# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.577 0.198 0.111 0.072 0.032 0.009 0.001 2 K 0.376 0.310 0.168 0.091 0.038 0.014 0.002 3 I 0.094 0.096 0.142 0.217 0.238 0.172 0.041 4 P 0.078 0.115 0.153 0.208 0.237 0.171 0.038 5 K 0.119 0.172 0.199 0.204 0.166 0.107 0.033 6 I 0.020 0.025 0.033 0.065 0.189 0.427 0.241 7 Y 0.027 0.042 0.060 0.102 0.190 0.353 0.226 8 V 0.025 0.044 0.069 0.144 0.222 0.326 0.171 9 E 0.044 0.095 0.150 0.200 0.262 0.208 0.041 10 G 0.075 0.131 0.187 0.277 0.229 0.095 0.007 11 E 0.370 0.348 0.166 0.074 0.032 0.008 0.001 12 L 0.401 0.273 0.170 0.114 0.035 0.007 0.001 13 N 0.638 0.234 0.076 0.035 0.014 0.003 0.001 14 D 0.577 0.260 0.101 0.047 0.012 0.002 0.001 15 G 0.605 0.256 0.092 0.035 0.010 0.002 0.001 16 D 0.425 0.261 0.177 0.099 0.031 0.006 0.001 17 R 0.386 0.303 0.186 0.089 0.030 0.005 0.001 18 V 0.229 0.290 0.231 0.159 0.074 0.017 0.001 19 A 0.117 0.181 0.262 0.247 0.152 0.041 0.001 20 I 0.139 0.231 0.295 0.221 0.095 0.019 0.001 21 E 0.418 0.305 0.157 0.084 0.030 0.005 0.001 22 K 0.454 0.309 0.140 0.066 0.025 0.004 0.001 23 D 0.477 0.329 0.119 0.056 0.016 0.004 0.001 24 G 0.166 0.271 0.283 0.197 0.065 0.018 0.001 25 N 0.083 0.211 0.294 0.282 0.099 0.029 0.002 26 A 0.024 0.066 0.145 0.256 0.301 0.195 0.014 27 I 0.024 0.042 0.065 0.135 0.298 0.376 0.060 28 I 0.023 0.094 0.195 0.294 0.237 0.143 0.014 29 F 0.034 0.107 0.180 0.251 0.281 0.136 0.011 30 L 0.060 0.170 0.273 0.284 0.165 0.047 0.002 31 E 0.271 0.303 0.200 0.135 0.075 0.015 0.001 32 K 0.397 0.314 0.172 0.087 0.025 0.005 0.001 33 D 0.515 0.258 0.132 0.067 0.023 0.004 0.001 34 E 0.590 0.278 0.086 0.035 0.010 0.001 0.001 35 E 0.580 0.296 0.084 0.030 0.008 0.001 0.001 36 Y 0.315 0.260 0.234 0.141 0.042 0.007 0.001 37 S 0.465 0.267 0.168 0.074 0.023 0.004 0.001 38 G 0.433 0.289 0.170 0.078 0.025 0.004 0.001 39 N 0.357 0.331 0.178 0.091 0.034 0.008 0.001 40 G 0.116 0.213 0.226 0.245 0.145 0.051 0.002 41 K 0.062 0.223 0.302 0.255 0.113 0.042 0.003 42 L 0.018 0.038 0.100 0.202 0.321 0.265 0.055 43 L 0.008 0.026 0.055 0.127 0.261 0.400 0.122 44 Y 0.007 0.042 0.106 0.227 0.290 0.283 0.045 45 Q 0.025 0.145 0.270 0.290 0.184 0.077 0.009 46 V 0.004 0.027 0.083 0.213 0.384 0.253 0.036 47 I 0.002 0.007 0.019 0.062 0.275 0.502 0.133 48 Y 0.003 0.022 0.074 0.211 0.326 0.315 0.049 49 D 0.055 0.255 0.313 0.228 0.110 0.037 0.003 50 D 0.010 0.064 0.294 0.383 0.198 0.046 0.005 51 L 0.001 0.003 0.004 0.014 0.139 0.655 0.184 52 A 0.005 0.047 0.210 0.421 0.227 0.085 0.005 53 K 0.028 0.198 0.344 0.324 0.071 0.034 0.002 54 Y 0.006 0.023 0.118 0.292 0.414 0.142 0.004 55 M 0.012 0.020 0.033 0.103 0.304 0.473 0.054 56 S 0.070 0.273 0.349 0.208 0.081 0.019 0.001 57 L 0.162 0.345 0.250 0.185 0.047 0.011 0.001 58 D 0.354 0.388 0.162 0.068 0.025 0.003 0.001 59 T 0.241 0.457 0.170 0.091 0.035 0.005 0.001 60 L 0.026 0.071 0.181 0.291 0.366 0.062 0.002 61 K 0.057 0.254 0.298 0.253 0.110 0.027 0.001 62 K 0.093 0.292 0.277 0.210 0.093 0.033 0.002 63 D 0.011 0.050 0.211 0.432 0.219 0.071 0.005 64 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.135 0.670 0.175 65 L 0.002 0.007 0.022 0.072 0.154 0.415 0.327 66 I 0.002 0.006 0.016 0.035 0.108 0.454 0.379 67 Q 0.007 0.036 0.138 0.245 0.272 0.226 0.076 68 Y 0.005 0.020 0.058 0.123 0.307 0.424 0.063 69 P 0.050 0.139 0.248 0.308 0.190 0.062 0.004 70 D 0.429 0.374 0.112 0.050 0.027 0.008 0.001 71 K 0.374 0.358 0.159 0.079 0.024 0.006 0.001 72 H 0.157 0.234 0.242 0.207 0.126 0.032 0.002 73 T 0.102 0.304 0.257 0.211 0.094 0.031 0.002 74 L 0.035 0.101 0.205 0.297 0.259 0.099 0.004 75 T 0.030 0.106 0.190 0.237 0.267 0.160 0.011 76 Y 0.012 0.048 0.131 0.216 0.328 0.238 0.027 77 L 0.017 0.052 0.125 0.286 0.324 0.179 0.017 78 K 0.146 0.341 0.263 0.160 0.078 0.012 0.001 79 A 0.244 0.399 0.198 0.117 0.034 0.009 0.001 80 G 0.138 0.202 0.258 0.254 0.116 0.031 0.001 81 T 0.251 0.320 0.241 0.140 0.038 0.008 0.001 82 K 0.172 0.351 0.282 0.140 0.042 0.011 0.001 83 L 0.045 0.057 0.093 0.201 0.346 0.228 0.030 84 I 0.028 0.118 0.188 0.287 0.244 0.127 0.009 85 S 0.056 0.141 0.214 0.256 0.195 0.119 0.019 86 V 0.022 0.044 0.084 0.155 0.278 0.338 0.080 87 P 0.056 0.161 0.228 0.256 0.184 0.096 0.018 88 A 0.042 0.069 0.135 0.251 0.261 0.198 0.043 89 E 0.241 0.368 0.193 0.108 0.063 0.024 0.003 90 G 0.152 0.216 0.174 0.202 0.140 0.098 0.019 91 Y 0.054 0.079 0.168 0.249 0.281 0.141 0.027 92 K 0.139 0.282 0.252 0.184 0.085 0.046 0.010 93 V 0.036 0.055 0.085 0.164 0.286 0.285 0.089 94 Y 0.043 0.089 0.125 0.214 0.238 0.233 0.059 95 P 0.036 0.052 0.080 0.152 0.221 0.324 0.135 96 I 0.032 0.051 0.081 0.145 0.202 0.297 0.192 97 M 0.036 0.052 0.083 0.171 0.259 0.283 0.115 98 D 0.097 0.204 0.240 0.205 0.152 0.082 0.020 99 F 0.080 0.154 0.181 0.231 0.188 0.134 0.031 100 G 0.085 0.124 0.147 0.199 0.234 0.176 0.036 101 F 0.097 0.166 0.223 0.240 0.175 0.087 0.011 102 R 0.117 0.234 0.262 0.203 0.123 0.054 0.008 103 V 0.047 0.057 0.082 0.189 0.299 0.278 0.047 104 L 0.077 0.149 0.233 0.275 0.195 0.065 0.005 105 K 0.225 0.336 0.218 0.136 0.059 0.023 0.002 106 G 0.162 0.222 0.220 0.220 0.120 0.049 0.007 107 Y 0.076 0.145 0.224 0.279 0.181 0.086 0.009 108 R 0.061 0.162 0.265 0.266 0.155 0.080 0.011 109 L 0.033 0.043 0.079 0.156 0.254 0.323 0.111 110 A 0.023 0.034 0.044 0.100 0.217 0.401 0.182 111 T 0.034 0.075 0.133 0.238 0.207 0.225 0.088 112 L 0.025 0.044 0.073 0.127 0.221 0.370 0.141 113 E 0.078 0.156 0.220 0.234 0.171 0.111 0.030 114 S 0.080 0.105 0.120 0.203 0.256 0.187 0.050 115 K 0.136 0.210 0.190 0.164 0.178 0.102 0.020 116 K 0.144 0.191 0.208 0.207 0.133 0.097 0.021 117 G 0.199 0.178 0.157 0.167 0.162 0.108 0.029 118 D 0.113 0.175 0.193 0.207 0.157 0.116 0.040 119 L 0.044 0.038 0.054 0.112 0.229 0.364 0.158 120 R 0.067 0.123 0.169 0.212 0.221 0.168 0.040 121 Y 0.069 0.108 0.140 0.194 0.201 0.210 0.078 122 V 0.042 0.047 0.076 0.150 0.239 0.332 0.115 123 N 0.127 0.213 0.223 0.205 0.139 0.079 0.015 124 S 0.168 0.197 0.183 0.196 0.159 0.084 0.013 125 P 0.209 0.222 0.186 0.192 0.122 0.060 0.009 126 V 0.213 0.217 0.216 0.186 0.118 0.045 0.006 127 S 0.285 0.373 0.196 0.089 0.038 0.016 0.003 128 G 0.051 0.084 0.121 0.234 0.301 0.176 0.033 129 T 0.018 0.059 0.118 0.229 0.295 0.237 0.045 130 V 0.006 0.012 0.024 0.059 0.159 0.486 0.255 131 I 0.004 0.008 0.020 0.052 0.136 0.370 0.410 132 F 0.004 0.007 0.016 0.043 0.116 0.349 0.465 133 M 0.004 0.009 0.020 0.042 0.126 0.392 0.408 134 N 0.016 0.054 0.106 0.183 0.258 0.282 0.100 135 E 0.045 0.138 0.184 0.234 0.235 0.144 0.020 136 I 0.055 0.107 0.161 0.236 0.280 0.149 0.013 137 P 0.158 0.197 0.220 0.210 0.153 0.057 0.004 138 S 0.372 0.290 0.189 0.103 0.035 0.010 0.001 139 E 0.490 0.276 0.133 0.069 0.024 0.006 0.001 140 R 0.411 0.266 0.164 0.105 0.041 0.012 0.001 141 A 0.313 0.269 0.203 0.132 0.061 0.020 0.002 142 N 0.198 0.275 0.230 0.179 0.082 0.032 0.004 143 Y 0.033 0.085 0.161 0.261 0.265 0.167 0.028 144 V 0.017 0.035 0.057 0.130 0.269 0.386 0.106 145 F 0.014 0.035 0.070 0.142 0.248 0.373 0.118 146 Y 0.013 0.026 0.054 0.109 0.187 0.402 0.209 147 M 0.016 0.031 0.074 0.173 0.212 0.330 0.164 148 L 0.035 0.058 0.118 0.227 0.249 0.251 0.062 149 E 0.257 0.259 0.192 0.156 0.092 0.039 0.005 150 E 0.599 0.280 0.068 0.033 0.014 0.006 0.001