# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.457 0.172 0.102 0.110 0.028 0.034 0.005 0.026 0.004 0.001 2 K 0.025 0.478 0.327 0.039 0.034 0.049 0.023 0.003 0.018 0.001 0.003 3 I 0.002 0.392 0.428 0.002 0.020 0.012 0.003 0.001 0.140 0.001 0.001 4 P 0.049 0.008 0.761 0.010 0.011 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.136 5 K 0.008 0.824 0.063 0.015 0.071 0.008 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 6 I 0.002 0.791 0.163 0.001 0.017 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 Y 0.002 0.741 0.176 0.002 0.022 0.046 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 8 V 0.003 0.782 0.143 0.002 0.024 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 9 E 0.013 0.572 0.253 0.015 0.093 0.017 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 10 G 0.008 0.090 0.075 0.010 0.547 0.013 0.031 0.087 0.013 0.128 0.001 11 E 0.045 0.384 0.396 0.033 0.068 0.041 0.005 0.001 0.021 0.002 0.003 12 L 0.091 0.407 0.324 0.066 0.047 0.037 0.005 0.001 0.017 0.003 0.002 13 N 0.111 0.291 0.230 0.091 0.098 0.065 0.028 0.004 0.066 0.015 0.002 14 D 0.201 0.088 0.273 0.243 0.059 0.024 0.072 0.006 0.018 0.011 0.005 15 G 0.055 0.017 0.040 0.065 0.050 0.011 0.086 0.509 0.003 0.163 0.001 16 D 0.153 0.210 0.312 0.193 0.057 0.023 0.023 0.005 0.017 0.004 0.001 17 R 0.140 0.351 0.347 0.044 0.051 0.019 0.017 0.003 0.024 0.003 0.002 18 V 0.099 0.456 0.341 0.018 0.036 0.028 0.004 0.001 0.016 0.001 0.002 19 A 0.061 0.403 0.412 0.018 0.032 0.053 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 20 I 0.073 0.582 0.238 0.017 0.035 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 21 E 0.126 0.352 0.329 0.042 0.063 0.044 0.011 0.001 0.029 0.002 0.001 22 K 0.288 0.261 0.139 0.117 0.080 0.024 0.039 0.006 0.034 0.010 0.002 23 D 0.086 0.074 0.146 0.357 0.055 0.020 0.219 0.016 0.014 0.011 0.001 24 G 0.032 0.080 0.105 0.060 0.123 0.013 0.200 0.311 0.011 0.066 0.001 25 N 0.029 0.479 0.372 0.026 0.057 0.018 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 26 A 0.014 0.692 0.219 0.009 0.030 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.010 0.800 0.128 0.004 0.033 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 I 0.015 0.739 0.150 0.006 0.044 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 29 F 0.026 0.537 0.245 0.015 0.086 0.048 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 30 L 0.079 0.467 0.247 0.042 0.084 0.034 0.010 0.001 0.034 0.002 0.001 31 E 0.084 0.369 0.293 0.051 0.084 0.047 0.021 0.002 0.043 0.003 0.002 32 K 0.245 0.191 0.365 0.077 0.039 0.039 0.014 0.002 0.020 0.003 0.004 33 D 0.213 0.135 0.276 0.135 0.071 0.077 0.039 0.007 0.036 0.010 0.002 34 E 0.591 0.090 0.166 0.087 0.022 0.014 0.010 0.002 0.015 0.002 0.003 35 E 0.569 0.113 0.114 0.125 0.029 0.017 0.013 0.003 0.013 0.003 0.001 36 Y 0.248 0.209 0.190 0.201 0.047 0.037 0.015 0.002 0.048 0.003 0.001 37 S 0.210 0.160 0.374 0.131 0.028 0.021 0.045 0.004 0.020 0.006 0.002 38 G 0.093 0.025 0.074 0.057 0.062 0.023 0.125 0.244 0.006 0.291 0.001 39 N 0.185 0.053 0.191 0.419 0.041 0.020 0.059 0.013 0.008 0.012 0.001 40 G 0.182 0.055 0.153 0.067 0.082 0.019 0.094 0.221 0.009 0.119 0.001 41 K 0.386 0.189 0.295 0.042 0.037 0.031 0.007 0.001 0.008 0.002 0.001 42 L 0.497 0.198 0.202 0.026 0.020 0.043 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 43 L 0.877 0.041 0.051 0.012 0.006 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 Y 0.938 0.024 0.012 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 Q 0.938 0.021 0.009 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 46 V 0.923 0.047 0.009 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 47 I 0.953 0.016 0.011 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 Y 0.971 0.005 0.005 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 D 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.959 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.971 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.984 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.957 0.003 0.002 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.759 0.018 0.017 0.184 0.007 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 55 M 0.609 0.116 0.105 0.109 0.014 0.013 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 56 S 0.249 0.097 0.365 0.092 0.018 0.124 0.023 0.001 0.027 0.001 0.001 57 L 0.799 0.027 0.073 0.078 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 58 D 0.612 0.030 0.068 0.189 0.022 0.022 0.041 0.006 0.006 0.003 0.001 59 T 0.383 0.108 0.117 0.265 0.037 0.021 0.038 0.007 0.022 0.003 0.001 60 L 0.241 0.254 0.291 0.097 0.028 0.030 0.021 0.003 0.033 0.002 0.001 61 K 0.120 0.370 0.331 0.063 0.034 0.033 0.016 0.002 0.026 0.002 0.004 62 K 0.116 0.294 0.354 0.092 0.065 0.025 0.020 0.002 0.024 0.003 0.004 63 D 0.019 0.489 0.203 0.062 0.157 0.028 0.015 0.003 0.021 0.001 0.001 64 V 0.003 0.829 0.082 0.006 0.062 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 65 L 0.001 0.858 0.101 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 I 0.001 0.856 0.087 0.001 0.019 0.030 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 Q 0.002 0.688 0.192 0.002 0.019 0.084 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.392 0.415 0.001 0.017 0.037 0.002 0.001 0.134 0.001 0.001 69 P 0.290 0.005 0.553 0.014 0.009 0.020 0.002 0.001 0.006 0.010 0.090 70 D 0.173 0.071 0.108 0.331 0.074 0.045 0.098 0.069 0.016 0.014 0.001 71 K 0.199 0.141 0.205 0.251 0.046 0.025 0.075 0.024 0.019 0.013 0.003 72 H 0.139 0.227 0.280 0.193 0.050 0.030 0.045 0.006 0.022 0.004 0.002 73 T 0.092 0.416 0.254 0.099 0.059 0.032 0.015 0.003 0.025 0.002 0.003 74 L 0.055 0.574 0.252 0.021 0.056 0.024 0.005 0.001 0.011 0.001 0.002 75 T 0.032 0.795 0.105 0.011 0.035 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 76 Y 0.032 0.663 0.182 0.010 0.058 0.031 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 77 L 0.060 0.517 0.314 0.013 0.036 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 78 K 0.050 0.463 0.329 0.014 0.037 0.038 0.005 0.001 0.061 0.001 0.002 79 A 0.102 0.137 0.584 0.061 0.039 0.013 0.040 0.002 0.014 0.006 0.004 80 G 0.003 0.001 0.007 0.003 0.022 0.002 0.021 0.697 0.001 0.242 0.001 81 T 0.133 0.224 0.437 0.099 0.073 0.011 0.009 0.002 0.007 0.003 0.002 82 K 0.060 0.437 0.248 0.059 0.104 0.027 0.022 0.004 0.033 0.006 0.001 83 L 0.023 0.542 0.329 0.026 0.035 0.032 0.003 0.001 0.005 0.001 0.005 84 I 0.008 0.860 0.087 0.005 0.021 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 S 0.010 0.419 0.398 0.012 0.026 0.116 0.004 0.001 0.009 0.001 0.006 86 V 0.001 0.573 0.126 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.265 0.001 0.001 87 P 0.009 0.005 0.916 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 88 A 0.086 0.395 0.354 0.046 0.048 0.024 0.005 0.004 0.033 0.002 0.004 89 E 0.084 0.327 0.339 0.097 0.095 0.012 0.024 0.004 0.013 0.005 0.002 90 G 0.014 0.031 0.055 0.033 0.296 0.013 0.060 0.309 0.007 0.181 0.001 91 Y 0.041 0.472 0.344 0.047 0.060 0.016 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 92 K 0.029 0.494 0.354 0.023 0.043 0.037 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 93 V 0.077 0.429 0.309 0.068 0.044 0.045 0.007 0.001 0.012 0.001 0.007 94 Y 0.007 0.553 0.182 0.002 0.086 0.005 0.002 0.001 0.162 0.001 0.001 95 P 0.044 0.024 0.822 0.006 0.007 0.048 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 96 I 0.026 0.616 0.245 0.023 0.022 0.046 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 97 M 0.062 0.602 0.202 0.027 0.059 0.020 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 98 D 0.056 0.197 0.343 0.049 0.113 0.128 0.035 0.001 0.072 0.005 0.002 99 F 0.274 0.194 0.221 0.188 0.057 0.013 0.023 0.004 0.016 0.005 0.003 100 G 0.068 0.023 0.059 0.022 0.118 0.011 0.047 0.378 0.004 0.270 0.001 101 F 0.400 0.170 0.256 0.083 0.058 0.014 0.007 0.001 0.007 0.002 0.002 102 R 0.323 0.295 0.185 0.066 0.066 0.025 0.010 0.002 0.024 0.003 0.001 103 V 0.335 0.305 0.245 0.034 0.039 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 104 L 0.290 0.283 0.275 0.044 0.033 0.033 0.003 0.001 0.037 0.001 0.002 105 K 0.204 0.153 0.419 0.111 0.040 0.016 0.032 0.002 0.020 0.002 0.002 106 G 0.024 0.009 0.028 0.014 0.064 0.005 0.040 0.570 0.003 0.244 0.001 107 Y 0.169 0.183 0.444 0.071 0.072 0.024 0.012 0.002 0.017 0.004 0.001 108 R 0.244 0.252 0.282 0.089 0.051 0.040 0.018 0.002 0.018 0.004 0.001 109 L 0.181 0.447 0.156 0.081 0.089 0.019 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 110 A 0.091 0.528 0.134 0.032 0.170 0.017 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 111 T 0.049 0.621 0.208 0.017 0.050 0.036 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 112 L 0.049 0.651 0.190 0.013 0.044 0.029 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 113 E 0.086 0.503 0.234 0.028 0.066 0.048 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 114 S 0.098 0.339 0.292 0.061 0.102 0.048 0.015 0.002 0.039 0.003 0.001 115 K 0.260 0.268 0.225 0.083 0.057 0.031 0.017 0.002 0.046 0.007 0.003 116 K 0.127 0.097 0.311 0.256 0.039 0.019 0.122 0.005 0.016 0.005 0.003 117 G 0.011 0.011 0.023 0.012 0.059 0.003 0.061 0.633 0.002 0.185 0.001 118 D 0.053 0.342 0.423 0.057 0.068 0.031 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 119 L 0.017 0.674 0.233 0.013 0.025 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 120 R 0.023 0.723 0.153 0.009 0.054 0.021 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 121 Y 0.014 0.608 0.240 0.015 0.048 0.057 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 122 V 0.023 0.741 0.120 0.018 0.056 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 123 N 0.021 0.480 0.230 0.036 0.101 0.072 0.023 0.003 0.030 0.004 0.001 124 S 0.007 0.294 0.423 0.004 0.040 0.026 0.007 0.001 0.194 0.003 0.001 125 P 0.217 0.009 0.634 0.029 0.009 0.026 0.001 0.001 0.006 0.005 0.063 126 V 0.081 0.484 0.189 0.132 0.037 0.024 0.013 0.006 0.030 0.002 0.002 127 S 0.036 0.154 0.441 0.137 0.064 0.019 0.109 0.009 0.017 0.010 0.004 128 G 0.004 0.029 0.039 0.021 0.272 0.008 0.049 0.417 0.004 0.158 0.001 129 T 0.006 0.740 0.174 0.009 0.054 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 130 V 0.002 0.784 0.155 0.002 0.015 0.038 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 131 I 0.002 0.886 0.059 0.001 0.028 0.018 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 132 F 0.003 0.686 0.181 0.002 0.028 0.089 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 133 M 0.022 0.734 0.133 0.012 0.041 0.029 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 134 N 0.042 0.420 0.191 0.047 0.176 0.041 0.037 0.002 0.038 0.005 0.001 135 E 0.060 0.307 0.290 0.103 0.091 0.060 0.045 0.007 0.026 0.006 0.006 136 I 0.010 0.376 0.440 0.004 0.027 0.015 0.004 0.001 0.120 0.004 0.001 137 P 0.113 0.005 0.778 0.006 0.003 0.023 0.001 0.001 0.005 0.002 0.065 138 S 0.494 0.054 0.241 0.143 0.020 0.020 0.007 0.003 0.011 0.002 0.004 139 E 0.199 0.153 0.300 0.193 0.051 0.041 0.021 0.008 0.026 0.006 0.001 140 R 0.106 0.212 0.401 0.113 0.028 0.050 0.023 0.002 0.056 0.004 0.004 141 A 0.262 0.116 0.379 0.131 0.024 0.027 0.027 0.004 0.015 0.005 0.010 142 N 0.068 0.180 0.177 0.254 0.126 0.050 0.082 0.023 0.028 0.010 0.002 143 Y 0.013 0.607 0.194 0.041 0.097 0.017 0.010 0.002 0.017 0.001 0.001 144 V 0.002 0.853 0.105 0.003 0.019 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 F 0.001 0.877 0.080 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.895 0.059 0.001 0.023 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 147 M 0.002 0.672 0.214 0.002 0.036 0.055 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 148 L 0.009 0.436 0.419 0.006 0.033 0.069 0.003 0.001 0.021 0.001 0.003 149 E 0.017 0.445 0.373 0.005 0.060 0.023 0.005 0.001 0.068 0.002 0.001 150 E 0.184 0.088 0.569 0.034 0.043 0.035 0.007 0.001 0.015 0.003 0.020