# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.033 0.026 0.054 0.061 0.075 0.012 0.635 2 K 0.058 0.022 0.057 0.086 0.178 0.052 0.016 0.532 3 I 0.084 0.010 0.070 0.169 0.150 0.094 0.007 0.415 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.007 0.001 0.086 0.139 0.389 0.060 0.002 0.317 6 I 0.105 0.005 0.143 0.137 0.171 0.043 0.005 0.392 7 Y 0.006 0.002 0.201 0.275 0.403 0.013 0.001 0.099 8 V 0.003 0.002 0.137 0.330 0.410 0.012 0.001 0.105 9 E 0.005 0.002 0.190 0.214 0.382 0.025 0.002 0.180 10 G 0.006 0.004 0.083 0.231 0.338 0.063 0.004 0.272 11 E 0.015 0.005 0.036 0.117 0.187 0.058 0.006 0.574 12 L 0.026 0.006 0.037 0.110 0.207 0.080 0.007 0.527 13 N 0.042 0.014 0.013 0.088 0.110 0.251 0.009 0.474 14 D 0.062 0.015 0.008 0.026 0.064 0.061 0.009 0.755 15 G 0.046 0.016 0.008 0.022 0.037 0.324 0.013 0.533 16 D 0.339 0.011 0.012 0.033 0.049 0.199 0.044 0.314 17 R 0.111 0.041 0.028 0.082 0.122 0.131 0.012 0.471 18 V 0.021 0.029 0.029 0.154 0.175 0.157 0.004 0.431 19 A 0.021 0.030 0.044 0.187 0.348 0.065 0.004 0.301 20 I 0.020 0.058 0.039 0.216 0.363 0.031 0.004 0.268 21 E 0.021 0.081 0.036 0.208 0.333 0.050 0.007 0.264 22 K 0.037 0.069 0.040 0.126 0.172 0.055 0.019 0.482 23 D 0.083 0.043 0.039 0.078 0.114 0.124 0.036 0.483 24 G 0.181 0.016 0.061 0.066 0.098 0.089 0.042 0.446 25 N 0.077 0.010 0.134 0.180 0.171 0.174 0.013 0.241 26 A 0.013 0.004 0.136 0.177 0.246 0.087 0.004 0.333 27 I 0.004 0.002 0.151 0.300 0.421 0.020 0.001 0.100 28 I 0.003 0.003 0.191 0.221 0.377 0.030 0.001 0.173 29 F 0.005 0.007 0.121 0.226 0.380 0.038 0.002 0.220 30 L 0.009 0.009 0.098 0.159 0.319 0.064 0.004 0.337 31 E 0.017 0.011 0.038 0.100 0.172 0.110 0.008 0.545 32 K 0.022 0.011 0.021 0.037 0.087 0.112 0.007 0.701 33 D 0.029 0.026 0.012 0.030 0.075 0.215 0.008 0.605 34 E 0.060 0.046 0.008 0.016 0.034 0.124 0.010 0.701 35 E 0.114 0.106 0.009 0.021 0.030 0.299 0.017 0.405 36 Y 0.315 0.126 0.014 0.027 0.039 0.114 0.033 0.332 37 S 0.151 0.273 0.028 0.039 0.064 0.069 0.020 0.356 38 G 0.080 0.089 0.024 0.031 0.040 0.112 0.027 0.597 39 N 0.147 0.041 0.026 0.021 0.033 0.104 0.038 0.589 40 G 0.137 0.029 0.053 0.028 0.036 0.092 0.027 0.599 41 K 0.104 0.020 0.109 0.078 0.054 0.318 0.012 0.304 42 L 0.031 0.027 0.116 0.049 0.066 0.176 0.005 0.530 43 L 0.024 0.047 0.191 0.142 0.266 0.049 0.003 0.278 44 Y 0.026 0.095 0.148 0.083 0.165 0.098 0.005 0.381 45 Q 0.041 0.159 0.128 0.079 0.118 0.100 0.009 0.366 46 V 0.064 0.263 0.117 0.046 0.083 0.056 0.009 0.362 47 I 0.055 0.411 0.133 0.029 0.065 0.058 0.009 0.240 48 Y 0.025 0.408 0.220 0.030 0.097 0.047 0.006 0.166 49 D 0.017 0.540 0.060 0.011 0.037 0.050 0.005 0.281 50 D 0.031 0.440 0.023 0.004 0.013 0.111 0.009 0.370 51 L 0.058 0.641 0.025 0.005 0.013 0.094 0.011 0.153 52 A 0.033 0.797 0.015 0.003 0.004 0.054 0.007 0.087 53 K 0.131 0.688 0.005 0.003 0.004 0.024 0.026 0.119 54 Y 0.238 0.621 0.009 0.003 0.006 0.007 0.021 0.096 55 M 0.137 0.615 0.039 0.018 0.014 0.024 0.022 0.131 56 S 0.063 0.322 0.060 0.034 0.031 0.132 0.030 0.328 57 L 0.103 0.197 0.078 0.024 0.060 0.040 0.028 0.472 58 D 0.028 0.067 0.019 0.011 0.012 0.189 0.022 0.653 59 T 0.307 0.029 0.032 0.012 0.011 0.261 0.066 0.281 60 L 0.289 0.225 0.061 0.023 0.026 0.087 0.017 0.272 61 K 0.113 0.089 0.091 0.118 0.124 0.087 0.011 0.368 62 K 0.042 0.026 0.065 0.105 0.092 0.060 0.012 0.598 63 D 0.072 0.013 0.214 0.116 0.172 0.055 0.016 0.341 64 V 0.047 0.006 0.472 0.124 0.107 0.077 0.006 0.161 65 L 0.001 0.001 0.816 0.075 0.068 0.016 0.001 0.024 66 I 0.001 0.001 0.621 0.163 0.184 0.005 0.001 0.026 67 Q 0.001 0.001 0.600 0.110 0.167 0.020 0.001 0.102 68 Y 0.001 0.001 0.220 0.110 0.189 0.170 0.001 0.309 69 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.008 0.001 0.983 70 D 0.003 0.001 0.022 0.022 0.045 0.450 0.004 0.453 71 K 0.261 0.001 0.017 0.011 0.018 0.094 0.028 0.569 72 H 0.326 0.004 0.022 0.049 0.038 0.245 0.022 0.294 73 T 0.143 0.003 0.033 0.122 0.092 0.259 0.012 0.337 74 L 0.016 0.003 0.048 0.253 0.362 0.062 0.002 0.253 75 T 0.004 0.001 0.034 0.409 0.458 0.030 0.001 0.064 76 Y 0.004 0.003 0.038 0.309 0.493 0.022 0.001 0.130 77 L 0.002 0.002 0.066 0.357 0.524 0.008 0.001 0.040 78 K 0.004 0.013 0.046 0.346 0.402 0.038 0.002 0.150 79 A 0.007 0.011 0.047 0.111 0.200 0.075 0.013 0.536 80 G 0.143 0.010 0.046 0.071 0.139 0.204 0.098 0.288 81 T 0.441 0.006 0.067 0.082 0.066 0.075 0.061 0.201 82 K 0.024 0.003 0.053 0.058 0.071 0.262 0.005 0.525 83 L 0.005 0.001 0.048 0.233 0.410 0.027 0.001 0.276 84 I 0.001 0.001 0.058 0.332 0.554 0.018 0.001 0.037 85 S 0.003 0.001 0.028 0.135 0.223 0.020 0.001 0.589 86 V 0.004 0.001 0.124 0.287 0.533 0.013 0.001 0.039 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 88 A 0.002 0.001 0.088 0.107 0.591 0.032 0.001 0.180 89 E 0.019 0.002 0.026 0.091 0.075 0.191 0.009 0.587 90 G 0.360 0.002 0.024 0.022 0.036 0.071 0.051 0.434 91 Y 0.289 0.005 0.107 0.131 0.116 0.076 0.013 0.263 92 K 0.021 0.001 0.092 0.109 0.090 0.214 0.002 0.472 93 V 0.003 0.001 0.040 0.078 0.316 0.028 0.001 0.534 94 Y 0.004 0.001 0.160 0.283 0.465 0.029 0.001 0.059 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 96 I 0.002 0.001 0.245 0.112 0.435 0.022 0.001 0.182 97 M 0.008 0.001 0.221 0.172 0.154 0.058 0.002 0.384 98 D 0.005 0.002 0.101 0.115 0.147 0.154 0.002 0.475 99 F 0.009 0.003 0.088 0.036 0.144 0.119 0.004 0.598 100 G 0.040 0.004 0.032 0.021 0.038 0.525 0.026 0.314 101 F 0.428 0.005 0.026 0.031 0.028 0.177 0.063 0.243 102 R 0.104 0.041 0.031 0.084 0.061 0.166 0.010 0.504 103 V 0.023 0.024 0.040 0.156 0.265 0.120 0.003 0.369 104 L 0.021 0.041 0.036 0.213 0.344 0.097 0.004 0.243 105 K 0.037 0.062 0.020 0.076 0.178 0.065 0.011 0.551 106 G 0.158 0.049 0.051 0.092 0.222 0.053 0.044 0.331 107 Y 0.259 0.021 0.089 0.134 0.116 0.088 0.039 0.255 108 R 0.014 0.007 0.043 0.108 0.118 0.066 0.005 0.639 109 L 0.004 0.001 0.041 0.248 0.596 0.021 0.001 0.087 110 A 0.007 0.004 0.062 0.358 0.420 0.034 0.002 0.114 111 T 0.006 0.004 0.076 0.355 0.474 0.012 0.002 0.071 112 L 0.006 0.006 0.047 0.369 0.508 0.005 0.001 0.058 113 E 0.003 0.003 0.030 0.388 0.527 0.005 0.001 0.042 114 S 0.006 0.005 0.015 0.463 0.364 0.026 0.004 0.116 115 K 0.017 0.006 0.015 0.290 0.441 0.040 0.007 0.184 116 K 0.008 0.003 0.007 0.033 0.060 0.113 0.007 0.768 117 G 0.144 0.003 0.027 0.096 0.214 0.140 0.060 0.316 118 D 0.325 0.003 0.034 0.084 0.096 0.183 0.023 0.252 119 L 0.007 0.001 0.048 0.173 0.275 0.041 0.002 0.452 120 R 0.001 0.001 0.054 0.412 0.482 0.018 0.001 0.032 121 Y 0.007 0.001 0.030 0.132 0.159 0.055 0.001 0.614 122 V 0.002 0.001 0.090 0.259 0.597 0.008 0.001 0.042 123 N 0.004 0.002 0.048 0.176 0.337 0.042 0.003 0.388 124 S 0.022 0.002 0.059 0.183 0.289 0.059 0.005 0.382 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 126 V 0.017 0.001 0.023 0.051 0.120 0.165 0.004 0.619 127 S 0.041 0.001 0.007 0.009 0.013 0.053 0.004 0.871 128 G 0.174 0.003 0.057 0.047 0.086 0.076 0.017 0.541 129 T 0.248 0.003 0.193 0.132 0.072 0.142 0.008 0.202 130 V 0.010 0.001 0.285 0.085 0.111 0.096 0.002 0.411 131 I 0.002 0.001 0.531 0.179 0.219 0.015 0.001 0.053 132 F 0.001 0.001 0.703 0.058 0.113 0.024 0.001 0.101 133 M 0.001 0.001 0.537 0.167 0.186 0.023 0.001 0.085 134 N 0.001 0.001 0.457 0.129 0.242 0.030 0.001 0.141 135 E 0.004 0.001 0.176 0.051 0.093 0.141 0.003 0.530 136 I 0.009 0.002 0.113 0.043 0.090 0.238 0.003 0.504 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 138 S 0.015 0.003 0.007 0.020 0.043 0.199 0.003 0.711 139 E 0.278 0.009 0.007 0.018 0.024 0.064 0.010 0.589 140 R 0.254 0.042 0.007 0.039 0.040 0.099 0.008 0.511 141 A 0.053 0.019 0.007 0.025 0.029 0.041 0.006 0.819 142 N 0.122 0.023 0.023 0.048 0.067 0.151 0.020 0.546 143 Y 0.379 0.009 0.052 0.068 0.071 0.065 0.033 0.322 144 V 0.026 0.003 0.215 0.300 0.239 0.044 0.005 0.169 145 F 0.002 0.001 0.211 0.358 0.308 0.022 0.001 0.097 146 Y 0.002 0.001 0.240 0.285 0.364 0.013 0.001 0.095 147 M 0.001 0.001 0.311 0.212 0.380 0.013 0.001 0.082 148 L 0.002 0.001 0.189 0.218 0.369 0.026 0.001 0.195 149 E 0.003 0.001 0.155 0.180 0.395 0.045 0.002 0.218 150 E 0.003 0.001 0.025 0.031 0.053 0.059 0.002 0.825