# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.016 0.007 0.122 0.140 0.211 0.039 0.004 0.001 0.005 0.377 2 K 0.016 0.003 0.002 0.034 0.046 0.112 0.025 0.002 0.001 0.002 0.756 3 I 0.023 0.002 0.005 0.119 0.182 0.277 0.048 0.001 0.001 0.003 0.341 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 K 0.004 0.001 0.001 0.126 0.169 0.444 0.043 0.001 0.001 0.003 0.210 6 I 0.054 0.001 0.001 0.276 0.171 0.269 0.024 0.001 0.001 0.001 0.205 7 Y 0.003 0.001 0.001 0.237 0.254 0.437 0.008 0.001 0.001 0.002 0.059 8 V 0.003 0.001 0.001 0.193 0.332 0.355 0.013 0.001 0.001 0.001 0.103 9 E 0.001 0.001 0.001 0.115 0.258 0.509 0.018 0.001 0.001 0.001 0.098 10 G 0.003 0.001 0.001 0.052 0.249 0.378 0.028 0.001 0.001 0.001 0.288 11 E 0.010 0.001 0.001 0.028 0.229 0.257 0.048 0.001 0.001 0.002 0.426 12 L 0.013 0.001 0.001 0.024 0.094 0.156 0.078 0.001 0.001 0.005 0.629 13 N 0.025 0.005 0.001 0.017 0.157 0.220 0.190 0.001 0.001 0.011 0.374 14 D 0.061 0.007 0.002 0.010 0.028 0.062 0.083 0.001 0.001 0.015 0.733 15 G 0.062 0.008 0.004 0.006 0.026 0.037 0.241 0.001 0.001 0.029 0.586 16 D 0.273 0.006 0.032 0.007 0.024 0.033 0.240 0.001 0.001 0.055 0.330 17 R 0.041 0.023 0.012 0.017 0.080 0.101 0.220 0.001 0.001 0.012 0.494 18 V 0.012 0.015 0.003 0.019 0.266 0.357 0.068 0.001 0.001 0.004 0.255 19 A 0.022 0.024 0.001 0.019 0.261 0.409 0.046 0.001 0.001 0.002 0.216 20 I 0.031 0.045 0.001 0.022 0.308 0.401 0.027 0.001 0.001 0.001 0.164 21 E 0.028 0.090 0.001 0.023 0.234 0.361 0.048 0.003 0.001 0.003 0.208 22 K 0.062 0.100 0.003 0.027 0.103 0.164 0.068 0.009 0.001 0.008 0.456 23 D 0.110 0.040 0.004 0.022 0.054 0.098 0.097 0.012 0.001 0.015 0.548 24 G 0.225 0.011 0.031 0.027 0.067 0.084 0.073 0.004 0.001 0.030 0.446 25 N 0.059 0.008 0.035 0.080 0.225 0.195 0.191 0.001 0.001 0.014 0.192 26 A 0.009 0.004 0.009 0.116 0.201 0.339 0.077 0.001 0.001 0.006 0.239 27 I 0.005 0.003 0.001 0.188 0.257 0.454 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 28 I 0.004 0.007 0.001 0.191 0.254 0.372 0.028 0.001 0.001 0.001 0.142 29 F 0.007 0.005 0.001 0.135 0.234 0.427 0.026 0.001 0.001 0.001 0.165 30 L 0.008 0.005 0.001 0.113 0.167 0.380 0.048 0.001 0.001 0.002 0.275 31 E 0.015 0.007 0.001 0.047 0.107 0.189 0.097 0.001 0.001 0.006 0.530 32 K 0.021 0.006 0.001 0.020 0.025 0.068 0.079 0.001 0.001 0.004 0.774 33 D 0.045 0.018 0.001 0.013 0.043 0.085 0.163 0.003 0.001 0.010 0.620 34 E 0.153 0.034 0.007 0.010 0.025 0.038 0.106 0.002 0.001 0.012 0.614 35 E 0.063 0.065 0.004 0.009 0.020 0.027 0.388 0.004 0.001 0.006 0.413 36 Y 0.320 0.084 0.007 0.013 0.034 0.050 0.175 0.007 0.001 0.016 0.294 37 S 0.148 0.240 0.007 0.018 0.037 0.050 0.053 0.007 0.001 0.007 0.432 38 G 0.078 0.085 0.015 0.015 0.031 0.035 0.114 0.009 0.001 0.009 0.608 39 N 0.107 0.043 0.024 0.018 0.012 0.021 0.105 0.004 0.001 0.013 0.654 40 G 0.078 0.027 0.010 0.019 0.026 0.038 0.098 0.005 0.001 0.015 0.685 41 K 0.206 0.021 0.036 0.038 0.060 0.070 0.236 0.002 0.001 0.026 0.305 42 L 0.028 0.043 0.010 0.053 0.061 0.094 0.124 0.001 0.001 0.006 0.582 43 L 0.025 0.055 0.004 0.087 0.148 0.339 0.083 0.001 0.001 0.005 0.252 44 Y 0.021 0.131 0.002 0.055 0.070 0.166 0.116 0.002 0.001 0.002 0.435 45 Q 0.027 0.201 0.001 0.040 0.053 0.099 0.070 0.001 0.001 0.002 0.506 46 V 0.050 0.303 0.003 0.027 0.033 0.041 0.088 0.001 0.001 0.003 0.450 47 I 0.024 0.607 0.006 0.021 0.023 0.036 0.064 0.001 0.001 0.003 0.216 48 Y 0.016 0.764 0.006 0.013 0.021 0.041 0.025 0.001 0.001 0.001 0.111 49 D 0.004 0.884 0.001 0.003 0.008 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.079 50 D 0.008 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 51 L 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 52 A 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 53 K 0.027 0.940 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.016 54 Y 0.137 0.812 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.020 55 M 0.065 0.819 0.045 0.003 0.003 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.037 56 S 0.064 0.473 0.076 0.010 0.009 0.017 0.038 0.050 0.001 0.001 0.261 57 L 0.076 0.284 0.077 0.019 0.009 0.025 0.017 0.020 0.001 0.004 0.469 58 D 0.064 0.154 0.005 0.011 0.015 0.013 0.209 0.027 0.001 0.005 0.497 59 T 0.332 0.063 0.030 0.017 0.009 0.011 0.182 0.008 0.001 0.014 0.334 60 L 0.174 0.310 0.010 0.047 0.032 0.046 0.087 0.007 0.001 0.005 0.283 61 K 0.183 0.108 0.008 0.063 0.047 0.068 0.172 0.016 0.001 0.009 0.327 62 K 0.118 0.068 0.011 0.101 0.044 0.042 0.033 0.007 0.001 0.004 0.573 63 D 0.072 0.021 0.004 0.171 0.205 0.142 0.046 0.006 0.001 0.006 0.327 64 V 0.055 0.008 0.008 0.396 0.142 0.164 0.051 0.001 0.001 0.004 0.170 65 L 0.003 0.004 0.002 0.635 0.118 0.146 0.026 0.001 0.001 0.001 0.066 66 I 0.001 0.001 0.001 0.562 0.140 0.233 0.015 0.001 0.001 0.002 0.045 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.552 0.051 0.166 0.018 0.001 0.001 0.001 0.208 68 Y 0.002 0.001 0.001 0.262 0.167 0.282 0.048 0.001 0.001 0.001 0.237 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 D 0.002 0.001 0.001 0.019 0.029 0.061 0.111 0.001 0.001 0.008 0.768 71 K 0.444 0.001 0.001 0.013 0.003 0.006 0.038 0.001 0.001 0.018 0.476 72 H 0.170 0.001 0.002 0.013 0.023 0.019 0.303 0.001 0.001 0.012 0.456 73 T 0.121 0.003 0.004 0.057 0.112 0.149 0.185 0.001 0.001 0.025 0.344 74 L 0.026 0.007 0.002 0.084 0.250 0.298 0.071 0.001 0.001 0.003 0.259 75 T 0.004 0.004 0.001 0.179 0.387 0.324 0.034 0.001 0.001 0.002 0.066 76 Y 0.006 0.005 0.001 0.094 0.257 0.443 0.034 0.001 0.001 0.001 0.160 77 L 0.006 0.004 0.001 0.220 0.193 0.497 0.012 0.001 0.001 0.001 0.068 78 K 0.003 0.011 0.001 0.120 0.254 0.303 0.058 0.001 0.001 0.004 0.247 79 A 0.009 0.009 0.001 0.101 0.049 0.173 0.090 0.002 0.001 0.005 0.562 80 G 0.071 0.005 0.001 0.090 0.075 0.132 0.111 0.005 0.001 0.028 0.481 81 T 0.583 0.001 0.045 0.028 0.039 0.027 0.073 0.001 0.001 0.050 0.152 82 K 0.014 0.002 0.003 0.119 0.047 0.050 0.157 0.001 0.001 0.004 0.603 83 L 0.008 0.001 0.004 0.136 0.184 0.405 0.035 0.001 0.001 0.008 0.219 84 I 0.003 0.002 0.001 0.405 0.194 0.302 0.032 0.001 0.001 0.002 0.060 85 S 0.006 0.002 0.001 0.087 0.065 0.142 0.023 0.001 0.001 0.001 0.673 86 V 0.004 0.001 0.001 0.307 0.230 0.352 0.021 0.001 0.001 0.001 0.085 87 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 88 A 0.006 0.001 0.001 0.176 0.141 0.388 0.047 0.001 0.001 0.003 0.237 89 E 0.026 0.001 0.001 0.140 0.079 0.123 0.113 0.001 0.001 0.005 0.512 90 G 0.064 0.001 0.001 0.052 0.050 0.072 0.070 0.001 0.001 0.010 0.679 91 Y 0.168 0.004 0.003 0.101 0.064 0.054 0.117 0.001 0.001 0.006 0.483 92 K 0.018 0.002 0.002 0.191 0.081 0.089 0.156 0.001 0.001 0.006 0.455 93 V 0.006 0.001 0.001 0.054 0.016 0.031 0.020 0.001 0.001 0.002 0.869 94 Y 0.009 0.002 0.001 0.395 0.150 0.241 0.037 0.001 0.001 0.003 0.162 95 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 96 I 0.014 0.002 0.001 0.194 0.082 0.297 0.078 0.001 0.001 0.003 0.330 97 M 0.047 0.011 0.001 0.299 0.045 0.144 0.067 0.001 0.001 0.005 0.381 98 D 0.026 0.019 0.001 0.048 0.058 0.064 0.138 0.001 0.001 0.005 0.640 99 F 0.076 0.039 0.007 0.082 0.015 0.045 0.135 0.002 0.001 0.009 0.590 100 G 0.056 0.034 0.002 0.047 0.024 0.041 0.368 0.004 0.001 0.010 0.414 101 F 0.250 0.024 0.032 0.046 0.030 0.025 0.203 0.001 0.001 0.024 0.363 102 R 0.062 0.119 0.008 0.060 0.057 0.055 0.116 0.002 0.001 0.007 0.515 103 V 0.054 0.193 0.009 0.066 0.119 0.177 0.051 0.002 0.001 0.006 0.323 104 L 0.032 0.386 0.001 0.050 0.071 0.098 0.114 0.006 0.001 0.005 0.235 105 K 0.102 0.247 0.006 0.027 0.021 0.055 0.089 0.015 0.001 0.007 0.431 106 G 0.264 0.113 0.005 0.031 0.034 0.054 0.051 0.033 0.001 0.018 0.397 107 Y 0.519 0.015 0.129 0.023 0.041 0.032 0.039 0.004 0.001 0.028 0.170 108 R 0.019 0.016 0.038 0.112 0.124 0.175 0.122 0.002 0.001 0.006 0.385 109 L 0.007 0.004 0.007 0.061 0.199 0.584 0.026 0.001 0.001 0.005 0.106 110 A 0.004 0.007 0.001 0.111 0.357 0.463 0.013 0.001 0.001 0.001 0.041 111 T 0.005 0.008 0.001 0.052 0.297 0.506 0.015 0.001 0.001 0.001 0.115 112 L 0.016 0.002 0.001 0.057 0.351 0.500 0.005 0.001 0.001 0.001 0.067 113 E 0.005 0.007 0.001 0.040 0.298 0.461 0.026 0.001 0.001 0.002 0.161 114 S 0.007 0.003 0.001 0.026 0.397 0.463 0.018 0.001 0.001 0.003 0.081 115 K 0.025 0.005 0.003 0.033 0.120 0.267 0.109 0.001 0.001 0.009 0.427 116 K 0.022 0.003 0.003 0.017 0.067 0.142 0.246 0.001 0.001 0.023 0.474 117 G 0.140 0.003 0.006 0.021 0.141 0.129 0.147 0.001 0.001 0.071 0.341 118 D 0.141 0.004 0.016 0.040 0.093 0.146 0.254 0.001 0.001 0.022 0.283 119 L 0.015 0.004 0.006 0.052 0.187 0.269 0.055 0.001 0.001 0.004 0.407 120 R 0.002 0.001 0.001 0.034 0.483 0.434 0.014 0.001 0.001 0.001 0.029 121 Y 0.004 0.002 0.001 0.028 0.155 0.218 0.021 0.001 0.001 0.001 0.571 122 V 0.013 0.001 0.001 0.052 0.270 0.584 0.005 0.001 0.001 0.001 0.075 123 N 0.005 0.002 0.001 0.054 0.211 0.355 0.046 0.001 0.001 0.008 0.317 124 S 0.008 0.001 0.001 0.033 0.158 0.200 0.041 0.001 0.001 0.002 0.556 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 126 V 0.011 0.001 0.001 0.019 0.061 0.130 0.163 0.001 0.001 0.012 0.602 127 S 0.049 0.001 0.001 0.023 0.030 0.035 0.074 0.001 0.001 0.005 0.784 128 G 0.142 0.002 0.002 0.068 0.114 0.118 0.071 0.001 0.001 0.010 0.473 129 T 0.053 0.002 0.002 0.248 0.213 0.156 0.148 0.001 0.001 0.005 0.174 130 V 0.004 0.001 0.001 0.272 0.243 0.209 0.065 0.001 0.001 0.003 0.202 131 I 0.001 0.001 0.001 0.356 0.273 0.328 0.009 0.001 0.001 0.001 0.030 132 F 0.001 0.001 0.001 0.439 0.156 0.313 0.014 0.001 0.001 0.001 0.075 133 M 0.002 0.001 0.001 0.334 0.205 0.351 0.015 0.001 0.001 0.001 0.091 134 N 0.001 0.001 0.001 0.211 0.218 0.380 0.024 0.001 0.001 0.003 0.162 135 E 0.009 0.001 0.002 0.095 0.075 0.168 0.083 0.001 0.001 0.006 0.560 136 I 0.029 0.001 0.001 0.072 0.090 0.159 0.291 0.001 0.001 0.005 0.351 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 S 0.008 0.001 0.001 0.011 0.031 0.093 0.088 0.001 0.001 0.006 0.762 139 E 0.267 0.004 0.002 0.010 0.011 0.017 0.099 0.001 0.001 0.009 0.579 140 R 0.244 0.016 0.002 0.011 0.011 0.018 0.100 0.001 0.001 0.005 0.593 141 A 0.094 0.021 0.005 0.027 0.032 0.042 0.104 0.002 0.001 0.008 0.664 142 N 0.114 0.011 0.002 0.053 0.124 0.109 0.107 0.002 0.001 0.015 0.463 143 Y 0.157 0.012 0.035 0.120 0.095 0.112 0.127 0.002 0.001 0.012 0.328 144 V 0.008 0.005 0.003 0.294 0.278 0.274 0.064 0.001 0.001 0.003 0.070 145 F 0.004 0.004 0.001 0.235 0.273 0.376 0.024 0.001 0.001 0.004 0.079 146 Y 0.004 0.003 0.001 0.369 0.217 0.340 0.008 0.001 0.001 0.001 0.059 147 M 0.003 0.002 0.001 0.259 0.198 0.410 0.015 0.001 0.001 0.001 0.111 148 L 0.003 0.002 0.001 0.222 0.207 0.403 0.023 0.001 0.001 0.002 0.138 149 E 0.004 0.001 0.001 0.089 0.168 0.326 0.042 0.001 0.001 0.001 0.367 150 E 0.004 0.001 0.001 0.034 0.034 0.110 0.053 0.001 0.001 0.003 0.761