# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.012 0.440 0.014 0.010 0.004 0.003 0.001 0.012 0.119 0.026 0.293 0.043 2 K 0.037 0.008 0.472 0.011 0.010 0.002 0.009 0.001 0.014 0.100 0.042 0.025 0.270 3 I 0.023 0.007 0.417 0.018 0.007 0.001 0.004 0.001 0.023 0.132 0.016 0.229 0.122 4 P 0.044 0.004 0.608 0.026 0.004 0.001 0.013 0.001 0.044 0.043 0.011 0.047 0.154 5 K 0.109 0.003 0.161 0.037 0.005 0.001 0.036 0.008 0.094 0.072 0.011 0.309 0.154 6 I 0.252 0.002 0.047 0.008 0.002 0.001 0.142 0.030 0.102 0.010 0.002 0.082 0.320 7 Y 0.424 0.002 0.008 0.027 0.001 0.001 0.132 0.074 0.051 0.002 0.001 0.231 0.047 8 V 0.281 0.002 0.017 0.009 0.001 0.001 0.161 0.078 0.132 0.002 0.001 0.126 0.190 9 E 0.346 0.003 0.042 0.025 0.001 0.001 0.108 0.036 0.104 0.007 0.004 0.114 0.211 10 G 0.101 0.009 0.123 0.049 0.002 0.001 0.022 0.013 0.103 0.061 0.011 0.382 0.124 11 E 0.052 0.013 0.251 0.009 0.006 0.002 0.010 0.002 0.057 0.107 0.033 0.117 0.341 12 L 0.038 0.069 0.238 0.020 0.024 0.004 0.004 0.001 0.015 0.185 0.100 0.134 0.168 13 N 0.012 0.017 0.429 0.010 0.026 0.006 0.002 0.001 0.006 0.198 0.119 0.081 0.093 14 D 0.008 0.008 0.176 0.019 0.039 0.015 0.001 0.001 0.002 0.165 0.462 0.031 0.074 15 G 0.012 0.008 0.150 0.019 0.031 0.020 0.001 0.001 0.002 0.125 0.562 0.030 0.039 16 D 0.046 0.016 0.328 0.016 0.028 0.028 0.002 0.001 0.005 0.153 0.105 0.102 0.173 17 R 0.104 0.023 0.195 0.014 0.017 0.029 0.003 0.001 0.008 0.050 0.029 0.176 0.353 18 V 0.173 0.016 0.064 0.012 0.009 0.020 0.006 0.001 0.008 0.012 0.009 0.298 0.371 19 A 0.267 0.011 0.040 0.015 0.006 0.019 0.009 0.001 0.007 0.006 0.007 0.217 0.395 20 I 0.272 0.013 0.048 0.017 0.010 0.028 0.006 0.001 0.006 0.010 0.014 0.261 0.314 21 E 0.141 0.011 0.124 0.021 0.028 0.048 0.005 0.001 0.007 0.034 0.086 0.142 0.352 22 K 0.043 0.006 0.130 0.048 0.033 0.034 0.003 0.001 0.005 0.116 0.386 0.083 0.113 23 D 0.018 0.003 0.111 0.042 0.016 0.011 0.002 0.001 0.005 0.149 0.575 0.036 0.033 24 G 0.049 0.008 0.264 0.026 0.014 0.008 0.005 0.001 0.013 0.206 0.252 0.061 0.094 25 N 0.232 0.014 0.208 0.025 0.005 0.004 0.022 0.003 0.027 0.061 0.021 0.172 0.205 26 A 0.450 0.006 0.026 0.014 0.002 0.002 0.049 0.009 0.024 0.006 0.002 0.152 0.258 27 I 0.554 0.002 0.009 0.018 0.001 0.002 0.074 0.017 0.019 0.002 0.001 0.128 0.172 28 I 0.514 0.002 0.014 0.025 0.001 0.003 0.050 0.015 0.022 0.002 0.001 0.182 0.168 29 F 0.269 0.005 0.081 0.015 0.006 0.019 0.034 0.016 0.057 0.012 0.010 0.144 0.332 30 L 0.086 0.011 0.282 0.030 0.016 0.054 0.011 0.004 0.051 0.085 0.055 0.114 0.202 31 E 0.020 0.012 0.372 0.011 0.044 0.088 0.003 0.001 0.018 0.158 0.099 0.084 0.090 32 K 0.008 0.014 0.270 0.008 0.072 0.125 0.001 0.001 0.008 0.144 0.260 0.023 0.067 33 D 0.007 0.015 0.310 0.010 0.079 0.155 0.001 0.001 0.005 0.153 0.183 0.040 0.042 34 E 0.006 0.013 0.172 0.003 0.150 0.336 0.001 0.001 0.005 0.088 0.122 0.035 0.068 35 E 0.010 0.021 0.147 0.005 0.112 0.365 0.001 0.001 0.008 0.059 0.168 0.030 0.075 36 Y 0.014 0.024 0.190 0.005 0.077 0.328 0.001 0.001 0.007 0.087 0.140 0.062 0.064 37 S 0.009 0.014 0.199 0.007 0.048 0.224 0.001 0.001 0.005 0.089 0.331 0.019 0.054 38 G 0.003 0.007 0.180 0.006 0.024 0.123 0.001 0.001 0.003 0.108 0.517 0.015 0.012 39 N 0.002 0.004 0.254 0.004 0.022 0.143 0.001 0.001 0.003 0.123 0.427 0.006 0.011 40 G 0.006 0.009 0.228 0.006 0.021 0.259 0.001 0.001 0.005 0.164 0.256 0.022 0.021 41 K 0.030 0.031 0.203 0.008 0.030 0.336 0.004 0.002 0.016 0.082 0.052 0.053 0.152 42 L 0.077 0.027 0.121 0.017 0.030 0.309 0.008 0.003 0.018 0.033 0.025 0.145 0.187 43 L 0.034 0.004 0.085 0.018 0.029 0.629 0.004 0.005 0.030 0.013 0.031 0.040 0.078 44 Y 0.018 0.001 0.024 0.010 0.022 0.829 0.002 0.003 0.012 0.008 0.032 0.013 0.027 45 Q 0.026 0.002 0.016 0.007 0.017 0.836 0.003 0.002 0.009 0.010 0.025 0.023 0.022 46 V 0.025 0.003 0.023 0.001 0.012 0.841 0.004 0.002 0.008 0.008 0.022 0.015 0.036 47 I 0.011 0.004 0.047 0.002 0.009 0.846 0.002 0.003 0.009 0.008 0.033 0.012 0.014 48 Y 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.003 49 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.001 0.002 55 M 0.003 0.006 0.055 0.002 0.023 0.772 0.001 0.001 0.003 0.024 0.097 0.009 0.004 56 S 0.003 0.006 0.198 0.002 0.048 0.523 0.001 0.001 0.003 0.050 0.146 0.004 0.016 57 L 0.001 0.002 0.091 0.003 0.118 0.520 0.001 0.001 0.001 0.055 0.201 0.003 0.004 58 D 0.001 0.002 0.090 0.004 0.215 0.353 0.001 0.001 0.002 0.065 0.261 0.003 0.004 59 T 0.003 0.013 0.253 0.003 0.207 0.202 0.001 0.001 0.007 0.109 0.170 0.014 0.016 60 L 0.007 0.023 0.524 0.006 0.104 0.078 0.003 0.005 0.027 0.092 0.057 0.016 0.058 61 K 0.007 0.012 0.549 0.024 0.068 0.025 0.003 0.004 0.056 0.144 0.036 0.036 0.035 62 K 0.007 0.003 0.301 0.048 0.035 0.007 0.005 0.007 0.094 0.290 0.150 0.017 0.035 63 D 0.018 0.002 0.254 0.033 0.008 0.002 0.028 0.075 0.333 0.146 0.037 0.025 0.038 64 V 0.054 0.002 0.032 0.007 0.001 0.001 0.131 0.372 0.322 0.009 0.001 0.045 0.025 65 L 0.061 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.191 0.576 0.138 0.001 0.001 0.011 0.016 66 I 0.074 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.138 0.629 0.112 0.001 0.001 0.021 0.014 67 Q 0.035 0.007 0.097 0.017 0.001 0.001 0.049 0.252 0.462 0.012 0.003 0.015 0.049 68 Y 0.004 0.005 0.597 0.003 0.005 0.001 0.004 0.010 0.157 0.126 0.018 0.039 0.032 69 P 0.001 0.009 0.216 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.013 0.252 0.443 0.007 0.022 70 D 0.001 0.005 0.143 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.320 0.496 0.010 0.004 71 K 0.002 0.012 0.146 0.016 0.034 0.006 0.001 0.001 0.003 0.381 0.362 0.010 0.027 72 H 0.017 0.030 0.211 0.027 0.033 0.006 0.004 0.001 0.012 0.271 0.227 0.089 0.072 73 T 0.109 0.027 0.215 0.031 0.016 0.002 0.018 0.005 0.051 0.084 0.021 0.081 0.338 74 L 0.345 0.007 0.103 0.073 0.002 0.001 0.032 0.005 0.025 0.014 0.003 0.228 0.162 75 T 0.633 0.003 0.010 0.017 0.001 0.001 0.065 0.005 0.009 0.002 0.001 0.147 0.109 76 Y 0.673 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.039 0.010 0.006 0.001 0.001 0.051 0.211 77 L 0.672 0.007 0.007 0.044 0.002 0.001 0.017 0.007 0.007 0.002 0.002 0.145 0.086 78 K 0.190 0.004 0.104 0.008 0.011 0.006 0.010 0.002 0.019 0.025 0.021 0.140 0.460 79 A 0.010 0.002 0.016 0.140 0.008 0.003 0.002 0.001 0.003 0.091 0.649 0.042 0.035 80 G 0.002 0.001 0.025 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.871 0.015 0.005 81 T 0.024 0.022 0.473 0.012 0.008 0.001 0.003 0.001 0.009 0.221 0.046 0.054 0.128 82 K 0.039 0.056 0.185 0.012 0.006 0.001 0.005 0.001 0.020 0.113 0.014 0.393 0.154 83 L 0.133 0.010 0.056 0.026 0.007 0.001 0.028 0.006 0.030 0.010 0.004 0.034 0.656 84 I 0.119 0.002 0.017 0.144 0.001 0.001 0.018 0.004 0.010 0.009 0.001 0.647 0.028 85 S 0.240 0.002 0.024 0.008 0.002 0.001 0.031 0.004 0.015 0.006 0.002 0.023 0.642 86 V 0.169 0.005 0.052 0.014 0.001 0.001 0.017 0.004 0.014 0.015 0.001 0.622 0.085 87 P 0.094 0.010 0.191 0.015 0.005 0.001 0.013 0.004 0.051 0.025 0.009 0.078 0.505 88 A 0.030 0.006 0.550 0.021 0.009 0.001 0.009 0.002 0.052 0.066 0.031 0.107 0.115 89 E 0.027 0.006 0.392 0.056 0.018 0.002 0.019 0.001 0.048 0.131 0.192 0.047 0.061 90 G 0.040 0.007 0.134 0.027 0.023 0.003 0.011 0.006 0.038 0.305 0.158 0.091 0.159 91 Y 0.076 0.016 0.323 0.029 0.005 0.001 0.019 0.005 0.036 0.085 0.013 0.268 0.122 92 K 0.135 0.016 0.108 0.013 0.004 0.001 0.027 0.008 0.051 0.036 0.005 0.203 0.395 93 V 0.129 0.009 0.232 0.031 0.004 0.001 0.052 0.016 0.133 0.036 0.010 0.088 0.259 94 Y 0.080 0.005 0.240 0.085 0.002 0.001 0.027 0.014 0.075 0.044 0.005 0.354 0.070 95 P 0.070 0.004 0.265 0.011 0.006 0.003 0.070 0.016 0.194 0.039 0.013 0.056 0.252 96 I 0.194 0.018 0.098 0.030 0.012 0.007 0.070 0.052 0.119 0.039 0.024 0.165 0.172 97 M 0.164 0.031 0.146 0.036 0.015 0.012 0.047 0.027 0.071 0.043 0.029 0.200 0.181 98 D 0.046 0.011 0.405 0.010 0.016 0.012 0.019 0.006 0.071 0.088 0.047 0.050 0.219 99 F 0.015 0.008 0.166 0.109 0.035 0.026 0.006 0.004 0.026 0.148 0.349 0.059 0.049 100 G 0.016 0.004 0.177 0.036 0.028 0.025 0.002 0.001 0.016 0.107 0.499 0.051 0.038 101 F 0.070 0.024 0.285 0.018 0.046 0.045 0.009 0.002 0.018 0.135 0.092 0.076 0.182 102 R 0.116 0.059 0.118 0.015 0.029 0.053 0.014 0.007 0.034 0.033 0.028 0.334 0.162 103 V 0.133 0.046 0.058 0.010 0.045 0.068 0.017 0.011 0.052 0.011 0.050 0.042 0.457 104 L 0.091 0.022 0.141 0.084 0.023 0.063 0.016 0.008 0.029 0.052 0.101 0.260 0.110 105 K 0.024 0.005 0.028 0.076 0.017 0.025 0.004 0.002 0.006 0.083 0.550 0.080 0.103 106 G 0.008 0.003 0.055 0.027 0.005 0.005 0.001 0.001 0.004 0.082 0.759 0.021 0.029 107 Y 0.037 0.015 0.339 0.049 0.006 0.005 0.002 0.001 0.008 0.222 0.063 0.163 0.089 108 R 0.235 0.020 0.079 0.013 0.006 0.001 0.011 0.001 0.011 0.040 0.008 0.122 0.451 109 L 0.549 0.006 0.015 0.046 0.004 0.001 0.053 0.008 0.017 0.006 0.003 0.070 0.223 110 A 0.689 0.001 0.003 0.084 0.001 0.001 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.154 0.034 111 T 0.791 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.140 112 L 0.768 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.106 0.099 113 E 0.695 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.067 0.208 114 S 0.096 0.009 0.220 0.014 0.005 0.003 0.005 0.001 0.010 0.108 0.029 0.227 0.275 115 K 0.010 0.004 0.059 0.085 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.147 0.551 0.051 0.070 116 K 0.003 0.002 0.019 0.016 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.079 0.847 0.010 0.010 117 G 0.025 0.012 0.217 0.021 0.014 0.003 0.003 0.001 0.007 0.338 0.232 0.072 0.054 118 D 0.068 0.027 0.362 0.011 0.004 0.002 0.009 0.001 0.025 0.068 0.016 0.226 0.181 119 L 0.158 0.018 0.052 0.012 0.004 0.002 0.035 0.006 0.033 0.010 0.004 0.052 0.614 120 R 0.263 0.005 0.025 0.120 0.002 0.001 0.042 0.006 0.017 0.005 0.002 0.448 0.063 121 Y 0.311 0.002 0.020 0.015 0.005 0.002 0.024 0.004 0.017 0.004 0.004 0.067 0.525 122 V 0.238 0.007 0.105 0.027 0.006 0.003 0.022 0.005 0.033 0.019 0.011 0.335 0.189 123 N 0.160 0.020 0.180 0.038 0.010 0.004 0.009 0.002 0.018 0.065 0.021 0.140 0.334 124 S 0.026 0.014 0.366 0.007 0.013 0.004 0.002 0.001 0.011 0.138 0.038 0.243 0.138 125 P 0.013 0.022 0.459 0.011 0.028 0.004 0.003 0.001 0.010 0.113 0.127 0.034 0.176 126 V 0.010 0.012 0.317 0.041 0.034 0.003 0.002 0.001 0.009 0.250 0.135 0.127 0.059 127 S 0.013 0.007 0.179 0.064 0.036 0.002 0.003 0.001 0.018 0.277 0.239 0.047 0.115 128 G 0.051 0.006 0.287 0.071 0.013 0.001 0.016 0.005 0.055 0.199 0.091 0.105 0.101 129 T 0.243 0.005 0.087 0.026 0.002 0.001 0.100 0.043 0.144 0.028 0.003 0.165 0.155 130 V 0.417 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.227 0.147 0.068 0.001 0.001 0.037 0.088 131 I 0.470 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.280 0.168 0.016 0.001 0.001 0.039 0.012 132 F 0.410 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.220 0.224 0.051 0.001 0.001 0.030 0.054 133 M 0.415 0.001 0.023 0.031 0.001 0.001 0.159 0.118 0.101 0.003 0.002 0.033 0.112 134 N 0.278 0.004 0.083 0.090 0.009 0.003 0.034 0.019 0.104 0.037 0.017 0.240 0.081 135 E 0.128 0.015 0.162 0.011 0.029 0.006 0.017 0.003 0.033 0.121 0.062 0.042 0.371 136 I 0.016 0.021 0.365 0.013 0.013 0.004 0.002 0.001 0.010 0.277 0.032 0.204 0.042 137 P 0.007 0.022 0.590 0.004 0.032 0.011 0.001 0.001 0.006 0.133 0.086 0.015 0.092 138 S 0.003 0.023 0.350 0.005 0.085 0.034 0.001 0.001 0.004 0.258 0.181 0.025 0.031 139 E 0.002 0.019 0.272 0.005 0.115 0.037 0.001 0.001 0.004 0.230 0.271 0.017 0.027 140 R 0.003 0.014 0.385 0.007 0.102 0.034 0.001 0.001 0.008 0.194 0.183 0.026 0.044 141 A 0.005 0.013 0.232 0.041 0.056 0.017 0.002 0.001 0.017 0.210 0.332 0.029 0.044 142 N 0.026 0.009 0.209 0.058 0.027 0.005 0.006 0.002 0.033 0.246 0.216 0.077 0.084 143 Y 0.165 0.009 0.187 0.042 0.010 0.002 0.028 0.017 0.101 0.070 0.014 0.119 0.235 144 V 0.409 0.004 0.027 0.029 0.001 0.001 0.107 0.047 0.107 0.007 0.001 0.157 0.104 145 F 0.554 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.207 0.086 0.032 0.001 0.001 0.044 0.061 146 Y 0.615 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.175 0.077 0.016 0.001 0.001 0.057 0.037 147 M 0.532 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.106 0.045 0.054 0.002 0.001 0.125 0.110 148 L 0.244 0.006 0.094 0.012 0.002 0.001 0.051 0.019 0.116 0.017 0.006 0.097 0.335 149 E 0.039 0.019 0.374 0.019 0.004 0.003 0.007 0.003 0.048 0.139 0.012 0.193 0.139 150 E 0.006 0.015 0.521 0.008 0.034 0.010 0.002 0.001 0.018 0.191 0.050 0.039 0.107