# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2986 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.041 0.058 0.118 0.196 0.181 0.132 0.093 0.057 0.027 0.015 0.011 0.003 0.001 2 K 0.068 0.080 0.115 0.150 0.146 0.136 0.117 0.078 0.047 0.032 0.019 0.007 0.003 0.002 3 I 0.025 0.019 0.031 0.066 0.094 0.122 0.127 0.156 0.125 0.090 0.074 0.043 0.018 0.010 4 P 0.008 0.010 0.015 0.024 0.043 0.075 0.107 0.122 0.165 0.149 0.139 0.078 0.045 0.022 5 K 0.006 0.006 0.012 0.030 0.064 0.082 0.117 0.148 0.175 0.129 0.102 0.070 0.036 0.024 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.037 0.092 0.208 0.252 0.216 0.103 0.057 7 Y 0.004 0.004 0.005 0.007 0.013 0.022 0.045 0.084 0.123 0.184 0.208 0.164 0.091 0.046 8 V 0.002 0.003 0.004 0.007 0.014 0.021 0.036 0.076 0.126 0.197 0.205 0.175 0.089 0.046 9 E 0.004 0.009 0.015 0.029 0.056 0.080 0.111 0.172 0.157 0.166 0.104 0.052 0.026 0.018 10 G 0.016 0.031 0.050 0.093 0.113 0.126 0.152 0.147 0.103 0.090 0.044 0.020 0.009 0.005 11 E 0.091 0.113 0.133 0.172 0.143 0.117 0.081 0.053 0.051 0.027 0.012 0.005 0.002 0.002 12 L 0.158 0.115 0.151 0.171 0.140 0.113 0.081 0.032 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 13 N 0.358 0.176 0.157 0.125 0.080 0.047 0.035 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.644 0.182 0.078 0.044 0.026 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.529 0.179 0.110 0.083 0.047 0.026 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.419 0.157 0.131 0.113 0.078 0.048 0.033 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.317 0.179 0.146 0.125 0.103 0.060 0.036 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 V 0.172 0.115 0.138 0.156 0.162 0.117 0.062 0.040 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 19 A 0.127 0.099 0.141 0.166 0.172 0.130 0.080 0.045 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 20 I 0.139 0.103 0.143 0.174 0.170 0.124 0.070 0.039 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 21 E 0.414 0.213 0.126 0.095 0.063 0.038 0.029 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.370 0.212 0.143 0.102 0.073 0.043 0.032 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.310 0.222 0.143 0.112 0.085 0.050 0.039 0.017 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 24 G 0.156 0.108 0.118 0.147 0.160 0.118 0.081 0.053 0.033 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 25 N 0.093 0.068 0.082 0.127 0.154 0.138 0.117 0.087 0.065 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 26 A 0.046 0.034 0.050 0.080 0.119 0.129 0.131 0.146 0.098 0.078 0.047 0.027 0.012 0.005 27 I 0.034 0.028 0.037 0.046 0.071 0.090 0.098 0.134 0.132 0.140 0.102 0.054 0.025 0.009 28 I 0.053 0.047 0.066 0.106 0.127 0.126 0.103 0.121 0.092 0.075 0.046 0.023 0.010 0.004 29 F 0.036 0.041 0.065 0.101 0.127 0.146 0.139 0.126 0.081 0.075 0.035 0.017 0.007 0.004 30 L 0.076 0.089 0.122 0.155 0.143 0.143 0.116 0.072 0.039 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 31 E 0.473 0.240 0.112 0.068 0.044 0.025 0.020 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.369 0.210 0.138 0.111 0.080 0.043 0.027 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 D 0.367 0.165 0.148 0.139 0.089 0.046 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.702 0.159 0.065 0.039 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.598 0.203 0.093 0.056 0.027 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.290 0.142 0.159 0.152 0.119 0.074 0.042 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.415 0.183 0.146 0.100 0.070 0.041 0.030 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.496 0.187 0.119 0.083 0.056 0.028 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.315 0.187 0.136 0.127 0.099 0.060 0.042 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 G 0.140 0.111 0.139 0.160 0.164 0.132 0.078 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 41 K 0.223 0.144 0.133 0.124 0.131 0.096 0.065 0.041 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 42 L 0.083 0.046 0.067 0.098 0.147 0.156 0.128 0.119 0.071 0.040 0.024 0.013 0.006 0.002 43 L 0.048 0.035 0.039 0.069 0.108 0.148 0.160 0.157 0.114 0.072 0.033 0.010 0.005 0.002 44 Y 0.046 0.052 0.065 0.118 0.151 0.165 0.157 0.109 0.071 0.038 0.019 0.007 0.003 0.002 45 Q 0.244 0.216 0.176 0.132 0.095 0.059 0.040 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 V 0.112 0.074 0.100 0.133 0.165 0.171 0.112 0.072 0.035 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 47 I 0.017 0.013 0.023 0.055 0.099 0.201 0.230 0.217 0.099 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 48 Y 0.024 0.048 0.075 0.150 0.233 0.186 0.141 0.082 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 49 D 0.466 0.271 0.160 0.060 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.077 0.165 0.240 0.228 0.153 0.079 0.039 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.018 0.009 0.019 0.047 0.135 0.214 0.219 0.210 0.099 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 52 A 0.083 0.179 0.194 0.209 0.175 0.101 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.557 0.266 0.106 0.039 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.041 0.040 0.089 0.191 0.282 0.178 0.095 0.052 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 55 M 0.085 0.048 0.067 0.132 0.213 0.178 0.134 0.083 0.042 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 56 S 0.379 0.209 0.151 0.111 0.068 0.035 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.184 0.127 0.174 0.212 0.153 0.076 0.036 0.018 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.539 0.188 0.111 0.083 0.040 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.285 0.272 0.188 0.110 0.063 0.040 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.039 0.048 0.093 0.150 0.200 0.200 0.131 0.088 0.031 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 61 K 0.056 0.102 0.118 0.192 0.204 0.127 0.091 0.055 0.029 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 62 K 0.019 0.019 0.036 0.081 0.118 0.159 0.158 0.156 0.126 0.059 0.038 0.016 0.010 0.004 63 D 0.010 0.011 0.019 0.053 0.112 0.121 0.143 0.163 0.167 0.080 0.057 0.038 0.018 0.009 64 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.027 0.043 0.097 0.203 0.269 0.226 0.089 0.031 65 L 0.002 0.003 0.003 0.004 0.009 0.016 0.036 0.072 0.120 0.192 0.211 0.177 0.103 0.051 66 I 0.002 0.003 0.004 0.004 0.009 0.013 0.026 0.049 0.119 0.196 0.204 0.184 0.132 0.056 67 Q 0.012 0.015 0.025 0.058 0.102 0.094 0.115 0.147 0.160 0.113 0.078 0.044 0.021 0.015 68 Y 0.007 0.015 0.027 0.067 0.106 0.127 0.149 0.148 0.122 0.108 0.065 0.031 0.015 0.012 69 P 0.025 0.047 0.082 0.126 0.153 0.176 0.145 0.103 0.074 0.038 0.018 0.008 0.003 0.002 70 D 0.183 0.266 0.205 0.125 0.082 0.053 0.039 0.017 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 71 K 0.232 0.225 0.153 0.126 0.100 0.063 0.046 0.022 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 72 H 0.113 0.115 0.142 0.180 0.154 0.122 0.089 0.044 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 73 T 0.145 0.131 0.141 0.144 0.154 0.103 0.087 0.046 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 74 L 0.071 0.052 0.072 0.089 0.129 0.143 0.122 0.123 0.086 0.051 0.032 0.017 0.010 0.003 75 T 0.066 0.050 0.065 0.094 0.130 0.130 0.113 0.114 0.099 0.066 0.043 0.019 0.009 0.003 76 Y 0.047 0.036 0.059 0.108 0.142 0.136 0.115 0.130 0.091 0.064 0.040 0.020 0.009 0.004 77 L 0.054 0.049 0.055 0.075 0.120 0.123 0.116 0.108 0.109 0.080 0.057 0.031 0.016 0.007 78 K 0.213 0.168 0.157 0.140 0.099 0.077 0.073 0.032 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 79 A 0.159 0.179 0.161 0.145 0.117 0.081 0.064 0.036 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 80 G 0.140 0.133 0.129 0.170 0.157 0.118 0.067 0.040 0.026 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 81 T 0.199 0.179 0.159 0.141 0.112 0.083 0.063 0.028 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 82 K 0.110 0.117 0.141 0.154 0.152 0.113 0.079 0.061 0.042 0.016 0.008 0.003 0.003 0.001 83 L 0.037 0.025 0.040 0.063 0.114 0.139 0.145 0.148 0.115 0.073 0.049 0.033 0.013 0.004 84 I 0.043 0.038 0.053 0.084 0.115 0.137 0.141 0.132 0.096 0.071 0.049 0.024 0.011 0.006 85 S 0.065 0.045 0.052 0.079 0.106 0.100 0.099 0.120 0.109 0.086 0.070 0.037 0.020 0.011 86 V 0.029 0.024 0.028 0.041 0.067 0.085 0.105 0.127 0.137 0.122 0.109 0.078 0.034 0.015 87 P 0.052 0.050 0.068 0.110 0.135 0.132 0.122 0.115 0.083 0.055 0.039 0.021 0.011 0.006 88 A 0.022 0.017 0.023 0.038 0.072 0.093 0.121 0.149 0.148 0.134 0.092 0.054 0.023 0.013 89 E 0.065 0.087 0.109 0.154 0.133 0.132 0.097 0.081 0.057 0.039 0.025 0.013 0.005 0.003 90 G 0.058 0.053 0.074 0.109 0.125 0.134 0.127 0.105 0.085 0.058 0.038 0.020 0.009 0.005 91 Y 0.023 0.031 0.047 0.074 0.117 0.141 0.156 0.146 0.102 0.072 0.047 0.026 0.012 0.006 92 K 0.047 0.059 0.085 0.123 0.141 0.132 0.112 0.108 0.082 0.050 0.032 0.016 0.009 0.005 93 V 0.018 0.013 0.022 0.034 0.057 0.089 0.129 0.145 0.159 0.131 0.101 0.060 0.028 0.015 94 Y 0.033 0.027 0.035 0.051 0.080 0.101 0.120 0.134 0.127 0.108 0.086 0.053 0.028 0.017 95 P 0.017 0.014 0.017 0.024 0.039 0.056 0.081 0.108 0.138 0.165 0.154 0.109 0.050 0.026 96 I 0.020 0.020 0.026 0.041 0.063 0.083 0.099 0.137 0.139 0.133 0.113 0.070 0.034 0.023 97 M 0.023 0.021 0.025 0.033 0.054 0.073 0.102 0.121 0.133 0.131 0.122 0.088 0.046 0.027 98 D 0.040 0.035 0.048 0.075 0.107 0.120 0.124 0.133 0.113 0.083 0.060 0.036 0.016 0.009 99 F 0.026 0.027 0.039 0.063 0.095 0.108 0.126 0.131 0.126 0.112 0.072 0.043 0.020 0.012 100 G 0.061 0.065 0.083 0.112 0.127 0.133 0.111 0.102 0.079 0.058 0.037 0.019 0.008 0.005 101 F 0.079 0.064 0.084 0.099 0.134 0.124 0.113 0.097 0.081 0.056 0.035 0.020 0.009 0.004 102 R 0.115 0.109 0.130 0.169 0.167 0.114 0.072 0.057 0.037 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 103 V 0.083 0.045 0.063 0.091 0.135 0.148 0.136 0.119 0.077 0.048 0.029 0.015 0.007 0.003 104 L 0.127 0.102 0.123 0.173 0.151 0.133 0.089 0.050 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 105 K 0.229 0.199 0.179 0.146 0.084 0.063 0.043 0.023 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 106 G 0.134 0.118 0.121 0.156 0.150 0.123 0.085 0.049 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 107 Y 0.037 0.049 0.079 0.127 0.157 0.169 0.151 0.099 0.059 0.036 0.019 0.011 0.005 0.002 108 R 0.034 0.039 0.065 0.098 0.142 0.146 0.132 0.127 0.100 0.058 0.031 0.014 0.009 0.005 109 L 0.014 0.009 0.013 0.019 0.038 0.063 0.098 0.129 0.155 0.150 0.146 0.103 0.043 0.020 110 A 0.011 0.009 0.010 0.015 0.027 0.044 0.072 0.100 0.155 0.181 0.172 0.116 0.062 0.026 111 T 0.016 0.013 0.017 0.032 0.050 0.062 0.085 0.122 0.144 0.153 0.135 0.096 0.047 0.028 112 L 0.009 0.011 0.014 0.019 0.034 0.045 0.068 0.097 0.152 0.184 0.160 0.107 0.063 0.037 113 E 0.041 0.048 0.073 0.133 0.143 0.145 0.118 0.106 0.084 0.048 0.030 0.018 0.008 0.005 114 S 0.025 0.033 0.053 0.087 0.120 0.146 0.164 0.122 0.106 0.073 0.039 0.019 0.009 0.005 115 K 0.037 0.060 0.094 0.131 0.170 0.169 0.120 0.101 0.058 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 116 K 0.112 0.168 0.157 0.164 0.131 0.098 0.062 0.041 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 117 G 0.063 0.083 0.115 0.157 0.159 0.143 0.112 0.074 0.051 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 118 D 0.075 0.102 0.122 0.151 0.171 0.131 0.110 0.066 0.040 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 119 L 0.021 0.015 0.024 0.036 0.079 0.114 0.159 0.174 0.144 0.097 0.067 0.044 0.021 0.006 120 R 0.050 0.046 0.057 0.100 0.121 0.116 0.109 0.120 0.113 0.075 0.052 0.024 0.011 0.006 121 Y 0.030 0.017 0.024 0.044 0.059 0.073 0.091 0.114 0.121 0.135 0.121 0.105 0.041 0.024 122 V 0.015 0.019 0.022 0.020 0.036 0.058 0.078 0.099 0.137 0.190 0.147 0.087 0.064 0.028 123 N 0.058 0.072 0.102 0.151 0.132 0.122 0.097 0.100 0.075 0.042 0.025 0.014 0.007 0.003 124 S 0.081 0.092 0.094 0.127 0.129 0.108 0.095 0.075 0.080 0.056 0.032 0.015 0.009 0.007 125 P 0.033 0.046 0.073 0.106 0.147 0.169 0.159 0.116 0.062 0.039 0.025 0.015 0.006 0.004 126 V 0.024 0.047 0.079 0.122 0.151 0.154 0.126 0.114 0.074 0.056 0.030 0.013 0.006 0.003 127 S 0.053 0.106 0.123 0.135 0.125 0.111 0.102 0.087 0.083 0.040 0.020 0.007 0.005 0.003 128 G 0.011 0.015 0.030 0.055 0.090 0.126 0.137 0.139 0.145 0.100 0.069 0.048 0.023 0.013 129 T 0.003 0.006 0.012 0.024 0.046 0.083 0.138 0.144 0.168 0.155 0.110 0.053 0.033 0.025 130 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.035 0.068 0.138 0.195 0.208 0.172 0.085 0.070 131 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.071 0.152 0.239 0.275 0.130 0.094 132 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.057 0.140 0.207 0.284 0.175 0.098 133 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.031 0.091 0.195 0.222 0.183 0.165 0.089 134 N 0.003 0.006 0.010 0.021 0.038 0.054 0.090 0.143 0.177 0.162 0.128 0.084 0.052 0.032 135 E 0.012 0.023 0.037 0.077 0.120 0.109 0.114 0.122 0.142 0.113 0.067 0.032 0.015 0.014 136 I 0.011 0.027 0.061 0.111 0.139 0.170 0.141 0.131 0.095 0.059 0.033 0.013 0.006 0.003 137 P 0.050 0.081 0.131 0.156 0.163 0.151 0.118 0.068 0.048 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 138 S 0.234 0.203 0.188 0.149 0.096 0.058 0.038 0.015 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 139 E 0.446 0.230 0.137 0.088 0.050 0.023 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.214 0.210 0.189 0.164 0.103 0.060 0.036 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.127 0.151 0.177 0.178 0.143 0.105 0.063 0.031 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 142 N 0.092 0.119 0.127 0.147 0.145 0.126 0.102 0.064 0.044 0.018 0.009 0.003 0.003 0.001 143 Y 0.010 0.011 0.024 0.052 0.094 0.131 0.148 0.163 0.150 0.094 0.061 0.036 0.018 0.008 144 V 0.003 0.004 0.006 0.012 0.025 0.046 0.085 0.114 0.159 0.188 0.160 0.106 0.057 0.034 145 F 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.014 0.030 0.056 0.119 0.199 0.211 0.188 0.106 0.059 146 Y 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.021 0.042 0.105 0.181 0.219 0.217 0.119 0.069 147 M 0.003 0.004 0.005 0.007 0.012 0.020 0.034 0.064 0.121 0.180 0.212 0.169 0.103 0.066 148 L 0.004 0.007 0.009 0.019 0.039 0.056 0.090 0.131 0.169 0.166 0.134 0.089 0.054 0.034 149 E 0.023 0.039 0.059 0.102 0.125 0.138 0.141 0.115 0.104 0.069 0.042 0.026 0.009 0.007 150 E 0.106 0.143 0.148 0.136 0.122 0.095 0.098 0.051 0.046 0.028 0.015 0.007 0.003 0.002