# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.001 0.001 0.033 0.018 0.042 0.146 0.001 0.001 0.016 0.729 2 K 0.007 0.002 0.001 0.058 0.056 0.113 0.103 0.001 0.001 0.030 0.628 3 I 0.014 0.001 0.001 0.038 0.072 0.067 0.111 0.001 0.001 0.079 0.615 4 P 0.003 0.002 0.001 0.221 0.171 0.254 0.058 0.001 0.001 0.062 0.228 5 K 0.003 0.001 0.001 0.216 0.099 0.287 0.033 0.001 0.001 0.074 0.286 6 I 0.001 0.001 0.001 0.236 0.359 0.309 0.011 0.001 0.001 0.017 0.067 7 Y 0.004 0.002 0.001 0.275 0.218 0.314 0.017 0.001 0.001 0.054 0.113 8 V 0.084 0.004 0.001 0.167 0.237 0.236 0.032 0.004 0.001 0.073 0.162 9 E 0.016 0.003 0.001 0.095 0.113 0.273 0.088 0.003 0.001 0.045 0.362 10 G 0.010 0.003 0.001 0.039 0.061 0.244 0.098 0.001 0.001 0.038 0.505 11 E 0.014 0.002 0.002 0.025 0.227 0.231 0.072 0.002 0.002 0.108 0.314 12 L 0.071 0.002 0.002 0.022 0.098 0.099 0.082 0.002 0.002 0.072 0.546 13 N 0.559 0.002 0.001 0.007 0.015 0.023 0.042 0.003 0.001 0.045 0.302 14 D 0.020 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 0.081 0.001 0.001 0.008 0.866 15 G 0.005 0.001 0.001 0.004 0.014 0.061 0.139 0.001 0.001 0.008 0.767 16 D 0.001 0.001 0.001 0.011 0.306 0.484 0.036 0.001 0.001 0.015 0.145 17 R 0.001 0.001 0.001 0.012 0.207 0.562 0.020 0.001 0.001 0.024 0.173 18 V 0.001 0.001 0.001 0.012 0.468 0.430 0.007 0.001 0.001 0.016 0.065 19 A 0.001 0.001 0.001 0.014 0.452 0.460 0.005 0.001 0.001 0.015 0.052 20 I 0.001 0.001 0.001 0.021 0.447 0.464 0.006 0.001 0.001 0.017 0.045 21 E 0.015 0.001 0.001 0.021 0.391 0.397 0.016 0.001 0.001 0.041 0.117 22 K 0.297 0.002 0.001 0.012 0.193 0.128 0.030 0.004 0.001 0.054 0.280 23 D 0.023 0.001 0.001 0.004 0.023 0.037 0.080 0.001 0.001 0.009 0.820 24 G 0.006 0.003 0.001 0.006 0.040 0.131 0.116 0.001 0.001 0.010 0.687 25 N 0.002 0.002 0.001 0.008 0.311 0.415 0.041 0.001 0.001 0.016 0.202 26 A 0.002 0.002 0.001 0.011 0.290 0.481 0.019 0.001 0.001 0.018 0.176 27 I 0.003 0.002 0.001 0.009 0.415 0.409 0.014 0.001 0.001 0.015 0.132 28 I 0.002 0.001 0.001 0.016 0.431 0.426 0.010 0.001 0.001 0.014 0.099 29 F 0.003 0.002 0.001 0.019 0.369 0.456 0.014 0.001 0.001 0.027 0.107 30 L 0.017 0.005 0.001 0.023 0.306 0.353 0.029 0.002 0.001 0.029 0.234 31 E 0.203 0.011 0.002 0.014 0.214 0.125 0.037 0.007 0.001 0.044 0.342 32 K 0.061 0.020 0.001 0.011 0.059 0.078 0.070 0.006 0.001 0.020 0.673 33 D 0.047 0.018 0.001 0.006 0.025 0.052 0.084 0.005 0.001 0.044 0.717 34 E 0.015 0.009 0.002 0.014 0.177 0.136 0.085 0.002 0.001 0.090 0.469 35 E 0.026 0.005 0.001 0.015 0.051 0.070 0.092 0.002 0.001 0.086 0.650 36 Y 0.075 0.005 0.002 0.014 0.051 0.049 0.105 0.003 0.001 0.092 0.604 37 S 0.166 0.005 0.001 0.013 0.016 0.023 0.097 0.002 0.001 0.041 0.637 38 G 0.068 0.007 0.001 0.005 0.007 0.015 0.088 0.002 0.001 0.026 0.780 39 N 0.013 0.010 0.001 0.005 0.013 0.017 0.118 0.001 0.001 0.017 0.805 40 G 0.011 0.031 0.001 0.028 0.088 0.108 0.129 0.002 0.001 0.039 0.563 41 K 0.013 0.041 0.001 0.049 0.170 0.190 0.093 0.002 0.001 0.063 0.377 42 L 0.012 0.060 0.002 0.098 0.145 0.196 0.076 0.002 0.001 0.060 0.348 43 L 0.020 0.170 0.002 0.073 0.118 0.130 0.061 0.003 0.001 0.129 0.294 44 Y 0.020 0.382 0.002 0.071 0.072 0.116 0.038 0.003 0.001 0.059 0.237 45 Q 0.017 0.381 0.002 0.056 0.063 0.093 0.046 0.002 0.001 0.093 0.248 46 V 0.007 0.478 0.004 0.055 0.091 0.077 0.039 0.002 0.001 0.048 0.199 47 I 0.013 0.896 0.002 0.004 0.010 0.005 0.007 0.004 0.001 0.020 0.038 48 Y 0.027 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.007 0.011 49 D 0.024 0.797 0.006 0.003 0.005 0.003 0.014 0.002 0.001 0.081 0.064 50 D 0.023 0.844 0.011 0.002 0.002 0.003 0.010 0.004 0.001 0.036 0.064 51 L 0.088 0.798 0.008 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.001 0.023 0.027 52 A 0.078 0.412 0.030 0.006 0.005 0.007 0.054 0.013 0.010 0.198 0.187 53 K 0.109 0.257 0.008 0.013 0.009 0.023 0.065 0.006 0.002 0.082 0.424 54 Y 0.077 0.095 0.008 0.012 0.008 0.016 0.121 0.012 0.001 0.087 0.563 55 M 0.040 0.042 0.026 0.048 0.037 0.045 0.217 0.006 0.005 0.149 0.384 56 S 0.101 0.165 0.006 0.008 0.009 0.017 0.072 0.011 0.002 0.056 0.554 57 L 0.190 0.099 0.003 0.004 0.004 0.004 0.078 0.034 0.001 0.028 0.555 58 D 0.101 0.049 0.009 0.012 0.013 0.015 0.125 0.009 0.005 0.080 0.583 59 T 0.087 0.009 0.006 0.015 0.009 0.022 0.175 0.002 0.002 0.087 0.586 60 L 0.020 0.003 0.002 0.070 0.009 0.021 0.153 0.002 0.001 0.060 0.659 61 K 0.019 0.001 0.003 0.148 0.022 0.037 0.140 0.001 0.001 0.087 0.541 62 K 0.004 0.001 0.001 0.276 0.037 0.082 0.097 0.001 0.001 0.088 0.415 63 D 0.002 0.001 0.001 0.368 0.030 0.073 0.052 0.001 0.001 0.132 0.342 64 V 0.001 0.001 0.001 0.612 0.109 0.139 0.015 0.001 0.001 0.047 0.075 65 L 0.001 0.001 0.001 0.680 0.066 0.079 0.012 0.001 0.001 0.068 0.095 66 I 0.001 0.001 0.001 0.800 0.061 0.064 0.009 0.001 0.001 0.020 0.045 67 Q 0.002 0.001 0.001 0.657 0.029 0.061 0.037 0.001 0.001 0.050 0.162 68 Y 0.136 0.002 0.001 0.124 0.025 0.045 0.137 0.004 0.001 0.111 0.414 69 P 0.087 0.002 0.001 0.014 0.005 0.009 0.125 0.003 0.001 0.068 0.687 70 D 0.079 0.009 0.001 0.005 0.003 0.009 0.126 0.002 0.001 0.032 0.735 71 K 0.023 0.010 0.001 0.008 0.022 0.036 0.138 0.002 0.001 0.094 0.667 72 H 0.007 0.034 0.001 0.015 0.087 0.129 0.109 0.001 0.001 0.077 0.540 73 T 0.012 0.066 0.001 0.022 0.213 0.268 0.054 0.003 0.001 0.067 0.293 74 L 0.009 0.039 0.001 0.035 0.233 0.347 0.047 0.002 0.001 0.053 0.233 75 T 0.005 0.027 0.001 0.084 0.208 0.513 0.020 0.001 0.001 0.036 0.106 76 Y 0.011 0.013 0.006 0.062 0.300 0.369 0.024 0.002 0.003 0.080 0.131 77 L 0.070 0.007 0.005 0.077 0.206 0.219 0.053 0.003 0.003 0.118 0.240 78 K 0.208 0.007 0.003 0.040 0.120 0.117 0.063 0.005 0.002 0.070 0.367 79 A 0.029 0.003 0.001 0.015 0.017 0.033 0.092 0.001 0.001 0.015 0.793 80 G 0.020 0.004 0.001 0.011 0.017 0.058 0.145 0.002 0.001 0.019 0.724 81 T 0.010 0.003 0.001 0.029 0.174 0.211 0.118 0.002 0.001 0.032 0.420 82 K 0.004 0.001 0.001 0.069 0.159 0.502 0.036 0.001 0.001 0.032 0.195 83 L 0.007 0.001 0.001 0.030 0.154 0.199 0.041 0.001 0.001 0.082 0.483 84 I 0.001 0.001 0.001 0.058 0.381 0.422 0.018 0.001 0.001 0.024 0.095 85 S 0.002 0.001 0.001 0.050 0.220 0.302 0.027 0.001 0.001 0.051 0.347 86 V 0.001 0.001 0.001 0.047 0.485 0.314 0.017 0.001 0.001 0.018 0.117 87 P 0.068 0.004 0.001 0.063 0.196 0.199 0.044 0.003 0.001 0.092 0.329 88 A 0.237 0.002 0.001 0.037 0.080 0.079 0.084 0.005 0.001 0.070 0.403 89 E 0.019 0.002 0.001 0.025 0.023 0.049 0.106 0.001 0.001 0.021 0.754 90 G 0.011 0.003 0.001 0.027 0.025 0.082 0.120 0.001 0.001 0.032 0.699 91 Y 0.007 0.003 0.001 0.056 0.212 0.147 0.092 0.001 0.001 0.069 0.411 92 K 0.006 0.008 0.001 0.088 0.207 0.236 0.055 0.001 0.001 0.058 0.341 93 V 0.015 0.017 0.001 0.069 0.158 0.188 0.059 0.004 0.001 0.056 0.433 94 Y 0.017 0.023 0.002 0.082 0.225 0.210 0.059 0.005 0.001 0.067 0.310 95 P 0.034 0.025 0.002 0.088 0.158 0.224 0.067 0.003 0.001 0.076 0.322 96 I 0.045 0.023 0.008 0.075 0.105 0.170 0.087 0.005 0.004 0.138 0.341 97 M 0.066 0.019 0.003 0.071 0.102 0.146 0.123 0.005 0.002 0.060 0.403 98 D 0.205 0.043 0.003 0.031 0.041 0.076 0.101 0.007 0.001 0.076 0.417 99 F 0.031 0.057 0.002 0.033 0.044 0.082 0.138 0.004 0.001 0.041 0.567 100 G 0.022 0.064 0.001 0.032 0.043 0.142 0.130 0.005 0.001 0.048 0.513 101 F 0.014 0.041 0.002 0.074 0.212 0.334 0.063 0.002 0.001 0.058 0.200 102 R 0.024 0.036 0.004 0.055 0.163 0.234 0.065 0.003 0.001 0.097 0.317 103 V 0.066 0.027 0.004 0.052 0.148 0.158 0.073 0.005 0.002 0.075 0.392 104 L 0.148 0.033 0.004 0.040 0.112 0.146 0.076 0.005 0.002 0.082 0.353 105 K 0.026 0.037 0.002 0.017 0.042 0.096 0.087 0.002 0.001 0.031 0.661 106 G 0.020 0.044 0.002 0.016 0.073 0.204 0.098 0.004 0.001 0.037 0.502 107 Y 0.013 0.023 0.002 0.029 0.263 0.275 0.076 0.002 0.001 0.092 0.223 108 R 0.006 0.019 0.002 0.033 0.195 0.506 0.035 0.002 0.001 0.048 0.154 109 L 0.014 0.015 0.002 0.025 0.242 0.322 0.036 0.004 0.001 0.052 0.287 110 A 0.003 0.004 0.001 0.041 0.225 0.598 0.015 0.001 0.001 0.036 0.076 111 T 0.006 0.003 0.001 0.027 0.326 0.376 0.023 0.001 0.001 0.069 0.167 112 L 0.004 0.001 0.001 0.033 0.413 0.330 0.026 0.001 0.001 0.035 0.155 113 E 0.012 0.003 0.002 0.032 0.326 0.326 0.039 0.002 0.002 0.040 0.217 114 S 0.236 0.005 0.002 0.018 0.072 0.101 0.074 0.005 0.002 0.076 0.409 115 K 0.071 0.003 0.001 0.013 0.037 0.069 0.125 0.003 0.001 0.033 0.646 116 K 0.005 0.002 0.001 0.020 0.029 0.127 0.111 0.001 0.001 0.017 0.687 117 G 0.004 0.002 0.001 0.038 0.177 0.237 0.081 0.001 0.001 0.047 0.412 118 D 0.002 0.001 0.001 0.062 0.283 0.449 0.023 0.001 0.001 0.043 0.135 119 L 0.004 0.001 0.001 0.061 0.257 0.302 0.027 0.001 0.001 0.064 0.282 120 R 0.001 0.001 0.001 0.107 0.373 0.447 0.008 0.001 0.001 0.021 0.041 121 Y 0.004 0.001 0.001 0.073 0.208 0.337 0.028 0.001 0.001 0.075 0.272 122 V 0.001 0.001 0.001 0.106 0.363 0.336 0.029 0.001 0.001 0.025 0.136 123 N 0.050 0.002 0.001 0.035 0.213 0.215 0.052 0.002 0.002 0.104 0.324 124 S 0.032 0.001 0.001 0.019 0.055 0.083 0.124 0.002 0.001 0.070 0.612 125 P 0.048 0.001 0.001 0.010 0.010 0.018 0.098 0.001 0.001 0.029 0.784 126 V 0.150 0.001 0.001 0.016 0.023 0.033 0.176 0.002 0.001 0.047 0.550 127 S 0.004 0.001 0.001 0.026 0.013 0.051 0.154 0.001 0.001 0.031 0.720 128 G 0.001 0.001 0.001 0.082 0.096 0.210 0.082 0.001 0.001 0.079 0.446 129 T 0.001 0.001 0.001 0.219 0.273 0.281 0.026 0.001 0.001 0.095 0.104 130 V 0.001 0.001 0.001 0.296 0.262 0.261 0.013 0.001 0.001 0.070 0.095 131 I 0.001 0.001 0.001 0.422 0.277 0.220 0.006 0.001 0.001 0.032 0.042 132 F 0.002 0.001 0.001 0.398 0.216 0.290 0.008 0.001 0.001 0.038 0.045 133 M 0.018 0.001 0.001 0.273 0.186 0.238 0.033 0.002 0.001 0.084 0.163 134 N 0.005 0.001 0.001 0.229 0.145 0.245 0.077 0.001 0.001 0.045 0.252 135 E 0.010 0.002 0.001 0.052 0.033 0.086 0.136 0.002 0.001 0.043 0.634 136 I 0.120 0.006 0.001 0.021 0.032 0.031 0.145 0.009 0.001 0.084 0.549 137 P 0.216 0.006 0.001 0.009 0.010 0.013 0.101 0.006 0.001 0.074 0.561 138 S 0.053 0.003 0.001 0.007 0.007 0.019 0.114 0.001 0.001 0.045 0.748 139 E 0.038 0.004 0.001 0.010 0.018 0.026 0.111 0.001 0.001 0.033 0.758 140 R 0.089 0.004 0.001 0.015 0.025 0.029 0.169 0.002 0.001 0.051 0.614 141 A 0.009 0.002 0.001 0.052 0.030 0.073 0.209 0.001 0.001 0.047 0.575 142 N 0.002 0.002 0.001 0.192 0.067 0.240 0.085 0.001 0.001 0.086 0.325 143 Y 0.001 0.001 0.001 0.227 0.170 0.278 0.034 0.001 0.001 0.135 0.152 144 V 0.001 0.001 0.001 0.452 0.185 0.205 0.014 0.001 0.001 0.065 0.076 145 F 0.001 0.001 0.001 0.485 0.210 0.191 0.008 0.001 0.001 0.042 0.061 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.512 0.211 0.196 0.008 0.001 0.001 0.029 0.043 147 M 0.005 0.001 0.001 0.425 0.122 0.190 0.041 0.001 0.001 0.056 0.158 148 L 0.029 0.003 0.002 0.292 0.103 0.140 0.092 0.004 0.001 0.053 0.281 149 E 0.160 0.011 0.001 0.051 0.022 0.042 0.136 0.008 0.001 0.059 0.509 150 E 0.039 0.010 0.001 0.021 0.007 0.017 0.163 0.004 0.001 0.040 0.697