# TARGET T0397 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.114 0.176 0.249 0.252 0.117 0.017 2 K 0.123 0.210 0.229 0.218 0.138 0.065 0.016 3 I 0.018 0.038 0.067 0.153 0.262 0.354 0.108 4 P 0.011 0.045 0.109 0.219 0.297 0.253 0.066 5 K 0.006 0.033 0.119 0.243 0.276 0.241 0.082 6 I 0.002 0.005 0.012 0.040 0.147 0.525 0.270 7 Y 0.001 0.009 0.024 0.080 0.229 0.489 0.167 8 V 0.001 0.003 0.010 0.047 0.205 0.536 0.197 9 E 0.004 0.019 0.055 0.164 0.334 0.358 0.066 10 G 0.043 0.160 0.221 0.239 0.197 0.119 0.021 11 E 0.033 0.206 0.306 0.265 0.130 0.053 0.007 12 L 0.038 0.102 0.202 0.316 0.257 0.080 0.004 13 N 0.390 0.300 0.169 0.094 0.039 0.008 0.001 14 D 0.732 0.177 0.058 0.024 0.007 0.002 0.001 15 G 0.583 0.249 0.108 0.042 0.013 0.003 0.001 16 D 0.207 0.341 0.270 0.139 0.036 0.007 0.001 17 R 0.039 0.177 0.286 0.286 0.167 0.042 0.002 18 V 0.012 0.032 0.096 0.227 0.371 0.242 0.019 19 A 0.005 0.028 0.083 0.193 0.350 0.316 0.025 20 I 0.003 0.005 0.015 0.083 0.334 0.506 0.055 21 E 0.018 0.119 0.280 0.355 0.180 0.045 0.003 22 K 0.094 0.374 0.318 0.159 0.046 0.008 0.001 23 D 0.547 0.299 0.107 0.036 0.008 0.002 0.001 24 G 0.690 0.189 0.076 0.033 0.010 0.002 0.001 25 N 0.527 0.269 0.139 0.051 0.012 0.002 0.001 26 A 0.179 0.254 0.266 0.202 0.083 0.016 0.001 27 I 0.090 0.231 0.291 0.225 0.125 0.036 0.002 28 I 0.036 0.103 0.196 0.299 0.268 0.091 0.006 29 F 0.032 0.114 0.213 0.305 0.245 0.087 0.004 30 L 0.029 0.092 0.236 0.383 0.221 0.038 0.001 31 E 0.434 0.381 0.140 0.038 0.007 0.001 0.001 32 K 0.632 0.266 0.081 0.018 0.002 0.001 0.001 33 D 0.678 0.229 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 34 E 0.310 0.348 0.234 0.089 0.016 0.002 0.001 35 E 0.463 0.388 0.109 0.033 0.006 0.001 0.001 36 Y 0.052 0.149 0.321 0.349 0.120 0.008 0.001 37 S 0.497 0.322 0.124 0.045 0.011 0.001 0.001 38 G 0.715 0.209 0.058 0.015 0.002 0.001 0.001 39 N 0.500 0.306 0.139 0.046 0.008 0.001 0.001 40 G 0.123 0.254 0.298 0.237 0.077 0.011 0.001 41 K 0.049 0.140 0.263 0.311 0.191 0.044 0.002 42 L 0.014 0.027 0.059 0.138 0.317 0.397 0.048 43 L 0.005 0.017 0.037 0.106 0.263 0.451 0.121 44 Y 0.005 0.017 0.036 0.111 0.241 0.454 0.136 45 Q 0.023 0.141 0.253 0.315 0.186 0.073 0.009 46 V 0.017 0.063 0.154 0.264 0.284 0.191 0.027 47 I 0.006 0.022 0.037 0.067 0.186 0.526 0.157 48 Y 0.006 0.014 0.040 0.158 0.353 0.381 0.048 49 D 0.054 0.252 0.359 0.240 0.077 0.017 0.002 50 D 0.026 0.073 0.194 0.358 0.262 0.083 0.004 51 L 0.005 0.005 0.010 0.045 0.246 0.609 0.081 52 A 0.013 0.057 0.192 0.350 0.290 0.093 0.004 53 K 0.169 0.470 0.233 0.095 0.029 0.005 0.001 54 Y 0.028 0.106 0.242 0.373 0.201 0.048 0.002 55 M 0.020 0.034 0.080 0.248 0.425 0.182 0.010 56 S 0.198 0.440 0.253 0.083 0.021 0.004 0.001 57 L 0.291 0.375 0.209 0.097 0.024 0.003 0.001 58 D 0.413 0.351 0.154 0.063 0.016 0.002 0.001 59 T 0.324 0.390 0.184 0.082 0.018 0.002 0.001 60 L 0.021 0.041 0.120 0.347 0.374 0.095 0.003 61 K 0.091 0.411 0.333 0.131 0.029 0.005 0.001 62 K 0.026 0.136 0.266 0.322 0.197 0.050 0.003 63 D 0.021 0.117 0.274 0.326 0.197 0.059 0.005 64 V 0.002 0.008 0.029 0.091 0.286 0.526 0.058 65 L 0.002 0.013 0.044 0.142 0.314 0.418 0.066 66 I 0.002 0.008 0.018 0.064 0.240 0.544 0.124 67 Q 0.008 0.070 0.177 0.333 0.275 0.126 0.013 68 Y 0.007 0.046 0.141 0.320 0.344 0.136 0.007 69 P 0.141 0.325 0.302 0.166 0.055 0.010 0.001 70 D 0.637 0.259 0.074 0.024 0.006 0.001 0.001 71 K 0.601 0.252 0.109 0.032 0.006 0.001 0.001 72 H 0.308 0.273 0.233 0.139 0.041 0.005 0.001 73 T 0.273 0.342 0.224 0.112 0.039 0.009 0.001 74 L 0.095 0.164 0.223 0.251 0.193 0.068 0.005 75 T 0.068 0.151 0.230 0.278 0.194 0.072 0.007 76 Y 0.050 0.103 0.158 0.275 0.255 0.144 0.015 77 L 0.036 0.063 0.121 0.272 0.323 0.171 0.015 78 K 0.167 0.338 0.262 0.148 0.061 0.021 0.003 79 A 0.160 0.245 0.248 0.210 0.100 0.033 0.004 80 G 0.224 0.274 0.234 0.164 0.078 0.024 0.003 81 T 0.191 0.265 0.243 0.183 0.092 0.025 0.002 82 K 0.080 0.191 0.283 0.268 0.131 0.044 0.004 83 L 0.028 0.038 0.059 0.138 0.307 0.369 0.061 84 I 0.049 0.146 0.200 0.256 0.203 0.120 0.025 85 S 0.049 0.138 0.203 0.240 0.191 0.142 0.037 86 V 0.021 0.036 0.068 0.186 0.334 0.302 0.053 87 P 0.109 0.269 0.269 0.209 0.100 0.039 0.006 88 A 0.065 0.107 0.162 0.249 0.257 0.139 0.020 89 E 0.235 0.301 0.233 0.142 0.063 0.022 0.005 90 G 0.352 0.291 0.181 0.111 0.046 0.016 0.003 91 Y 0.223 0.211 0.202 0.200 0.115 0.043 0.007 92 K 0.268 0.314 0.218 0.122 0.054 0.020 0.004 93 V 0.125 0.145 0.167 0.213 0.197 0.127 0.025 94 Y 0.074 0.126 0.172 0.223 0.215 0.149 0.039 95 P 0.085 0.119 0.152 0.197 0.194 0.180 0.072 96 I 0.101 0.113 0.124 0.177 0.193 0.211 0.081 97 M 0.134 0.136 0.159 0.199 0.191 0.133 0.048 98 D 0.247 0.260 0.192 0.134 0.083 0.057 0.026 99 F 0.114 0.120 0.148 0.212 0.219 0.148 0.038 100 G 0.129 0.143 0.160 0.193 0.193 0.144 0.039 101 F 0.120 0.181 0.194 0.204 0.164 0.110 0.027 102 R 0.077 0.205 0.271 0.237 0.132 0.063 0.015 103 V 0.053 0.056 0.084 0.199 0.317 0.247 0.045 104 L 0.100 0.178 0.217 0.236 0.174 0.081 0.015 105 K 0.252 0.273 0.196 0.140 0.080 0.047 0.012 106 G 0.212 0.255 0.225 0.184 0.089 0.032 0.005 107 Y 0.132 0.206 0.234 0.230 0.141 0.050 0.007 108 R 0.123 0.196 0.212 0.223 0.154 0.078 0.015 109 L 0.041 0.042 0.069 0.146 0.261 0.346 0.095 110 A 0.049 0.077 0.098 0.148 0.209 0.289 0.130 111 T 0.057 0.133 0.187 0.207 0.176 0.166 0.075 112 L 0.058 0.052 0.074 0.170 0.297 0.274 0.076 113 E 0.126 0.191 0.205 0.211 0.152 0.092 0.023 114 S 0.153 0.157 0.164 0.202 0.176 0.120 0.029 115 K 0.226 0.273 0.234 0.149 0.070 0.037 0.011 116 K 0.211 0.221 0.191 0.187 0.118 0.057 0.014 117 G 0.209 0.217 0.178 0.166 0.118 0.085 0.028 118 D 0.094 0.247 0.242 0.202 0.130 0.069 0.015 119 L 0.029 0.041 0.082 0.205 0.318 0.257 0.069 120 R 0.086 0.211 0.235 0.232 0.148 0.077 0.011 121 Y 0.079 0.168 0.234 0.230 0.177 0.094 0.017 122 V 0.044 0.050 0.071 0.162 0.293 0.317 0.062 123 N 0.121 0.239 0.249 0.210 0.124 0.048 0.010 124 S 0.098 0.168 0.196 0.252 0.190 0.086 0.011 125 P 0.123 0.238 0.264 0.230 0.114 0.029 0.003 126 V 0.084 0.199 0.254 0.271 0.155 0.034 0.003 127 S 0.182 0.419 0.254 0.108 0.028 0.008 0.002 128 G 0.006 0.026 0.083 0.230 0.386 0.244 0.026 129 T 0.001 0.009 0.052 0.189 0.376 0.328 0.045 130 V 0.001 0.002 0.008 0.031 0.139 0.543 0.277 131 I 0.001 0.002 0.004 0.012 0.065 0.445 0.473 132 F 0.001 0.002 0.008 0.037 0.150 0.459 0.345 133 M 0.001 0.001 0.004 0.026 0.165 0.527 0.277 134 N 0.006 0.052 0.127 0.268 0.311 0.208 0.027 135 E 0.023 0.152 0.259 0.302 0.194 0.065 0.005 136 I 0.062 0.199 0.287 0.265 0.141 0.042 0.003 137 P 0.411 0.294 0.166 0.090 0.032 0.007 0.001 138 S 0.722 0.190 0.059 0.021 0.006 0.001 0.001 139 E 0.633 0.250 0.084 0.026 0.006 0.001 0.001 140 R 0.210 0.273 0.238 0.182 0.078 0.017 0.001 141 A 0.116 0.233 0.288 0.244 0.099 0.019 0.001 142 N 0.143 0.368 0.279 0.143 0.052 0.013 0.002 143 Y 0.014 0.026 0.076 0.250 0.396 0.219 0.019 144 V 0.023 0.045 0.093 0.196 0.293 0.313 0.038 145 F 0.053 0.060 0.065 0.101 0.201 0.400 0.119 146 Y 0.056 0.083 0.117 0.200 0.216 0.253 0.075 147 M 0.065 0.064 0.085 0.157 0.241 0.320 0.067 148 L 0.145 0.149 0.153 0.211 0.207 0.117 0.017 149 E 0.507 0.305 0.116 0.050 0.016 0.005 0.001 150 E 0.495 0.256 0.160 0.067 0.018 0.003 0.001