# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.319 0.106 0.071 0.103 0.086 0.072 0.092 0.064 0.043 0.028 0.017 2 K 0.115 0.156 0.086 0.177 0.131 0.117 0.113 0.049 0.032 0.016 0.008 3 I 0.033 0.029 0.032 0.055 0.068 0.063 0.120 0.131 0.179 0.143 0.148 4 P 0.040 0.049 0.053 0.116 0.130 0.113 0.173 0.133 0.093 0.065 0.036 5 K 0.031 0.088 0.150 0.231 0.157 0.109 0.092 0.055 0.047 0.028 0.013 6 I 0.007 0.007 0.013 0.026 0.037 0.057 0.136 0.189 0.203 0.196 0.129 7 Y 0.011 0.023 0.027 0.081 0.099 0.116 0.156 0.153 0.151 0.109 0.072 8 V 0.009 0.007 0.018 0.019 0.028 0.029 0.073 0.119 0.202 0.218 0.276 9 E 0.008 0.013 0.030 0.065 0.130 0.103 0.180 0.184 0.130 0.095 0.061 10 G 0.041 0.031 0.045 0.066 0.078 0.086 0.184 0.142 0.160 0.113 0.053 11 E 0.157 0.157 0.130 0.220 0.126 0.068 0.071 0.033 0.021 0.010 0.006 12 L 0.091 0.092 0.069 0.128 0.118 0.116 0.178 0.098 0.060 0.034 0.017 13 N 0.242 0.258 0.100 0.143 0.080 0.056 0.059 0.030 0.017 0.010 0.005 14 D 0.325 0.247 0.102 0.142 0.074 0.042 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 15 G 0.430 0.175 0.077 0.118 0.071 0.040 0.040 0.025 0.013 0.008 0.004 16 D 0.139 0.133 0.083 0.155 0.116 0.107 0.120 0.069 0.043 0.025 0.010 17 R 0.092 0.104 0.137 0.185 0.142 0.125 0.110 0.057 0.027 0.015 0.006 18 V 0.080 0.076 0.165 0.174 0.134 0.126 0.122 0.065 0.032 0.018 0.007 19 A 0.048 0.053 0.104 0.122 0.113 0.131 0.174 0.109 0.077 0.049 0.020 20 I 0.035 0.050 0.077 0.107 0.108 0.118 0.192 0.129 0.092 0.066 0.026 21 E 0.083 0.139 0.220 0.215 0.128 0.076 0.069 0.037 0.019 0.012 0.004 22 K 0.215 0.227 0.180 0.173 0.086 0.047 0.038 0.020 0.008 0.005 0.002 23 D 0.248 0.187 0.081 0.150 0.103 0.070 0.071 0.048 0.022 0.013 0.007 24 G 0.306 0.115 0.057 0.108 0.096 0.077 0.097 0.071 0.038 0.023 0.012 25 N 0.124 0.106 0.100 0.163 0.134 0.115 0.119 0.068 0.039 0.021 0.010 26 A 0.042 0.049 0.072 0.109 0.114 0.129 0.183 0.114 0.095 0.059 0.034 27 I 0.022 0.022 0.038 0.060 0.079 0.112 0.185 0.140 0.152 0.115 0.075 28 I 0.033 0.050 0.098 0.158 0.166 0.133 0.148 0.096 0.063 0.038 0.018 29 F 0.027 0.039 0.076 0.112 0.119 0.125 0.183 0.129 0.095 0.066 0.030 30 L 0.036 0.051 0.069 0.124 0.122 0.137 0.195 0.114 0.079 0.051 0.023 31 E 0.189 0.164 0.161 0.175 0.104 0.070 0.069 0.035 0.018 0.010 0.004 32 K 0.214 0.247 0.137 0.182 0.091 0.047 0.042 0.022 0.010 0.005 0.002 33 D 0.195 0.116 0.059 0.110 0.098 0.092 0.132 0.086 0.055 0.039 0.019 34 E 0.392 0.199 0.104 0.139 0.071 0.035 0.031 0.017 0.007 0.004 0.001 35 E 0.152 0.136 0.171 0.213 0.125 0.081 0.062 0.033 0.015 0.008 0.003 36 Y 0.041 0.051 0.050 0.067 0.078 0.141 0.207 0.131 0.111 0.081 0.042 37 S 0.090 0.180 0.115 0.193 0.148 0.091 0.084 0.049 0.026 0.015 0.008 38 G 0.235 0.184 0.118 0.141 0.097 0.066 0.069 0.045 0.023 0.015 0.007 39 N 0.299 0.143 0.071 0.170 0.107 0.064 0.063 0.039 0.024 0.014 0.006 40 G 0.138 0.090 0.051 0.120 0.096 0.114 0.157 0.108 0.067 0.043 0.016 41 K 0.035 0.073 0.093 0.206 0.179 0.176 0.122 0.058 0.033 0.017 0.009 42 L 0.011 0.013 0.026 0.031 0.050 0.076 0.144 0.154 0.174 0.164 0.158 43 L 0.006 0.014 0.028 0.063 0.093 0.095 0.151 0.152 0.170 0.143 0.084 44 Y 0.012 0.017 0.033 0.057 0.074 0.116 0.229 0.143 0.156 0.117 0.046 45 Q 0.054 0.080 0.208 0.287 0.161 0.090 0.061 0.028 0.017 0.009 0.005 46 V 0.033 0.029 0.047 0.079 0.105 0.148 0.222 0.148 0.087 0.069 0.034 47 I 0.007 0.019 0.018 0.037 0.050 0.084 0.152 0.154 0.195 0.190 0.095 48 Y 0.006 0.010 0.016 0.032 0.058 0.134 0.242 0.155 0.161 0.129 0.057 49 D 0.112 0.082 0.347 0.221 0.104 0.059 0.042 0.017 0.009 0.005 0.002 50 D 0.047 0.077 0.108 0.194 0.166 0.141 0.169 0.060 0.023 0.011 0.005 51 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.015 0.046 0.084 0.221 0.297 0.319 52 A 0.016 0.024 0.044 0.108 0.174 0.195 0.216 0.113 0.059 0.037 0.013 53 K 0.025 0.076 0.509 0.234 0.082 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 54 Y 0.006 0.006 0.017 0.027 0.053 0.134 0.265 0.172 0.141 0.113 0.066 55 M 0.007 0.005 0.006 0.011 0.018 0.040 0.093 0.114 0.242 0.263 0.201 56 S 0.023 0.180 0.199 0.205 0.152 0.089 0.080 0.035 0.019 0.012 0.005 57 L 0.031 0.036 0.079 0.119 0.168 0.184 0.202 0.092 0.050 0.026 0.014 58 D 0.807 0.096 0.038 0.032 0.011 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 59 T 0.140 0.130 0.087 0.264 0.151 0.087 0.081 0.034 0.015 0.007 0.004 60 L 0.008 0.011 0.011 0.016 0.027 0.042 0.089 0.114 0.181 0.257 0.244 61 K 0.018 0.114 0.145 0.249 0.214 0.115 0.074 0.038 0.018 0.011 0.003 62 K 0.028 0.066 0.278 0.194 0.130 0.120 0.092 0.052 0.022 0.013 0.005 63 D 0.064 0.060 0.103 0.215 0.161 0.151 0.132 0.065 0.028 0.016 0.007 64 V 0.003 0.004 0.007 0.010 0.015 0.049 0.124 0.132 0.268 0.244 0.146 65 L 0.004 0.010 0.023 0.050 0.078 0.085 0.132 0.125 0.176 0.167 0.150 66 I 0.003 0.004 0.015 0.014 0.024 0.044 0.089 0.100 0.214 0.270 0.223 67 Q 0.022 0.053 0.083 0.167 0.197 0.170 0.153 0.073 0.045 0.024 0.013 68 Y 0.008 0.009 0.011 0.024 0.046 0.053 0.145 0.229 0.183 0.156 0.137 69 P 0.078 0.117 0.047 0.128 0.114 0.107 0.136 0.095 0.080 0.062 0.037 70 D 0.340 0.214 0.068 0.144 0.080 0.050 0.054 0.023 0.015 0.007 0.004 71 K 0.527 0.167 0.047 0.119 0.059 0.030 0.025 0.013 0.007 0.004 0.003 72 H 0.075 0.088 0.033 0.093 0.093 0.118 0.154 0.114 0.107 0.084 0.042 73 T 0.060 0.161 0.078 0.186 0.149 0.124 0.107 0.065 0.036 0.024 0.010 74 L 0.020 0.019 0.034 0.072 0.096 0.192 0.189 0.136 0.110 0.090 0.042 75 T 0.091 0.082 0.093 0.148 0.116 0.139 0.149 0.083 0.053 0.034 0.013 76 Y 0.006 0.011 0.016 0.050 0.068 0.088 0.169 0.165 0.192 0.140 0.094 77 L 0.002 0.002 0.005 0.008 0.018 0.031 0.085 0.105 0.207 0.243 0.294 78 K 0.061 0.190 0.278 0.242 0.136 0.045 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 79 A 0.086 0.125 0.091 0.204 0.173 0.112 0.112 0.058 0.021 0.012 0.006 80 G 0.310 0.089 0.026 0.065 0.053 0.061 0.094 0.080 0.085 0.086 0.052 81 T 0.228 0.159 0.068 0.183 0.109 0.079 0.079 0.048 0.026 0.015 0.006 82 K 0.044 0.112 0.122 0.242 0.164 0.140 0.089 0.042 0.024 0.014 0.007 83 L 0.005 0.007 0.010 0.014 0.025 0.044 0.081 0.111 0.184 0.225 0.294 84 I 0.020 0.040 0.040 0.103 0.141 0.178 0.207 0.127 0.079 0.046 0.019 85 S 0.046 0.064 0.082 0.165 0.142 0.110 0.125 0.089 0.078 0.062 0.039 86 V 0.013 0.008 0.009 0.020 0.033 0.056 0.122 0.153 0.209 0.204 0.174 87 P 0.168 0.231 0.063 0.247 0.129 0.057 0.052 0.025 0.016 0.007 0.004 88 A 0.007 0.006 0.007 0.010 0.018 0.019 0.045 0.082 0.155 0.193 0.459 89 E 0.103 0.208 0.081 0.239 0.204 0.074 0.045 0.024 0.011 0.006 0.004 90 G 0.238 0.099 0.052 0.120 0.083 0.071 0.104 0.075 0.073 0.053 0.033 91 Y 0.042 0.037 0.027 0.086 0.090 0.128 0.172 0.121 0.126 0.098 0.072 92 K 0.048 0.128 0.077 0.204 0.139 0.114 0.111 0.067 0.059 0.039 0.016 93 V 0.011 0.015 0.021 0.043 0.051 0.100 0.146 0.148 0.183 0.172 0.110 94 Y 0.017 0.027 0.025 0.078 0.103 0.142 0.200 0.156 0.118 0.085 0.049 95 P 0.011 0.010 0.015 0.028 0.032 0.037 0.083 0.136 0.217 0.244 0.188 96 I 0.007 0.012 0.017 0.046 0.076 0.090 0.146 0.147 0.175 0.154 0.130 97 M 0.006 0.006 0.010 0.022 0.035 0.046 0.103 0.133 0.226 0.214 0.198 98 D 0.048 0.080 0.078 0.166 0.161 0.124 0.131 0.080 0.063 0.042 0.028 99 F 0.022 0.031 0.027 0.078 0.117 0.120 0.211 0.171 0.112 0.071 0.041 100 G 0.127 0.074 0.042 0.101 0.076 0.082 0.117 0.095 0.115 0.108 0.062 101 F 0.047 0.038 0.032 0.090 0.091 0.141 0.205 0.122 0.115 0.078 0.041 102 R 0.059 0.127 0.090 0.208 0.165 0.124 0.101 0.055 0.037 0.021 0.012 103 V 0.007 0.005 0.010 0.015 0.024 0.030 0.071 0.103 0.197 0.222 0.316 104 L 0.024 0.064 0.050 0.105 0.122 0.166 0.193 0.097 0.080 0.068 0.030 105 K 0.055 0.159 0.138 0.242 0.154 0.095 0.073 0.037 0.026 0.014 0.007 106 G 0.513 0.134 0.043 0.096 0.060 0.044 0.048 0.029 0.016 0.011 0.006 107 Y 0.060 0.044 0.025 0.082 0.075 0.111 0.172 0.131 0.136 0.108 0.056 108 R 0.056 0.138 0.076 0.205 0.166 0.126 0.109 0.063 0.033 0.019 0.009 109 L 0.005 0.007 0.014 0.028 0.050 0.099 0.129 0.139 0.181 0.189 0.158 110 A 0.010 0.014 0.023 0.037 0.055 0.098 0.186 0.165 0.177 0.145 0.091 111 T 0.012 0.026 0.043 0.133 0.153 0.136 0.166 0.109 0.104 0.069 0.049 112 L 0.007 0.004 0.009 0.011 0.020 0.027 0.067 0.103 0.204 0.218 0.331 113 E 0.053 0.116 0.068 0.254 0.211 0.097 0.102 0.048 0.028 0.014 0.009 114 S 0.016 0.014 0.020 0.030 0.041 0.038 0.080 0.113 0.176 0.189 0.283 115 K 0.130 0.242 0.101 0.201 0.143 0.078 0.054 0.025 0.013 0.008 0.005 116 K 0.088 0.113 0.070 0.177 0.141 0.122 0.122 0.074 0.048 0.029 0.017 117 G 0.270 0.107 0.046 0.093 0.075 0.083 0.111 0.084 0.062 0.043 0.024 118 D 0.081 0.142 0.055 0.222 0.139 0.101 0.125 0.062 0.042 0.020 0.011 119 L 0.005 0.004 0.007 0.009 0.014 0.021 0.044 0.081 0.181 0.265 0.370 120 R 0.021 0.057 0.077 0.178 0.209 0.153 0.126 0.084 0.052 0.028 0.015 121 Y 0.013 0.020 0.039 0.084 0.108 0.098 0.171 0.179 0.129 0.098 0.061 122 V 0.005 0.004 0.006 0.012 0.019 0.032 0.069 0.102 0.211 0.255 0.287 123 N 0.089 0.115 0.066 0.200 0.166 0.103 0.115 0.061 0.046 0.026 0.013 124 S 0.044 0.038 0.048 0.097 0.116 0.101 0.141 0.130 0.120 0.086 0.079 125 P 0.105 0.147 0.063 0.148 0.126 0.096 0.116 0.070 0.054 0.040 0.033 126 V 0.069 0.075 0.035 0.087 0.085 0.127 0.204 0.105 0.102 0.068 0.044 127 S 0.300 0.257 0.082 0.188 0.087 0.038 0.026 0.011 0.006 0.003 0.002 128 G 0.059 0.039 0.033 0.056 0.052 0.061 0.122 0.107 0.183 0.171 0.118 129 T 0.017 0.056 0.027 0.117 0.128 0.137 0.170 0.120 0.109 0.076 0.043 130 V 0.001 0.004 0.006 0.013 0.018 0.045 0.070 0.107 0.215 0.268 0.253 131 I 0.003 0.004 0.010 0.023 0.059 0.080 0.145 0.223 0.172 0.152 0.129 132 F 0.001 0.003 0.010 0.017 0.031 0.022 0.063 0.168 0.214 0.257 0.214 133 M 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.018 0.043 0.079 0.225 0.278 0.333 134 N 0.018 0.021 0.032 0.093 0.136 0.135 0.211 0.122 0.122 0.068 0.042 135 E 0.030 0.045 0.087 0.148 0.153 0.133 0.173 0.110 0.064 0.037 0.020 136 I 0.032 0.050 0.042 0.071 0.083 0.118 0.192 0.137 0.120 0.095 0.061 137 P 0.184 0.179 0.049 0.112 0.080 0.075 0.121 0.070 0.062 0.043 0.025 138 S 0.445 0.226 0.065 0.113 0.057 0.033 0.028 0.014 0.010 0.006 0.004 139 E 0.466 0.224 0.057 0.113 0.056 0.031 0.025 0.013 0.008 0.005 0.003 140 R 0.200 0.213 0.046 0.136 0.094 0.087 0.087 0.057 0.038 0.027 0.015 141 A 0.128 0.119 0.045 0.133 0.123 0.133 0.129 0.085 0.052 0.034 0.020 142 N 0.167 0.139 0.112 0.197 0.124 0.089 0.077 0.047 0.025 0.015 0.007 143 Y 0.021 0.025 0.035 0.078 0.085 0.136 0.196 0.137 0.141 0.099 0.046 144 V 0.011 0.021 0.022 0.056 0.063 0.092 0.160 0.150 0.183 0.151 0.092 145 F 0.011 0.017 0.025 0.061 0.079 0.122 0.166 0.149 0.159 0.128 0.085 146 Y 0.016 0.015 0.025 0.043 0.068 0.081 0.140 0.167 0.171 0.147 0.128 147 M 0.009 0.011 0.016 0.035 0.061 0.052 0.115 0.177 0.194 0.167 0.163 148 L 0.018 0.022 0.022 0.048 0.075 0.076 0.164 0.161 0.177 0.135 0.102 149 E 0.189 0.190 0.116 0.196 0.120 0.065 0.062 0.028 0.020 0.009 0.006 150 E 0.382 0.156 0.068 0.134 0.090 0.052 0.059 0.030 0.016 0.007 0.005