.964 0.003 0.005 0.019 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.929 0.003 0.005 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 L 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.794 0.001 0.004 0.196 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 M 0.444 0.054 0.117 0.344 0.004 0.014 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 56 S 0.257 0.056 0.163 0.210 0.014 0.116 0.134 0.010 0.026 0.014 0.001 57 L 0.623 0.058 0.082 0.167 0.013 0.016 0.021 0.005 0.012 0.004 0.001 58 D 0.512 0.023 0.062 0.247 0.011 0.041 0.081 0.009 0.013 0.001 0.001 59 T 0.533 0.071 0.042 0.311 0.012 0.013 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 60 L 0.115 0.332 0.314 0.089 0.056 0.059 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 61 K 0.221 0.349 0.157 0.174 0.037 0.027 0.008 0.002 0.022 0.002 0.001 62 K 0.056 0.521 0.233 0.013 0.146 0.011 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 63 D 0.175 0.190 0.304 0.152 0.019 0.087 0.021 0.001 0.049 0.001 0.003 64 V 0.007 0.750 0.136 0.006 0.080 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 65 L 0.003 0.832 0.115 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 66 I 0.004 0.847 0.095 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 67 Q 0.010 0.535 0.319 0.003 0.007 0.089 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 68 Y 0.005 0.278 0.273 0.001 0.014 0.058 0.007 0.001 0.363 0.001 0.001 69 P 0.275 0.006 0.542 0.026 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.108 70 D 0.096 0.103 0.191 0.199 0.106 0.142 0.072 0.019 0.062 0.008 0.003 71 K 0.307 0.113 0.070 0.353 0.032 0.018 0.071 0.016 0.015 0.004 0.001 72 H 0.100 0.182 0.218 0.213 0.067 0.030 0.133 0.029 0.024 0.003 0.001 73 T 0.056 0.634 0.160 0.054 0.061 0.017 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 74 L 0.028 0.556 0.287 0.014 0.056 0.033 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 75 T 0.026 0.786 0.098 0.011 0.047 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 76 Y 0.025 0.458 0.297 0.013 0.031 0.120 0.014 0.001 0.041 0.001 0.001 77 L 0.045 0.497 0.364 0.012 0.031 0.030 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 78 K 0.066 0.436 0.419 0.009 0.020 0.021 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 79 A 0.086 0.062 0.775 0.033 0.006 0.012 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 80 G 0.013 0.003 0.028 0.018 0.022 0.003 0.081 0.776 0.001 0.055 0.001 81 T 0.033 0.362 0.510 0.037 0.026 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 82 K 0.008 0.406 0.479 0.011 0.014 0.053 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 83 L 0.007 0.438 0.522 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 84 I 0.008 0.803 0.062 0.008 0.067 0.013 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 85 S 0.003 0.208 0.750 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 86 V 0.001 0.732 0.127 0.001 0.020 0.025 0.001 0.001 0.092 0.001 0.001 87 P 0.006 0.050 0.891 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 88 A 0.106 0.503 0.186 0.062 0.067 0.039 0.003 0.003 0.029 0.001 0.001 89 E 0.083 0.320 0.282 0.151 0.072 0.017 0.041 0.002 0.024 0.007 0.001 90 G 0.008 0.011 0.048 0.024 0.178 0.002 0.083 0.497 0.001 0.148 0.001 91 Y 0.015 0.437 0.446 0.019 0.054 0.012 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 92 K 0.003 0.454 0.482 0.001 0.007 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 93 V 0.020 0.363 0.526 0.006 0.002 0.064 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 94 Y 0.006 0.607 0.134 0.001 0.045 0.020 0.005 0.001 0.182 0.001 0.001 95 P 0.032 0.029 0.858 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 96 I 0.048 0.499 0.264 0.023 0.035 0.075 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 97 M 0.125 0.332 0.366 0.041 0.054 0.054 0.005 0.002 0.016 0.006 0.001 98 D 0.120 0.303 0.235 0.096 0.103 0.065 0.027 0.004 0.043 0.003 0.001 99 F 0.302 0.192 0.184 0.239 0.044 0.011 0.014 0.002 0.009 0.002 0.001 100 G 0.081 0.012 0.047 0.026 0.064 0.001 0.037 0.557 0.002 0.172 0.001 101 F 0.173 0.214 0.406 0.070 0.050 0.044 0.012 0.003 0.024 0.002 0.001 102 R 0.115 0.412 0.390 0.012 0.010 0.042 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 103 V 0.232 0.502 0.177 0.025 0.012 0.034 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 104 L 0.307 0.350 0.228 0.048 0.016 0.031 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 105 K 0.125 0.273 0.339 0.110 0.077 0.013 0.036 0.002 0.022 0.003 0.001 106 G 0.020 0.007 0.026 0.014 0.044 0.002 0.080 0.654 0.002 0.151 0.001 107 Y 0.053 0.300 0.490 0.037 0.049 0.033 0.011 0.001 0.024 0.002 0.001 108 R 0.104 0.312 0.501 0.019 0.018 0.034 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 109 L 0.171 0.504 0.228 0.026 0.028 0.026 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 110 A 0.148 0.566 0.112 0.021 0.125 0.010 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 111 T 0.140 0.541 0.180 0.013 0.071 0.037 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 112 L 0.157 0.592 0.117 0.028 0.053 0.032 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 113 E 0.239 0.431 0.127 0.087 0.047 0.033 0.005 0.001 0.028 0.002 0.001 114 S 0.220 0.251 0.146 0.205 0.137 0.010 0.012 0.004 0.011 0.005 0.001 115 K 0.110 0.049 0.062 0.091 0.070 0.034 0.428 0.095 0.032 0.029 0.001 116 K 0.105 0.256 0.224 0.322 0.031 0.022 0.015 0.002 0.021 0.001 0.001 117 G 0.019 0.013 0.049 0.008 0.222 0.001 0.020 0.217 0.001 0.450 0.001 118 D 0.051 0.244 0.481 0.060 0.074 0.062 0.009 0.002 0.011 0.002 0.004 119 L 0.009 0.543 0.387 0.003 0.013 0.033 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 120 R 0.213 0.483 0.054 0.198 0.028 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 121 Y 0.003 0.753 0.146 0.001 0.080 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 122 V 0.014 0.840 0.060 0.013 0.031 0.015 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 123 N 0.011 0.422 0.183 0.016 0.148 0.037 0.028 0.001 0.151 0.003 0.001 124 S 0.016 0.112 0.727 0.003 0.079 0.010 0.005 0.003 0.013 0.031 0.003 125 P 0.062 0.022 0.820 0.030 0.001 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 126 V 0.020 0.482 0.346 0.008 0.047 0.039 0.011 0.001 0.044 0.001 0.001 127 S 0.060 0.202 0.555 0.087 0.013 0.048 0.012 0.001 0.017 0.002 0.004 128 G 0.004 0.024 0.046 0.006 0.517 0.001 0.016 0.194 0.001 0.192 0.001 129 T 0.003 0.607 0.315 0.002 0.038 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 130 V 0.001 0.333 0.572 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 131 I 0.008 0.839 0.074 0.003 0.010 0.027 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 132 F 0.004 0.403 0.476 0.001 0.005 0.085 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 133 M 0.027 0.639 0.142 0.022 0.035 0.065 0.002 0.001 0.066 0.001 0.001 134 N 0.080 0.322 0.215 0.065 0.139 0.093 0.025 0.003 0.049 0.008 0.001 135 E 0.089 0.278 0.252 0.150 0.099 0.054 0.021 0.009 0.037 0.008 0.003 136 I 0.046 0.297 0.465 0.013 0.033 0.038 0.009 0.001 0.094 0.003 0.001 137 P 0.149 0.020 0.695 0.036 0.003 0.058 0.006 0.002 0.005 0.003 0.024 138 S 0.329 0.080 0.163 0.177 0.083 0.024 0.053 0.062 0.009 0.020 0.001 139 E 0.134 0.123 0.155 0.269 0.078 0.044 0.104 0.035 0.048 0.009 0.001 140 R 0.085 0.259 0.419 0.037 0.044 0.034 0.034 0.004 0.079 0.004 0.002 141 A 0.170 0.078 0.646 0.030 0.017 0.029 0.007 0.004 0.003 0.004 0.012 142 N 0.116 0.208 0.158 0.367 0.065 0.030 0.025 0.007 0.020 0.002 0.001 143 Y 0.003 0.638 0.163 0.004 0.174 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 144 V 0.002 0.886 0.080 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 145 F 0.001 0.859 0.099 0.001 0.020 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.823 0.113 0.001 0.015 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 147 M 0.005 0.619 0.292 0.002 0.004 0.053 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 148 L 0.010 0.601 0.246 0.006 0.039 0.054 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 149 E 0.060 0.172 0.635 0.024 0.022 0.064 0.002 0.001 0.015 0.003 0.001 150 E 0.390 0.165 0.159 0.127 0.079 0.016 0.026 0.010 0.017 0.011 0.001