# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.026 0.109 0.182 0.096 0.016 0.561 2 K 0.014 0.005 0.024 0.094 0.110 0.072 0.037 0.644 3 I 0.013 0.005 0.031 0.104 0.109 0.115 0.049 0.574 4 P 0.010 0.007 0.123 0.127 0.196 0.075 0.049 0.412 5 K 0.002 0.004 0.096 0.144 0.433 0.036 0.027 0.258 6 I 0.003 0.002 0.243 0.309 0.204 0.027 0.061 0.151 7 Y 0.003 0.002 0.223 0.231 0.341 0.023 0.029 0.148 8 V 0.025 0.003 0.164 0.249 0.234 0.044 0.048 0.232 9 E 0.015 0.002 0.101 0.173 0.273 0.055 0.043 0.338 10 G 0.022 0.004 0.050 0.110 0.231 0.069 0.039 0.475 11 E 0.054 0.005 0.045 0.136 0.113 0.097 0.070 0.479 12 L 0.034 0.005 0.026 0.062 0.077 0.088 0.028 0.680 13 N 0.161 0.019 0.009 0.027 0.036 0.086 0.057 0.605 14 D 0.133 0.041 0.006 0.024 0.035 0.098 0.057 0.606 15 G 0.028 0.036 0.006 0.040 0.087 0.092 0.038 0.674 16 D 0.026 0.062 0.011 0.134 0.245 0.068 0.051 0.403 17 R 0.018 0.051 0.019 0.191 0.342 0.050 0.059 0.271 18 V 0.014 0.022 0.026 0.274 0.307 0.041 0.068 0.247 19 A 0.015 0.008 0.041 0.259 0.360 0.037 0.056 0.224 20 I 0.074 0.005 0.036 0.176 0.204 0.058 0.074 0.373 21 E 0.218 0.005 0.018 0.065 0.077 0.077 0.071 0.468 22 K 0.050 0.007 0.012 0.023 0.037 0.118 0.038 0.714 23 D 0.024 0.009 0.020 0.035 0.085 0.138 0.046 0.643 24 G 0.008 0.009 0.042 0.112 0.248 0.100 0.042 0.438 25 N 0.003 0.010 0.076 0.240 0.412 0.035 0.053 0.171 26 A 0.006 0.012 0.093 0.231 0.366 0.031 0.080 0.180 27 I 0.010 0.010 0.107 0.338 0.338 0.024 0.051 0.121 28 I 0.016 0.008 0.126 0.257 0.341 0.031 0.054 0.167 29 F 0.028 0.012 0.082 0.190 0.285 0.061 0.064 0.278 30 L 0.042 0.025 0.054 0.100 0.117 0.110 0.050 0.502 31 E 0.098 0.075 0.028 0.069 0.078 0.106 0.079 0.468 32 K 0.071 0.092 0.015 0.024 0.046 0.097 0.064 0.590 33 D 0.251 0.102 0.010 0.029 0.031 0.071 0.158 0.348 34 E 0.087 0.042 0.020 0.028 0.047 0.104 0.120 0.551 35 E 0.077 0.013 0.020 0.029 0.035 0.102 0.060 0.665 36 Y 0.149 0.009 0.020 0.034 0.050 0.083 0.062 0.593 37 S 0.091 0.006 0.006 0.011 0.015 0.107 0.022 0.742 38 G 0.048 0.016 0.009 0.015 0.022 0.114 0.034 0.743 39 N 0.039 0.049 0.013 0.014 0.034 0.132 0.053 0.666 40 G 0.028 0.059 0.040 0.066 0.113 0.113 0.065 0.515 41 K 0.016 0.060 0.076 0.134 0.220 0.064 0.114 0.314 42 L 0.019 0.122 0.107 0.111 0.156 0.054 0.159 0.272 43 L 0.018 0.240 0.070 0.108 0.157 0.037 0.145 0.225 44 Y 0.019 0.380 0.069 0.085 0.136 0.030 0.103 0.179 45 Q 0.019 0.282 0.105 0.083 0.139 0.039 0.146 0.187 46 V 0.008 0.481 0.083 0.088 0.075 0.036 0.075 0.153 47 I 0.005 0.851 0.022 0.011 0.022 0.010 0.015 0.065 48 Y 0.020 0.892 0.009 0.004 0.006 0.006 0.025 0.038 49 D 0.050 0.718 0.014 0.006 0.007 0.018 0.116 0.072 50 D 0.054 0.625 0.022 0.008 0.009 0.028 0.139 0.115 51 L 0.135 0.516 0.017 0.005 0.010 0.035 0.123 0.158 52 A 0.089 0.094 0.027 0.007 0.012 0.062 0.472 0.236 53 K 0.040 0.140 0.023 0.015 0.026 0.104 0.115 0.536 54 Y 0.059 0.084 0.057 0.034 0.043 0.109 0.175 0.440 55 M 0.037 0.035 0.081 0.059 0.047 0.135 0.183 0.424 56 S 0.191 0.157 0.010 0.011 0.021 0.065 0.132 0.413 57 L 0.153 0.083 0.012 0.009 0.011 0.085 0.081 0.566 58 D 0.075 0.051 0.026 0.025 0.044 0.117 0.079 0.583 59 T 0.064 0.015 0.016 0.013 0.035 0.100 0.077 0.679 60 L 0.048 0.011 0.062 0.039 0.052 0.122 0.068 0.598 61 K 0.021 0.006 0.056 0.023 0.050 0.134 0.051 0.658 62 K 0.005 0.004 0.199 0.053 0.078 0.112 0.049 0.500 63 D 0.001 0.002 0.410 0.064 0.218 0.049 0.048 0.207 64 V 0.001 0.001 0.397 0.216 0.176 0.029 0.048 0.132 65 L 0.001 0.001 0.582 0.141 0.146 0.018 0.038 0.073 66 I 0.002 0.001 0.422 0.196 0.217 0.025 0.029 0.109 67 Q 0.003 0.001 0.350 0.129 0.235 0.035 0.033 0.215 68 Y 0.111 0.001 0.121 0.115 0.095 0.095 0.159 0.303 69 P 0.023 0.001 0.042 0.017 0.022 0.114 0.038 0.743 70 D 0.121 0.010 0.018 0.013 0.016 0.114 0.146 0.561 71 K 0.064 0.008 0.018 0.027 0.060 0.132 0.054 0.637 72 H 0.006 0.010 0.022 0.176 0.211 0.074 0.033 0.468 73 T 0.005 0.012 0.022 0.164 0.514 0.036 0.069 0.178 74 L 0.005 0.021 0.024 0.317 0.378 0.030 0.036 0.189 75 T 0.003 0.023 0.035 0.383 0.463 0.011 0.015 0.067 76 Y 0.003 0.002 0.083 0.360 0.373 0.016 0.065 0.099 77 L 0.073 0.002 0.055 0.233 0.308 0.035 0.086 0.208 78 K 0.488 0.002 0.018 0.073 0.048 0.045 0.067 0.259 79 A 0.009 0.002 0.005 0.012 0.025 0.089 0.014 0.843 80 G 0.040 0.002 0.011 0.018 0.057 0.109 0.047 0.715 81 T 0.006 0.001 0.023 0.412 0.230 0.053 0.029 0.246 82 K 0.005 0.002 0.047 0.141 0.382 0.041 0.047 0.336 83 L 0.033 0.002 0.023 0.193 0.194 0.074 0.069 0.412 84 I 0.001 0.001 0.055 0.323 0.538 0.010 0.007 0.066 85 S 0.002 0.001 0.018 0.201 0.326 0.032 0.033 0.388 86 V 0.003 0.001 0.028 0.584 0.198 0.028 0.015 0.145 87 P 0.056 0.003 0.043 0.113 0.161 0.068 0.086 0.469 88 A 0.147 0.002 0.013 0.099 0.081 0.072 0.035 0.552 89 E 0.014 0.001 0.038 0.112 0.155 0.054 0.017 0.609 90 G 0.012 0.001 0.023 0.028 0.106 0.069 0.023 0.739 91 Y 0.014 0.001 0.051 0.204 0.116 0.094 0.027 0.493 92 K 0.003 0.002 0.108 0.183 0.257 0.047 0.019 0.380 93 V 0.006 0.004 0.064 0.110 0.149 0.078 0.047 0.543 94 Y 0.009 0.005 0.145 0.255 0.236 0.051 0.027 0.272 95 P 0.009 0.010 0.193 0.140 0.218 0.052 0.038 0.341 96 I 0.015 0.006 0.221 0.114 0.123 0.078 0.072 0.370 97 M 0.024 0.009 0.195 0.069 0.093 0.090 0.032 0.488 98 D 0.238 0.060 0.058 0.033 0.040 0.092 0.127 0.351 99 F 0.043 0.071 0.028 0.020 0.039 0.137 0.050 0.612 100 G 0.043 0.157 0.023 0.032 0.078 0.093 0.078 0.497 101 F 0.054 0.210 0.038 0.094 0.126 0.085 0.105 0.288 102 R 0.030 0.036 0.134 0.129 0.184 0.066 0.173 0.249 103 V 0.205 0.020 0.048 0.072 0.101 0.071 0.109 0.374 104 L 0.398 0.025 0.039 0.046 0.051 0.071 0.064 0.306 105 K 0.015 0.030 0.006 0.010 0.023 0.105 0.021 0.791 106 G 0.058 0.063 0.013 0.028 0.062 0.129 0.075 0.571 107 Y 0.024 0.050 0.024 0.167 0.132 0.108 0.271 0.223 108 R 0.013 0.091 0.048 0.107 0.367 0.049 0.105 0.219 109 L 0.021 0.115 0.024 0.132 0.373 0.040 0.065 0.230 110 A 0.007 0.010 0.076 0.317 0.388 0.018 0.117 0.066 111 T 0.007 0.007 0.023 0.247 0.402 0.024 0.119 0.169 112 L 0.018 0.005 0.021 0.367 0.373 0.029 0.032 0.156 113 E 0.007 0.001 0.044 0.286 0.406 0.035 0.024 0.198 114 S 0.078 0.001 0.011 0.068 0.095 0.059 0.067 0.622 115 K 0.200 0.004 0.023 0.093 0.077 0.102 0.071 0.431 116 K 0.012 0.001 0.015 0.016 0.072 0.079 0.015 0.789 117 G 0.005 0.001 0.033 0.130 0.194 0.066 0.022 0.550 118 D 0.002 0.001 0.059 0.312 0.377 0.031 0.037 0.181 119 L 0.007 0.001 0.043 0.291 0.256 0.045 0.037 0.320 120 R 0.002 0.001 0.049 0.377 0.509 0.008 0.009 0.047 121 Y 0.002 0.001 0.025 0.321 0.426 0.020 0.025 0.181 122 V 0.005 0.001 0.026 0.407 0.290 0.041 0.015 0.215 123 N 0.022 0.001 0.038 0.145 0.168 0.077 0.065 0.483 124 S 0.022 0.001 0.031 0.097 0.202 0.083 0.045 0.518 125 P 0.088 0.001 0.015 0.033 0.040 0.068 0.037 0.718 126 V 0.045 0.001 0.039 0.072 0.067 0.122 0.035 0.619 127 S 0.007 0.001 0.055 0.021 0.086 0.100 0.028 0.704 128 G 0.001 0.001 0.054 0.131 0.393 0.057 0.021 0.342 129 T 0.001 0.001 0.193 0.387 0.293 0.015 0.036 0.075 130 V 0.001 0.002 0.287 0.250 0.284 0.017 0.047 0.113 131 I 0.003 0.001 0.304 0.354 0.225 0.013 0.039 0.059 132 F 0.011 0.002 0.245 0.210 0.383 0.019 0.031 0.098 133 M 0.075 0.004 0.097 0.212 0.213 0.065 0.062 0.272 134 N 0.012 0.003 0.084 0.185 0.282 0.096 0.029 0.308 135 E 0.011 0.005 0.028 0.077 0.129 0.132 0.032 0.587 136 I 0.090 0.013 0.022 0.102 0.081 0.120 0.090 0.481 137 P 0.177 0.015 0.009 0.022 0.030 0.100 0.091 0.555 138 S 0.085 0.003 0.005 0.011 0.022 0.107 0.044 0.724 139 E 0.083 0.003 0.006 0.009 0.017 0.097 0.056 0.729 140 R 0.117 0.004 0.007 0.005 0.009 0.140 0.058 0.660 141 A 0.012 0.003 0.038 0.023 0.035 0.162 0.027 0.700 142 N 0.002 0.002 0.141 0.055 0.148 0.114 0.051 0.487 143 Y 0.001 0.002 0.311 0.121 0.195 0.059 0.107 0.204 144 V 0.001 0.002 0.493 0.156 0.227 0.014 0.045 0.062 145 F 0.001 0.001 0.533 0.173 0.187 0.010 0.042 0.053 146 Y 0.002 0.001 0.557 0.200 0.132 0.014 0.038 0.056 147 M 0.005 0.001 0.482 0.133 0.242 0.027 0.020 0.091 148 L 0.052 0.002 0.208 0.103 0.121 0.101 0.083 0.330 149 E 0.063 0.003 0.093 0.079 0.100 0.146 0.076 0.439 150 E 0.025 0.004 0.047 0.032 0.058 0.140 0.046 0.648