# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.018 0.678 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.068 0.007 0.156 0.032 2 K 0.001 0.012 0.775 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.059 0.008 0.017 0.098 3 I 0.002 0.009 0.804 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 0.068 0.012 0.022 0.038 4 P 0.012 0.006 0.541 0.110 0.013 0.006 0.003 0.002 0.069 0.103 0.019 0.068 0.047 5 K 0.134 0.005 0.094 0.034 0.013 0.005 0.047 0.023 0.229 0.024 0.007 0.174 0.212 6 I 0.231 0.002 0.010 0.009 0.002 0.002 0.130 0.119 0.159 0.001 0.001 0.031 0.305 7 Y 0.480 0.003 0.008 0.022 0.002 0.001 0.114 0.119 0.078 0.001 0.001 0.126 0.047 8 V 0.312 0.002 0.011 0.013 0.003 0.002 0.069 0.065 0.171 0.001 0.002 0.099 0.250 9 E 0.101 0.003 0.066 0.185 0.012 0.003 0.022 0.012 0.072 0.035 0.144 0.159 0.185 10 G 0.025 0.003 0.171 0.026 0.004 0.001 0.003 0.002 0.014 0.316 0.143 0.222 0.073 11 E 0.047 0.032 0.268 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.018 0.063 0.011 0.328 0.220 12 L 0.036 0.073 0.114 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.006 0.020 0.007 0.059 0.672 13 N 0.018 0.017 0.334 0.027 0.009 0.001 0.002 0.001 0.004 0.053 0.034 0.334 0.167 14 D 0.006 0.003 0.044 0.058 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.606 0.034 0.134 15 G 0.007 0.002 0.032 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.589 0.069 0.028 16 D 0.084 0.006 0.208 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.078 0.151 0.292 17 R 0.371 0.006 0.058 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.008 0.003 0.215 0.325 18 V 0.539 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.167 19 A 0.696 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.101 20 I 0.812 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.111 21 E 0.647 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.169 22 K 0.282 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.176 0.516 23 D 0.095 0.001 0.041 0.034 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.252 0.239 0.238 24 G 0.034 0.002 0.056 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.493 0.092 0.085 25 N 0.175 0.007 0.161 0.018 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.109 0.066 0.184 0.271 26 A 0.394 0.004 0.053 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.008 0.003 0.215 0.302 27 I 0.610 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.148 0.195 28 I 0.718 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.143 0.086 29 F 0.718 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.105 0.137 30 L 0.541 0.002 0.013 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.005 0.002 0.003 0.116 0.283 31 E 0.182 0.004 0.097 0.022 0.003 0.002 0.007 0.001 0.009 0.019 0.016 0.373 0.264 32 K 0.068 0.010 0.165 0.024 0.034 0.013 0.003 0.001 0.006 0.067 0.186 0.094 0.329 33 D 0.028 0.011 0.203 0.026 0.102 0.032 0.002 0.001 0.005 0.126 0.235 0.134 0.095 34 E 0.033 0.018 0.201 0.015 0.131 0.053 0.002 0.001 0.007 0.111 0.110 0.143 0.176 35 E 0.061 0.080 0.207 0.007 0.068 0.060 0.005 0.002 0.012 0.056 0.067 0.138 0.237 36 Y 0.038 0.083 0.270 0.010 0.034 0.053 0.006 0.002 0.013 0.062 0.058 0.114 0.257 37 S 0.010 0.021 0.350 0.021 0.038 0.040 0.001 0.001 0.005 0.086 0.223 0.087 0.116 38 G 0.003 0.005 0.077 0.019 0.030 0.019 0.001 0.001 0.001 0.147 0.638 0.034 0.026 39 N 0.004 0.005 0.131 0.014 0.022 0.018 0.001 0.001 0.001 0.254 0.482 0.014 0.052 40 G 0.014 0.009 0.254 0.013 0.008 0.032 0.001 0.001 0.002 0.334 0.161 0.118 0.053 41 K 0.080 0.026 0.236 0.009 0.007 0.076 0.010 0.002 0.012 0.062 0.050 0.098 0.331 42 L 0.162 0.017 0.104 0.031 0.008 0.130 0.025 0.010 0.023 0.026 0.018 0.238 0.208 43 L 0.257 0.006 0.049 0.127 0.011 0.145 0.044 0.007 0.018 0.014 0.013 0.103 0.207 44 Y 0.323 0.003 0.036 0.052 0.024 0.186 0.033 0.005 0.014 0.014 0.025 0.125 0.161 45 Q 0.302 0.003 0.027 0.034 0.027 0.291 0.021 0.003 0.010 0.013 0.021 0.074 0.176 46 V 0.240 0.004 0.035 0.010 0.017 0.304 0.017 0.004 0.015 0.017 0.016 0.139 0.181 47 I 0.077 0.006 0.067 0.014 0.022 0.612 0.007 0.003 0.010 0.019 0.019 0.037 0.106 48 Y 0.004 0.001 0.012 0.002 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.004 49 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.885 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.897 0.001 0.001 0.001 0.008 0.058 0.001 0.003 55 M 0.002 0.004 0.063 0.002 0.016 0.771 0.001 0.001 0.004 0.039 0.087 0.007 0.006 56 S 0.003 0.009 0.237 0.004 0.035 0.470 0.001 0.001 0.008 0.066 0.134 0.013 0.021 57 L 0.001 0.004 0.142 0.005 0.045 0.556 0.001 0.001 0.005 0.093 0.132 0.005 0.010 58 D 0.001 0.004 0.129 0.009 0.087 0.313 0.001 0.001 0.005 0.146 0.281 0.014 0.011 59 T 0.007 0.009 0.156 0.005 0.148 0.217 0.001 0.001 0.010 0.085 0.255 0.017 0.088 60 L 0.018 0.019 0.306 0.027 0.076 0.109 0.003 0.002 0.025 0.135 0.142 0.070 0.069 61 K 0.020 0.012 0.412 0.046 0.033 0.030 0.005 0.002 0.033 0.116 0.114 0.066 0.110 62 K 0.040 0.007 0.341 0.093 0.018 0.007 0.006 0.003 0.049 0.122 0.085 0.086 0.142 63 D 0.106 0.005 0.173 0.152 0.004 0.004 0.027 0.018 0.089 0.157 0.044 0.127 0.095 64 V 0.359 0.001 0.023 0.012 0.001 0.001 0.100 0.091 0.136 0.013 0.002 0.138 0.123 65 L 0.492 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.213 0.138 0.049 0.001 0.001 0.030 0.066 66 I 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.138 0.036 0.001 0.001 0.035 0.024 67 Q 0.485 0.004 0.017 0.005 0.001 0.001 0.167 0.133 0.055 0.003 0.001 0.060 0.069 68 Y 0.075 0.006 0.382 0.004 0.001 0.001 0.012 0.008 0.087 0.026 0.003 0.154 0.243 69 P 0.005 0.002 0.181 0.013 0.006 0.001 0.002 0.001 0.010 0.253 0.467 0.011 0.047 70 D 0.002 0.003 0.118 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.513 0.018 0.007 71 K 0.005 0.005 0.144 0.008 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.396 0.369 0.011 0.028 72 H 0.079 0.018 0.329 0.015 0.036 0.009 0.003 0.001 0.002 0.188 0.163 0.077 0.081 73 T 0.269 0.020 0.166 0.021 0.018 0.023 0.016 0.002 0.008 0.057 0.037 0.107 0.257 74 L 0.521 0.004 0.040 0.022 0.004 0.008 0.020 0.002 0.006 0.007 0.002 0.174 0.191 75 T 0.666 0.001 0.005 0.015 0.001 0.002 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.192 0.085 76 Y 0.637 0.001 0.005 0.007 0.001 0.004 0.040 0.003 0.004 0.001 0.001 0.059 0.237 77 L 0.561 0.005 0.033 0.021 0.007 0.011 0.039 0.003 0.006 0.004 0.005 0.134 0.171 78 K 0.195 0.003 0.136 0.043 0.023 0.014 0.010 0.003 0.012 0.026 0.051 0.274 0.210 79 A 0.010 0.002 0.051 0.031 0.040 0.012 0.002 0.001 0.003 0.063 0.710 0.019 0.056 80 G 0.002 0.001 0.078 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.246 0.632 0.016 0.005 81 T 0.021 0.019 0.550 0.027 0.006 0.001 0.002 0.001 0.018 0.199 0.014 0.074 0.068 82 K 0.067 0.023 0.144 0.010 0.003 0.002 0.020 0.013 0.133 0.050 0.011 0.219 0.306 83 L 0.149 0.010 0.039 0.058 0.005 0.002 0.114 0.054 0.084 0.007 0.005 0.018 0.455 84 I 0.068 0.002 0.017 0.056 0.001 0.001 0.032 0.017 0.092 0.005 0.001 0.696 0.012 85 S 0.054 0.003 0.030 0.006 0.001 0.001 0.031 0.013 0.040 0.003 0.002 0.008 0.807 86 V 0.009 0.001 0.053 0.010 0.001 0.001 0.004 0.005 0.052 0.013 0.001 0.845 0.006 87 P 0.022 0.006 0.095 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.050 0.011 0.003 0.011 0.788 88 A 0.035 0.014 0.357 0.076 0.015 0.001 0.013 0.007 0.073 0.036 0.017 0.277 0.078 89 E 0.027 0.007 0.144 0.347 0.015 0.002 0.013 0.003 0.035 0.095 0.099 0.084 0.129 90 G 0.045 0.015 0.244 0.032 0.019 0.003 0.008 0.002 0.027 0.127 0.137 0.125 0.215 91 Y 0.076 0.010 0.259 0.102 0.015 0.003 0.017 0.006 0.036 0.052 0.025 0.105 0.294 92 K 0.054 0.007 0.046 0.008 0.002 0.002 0.027 0.007 0.119 0.013 0.005 0.653 0.058 93 V 0.035 0.019 0.085 0.013 0.004 0.003 0.029 0.023 0.072 0.011 0.009 0.009 0.689 94 Y 0.015 0.003 0.055 0.036 0.001 0.001 0.005 0.005 0.046 0.015 0.001 0.811 0.005 95 P 0.018 0.005 0.057 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.087 0.021 0.005 0.011 0.773 96 I 0.062 0.048 0.232 0.041 0.017 0.011 0.047 0.024 0.093 0.060 0.035 0.185 0.146 97 M 0.038 0.030 0.312 0.027 0.016 0.019 0.019 0.017 0.070 0.092 0.049 0.112 0.200 98 D 0.016 0.015 0.433 0.012 0.021 0.019 0.003 0.003 0.019 0.143 0.063 0.068 0.185 99 F 0.008 0.005 0.115 0.034 0.100 0.097 0.002 0.002 0.006 0.092 0.501 0.008 0.031 100 G 0.013 0.005 0.113 0.039 0.091 0.061 0.002 0.001 0.004 0.221 0.403 0.040 0.008 101 F 0.119 0.010 0.233 0.010 0.084 0.062 0.007 0.002 0.007 0.090 0.062 0.030 0.283 102 R 0.315 0.015 0.092 0.007 0.028 0.087 0.025 0.005 0.014 0.019 0.017 0.257 0.118 103 V 0.267 0.026 0.070 0.011 0.036 0.115 0.036 0.006 0.011 0.011 0.015 0.049 0.346 104 L 0.085 0.006 0.150 0.054 0.023 0.045 0.005 0.002 0.009 0.029 0.053 0.448 0.091 105 K 0.014 0.002 0.070 0.040 0.018 0.029 0.002 0.001 0.003 0.075 0.622 0.016 0.109 106 G 0.005 0.002 0.072 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.356 0.477 0.050 0.015 107 Y 0.046 0.006 0.418 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.107 0.019 0.101 0.278 108 R 0.211 0.006 0.107 0.008 0.002 0.005 0.016 0.003 0.018 0.023 0.009 0.192 0.400 109 L 0.444 0.004 0.038 0.059 0.004 0.011 0.064 0.013 0.021 0.009 0.005 0.129 0.198 110 A 0.681 0.001 0.006 0.030 0.002 0.003 0.045 0.007 0.009 0.001 0.001 0.130 0.085 111 T 0.794 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.052 0.005 0.006 0.001 0.001 0.046 0.078 112 L 0.752 0.001 0.007 0.005 0.001 0.002 0.041 0.005 0.010 0.001 0.001 0.088 0.088 113 E 0.477 0.003 0.031 0.007 0.002 0.002 0.019 0.002 0.012 0.004 0.004 0.171 0.266 114 S 0.137 0.007 0.209 0.019 0.007 0.003 0.006 0.002 0.009 0.048 0.040 0.119 0.393 115 K 0.012 0.002 0.128 0.028 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.292 0.282 0.208 0.033 116 K 0.006 0.004 0.089 0.008 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.138 0.581 0.007 0.151 117 G 0.012 0.005 0.158 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.347 0.144 0.292 0.016 118 D 0.108 0.024 0.205 0.010 0.003 0.003 0.007 0.001 0.011 0.043 0.012 0.127 0.445 119 L 0.304 0.012 0.053 0.015 0.003 0.003 0.025 0.003 0.011 0.006 0.003 0.110 0.453 120 R 0.395 0.002 0.017 0.126 0.002 0.002 0.021 0.002 0.005 0.003 0.001 0.359 0.065 121 Y 0.434 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.005 0.001 0.001 0.056 0.459 122 V 0.485 0.002 0.027 0.022 0.003 0.001 0.031 0.002 0.007 0.005 0.005 0.271 0.140 123 N 0.209 0.006 0.124 0.018 0.006 0.002 0.019 0.003 0.011 0.047 0.027 0.262 0.268 124 S 0.026 0.008 0.362 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.006 0.141 0.067 0.159 0.214 125 P 0.015 0.013 0.475 0.023 0.018 0.002 0.002 0.001 0.004 0.137 0.185 0.041 0.084 126 V 0.007 0.010 0.389 0.026 0.020 0.002 0.001 0.001 0.009 0.301 0.120 0.080 0.034 127 S 0.009 0.008 0.375 0.029 0.009 0.001 0.003 0.001 0.012 0.194 0.211 0.018 0.131 128 G 0.062 0.009 0.320 0.069 0.003 0.001 0.011 0.008 0.037 0.196 0.022 0.213 0.048 129 T 0.276 0.005 0.043 0.026 0.001 0.001 0.133 0.062 0.118 0.018 0.002 0.105 0.211 130 V 0.318 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.248 0.236 0.086 0.001 0.001 0.038 0.063 131 I 0.260 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.374 0.256 0.053 0.001 0.001 0.017 0.019 132 F 0.317 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.181 0.230 0.123 0.001 0.001 0.082 0.048 133 M 0.272 0.003 0.058 0.031 0.003 0.001 0.114 0.072 0.168 0.010 0.006 0.052 0.209 134 N 0.087 0.007 0.181 0.020 0.007 0.002 0.031 0.018 0.192 0.075 0.044 0.281 0.055 135 E 0.019 0.036 0.372 0.006 0.012 0.002 0.006 0.004 0.049 0.236 0.076 0.017 0.164 136 I 0.003 0.016 0.693 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.185 0.022 0.043 0.015 137 P 0.001 0.014 0.462 0.003 0.042 0.007 0.001 0.001 0.003 0.215 0.208 0.005 0.038 138 S 0.001 0.018 0.229 0.003 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.257 0.398 0.013 0.009 139 E 0.002 0.024 0.394 0.003 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 0.294 0.190 0.013 0.023 140 R 0.003 0.024 0.563 0.009 0.052 0.009 0.001 0.001 0.003 0.204 0.088 0.017 0.027 141 A 0.006 0.015 0.332 0.041 0.071 0.014 0.001 0.001 0.006 0.216 0.231 0.023 0.045 142 N 0.036 0.012 0.341 0.069 0.022 0.005 0.005 0.001 0.013 0.173 0.124 0.087 0.112 143 Y 0.282 0.005 0.109 0.029 0.004 0.003 0.050 0.009 0.046 0.034 0.006 0.162 0.260 144 V 0.449 0.002 0.016 0.028 0.001 0.002 0.103 0.041 0.047 0.005 0.001 0.211 0.095 145 F 0.552 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.199 0.069 0.032 0.001 0.001 0.034 0.096 146 Y 0.577 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.213 0.069 0.033 0.001 0.001 0.064 0.027 147 M 0.573 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.122 0.033 0.042 0.002 0.002 0.045 0.156 148 L 0.178 0.004 0.185 0.017 0.002 0.002 0.030 0.009 0.114 0.023 0.008 0.321 0.106 149 E 0.029 0.011 0.503 0.013 0.006 0.003 0.007 0.002 0.046 0.124 0.061 0.035 0.161 150 E 0.005 0.012 0.612 0.005 0.012 0.007 0.001 0.001 0.013 0.215 0.046 0.045 0.026