# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.028 0.051 0.100 0.160 0.021 0.635 2 K 0.024 0.002 0.028 0.040 0.075 0.107 0.038 0.686 3 I 0.120 0.008 0.028 0.054 0.043 0.125 0.087 0.535 4 P 0.012 0.010 0.089 0.065 0.124 0.094 0.045 0.561 5 K 0.006 0.006 0.230 0.093 0.328 0.052 0.052 0.233 6 I 0.002 0.004 0.298 0.172 0.250 0.031 0.057 0.186 7 Y 0.006 0.004 0.263 0.302 0.273 0.022 0.032 0.097 8 V 0.056 0.010 0.126 0.273 0.230 0.040 0.046 0.218 9 E 0.015 0.006 0.070 0.159 0.294 0.064 0.034 0.358 10 G 0.036 0.005 0.032 0.133 0.223 0.070 0.040 0.462 11 E 0.018 0.002 0.025 0.306 0.226 0.082 0.049 0.293 12 L 0.036 0.001 0.010 0.032 0.051 0.073 0.015 0.782 13 N 0.805 0.002 0.003 0.012 0.012 0.021 0.021 0.125 14 D 0.074 0.002 0.003 0.007 0.017 0.080 0.005 0.811 15 G 0.008 0.002 0.009 0.010 0.080 0.079 0.008 0.804 16 D 0.004 0.002 0.026 0.197 0.474 0.060 0.022 0.215 17 R 0.001 0.001 0.028 0.408 0.421 0.015 0.018 0.109 18 V 0.001 0.001 0.044 0.460 0.419 0.006 0.008 0.061 19 A 0.001 0.001 0.045 0.429 0.481 0.005 0.007 0.034 20 I 0.001 0.001 0.059 0.408 0.459 0.008 0.011 0.053 21 E 0.019 0.001 0.083 0.306 0.353 0.031 0.041 0.166 22 K 0.259 0.006 0.018 0.119 0.132 0.067 0.041 0.357 23 D 0.074 0.011 0.009 0.017 0.046 0.078 0.013 0.751 24 G 0.032 0.021 0.023 0.037 0.194 0.122 0.017 0.554 25 N 0.008 0.016 0.026 0.175 0.445 0.043 0.040 0.246 26 A 0.005 0.011 0.024 0.367 0.395 0.021 0.020 0.157 27 I 0.003 0.003 0.033 0.422 0.448 0.010 0.013 0.068 28 I 0.005 0.003 0.035 0.431 0.383 0.019 0.010 0.114 29 F 0.004 0.004 0.055 0.344 0.451 0.018 0.016 0.109 30 L 0.026 0.011 0.028 0.162 0.240 0.063 0.023 0.447 31 E 0.188 0.053 0.020 0.188 0.164 0.056 0.073 0.259 32 K 0.085 0.033 0.004 0.027 0.040 0.060 0.020 0.731 33 D 0.204 0.042 0.009 0.033 0.050 0.067 0.128 0.467 34 E 0.039 0.021 0.012 0.075 0.078 0.117 0.071 0.587 35 E 0.039 0.005 0.009 0.028 0.049 0.101 0.033 0.737 36 Y 0.081 0.006 0.009 0.030 0.034 0.114 0.047 0.680 37 S 0.099 0.010 0.007 0.011 0.022 0.110 0.036 0.704 38 G 0.122 0.029 0.007 0.012 0.024 0.086 0.024 0.696 39 N 0.044 0.082 0.012 0.022 0.046 0.103 0.025 0.666 40 G 0.025 0.137 0.039 0.062 0.164 0.091 0.052 0.431 41 K 0.011 0.099 0.064 0.210 0.271 0.053 0.069 0.222 42 L 0.015 0.131 0.078 0.255 0.243 0.035 0.072 0.172 43 L 0.016 0.244 0.088 0.151 0.232 0.027 0.105 0.136 44 Y 0.016 0.407 0.045 0.120 0.167 0.019 0.123 0.104 45 Q 0.016 0.406 0.053 0.097 0.102 0.023 0.172 0.130 46 V 0.011 0.586 0.047 0.081 0.070 0.028 0.085 0.092 47 I 0.017 0.888 0.010 0.007 0.011 0.007 0.031 0.029 48 Y 0.034 0.872 0.010 0.005 0.004 0.006 0.041 0.028 49 D 0.019 0.850 0.008 0.005 0.004 0.010 0.038 0.065 50 D 0.039 0.825 0.014 0.003 0.003 0.012 0.041 0.063 51 L 0.150 0.641 0.014 0.004 0.004 0.021 0.077 0.089 52 A 0.121 0.178 0.036 0.010 0.009 0.046 0.257 0.343 53 K 0.040 0.205 0.014 0.008 0.011 0.060 0.081 0.580 54 Y 0.115 0.102 0.039 0.011 0.018 0.111 0.070 0.533 55 M 0.049 0.018 0.032 0.048 0.032 0.136 0.109 0.576 56 S 0.061 0.036 0.009 0.009 0.016 0.077 0.105 0.687 57 L 0.115 0.036 0.014 0.013 0.014 0.086 0.075 0.647 58 D 0.189 0.021 0.016 0.038 0.048 0.104 0.050 0.534 59 T 0.051 0.004 0.014 0.013 0.024 0.077 0.082 0.735 60 L 0.027 0.002 0.062 0.025 0.053 0.215 0.080 0.536 61 K 0.039 0.001 0.051 0.029 0.046 0.112 0.092 0.629 62 K 0.003 0.001 0.068 0.051 0.067 0.156 0.038 0.617 63 D 0.001 0.001 0.464 0.052 0.209 0.047 0.046 0.181 64 V 0.001 0.001 0.482 0.187 0.246 0.010 0.044 0.031 65 L 0.001 0.001 0.605 0.185 0.117 0.006 0.027 0.059 66 I 0.001 0.001 0.451 0.274 0.199 0.010 0.017 0.048 67 Q 0.011 0.001 0.428 0.072 0.112 0.067 0.041 0.270 68 Y 0.202 0.002 0.113 0.056 0.061 0.142 0.055 0.369 69 P 0.021 0.001 0.012 0.003 0.006 0.087 0.011 0.860 70 D 0.060 0.010 0.018 0.009 0.028 0.156 0.042 0.677 71 K 0.044 0.015 0.028 0.029 0.067 0.167 0.094 0.555 72 H 0.013 0.033 0.030 0.109 0.171 0.079 0.069 0.496 73 T 0.012 0.069 0.047 0.144 0.254 0.054 0.045 0.374 74 L 0.008 0.038 0.067 0.254 0.335 0.044 0.031 0.222 75 T 0.006 0.027 0.099 0.323 0.408 0.015 0.049 0.072 76 Y 0.008 0.013 0.105 0.286 0.366 0.017 0.121 0.084 77 L 0.102 0.008 0.082 0.242 0.239 0.036 0.133 0.158 78 K 0.182 0.006 0.026 0.104 0.098 0.061 0.131 0.392 79 A 0.017 0.003 0.008 0.012 0.036 0.076 0.008 0.842 80 G 0.027 0.003 0.013 0.020 0.096 0.083 0.029 0.729 81 T 0.014 0.002 0.034 0.170 0.153 0.088 0.067 0.471 82 K 0.014 0.001 0.067 0.205 0.374 0.047 0.040 0.251 83 L 0.007 0.001 0.042 0.165 0.169 0.035 0.031 0.551 84 I 0.001 0.001 0.126 0.376 0.365 0.024 0.008 0.100 85 S 0.002 0.001 0.065 0.088 0.252 0.033 0.023 0.537 86 V 0.003 0.001 0.112 0.492 0.197 0.035 0.026 0.134 87 P 0.072 0.002 0.123 0.074 0.116 0.071 0.057 0.486 88 A 0.231 0.004 0.037 0.056 0.048 0.069 0.087 0.468 89 E 0.048 0.002 0.066 0.040 0.096 0.092 0.025 0.631 90 G 0.016 0.002 0.042 0.033 0.152 0.073 0.040 0.641 91 Y 0.004 0.001 0.079 0.199 0.223 0.087 0.027 0.380 92 K 0.003 0.002 0.106 0.217 0.264 0.064 0.027 0.316 93 V 0.011 0.006 0.063 0.130 0.139 0.072 0.039 0.541 94 Y 0.025 0.015 0.215 0.198 0.169 0.057 0.067 0.254 95 P 0.069 0.040 0.155 0.135 0.159 0.059 0.085 0.298 96 I 0.054 0.054 0.158 0.092 0.143 0.062 0.096 0.342 97 M 0.082 0.050 0.108 0.105 0.139 0.086 0.045 0.383 98 D 0.125 0.088 0.033 0.067 0.104 0.090 0.062 0.432 99 F 0.038 0.157 0.019 0.035 0.085 0.085 0.024 0.557 100 G 0.032 0.138 0.036 0.085 0.192 0.075 0.063 0.378 101 F 0.043 0.084 0.037 0.254 0.201 0.056 0.098 0.226 102 R 0.037 0.039 0.063 0.245 0.240 0.049 0.109 0.218 103 V 0.179 0.024 0.046 0.095 0.136 0.077 0.052 0.391 104 L 0.352 0.021 0.019 0.053 0.065 0.059 0.043 0.389 105 K 0.020 0.020 0.007 0.017 0.049 0.061 0.008 0.818 106 G 0.017 0.039 0.016 0.029 0.134 0.085 0.026 0.654 107 Y 0.015 0.043 0.032 0.298 0.209 0.076 0.097 0.230 108 R 0.011 0.081 0.044 0.225 0.303 0.039 0.079 0.217 109 L 0.031 0.050 0.048 0.187 0.377 0.032 0.052 0.222 110 A 0.008 0.008 0.047 0.394 0.407 0.021 0.048 0.067 111 T 0.005 0.008 0.052 0.187 0.463 0.032 0.088 0.166 112 L 0.008 0.008 0.035 0.329 0.449 0.028 0.042 0.100 113 E 0.012 0.004 0.034 0.250 0.434 0.045 0.041 0.180 114 S 0.093 0.005 0.030 0.090 0.131 0.098 0.095 0.457 115 K 0.251 0.014 0.018 0.088 0.098 0.078 0.057 0.396 116 K 0.022 0.004 0.011 0.013 0.048 0.086 0.015 0.801 117 G 0.013 0.003 0.042 0.064 0.142 0.100 0.032 0.604 118 D 0.020 0.004 0.040 0.299 0.314 0.057 0.063 0.202 119 L 0.005 0.001 0.048 0.159 0.247 0.038 0.045 0.457 120 R 0.003 0.001 0.057 0.373 0.478 0.013 0.016 0.059 121 Y 0.006 0.001 0.042 0.278 0.352 0.027 0.034 0.260 122 V 0.005 0.001 0.053 0.267 0.302 0.044 0.017 0.311 123 N 0.019 0.001 0.042 0.144 0.291 0.054 0.037 0.413 124 S 0.032 0.002 0.028 0.119 0.139 0.107 0.072 0.501 125 P 0.035 0.002 0.059 0.052 0.082 0.125 0.068 0.578 126 V 0.056 0.006 0.048 0.089 0.106 0.126 0.088 0.481 127 S 0.009 0.005 0.089 0.063 0.143 0.121 0.046 0.525 128 G 0.003 0.003 0.191 0.098 0.230 0.093 0.059 0.324 129 T 0.002 0.002 0.487 0.196 0.162 0.034 0.059 0.058 130 V 0.002 0.002 0.545 0.116 0.137 0.023 0.081 0.093 131 I 0.002 0.002 0.688 0.098 0.133 0.009 0.041 0.025 132 F 0.016 0.006 0.550 0.108 0.201 0.024 0.051 0.043 133 M 0.036 0.010 0.361 0.113 0.163 0.065 0.073 0.181 134 N 0.019 0.011 0.179 0.096 0.162 0.105 0.096 0.332 135 E 0.035 0.013 0.065 0.028 0.058 0.179 0.072 0.551 136 I 0.188 0.016 0.030 0.045 0.045 0.139 0.087 0.450 137 P 0.204 0.012 0.009 0.018 0.025 0.099 0.066 0.567 138 S 0.032 0.004 0.008 0.012 0.024 0.098 0.074 0.747 139 E 0.071 0.003 0.009 0.012 0.025 0.126 0.057 0.697 140 R 0.196 0.004 0.011 0.011 0.016 0.114 0.094 0.553 141 A 0.019 0.003 0.033 0.019 0.052 0.206 0.025 0.644 142 N 0.002 0.001 0.145 0.031 0.236 0.121 0.056 0.408 143 Y 0.001 0.001 0.221 0.220 0.330 0.036 0.055 0.136 144 V 0.001 0.001 0.484 0.230 0.222 0.007 0.030 0.026 145 F 0.001 0.001 0.336 0.283 0.239 0.010 0.025 0.106 146 Y 0.001 0.001 0.515 0.243 0.204 0.006 0.009 0.022 147 M 0.004 0.001 0.329 0.146 0.258 0.040 0.043 0.179 148 L 0.095 0.005 0.133 0.182 0.161 0.082 0.092 0.250 149 E 0.104 0.007 0.025 0.036 0.053 0.102 0.057 0.616 150 E 0.039 0.007 0.017 0.015 0.040 0.130 0.038 0.713