# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.334 0.185 0.009 0.274 0.005 0.010 0.033 0.017 0.020 0.021 2 K 0.119 0.332 0.162 0.007 0.280 0.006 0.017 0.022 0.010 0.018 0.027 3 I 0.075 0.419 0.252 0.008 0.213 0.002 0.006 0.006 0.002 0.004 0.013 4 P 0.070 0.449 0.078 0.005 0.356 0.006 0.007 0.009 0.004 0.004 0.011 5 K 0.178 0.160 0.019 0.002 0.579 0.003 0.011 0.012 0.008 0.007 0.020 6 I 0.306 0.076 0.008 0.002 0.553 0.004 0.005 0.005 0.003 0.005 0.033 7 Y 0.237 0.141 0.016 0.003 0.541 0.003 0.005 0.004 0.002 0.012 0.035 8 V 0.351 0.106 0.048 0.008 0.398 0.003 0.002 0.003 0.002 0.013 0.067 9 E 0.063 0.030 0.019 0.134 0.062 0.216 0.298 0.065 0.036 0.033 0.042 10 G 0.054 0.133 0.119 0.168 0.107 0.115 0.038 0.041 0.061 0.108 0.055 11 E 0.242 0.113 0.048 0.008 0.382 0.006 0.009 0.026 0.027 0.067 0.071 12 L 0.167 0.177 0.045 0.041 0.220 0.061 0.045 0.077 0.053 0.061 0.054 13 N 0.076 0.067 0.146 0.321 0.059 0.127 0.051 0.036 0.026 0.048 0.044 14 D 0.034 0.043 0.042 0.236 0.034 0.133 0.168 0.087 0.062 0.125 0.036 15 G 0.014 0.143 0.161 0.242 0.030 0.037 0.016 0.032 0.054 0.225 0.047 16 D 0.046 0.057 0.028 0.023 0.051 0.022 0.024 0.041 0.097 0.542 0.069 17 R 0.150 0.264 0.054 0.003 0.478 0.001 0.005 0.006 0.008 0.015 0.016 18 V 0.307 0.099 0.014 0.001 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 19 A 0.164 0.169 0.019 0.001 0.631 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 20 I 0.319 0.126 0.019 0.001 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 21 E 0.263 0.215 0.074 0.009 0.360 0.008 0.009 0.006 0.002 0.008 0.046 22 K 0.138 0.105 0.115 0.147 0.154 0.114 0.053 0.041 0.025 0.043 0.065 23 D 0.014 0.074 0.126 0.460 0.035 0.111 0.075 0.046 0.028 0.022 0.009 24 G 0.010 0.040 0.069 0.231 0.015 0.062 0.035 0.054 0.080 0.365 0.039 25 N 0.077 0.243 0.086 0.025 0.190 0.013 0.024 0.028 0.040 0.229 0.047 26 A 0.153 0.212 0.025 0.002 0.577 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.015 27 I 0.250 0.099 0.009 0.002 0.612 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.016 28 I 0.248 0.100 0.011 0.002 0.605 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.020 29 F 0.290 0.109 0.018 0.001 0.515 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.048 30 L 0.233 0.241 0.046 0.007 0.334 0.004 0.006 0.011 0.005 0.024 0.089 31 E 0.049 0.321 0.353 0.051 0.151 0.011 0.006 0.015 0.009 0.015 0.020 32 K 0.013 0.051 0.024 0.035 0.031 0.074 0.187 0.371 0.171 0.029 0.013 33 D 0.065 0.049 0.031 0.013 0.061 0.007 0.012 0.065 0.171 0.409 0.117 34 E 0.059 0.299 0.111 0.008 0.222 0.005 0.017 0.126 0.096 0.041 0.015 35 E 0.130 0.216 0.057 0.006 0.256 0.011 0.046 0.108 0.053 0.067 0.052 36 Y 0.183 0.149 0.106 0.031 0.228 0.024 0.027 0.053 0.038 0.069 0.092 37 S 0.022 0.046 0.054 0.094 0.029 0.176 0.242 0.238 0.058 0.027 0.014 38 G 0.018 0.041 0.101 0.182 0.019 0.096 0.060 0.094 0.071 0.281 0.038 39 N 0.046 0.227 0.144 0.138 0.109 0.048 0.064 0.045 0.027 0.105 0.046 40 G 0.036 0.048 0.060 0.100 0.038 0.027 0.011 0.102 0.099 0.380 0.099 41 K 0.036 0.344 0.085 0.012 0.209 0.013 0.032 0.208 0.039 0.015 0.006 42 L 0.175 0.185 0.026 0.002 0.354 0.004 0.012 0.179 0.019 0.015 0.028 43 L 0.142 0.039 0.010 0.009 0.131 0.016 0.037 0.532 0.038 0.012 0.034 44 Y 0.073 0.057 0.010 0.013 0.162 0.020 0.019 0.557 0.056 0.019 0.014 45 Q 0.036 0.047 0.006 0.003 0.107 0.005 0.016 0.737 0.027 0.004 0.012 46 V 0.028 0.026 0.007 0.001 0.038 0.002 0.014 0.844 0.024 0.006 0.008 47 I 0.016 0.008 0.003 0.002 0.010 0.002 0.008 0.856 0.060 0.027 0.010 48 Y 0.004 0.011 0.002 0.001 0.006 0.002 0.004 0.877 0.087 0.005 0.002 49 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.929 0.050 0.001 0.001 50 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.902 0.053 0.021 0.001 51 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.780 0.167 0.039 0.001 52 A 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.763 0.203 0.005 0.001 53 K 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.045 0.784 0.138 0.018 0.002 54 Y 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.016 0.186 0.493 0.154 0.126 0.004 55 M 0.069 0.254 0.046 0.007 0.139 0.007 0.021 0.198 0.094 0.116 0.049 56 S 0.076 0.217 0.101 0.013 0.140 0.010 0.022 0.117 0.079 0.178 0.047 57 L 0.016 0.047 0.018 0.007 0.043 0.007 0.020 0.305 0.408 0.108 0.019 58 D 0.022 0.037 0.012 0.007 0.041 0.011 0.058 0.413 0.302 0.074 0.023 59 T 0.022 0.018 0.004 0.001 0.031 0.003 0.017 0.171 0.295 0.424 0.014 60 L 0.185 0.124 0.042 0.004 0.288 0.003 0.014 0.106 0.090 0.084 0.058 61 K 0.071 0.164 0.205 0.057 0.155 0.049 0.033 0.061 0.059 0.091 0.057 62 K 0.039 0.142 0.079 0.045 0.155 0.085 0.183 0.165 0.053 0.030 0.023 63 D 0.146 0.008 0.005 0.008 0.077 0.020 0.043 0.053 0.097 0.323 0.219 64 V 0.063 0.314 0.041 0.001 0.576 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 65 L 0.120 0.063 0.002 0.001 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 66 I 0.261 0.063 0.009 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 67 Q 0.167 0.233 0.050 0.005 0.466 0.002 0.006 0.002 0.001 0.013 0.055 68 Y 0.059 0.400 0.293 0.011 0.216 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 69 P 0.038 0.175 0.050 0.029 0.084 0.059 0.079 0.171 0.168 0.113 0.032 70 D 0.047 0.194 0.211 0.084 0.097 0.045 0.053 0.048 0.072 0.111 0.038 71 K 0.042 0.045 0.027 0.026 0.061 0.020 0.042 0.133 0.218 0.334 0.052 72 H 0.081 0.195 0.070 0.011 0.157 0.009 0.033 0.092 0.121 0.183 0.048 73 T 0.107 0.164 0.051 0.012 0.231 0.013 0.037 0.098 0.085 0.141 0.061 74 L 0.260 0.143 0.023 0.002 0.481 0.002 0.004 0.020 0.014 0.014 0.038 75 T 0.200 0.182 0.028 0.002 0.514 0.003 0.005 0.015 0.007 0.008 0.034 76 Y 0.216 0.195 0.040 0.003 0.458 0.002 0.004 0.019 0.006 0.020 0.036 77 L 0.192 0.305 0.071 0.013 0.299 0.007 0.009 0.026 0.008 0.021 0.049 78 K 0.019 0.118 0.599 0.143 0.037 0.027 0.009 0.018 0.012 0.010 0.008 79 A 0.002 0.021 0.027 0.089 0.004 0.179 0.501 0.145 0.027 0.003 0.002 80 G 0.026 0.053 0.027 0.028 0.023 0.007 0.005 0.008 0.038 0.596 0.190 81 T 0.043 0.547 0.073 0.003 0.211 0.004 0.007 0.013 0.026 0.058 0.015 82 K 0.247 0.125 0.016 0.001 0.558 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.026 83 L 0.304 0.100 0.013 0.004 0.543 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 84 I 0.107 0.155 0.018 0.003 0.692 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 85 S 0.427 0.063 0.016 0.001 0.403 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.080 86 V 0.041 0.541 0.097 0.003 0.305 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 87 P 0.339 0.101 0.014 0.001 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 88 A 0.239 0.068 0.059 0.062 0.219 0.065 0.013 0.028 0.078 0.061 0.107 89 E 0.001 0.006 0.012 0.132 0.003 0.218 0.424 0.131 0.056 0.015 0.001 90 G 0.041 0.052 0.100 0.078 0.040 0.012 0.007 0.020 0.044 0.524 0.081 91 Y 0.080 0.384 0.057 0.003 0.394 0.003 0.004 0.008 0.015 0.029 0.024 92 K 0.081 0.283 0.060 0.001 0.553 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.012 93 V 0.460 0.064 0.012 0.002 0.353 0.002 0.007 0.005 0.006 0.010 0.080 94 Y 0.049 0.393 0.204 0.022 0.280 0.010 0.013 0.013 0.006 0.004 0.006 95 P 0.193 0.259 0.045 0.002 0.423 0.001 0.005 0.015 0.007 0.008 0.041 96 I 0.239 0.148 0.034 0.011 0.334 0.017 0.031 0.039 0.031 0.042 0.074 97 M 0.086 0.233 0.068 0.040 0.229 0.068 0.067 0.099 0.046 0.033 0.032 98 D 0.155 0.227 0.134 0.018 0.243 0.010 0.022 0.064 0.024 0.060 0.043 99 F 0.043 0.091 0.046 0.097 0.048 0.066 0.089 0.226 0.116 0.134 0.044 100 G 0.017 0.054 0.099 0.353 0.031 0.101 0.025 0.107 0.073 0.111 0.029 101 F 0.051 0.178 0.054 0.018 0.136 0.015 0.032 0.303 0.103 0.078 0.031 102 R 0.102 0.150 0.047 0.006 0.246 0.010 0.030 0.273 0.061 0.050 0.027 103 V 0.185 0.073 0.037 0.016 0.149 0.027 0.063 0.299 0.068 0.033 0.049 104 L 0.066 0.084 0.132 0.123 0.082 0.077 0.063 0.187 0.080 0.069 0.037 105 K 0.004 0.079 0.065 0.177 0.015 0.188 0.270 0.165 0.027 0.008 0.003 106 G 0.026 0.016 0.015 0.029 0.014 0.011 0.011 0.023 0.047 0.675 0.134 107 Y 0.065 0.432 0.105 0.007 0.292 0.004 0.009 0.023 0.021 0.030 0.011 108 R 0.282 0.138 0.014 0.003 0.423 0.004 0.011 0.025 0.019 0.032 0.048 109 L 0.365 0.071 0.014 0.019 0.391 0.022 0.022 0.010 0.011 0.019 0.057 110 A 0.220 0.105 0.016 0.011 0.592 0.010 0.009 0.009 0.003 0.006 0.019 111 T 0.246 0.110 0.010 0.001 0.593 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.023 112 L 0.302 0.120 0.011 0.002 0.478 0.003 0.004 0.006 0.002 0.009 0.063 113 E 0.255 0.104 0.024 0.008 0.389 0.005 0.009 0.008 0.005 0.057 0.136 114 S 0.099 0.277 0.258 0.043 0.192 0.012 0.009 0.031 0.028 0.024 0.026 115 K 0.024 0.053 0.065 0.045 0.035 0.079 0.149 0.319 0.153 0.069 0.009 116 K 0.034 0.333 0.204 0.101 0.099 0.022 0.110 0.025 0.018 0.035 0.019 117 G 0.026 0.089 0.151 0.293 0.036 0.065 0.008 0.010 0.014 0.197 0.112 118 D 0.182 0.185 0.024 0.003 0.492 0.004 0.015 0.022 0.017 0.024 0.032 119 L 0.444 0.053 0.006 0.001 0.427 0.002 0.002 0.004 0.006 0.009 0.046 120 R 0.121 0.200 0.029 0.015 0.562 0.016 0.021 0.014 0.007 0.006 0.011 121 Y 0.370 0.084 0.017 0.001 0.474 0.001 0.002 0.006 0.002 0.007 0.036 122 V 0.221 0.168 0.026 0.015 0.405 0.021 0.020 0.026 0.012 0.020 0.068 123 N 0.157 0.167 0.089 0.058 0.273 0.030 0.024 0.025 0.027 0.067 0.083 124 S 0.060 0.439 0.182 0.018 0.217 0.005 0.007 0.026 0.013 0.014 0.018 125 P 0.141 0.208 0.095 0.023 0.235 0.022 0.031 0.064 0.070 0.072 0.039 126 V 0.087 0.095 0.167 0.086 0.097 0.128 0.124 0.094 0.056 0.033 0.032 127 S 0.020 0.071 0.063 0.223 0.029 0.103 0.287 0.074 0.039 0.057 0.034 128 G 0.056 0.109 0.118 0.098 0.077 0.031 0.004 0.005 0.022 0.376 0.105 129 T 0.047 0.394 0.030 0.001 0.509 0.001 0.003 0.005 0.004 0.004 0.003 130 V 0.470 0.022 0.002 0.001 0.482 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 131 I 0.124 0.125 0.011 0.005 0.711 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 132 F 0.299 0.068 0.008 0.001 0.575 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 133 M 0.290 0.129 0.031 0.016 0.300 0.013 0.013 0.019 0.012 0.040 0.137 134 N 0.073 0.211 0.075 0.045 0.196 0.061 0.084 0.057 0.049 0.101 0.048 135 E 0.186 0.190 0.101 0.009 0.301 0.005 0.011 0.020 0.024 0.067 0.086 136 I 0.060 0.407 0.189 0.035 0.201 0.010 0.013 0.026 0.022 0.019 0.018 137 P 0.077 0.182 0.105 0.056 0.171 0.064 0.084 0.100 0.101 0.034 0.027 138 S 0.038 0.081 0.038 0.022 0.067 0.037 0.072 0.169 0.258 0.188 0.030 139 E 0.075 0.083 0.076 0.051 0.095 0.039 0.094 0.086 0.098 0.227 0.077 140 R 0.114 0.252 0.226 0.052 0.175 0.017 0.019 0.029 0.022 0.036 0.058 141 A 0.080 0.243 0.090 0.018 0.218 0.022 0.052 0.095 0.103 0.048 0.032 142 N 0.117 0.041 0.014 0.009 0.127 0.035 0.136 0.086 0.137 0.222 0.077 143 Y 0.150 0.275 0.026 0.001 0.522 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.014 144 V 0.214 0.048 0.002 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 145 F 0.190 0.062 0.004 0.001 0.730 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 146 Y 0.142 0.094 0.004 0.001 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 147 M 0.405 0.070 0.012 0.001 0.388 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.106 148 L 0.056 0.452 0.192 0.020 0.187 0.006 0.013 0.015 0.009 0.021 0.031 149 E 0.057 0.433 0.163 0.021 0.167 0.016 0.021 0.044 0.035 0.021 0.022 150 E 0.060 0.128 0.047 0.011 0.099 0.022 0.049 0.195 0.256 0.094 0.038