# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.016 0.125 0.137 0.138 0.001 0.001 0.019 0.560 2 K 0.007 0.001 0.001 0.028 0.056 0.122 0.097 0.001 0.001 0.015 0.673 3 I 0.010 0.001 0.001 0.018 0.094 0.105 0.143 0.001 0.001 0.025 0.602 4 P 0.003 0.001 0.001 0.106 0.160 0.236 0.109 0.001 0.001 0.033 0.351 5 K 0.001 0.001 0.001 0.091 0.129 0.412 0.076 0.001 0.001 0.026 0.266 6 I 0.001 0.001 0.001 0.297 0.205 0.272 0.041 0.001 0.001 0.020 0.164 7 Y 0.001 0.001 0.001 0.372 0.192 0.256 0.020 0.001 0.001 0.033 0.124 8 V 0.003 0.001 0.001 0.292 0.251 0.274 0.026 0.001 0.001 0.028 0.125 9 E 0.009 0.002 0.001 0.233 0.206 0.273 0.030 0.001 0.001 0.044 0.201 10 G 0.019 0.002 0.001 0.150 0.177 0.182 0.058 0.001 0.001 0.038 0.374 11 E 0.058 0.003 0.004 0.066 0.144 0.118 0.065 0.002 0.001 0.062 0.478 12 L 0.052 0.004 0.003 0.020 0.074 0.058 0.085 0.003 0.001 0.041 0.661 13 N 0.252 0.018 0.003 0.011 0.033 0.030 0.055 0.006 0.001 0.046 0.546 14 D 0.080 0.026 0.002 0.007 0.030 0.032 0.078 0.004 0.001 0.038 0.703 15 G 0.020 0.055 0.002 0.008 0.054 0.076 0.072 0.002 0.001 0.038 0.671 16 D 0.020 0.096 0.001 0.008 0.150 0.217 0.054 0.002 0.001 0.034 0.416 17 R 0.033 0.122 0.001 0.011 0.157 0.249 0.045 0.003 0.001 0.057 0.322 18 V 0.023 0.061 0.002 0.015 0.201 0.307 0.044 0.002 0.001 0.061 0.283 19 A 0.030 0.025 0.007 0.023 0.206 0.335 0.043 0.002 0.002 0.082 0.245 20 I 0.169 0.018 0.008 0.026 0.141 0.161 0.062 0.004 0.002 0.082 0.327 21 E 0.194 0.013 0.005 0.016 0.072 0.078 0.073 0.003 0.001 0.073 0.473 22 K 0.051 0.025 0.003 0.022 0.033 0.056 0.097 0.003 0.001 0.028 0.683 23 D 0.019 0.029 0.003 0.022 0.051 0.096 0.098 0.002 0.001 0.027 0.653 24 G 0.008 0.027 0.001 0.033 0.145 0.186 0.083 0.001 0.001 0.029 0.488 25 N 0.005 0.037 0.001 0.099 0.266 0.369 0.028 0.001 0.001 0.031 0.164 26 A 0.011 0.059 0.001 0.124 0.207 0.350 0.027 0.002 0.001 0.032 0.186 27 I 0.012 0.022 0.001 0.187 0.278 0.293 0.029 0.001 0.001 0.042 0.133 28 I 0.011 0.023 0.001 0.193 0.245 0.316 0.022 0.001 0.001 0.031 0.157 29 F 0.032 0.035 0.002 0.212 0.159 0.207 0.052 0.004 0.001 0.063 0.235 30 L 0.051 0.041 0.004 0.062 0.121 0.115 0.094 0.008 0.001 0.064 0.439 31 E 0.115 0.116 0.004 0.039 0.072 0.085 0.075 0.009 0.001 0.069 0.415 32 K 0.073 0.129 0.005 0.012 0.024 0.040 0.070 0.014 0.002 0.043 0.588 33 D 0.259 0.070 0.010 0.010 0.021 0.032 0.083 0.018 0.004 0.118 0.374 34 E 0.148 0.042 0.014 0.014 0.022 0.032 0.093 0.011 0.007 0.088 0.528 35 E 0.104 0.024 0.009 0.011 0.016 0.024 0.091 0.006 0.003 0.073 0.639 36 Y 0.121 0.019 0.010 0.009 0.014 0.021 0.106 0.005 0.002 0.059 0.634 37 S 0.081 0.029 0.002 0.005 0.010 0.014 0.102 0.002 0.001 0.030 0.723 38 G 0.055 0.082 0.001 0.010 0.010 0.020 0.093 0.003 0.001 0.020 0.706 39 N 0.017 0.115 0.001 0.010 0.018 0.034 0.102 0.002 0.001 0.027 0.673 40 G 0.023 0.207 0.002 0.033 0.088 0.104 0.071 0.002 0.001 0.048 0.421 41 K 0.028 0.220 0.004 0.076 0.125 0.206 0.040 0.003 0.001 0.106 0.193 42 L 0.032 0.230 0.003 0.091 0.097 0.189 0.041 0.004 0.001 0.099 0.214 43 L 0.041 0.357 0.002 0.069 0.105 0.180 0.027 0.003 0.001 0.054 0.160 44 Y 0.013 0.392 0.001 0.043 0.094 0.221 0.026 0.002 0.001 0.033 0.175 45 Q 0.013 0.304 0.001 0.058 0.103 0.176 0.033 0.002 0.001 0.140 0.169 46 V 0.006 0.433 0.004 0.085 0.128 0.126 0.024 0.003 0.001 0.105 0.084 47 I 0.010 0.872 0.002 0.008 0.020 0.015 0.006 0.005 0.001 0.027 0.035 48 Y 0.029 0.935 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.001 0.012 0.008 49 D 0.017 0.898 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.001 0.043 0.025 50 D 0.025 0.869 0.007 0.002 0.002 0.007 0.008 0.008 0.002 0.034 0.036 51 L 0.093 0.743 0.015 0.002 0.004 0.008 0.013 0.029 0.007 0.036 0.049 52 A 0.171 0.310 0.037 0.005 0.014 0.016 0.032 0.019 0.014 0.190 0.191 53 K 0.090 0.370 0.009 0.008 0.015 0.026 0.040 0.009 0.004 0.065 0.363 54 Y 0.083 0.158 0.013 0.008 0.012 0.017 0.081 0.010 0.004 0.106 0.509 55 M 0.020 0.025 0.018 0.013 0.036 0.037 0.175 0.004 0.005 0.132 0.535 56 S 0.171 0.103 0.005 0.008 0.008 0.012 0.076 0.006 0.003 0.055 0.552 57 L 0.224 0.074 0.003 0.004 0.004 0.003 0.074 0.008 0.001 0.036 0.569 58 D 0.072 0.039 0.010 0.005 0.005 0.010 0.130 0.004 0.003 0.077 0.645 59 T 0.071 0.012 0.011 0.010 0.005 0.015 0.117 0.002 0.002 0.113 0.642 60 L 0.036 0.005 0.002 0.041 0.014 0.033 0.157 0.002 0.001 0.083 0.626 61 K 0.026 0.005 0.001 0.044 0.017 0.054 0.148 0.002 0.001 0.057 0.646 62 K 0.003 0.001 0.001 0.104 0.050 0.130 0.131 0.001 0.001 0.055 0.525 63 D 0.001 0.001 0.001 0.375 0.082 0.191 0.061 0.001 0.001 0.059 0.228 64 V 0.001 0.001 0.001 0.484 0.189 0.189 0.023 0.001 0.001 0.029 0.084 65 L 0.002 0.001 0.001 0.503 0.154 0.138 0.022 0.001 0.001 0.039 0.141 66 I 0.001 0.001 0.001 0.430 0.202 0.200 0.029 0.001 0.001 0.037 0.100 67 Q 0.010 0.001 0.002 0.223 0.112 0.198 0.061 0.001 0.001 0.053 0.339 68 Y 0.218 0.002 0.003 0.058 0.062 0.076 0.104 0.004 0.001 0.099 0.373 69 P 0.136 0.002 0.002 0.017 0.017 0.023 0.147 0.002 0.001 0.085 0.569 70 D 0.029 0.003 0.001 0.023 0.016 0.033 0.140 0.002 0.001 0.040 0.712 71 K 0.010 0.002 0.002 0.014 0.022 0.038 0.125 0.001 0.001 0.074 0.713 72 H 0.002 0.003 0.001 0.059 0.234 0.239 0.094 0.001 0.001 0.074 0.293 73 T 0.004 0.018 0.001 0.068 0.179 0.399 0.040 0.002 0.001 0.043 0.246 74 L 0.005 0.007 0.001 0.027 0.240 0.382 0.040 0.001 0.001 0.027 0.270 75 T 0.002 0.005 0.001 0.061 0.337 0.484 0.012 0.001 0.001 0.021 0.078 76 Y 0.002 0.002 0.003 0.032 0.262 0.571 0.014 0.001 0.001 0.037 0.078 77 L 0.066 0.001 0.002 0.038 0.310 0.342 0.052 0.001 0.001 0.059 0.127 78 K 0.619 0.002 0.001 0.019 0.043 0.045 0.031 0.002 0.001 0.030 0.208 79 A 0.022 0.001 0.001 0.008 0.015 0.034 0.077 0.001 0.001 0.011 0.831 80 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.025 0.035 0.065 0.001 0.001 0.012 0.846 81 T 0.011 0.001 0.001 0.011 0.410 0.152 0.044 0.001 0.001 0.028 0.342 82 K 0.004 0.001 0.001 0.067 0.414 0.296 0.030 0.001 0.001 0.026 0.161 83 L 0.009 0.001 0.001 0.033 0.182 0.199 0.045 0.001 0.001 0.029 0.501 84 I 0.001 0.001 0.001 0.028 0.308 0.496 0.033 0.001 0.001 0.002 0.132 85 S 0.002 0.001 0.001 0.037 0.101 0.238 0.046 0.001 0.001 0.011 0.566 86 V 0.001 0.001 0.001 0.021 0.521 0.251 0.053 0.001 0.001 0.008 0.146 87 P 0.244 0.005 0.001 0.066 0.055 0.080 0.074 0.004 0.001 0.041 0.428 88 A 0.297 0.002 0.001 0.023 0.055 0.040 0.084 0.002 0.001 0.042 0.454 89 E 0.015 0.002 0.001 0.046 0.015 0.043 0.121 0.001 0.001 0.020 0.738 90 G 0.007 0.001 0.001 0.055 0.052 0.121 0.102 0.001 0.001 0.029 0.632 91 Y 0.008 0.001 0.001 0.067 0.180 0.164 0.116 0.001 0.001 0.031 0.431 92 K 0.001 0.001 0.001 0.041 0.239 0.419 0.059 0.001 0.001 0.016 0.224 93 V 0.003 0.003 0.001 0.047 0.135 0.185 0.063 0.001 0.001 0.024 0.540 94 Y 0.010 0.007 0.001 0.077 0.345 0.308 0.041 0.001 0.001 0.037 0.174 95 P 0.025 0.019 0.001 0.166 0.138 0.208 0.051 0.002 0.001 0.059 0.330 96 I 0.047 0.008 0.007 0.161 0.138 0.176 0.069 0.004 0.002 0.101 0.288 97 M 0.051 0.009 0.004 0.154 0.096 0.137 0.095 0.003 0.001 0.049 0.403 98 D 0.222 0.031 0.002 0.050 0.045 0.080 0.061 0.007 0.001 0.048 0.453 99 F 0.043 0.030 0.001 0.030 0.059 0.096 0.139 0.003 0.001 0.041 0.557 100 G 0.009 0.036 0.002 0.018 0.067 0.151 0.101 0.001 0.001 0.033 0.581 101 F 0.011 0.023 0.001 0.030 0.266 0.296 0.059 0.001 0.001 0.041 0.272 102 R 0.032 0.025 0.007 0.056 0.219 0.349 0.039 0.005 0.002 0.098 0.167 103 V 0.082 0.010 0.009 0.029 0.161 0.186 0.067 0.004 0.002 0.096 0.354 104 L 0.276 0.015 0.003 0.039 0.083 0.113 0.053 0.003 0.001 0.067 0.349 105 K 0.044 0.033 0.001 0.040 0.027 0.059 0.087 0.002 0.001 0.028 0.679 106 G 0.011 0.034 0.002 0.018 0.027 0.051 0.092 0.002 0.001 0.021 0.741 107 Y 0.008 0.011 0.003 0.033 0.238 0.179 0.076 0.001 0.001 0.226 0.224 108 R 0.006 0.029 0.001 0.148 0.216 0.311 0.029 0.001 0.001 0.180 0.079 109 L 0.019 0.075 0.001 0.093 0.183 0.252 0.043 0.004 0.001 0.112 0.219 110 A 0.007 0.018 0.002 0.096 0.278 0.318 0.030 0.002 0.001 0.110 0.138 111 T 0.004 0.010 0.001 0.043 0.198 0.538 0.017 0.001 0.001 0.090 0.098 112 L 0.008 0.008 0.002 0.051 0.344 0.338 0.034 0.001 0.001 0.066 0.146 113 E 0.023 0.003 0.010 0.030 0.243 0.312 0.080 0.002 0.002 0.085 0.211 114 S 0.258 0.003 0.004 0.022 0.077 0.123 0.073 0.002 0.001 0.115 0.322 115 K 0.113 0.004 0.001 0.029 0.025 0.039 0.096 0.002 0.001 0.029 0.660 116 K 0.008 0.001 0.001 0.007 0.018 0.033 0.113 0.001 0.001 0.019 0.800 117 G 0.006 0.001 0.001 0.037 0.206 0.122 0.090 0.001 0.001 0.030 0.507 118 D 0.006 0.002 0.001 0.098 0.235 0.345 0.053 0.001 0.001 0.063 0.195 119 L 0.002 0.001 0.001 0.036 0.237 0.273 0.064 0.001 0.001 0.033 0.356 120 R 0.001 0.001 0.001 0.075 0.440 0.375 0.013 0.001 0.001 0.019 0.076 121 Y 0.002 0.001 0.001 0.026 0.254 0.478 0.023 0.001 0.001 0.030 0.186 122 V 0.004 0.001 0.001 0.026 0.331 0.390 0.050 0.001 0.001 0.024 0.176 123 N 0.029 0.001 0.002 0.035 0.179 0.261 0.052 0.001 0.001 0.066 0.373 124 S 0.033 0.001 0.002 0.029 0.048 0.069 0.108 0.001 0.001 0.079 0.630 125 P 0.127 0.001 0.002 0.009 0.016 0.015 0.081 0.001 0.001 0.074 0.674 126 V 0.079 0.001 0.001 0.020 0.036 0.031 0.128 0.002 0.001 0.088 0.614 127 S 0.002 0.001 0.001 0.027 0.020 0.049 0.171 0.001 0.001 0.055 0.676 128 G 0.001 0.001 0.001 0.062 0.200 0.270 0.093 0.001 0.001 0.054 0.321 129 T 0.001 0.001 0.001 0.205 0.265 0.385 0.020 0.001 0.001 0.045 0.079 130 V 0.001 0.001 0.001 0.178 0.363 0.267 0.012 0.001 0.001 0.071 0.108 131 I 0.001 0.001 0.001 0.276 0.401 0.248 0.007 0.001 0.001 0.029 0.036 132 F 0.007 0.002 0.001 0.349 0.183 0.291 0.019 0.001 0.001 0.042 0.104 133 M 0.023 0.002 0.001 0.232 0.145 0.212 0.078 0.002 0.001 0.095 0.210 134 N 0.005 0.002 0.001 0.121 0.092 0.185 0.152 0.001 0.001 0.068 0.372 135 E 0.007 0.004 0.002 0.038 0.052 0.111 0.153 0.001 0.001 0.049 0.582 136 I 0.139 0.013 0.004 0.023 0.048 0.055 0.126 0.011 0.002 0.070 0.509 137 P 0.242 0.011 0.004 0.009 0.015 0.021 0.101 0.008 0.003 0.076 0.509 138 S 0.050 0.004 0.007 0.009 0.011 0.026 0.107 0.002 0.002 0.070 0.713 139 E 0.093 0.004 0.004 0.008 0.008 0.016 0.107 0.002 0.001 0.047 0.711 140 R 0.165 0.003 0.002 0.006 0.010 0.015 0.124 0.003 0.001 0.061 0.611 141 A 0.011 0.003 0.001 0.017 0.014 0.030 0.173 0.001 0.001 0.055 0.695 142 N 0.003 0.002 0.001 0.062 0.038 0.121 0.136 0.001 0.001 0.062 0.573 143 Y 0.001 0.001 0.001 0.142 0.196 0.320 0.071 0.001 0.001 0.047 0.221 144 V 0.001 0.001 0.001 0.286 0.249 0.309 0.017 0.001 0.001 0.032 0.103 145 F 0.001 0.001 0.001 0.277 0.296 0.304 0.012 0.001 0.001 0.025 0.083 146 Y 0.002 0.001 0.001 0.350 0.275 0.257 0.016 0.001 0.001 0.023 0.075 147 M 0.002 0.001 0.001 0.203 0.315 0.345 0.022 0.001 0.001 0.023 0.089 148 L 0.020 0.001 0.001 0.160 0.181 0.211 0.076 0.001 0.001 0.031 0.319 149 E 0.038 0.002 0.001 0.054 0.100 0.114 0.128 0.002 0.001 0.032 0.529 150 E 0.017 0.002 0.001 0.026 0.028 0.051 0.124 0.001 0.001 0.021 0.728