# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.193 0.065 0.016 0.381 0.018 0.021 0.029 0.019 0.037 0.036 2 K 0.193 0.163 0.053 0.016 0.374 0.019 0.029 0.023 0.017 0.055 0.059 3 I 0.294 0.138 0.031 0.008 0.430 0.007 0.012 0.010 0.011 0.017 0.044 4 P 0.157 0.180 0.038 0.009 0.507 0.023 0.035 0.013 0.011 0.007 0.019 5 K 0.245 0.152 0.015 0.003 0.520 0.007 0.011 0.006 0.005 0.010 0.026 6 I 0.198 0.076 0.003 0.001 0.713 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 7 Y 0.328 0.028 0.002 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 8 V 0.226 0.161 0.036 0.011 0.458 0.012 0.006 0.004 0.003 0.009 0.075 9 E 0.244 0.128 0.047 0.034 0.296 0.031 0.030 0.010 0.012 0.052 0.118 10 G 0.068 0.327 0.221 0.048 0.176 0.015 0.011 0.018 0.020 0.061 0.037 11 E 0.131 0.230 0.078 0.010 0.347 0.008 0.021 0.046 0.046 0.044 0.039 12 L 0.137 0.171 0.098 0.026 0.172 0.026 0.044 0.079 0.066 0.117 0.064 13 N 0.056 0.200 0.297 0.117 0.100 0.052 0.029 0.059 0.024 0.040 0.028 14 D 0.031 0.154 0.082 0.092 0.050 0.069 0.127 0.190 0.137 0.049 0.018 15 G 0.028 0.039 0.047 0.103 0.032 0.039 0.031 0.088 0.083 0.431 0.080 16 D 0.089 0.263 0.091 0.021 0.202 0.016 0.022 0.075 0.052 0.107 0.060 17 R 0.201 0.195 0.040 0.010 0.347 0.012 0.017 0.067 0.029 0.038 0.043 18 V 0.201 0.187 0.032 0.007 0.443 0.009 0.012 0.045 0.017 0.019 0.028 19 A 0.249 0.128 0.019 0.003 0.489 0.006 0.008 0.041 0.014 0.016 0.028 20 I 0.231 0.146 0.032 0.007 0.322 0.012 0.024 0.096 0.031 0.037 0.061 21 E 0.193 0.080 0.075 0.046 0.150 0.047 0.062 0.140 0.050 0.077 0.079 22 K 0.052 0.111 0.090 0.161 0.072 0.133 0.092 0.124 0.060 0.073 0.031 23 D 0.075 0.164 0.112 0.120 0.115 0.050 0.055 0.047 0.035 0.166 0.061 24 G 0.062 0.171 0.104 0.097 0.104 0.041 0.028 0.041 0.047 0.198 0.108 25 N 0.149 0.305 0.042 0.008 0.418 0.008 0.012 0.013 0.007 0.018 0.019 26 A 0.295 0.076 0.005 0.001 0.600 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.010 27 I 0.291 0.065 0.006 0.001 0.608 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.015 28 I 0.274 0.088 0.010 0.003 0.552 0.006 0.005 0.006 0.003 0.008 0.045 29 F 0.311 0.100 0.018 0.004 0.431 0.005 0.007 0.011 0.008 0.025 0.079 30 L 0.162 0.192 0.064 0.025 0.268 0.027 0.035 0.039 0.027 0.074 0.088 31 E 0.120 0.289 0.136 0.028 0.242 0.016 0.018 0.045 0.023 0.044 0.040 32 K 0.072 0.220 0.078 0.030 0.132 0.032 0.046 0.180 0.103 0.071 0.034 33 D 0.071 0.130 0.086 0.027 0.114 0.023 0.030 0.200 0.141 0.130 0.048 34 E 0.054 0.079 0.027 0.007 0.090 0.011 0.035 0.339 0.242 0.084 0.031 35 E 0.060 0.100 0.045 0.011 0.103 0.014 0.078 0.320 0.134 0.100 0.034 36 Y 0.118 0.099 0.061 0.020 0.130 0.024 0.060 0.194 0.076 0.156 0.063 37 S 0.044 0.144 0.138 0.112 0.063 0.092 0.078 0.164 0.055 0.076 0.034 38 G 0.047 0.059 0.089 0.206 0.054 0.081 0.058 0.126 0.054 0.171 0.054 39 N 0.071 0.139 0.096 0.065 0.118 0.032 0.042 0.127 0.088 0.166 0.057 40 G 0.048 0.142 0.104 0.067 0.086 0.046 0.040 0.152 0.108 0.143 0.064 41 K 0.127 0.233 0.052 0.010 0.263 0.010 0.019 0.145 0.053 0.054 0.032 42 L 0.202 0.091 0.012 0.003 0.303 0.006 0.020 0.239 0.057 0.031 0.036 43 L 0.131 0.057 0.012 0.006 0.162 0.018 0.045 0.383 0.091 0.042 0.054 44 Y 0.082 0.094 0.017 0.008 0.133 0.017 0.024 0.500 0.066 0.033 0.027 45 Q 0.088 0.051 0.010 0.003 0.133 0.004 0.010 0.606 0.061 0.019 0.014 46 V 0.053 0.057 0.004 0.001 0.097 0.002 0.006 0.717 0.043 0.014 0.007 47 I 0.028 0.030 0.001 0.001 0.030 0.002 0.006 0.814 0.038 0.041 0.010 48 Y 0.008 0.007 0.001 0.002 0.008 0.002 0.005 0.887 0.057 0.015 0.007 49 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.900 0.079 0.003 0.001 50 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.917 0.036 0.031 0.001 51 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.759 0.199 0.017 0.004 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.823 0.145 0.004 0.001 53 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.794 0.150 0.017 0.001 54 Y 0.014 0.029 0.012 0.001 0.025 0.002 0.057 0.636 0.115 0.102 0.008 55 M 0.052 0.143 0.049 0.004 0.093 0.008 0.029 0.451 0.085 0.060 0.025 56 S 0.067 0.082 0.039 0.010 0.081 0.012 0.050 0.421 0.099 0.099 0.040 57 L 0.021 0.088 0.027 0.008 0.041 0.011 0.043 0.505 0.196 0.050 0.012 58 D 0.020 0.023 0.023 0.032 0.029 0.030 0.051 0.398 0.235 0.127 0.032 59 T 0.111 0.109 0.032 0.004 0.152 0.006 0.025 0.322 0.126 0.090 0.022 60 L 0.144 0.090 0.013 0.003 0.182 0.008 0.053 0.250 0.083 0.128 0.046 61 K 0.268 0.049 0.021 0.027 0.262 0.028 0.056 0.082 0.064 0.051 0.093 62 K 0.067 0.136 0.058 0.047 0.142 0.137 0.199 0.099 0.056 0.028 0.030 63 D 0.149 0.116 0.057 0.036 0.204 0.034 0.066 0.036 0.022 0.169 0.112 64 V 0.244 0.092 0.005 0.001 0.645 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 65 L 0.201 0.021 0.002 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 66 I 0.276 0.076 0.011 0.002 0.565 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.058 67 Q 0.134 0.323 0.139 0.013 0.297 0.007 0.008 0.002 0.002 0.015 0.060 68 Y 0.107 0.303 0.242 0.036 0.188 0.010 0.012 0.023 0.022 0.022 0.034 69 P 0.032 0.161 0.073 0.099 0.059 0.100 0.161 0.112 0.143 0.046 0.014 70 D 0.057 0.102 0.121 0.090 0.087 0.037 0.033 0.064 0.080 0.280 0.049 71 K 0.096 0.090 0.045 0.024 0.135 0.023 0.039 0.129 0.176 0.172 0.071 72 H 0.087 0.203 0.102 0.036 0.174 0.047 0.060 0.085 0.053 0.104 0.048 73 T 0.165 0.218 0.051 0.016 0.320 0.015 0.018 0.044 0.024 0.066 0.063 74 L 0.291 0.078 0.012 0.003 0.548 0.006 0.007 0.016 0.010 0.010 0.019 75 T 0.149 0.164 0.019 0.002 0.622 0.005 0.005 0.013 0.004 0.004 0.014 76 Y 0.255 0.101 0.007 0.001 0.604 0.001 0.003 0.007 0.001 0.005 0.017 77 L 0.279 0.183 0.073 0.006 0.350 0.006 0.008 0.010 0.004 0.013 0.067 78 K 0.051 0.184 0.293 0.190 0.066 0.096 0.018 0.041 0.012 0.013 0.036 79 A 0.005 0.266 0.064 0.148 0.015 0.113 0.318 0.034 0.026 0.008 0.003 80 G 0.015 0.006 0.012 0.061 0.009 0.007 0.002 0.004 0.013 0.716 0.155 81 T 0.038 0.521 0.112 0.015 0.162 0.016 0.019 0.028 0.041 0.028 0.021 82 K 0.263 0.153 0.029 0.011 0.389 0.013 0.031 0.020 0.017 0.023 0.051 83 L 0.329 0.104 0.021 0.008 0.366 0.017 0.026 0.015 0.023 0.028 0.063 84 I 0.134 0.162 0.037 0.007 0.601 0.015 0.011 0.005 0.003 0.007 0.018 85 S 0.446 0.040 0.009 0.002 0.417 0.002 0.003 0.002 0.002 0.017 0.058 86 V 0.014 0.586 0.262 0.014 0.101 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 87 P 0.336 0.128 0.039 0.004 0.427 0.003 0.007 0.006 0.006 0.011 0.033 88 A 0.161 0.174 0.075 0.033 0.201 0.033 0.025 0.059 0.101 0.058 0.080 89 E 0.018 0.110 0.050 0.149 0.043 0.250 0.293 0.026 0.021 0.025 0.015 90 G 0.106 0.060 0.058 0.082 0.112 0.016 0.009 0.012 0.022 0.374 0.148 91 Y 0.144 0.187 0.052 0.010 0.491 0.011 0.016 0.013 0.024 0.030 0.021 92 K 0.165 0.203 0.039 0.006 0.529 0.006 0.008 0.005 0.004 0.010 0.024 93 V 0.395 0.067 0.011 0.004 0.413 0.007 0.014 0.005 0.009 0.014 0.064 94 Y 0.104 0.332 0.116 0.023 0.341 0.026 0.016 0.005 0.005 0.009 0.023 95 P 0.184 0.198 0.031 0.003 0.537 0.003 0.006 0.008 0.006 0.006 0.017 96 I 0.273 0.076 0.010 0.001 0.573 0.002 0.004 0.007 0.006 0.017 0.031 97 M 0.125 0.318 0.134 0.021 0.277 0.018 0.017 0.015 0.009 0.017 0.048 98 D 0.138 0.169 0.175 0.068 0.162 0.041 0.026 0.068 0.026 0.048 0.079 99 F 0.020 0.172 0.060 0.104 0.042 0.087 0.150 0.170 0.124 0.056 0.018 100 G 0.028 0.035 0.045 0.162 0.031 0.046 0.029 0.071 0.054 0.400 0.100 101 F 0.057 0.255 0.120 0.028 0.144 0.021 0.021 0.142 0.092 0.082 0.038 102 R 0.156 0.221 0.029 0.004 0.378 0.005 0.013 0.113 0.036 0.027 0.018 103 V 0.297 0.086 0.019 0.004 0.266 0.007 0.027 0.162 0.044 0.038 0.048 104 L 0.064 0.083 0.092 0.101 0.076 0.140 0.071 0.227 0.049 0.041 0.057 105 K 0.025 0.232 0.081 0.121 0.044 0.106 0.181 0.127 0.037 0.031 0.015 106 G 0.029 0.016 0.030 0.098 0.022 0.018 0.010 0.045 0.042 0.541 0.150 107 Y 0.063 0.263 0.100 0.017 0.170 0.014 0.023 0.151 0.103 0.063 0.034 108 R 0.131 0.150 0.029 0.009 0.187 0.015 0.054 0.227 0.101 0.046 0.051 109 L 0.163 0.103 0.020 0.010 0.168 0.021 0.067 0.248 0.091 0.056 0.051 110 A 0.140 0.153 0.027 0.010 0.311 0.027 0.033 0.193 0.049 0.031 0.026 111 T 0.248 0.099 0.017 0.004 0.372 0.008 0.015 0.123 0.036 0.041 0.039 112 L 0.164 0.134 0.027 0.004 0.355 0.007 0.024 0.163 0.043 0.036 0.043 113 E 0.197 0.132 0.039 0.012 0.273 0.022 0.057 0.083 0.033 0.084 0.069 114 S 0.068 0.330 0.355 0.020 0.122 0.009 0.011 0.032 0.014 0.018 0.021 115 K 0.048 0.061 0.056 0.058 0.054 0.061 0.079 0.307 0.166 0.074 0.034 116 K 0.027 0.206 0.082 0.153 0.055 0.091 0.176 0.072 0.049 0.073 0.017 117 G 0.027 0.062 0.081 0.163 0.039 0.045 0.018 0.018 0.022 0.403 0.122 118 D 0.182 0.222 0.020 0.002 0.529 0.002 0.004 0.007 0.005 0.012 0.015 119 L 0.375 0.041 0.004 0.002 0.547 0.003 0.006 0.003 0.003 0.003 0.014 120 R 0.140 0.262 0.045 0.010 0.479 0.015 0.012 0.005 0.003 0.004 0.025 121 Y 0.397 0.037 0.006 0.002 0.480 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.053 122 V 0.235 0.129 0.046 0.013 0.376 0.013 0.013 0.008 0.011 0.048 0.108 123 N 0.119 0.239 0.174 0.062 0.212 0.029 0.024 0.010 0.012 0.047 0.073 124 S 0.074 0.348 0.230 0.036 0.175 0.017 0.024 0.022 0.033 0.022 0.019 125 P 0.169 0.109 0.093 0.022 0.166 0.022 0.065 0.077 0.123 0.108 0.046 126 V 0.115 0.120 0.085 0.073 0.155 0.058 0.055 0.079 0.090 0.111 0.060 127 S 0.034 0.057 0.047 0.208 0.050 0.217 0.249 0.030 0.026 0.059 0.023 128 G 0.033 0.092 0.149 0.248 0.061 0.048 0.019 0.008 0.010 0.275 0.057 129 T 0.160 0.093 0.005 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 V 0.192 0.020 0.001 0.001 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.214 0.062 0.003 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 132 F 0.440 0.021 0.002 0.001 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 133 M 0.301 0.087 0.016 0.010 0.336 0.013 0.009 0.007 0.010 0.033 0.178 134 N 0.134 0.160 0.065 0.068 0.216 0.064 0.052 0.020 0.022 0.083 0.114 135 E 0.178 0.156 0.089 0.022 0.278 0.013 0.017 0.019 0.023 0.138 0.067 136 I 0.061 0.419 0.186 0.021 0.178 0.015 0.016 0.020 0.029 0.034 0.021 137 P 0.067 0.361 0.193 0.020 0.152 0.015 0.030 0.054 0.064 0.021 0.022 138 S 0.047 0.067 0.043 0.026 0.053 0.035 0.106 0.225 0.255 0.109 0.035 139 E 0.064 0.164 0.139 0.047 0.103 0.040 0.068 0.084 0.069 0.186 0.035 140 R 0.112 0.148 0.116 0.038 0.172 0.020 0.021 0.093 0.091 0.131 0.058 141 A 0.056 0.109 0.067 0.036 0.112 0.041 0.071 0.193 0.192 0.092 0.032 142 N 0.110 0.116 0.063 0.032 0.172 0.033 0.053 0.086 0.060 0.199 0.076 143 Y 0.202 0.221 0.032 0.005 0.421 0.007 0.018 0.021 0.017 0.023 0.033 144 V 0.243 0.073 0.005 0.001 0.647 0.004 0.006 0.005 0.002 0.003 0.009 145 F 0.241 0.053 0.004 0.001 0.684 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 146 Y 0.237 0.072 0.007 0.001 0.643 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.026 147 M 0.245 0.109 0.017 0.002 0.567 0.002 0.003 0.002 0.002 0.008 0.043 148 L 0.195 0.263 0.067 0.011 0.341 0.009 0.010 0.004 0.006 0.028 0.066 149 E 0.026 0.493 0.319 0.026 0.090 0.009 0.009 0.006 0.007 0.006 0.009 150 E 0.068 0.216 0.091 0.026 0.132 0.024 0.062 0.117 0.177 0.057 0.030