# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.435 0.111 0.040 0.078 0.072 0.063 0.076 0.047 0.037 0.025 0.015 2 K 0.142 0.156 0.064 0.205 0.168 0.099 0.081 0.037 0.026 0.015 0.007 3 I 0.050 0.035 0.033 0.069 0.066 0.082 0.162 0.147 0.158 0.101 0.097 4 P 0.044 0.062 0.042 0.119 0.163 0.160 0.177 0.097 0.073 0.041 0.022 5 K 0.096 0.125 0.098 0.211 0.161 0.099 0.087 0.044 0.044 0.023 0.012 6 I 0.005 0.004 0.008 0.013 0.020 0.033 0.097 0.170 0.234 0.214 0.201 7 Y 0.011 0.021 0.030 0.054 0.063 0.078 0.156 0.165 0.178 0.157 0.085 8 V 0.004 0.011 0.026 0.030 0.037 0.046 0.119 0.172 0.194 0.206 0.155 9 E 0.010 0.013 0.024 0.059 0.080 0.102 0.185 0.188 0.157 0.115 0.068 10 G 0.093 0.066 0.069 0.127 0.117 0.093 0.139 0.096 0.098 0.071 0.030 11 E 0.042 0.057 0.034 0.129 0.141 0.150 0.190 0.100 0.082 0.050 0.026 12 L 0.029 0.028 0.020 0.058 0.060 0.095 0.162 0.139 0.164 0.134 0.110 13 N 0.160 0.192 0.075 0.177 0.139 0.082 0.075 0.039 0.028 0.020 0.013 14 D 0.302 0.374 0.060 0.118 0.071 0.028 0.023 0.011 0.006 0.004 0.003 15 G 0.551 0.145 0.025 0.081 0.068 0.039 0.037 0.022 0.015 0.010 0.006 16 D 0.211 0.189 0.047 0.179 0.145 0.091 0.070 0.029 0.021 0.012 0.006 17 R 0.028 0.044 0.040 0.171 0.171 0.184 0.170 0.092 0.056 0.029 0.015 18 V 0.006 0.015 0.025 0.064 0.094 0.123 0.213 0.208 0.128 0.084 0.041 19 A 0.003 0.016 0.032 0.060 0.068 0.074 0.157 0.206 0.172 0.140 0.073 20 I 0.001 0.004 0.014 0.014 0.016 0.027 0.087 0.155 0.214 0.283 0.185 21 E 0.010 0.024 0.079 0.163 0.181 0.124 0.165 0.090 0.071 0.067 0.027 22 K 0.059 0.121 0.094 0.157 0.146 0.113 0.135 0.068 0.050 0.037 0.019 23 D 0.252 0.249 0.051 0.142 0.111 0.065 0.065 0.030 0.018 0.011 0.006 24 G 0.622 0.151 0.028 0.061 0.042 0.027 0.030 0.019 0.011 0.006 0.003 25 N 0.273 0.256 0.070 0.182 0.106 0.051 0.032 0.015 0.009 0.005 0.002 26 A 0.040 0.051 0.040 0.120 0.116 0.158 0.211 0.115 0.083 0.044 0.023 27 I 0.022 0.038 0.057 0.156 0.172 0.164 0.184 0.090 0.065 0.035 0.016 28 I 0.010 0.028 0.100 0.121 0.129 0.138 0.186 0.119 0.091 0.052 0.026 29 F 0.006 0.029 0.100 0.100 0.104 0.104 0.183 0.129 0.112 0.093 0.039 30 L 0.002 0.008 0.027 0.035 0.047 0.082 0.206 0.208 0.165 0.145 0.075 31 E 0.078 0.112 0.294 0.230 0.136 0.053 0.045 0.023 0.012 0.013 0.003 32 K 0.239 0.186 0.180 0.172 0.100 0.055 0.044 0.014 0.006 0.003 0.001 33 D 0.323 0.207 0.073 0.145 0.086 0.059 0.058 0.023 0.015 0.009 0.004 34 E 0.104 0.050 0.042 0.090 0.117 0.163 0.229 0.109 0.056 0.027 0.013 35 E 0.334 0.195 0.251 0.153 0.041 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 36 Y 0.010 0.016 0.033 0.042 0.048 0.136 0.228 0.159 0.152 0.100 0.076 37 S 0.170 0.186 0.104 0.183 0.142 0.068 0.071 0.034 0.021 0.014 0.008 38 G 0.338 0.236 0.112 0.112 0.072 0.052 0.039 0.016 0.012 0.007 0.004 39 N 0.243 0.225 0.109 0.160 0.123 0.060 0.039 0.018 0.013 0.007 0.004 40 G 0.198 0.100 0.029 0.104 0.118 0.117 0.168 0.077 0.051 0.026 0.013 41 K 0.043 0.076 0.057 0.196 0.227 0.139 0.123 0.067 0.041 0.021 0.010 42 L 0.008 0.020 0.036 0.070 0.077 0.103 0.205 0.187 0.145 0.091 0.058 43 L 0.004 0.009 0.022 0.036 0.036 0.061 0.157 0.150 0.200 0.189 0.136 44 Y 0.003 0.010 0.026 0.060 0.069 0.122 0.185 0.161 0.167 0.118 0.080 45 Q 0.029 0.044 0.136 0.253 0.218 0.116 0.097 0.041 0.033 0.023 0.010 46 V 0.014 0.016 0.036 0.052 0.067 0.093 0.189 0.194 0.153 0.121 0.065 47 I 0.011 0.040 0.046 0.071 0.061 0.085 0.157 0.133 0.165 0.158 0.072 48 Y 0.004 0.008 0.022 0.038 0.049 0.102 0.191 0.178 0.171 0.149 0.088 49 D 0.185 0.102 0.281 0.221 0.109 0.043 0.029 0.013 0.008 0.007 0.002 50 D 0.035 0.065 0.083 0.202 0.201 0.163 0.146 0.052 0.031 0.017 0.006 51 L 0.002 0.003 0.005 0.006 0.006 0.011 0.047 0.083 0.213 0.262 0.362 52 A 0.005 0.012 0.039 0.092 0.120 0.236 0.246 0.101 0.079 0.048 0.021 53 K 0.029 0.075 0.492 0.231 0.101 0.037 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 54 Y 0.008 0.017 0.027 0.070 0.080 0.152 0.278 0.171 0.105 0.057 0.034 55 M 0.007 0.005 0.008 0.008 0.008 0.014 0.061 0.115 0.231 0.293 0.250 56 S 0.033 0.228 0.187 0.251 0.154 0.066 0.048 0.016 0.009 0.006 0.002 57 L 0.013 0.038 0.057 0.105 0.098 0.180 0.212 0.122 0.095 0.045 0.035 58 D 0.596 0.150 0.063 0.090 0.044 0.019 0.018 0.007 0.006 0.005 0.002 59 T 0.309 0.264 0.053 0.184 0.107 0.040 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 60 L 0.016 0.017 0.016 0.041 0.037 0.060 0.109 0.122 0.189 0.167 0.226 61 K 0.031 0.121 0.082 0.246 0.251 0.114 0.090 0.029 0.021 0.011 0.005 62 K 0.057 0.122 0.170 0.197 0.159 0.111 0.092 0.043 0.028 0.015 0.007 63 D 0.073 0.068 0.084 0.230 0.204 0.169 0.102 0.031 0.021 0.012 0.006 64 V 0.002 0.004 0.006 0.016 0.023 0.040 0.128 0.287 0.226 0.156 0.113 65 L 0.003 0.008 0.018 0.027 0.032 0.034 0.106 0.169 0.203 0.239 0.162 66 I 0.001 0.004 0.024 0.022 0.023 0.042 0.103 0.126 0.222 0.253 0.178 67 Q 0.012 0.036 0.096 0.164 0.175 0.134 0.162 0.085 0.070 0.044 0.022 68 Y 0.008 0.011 0.011 0.027 0.037 0.070 0.192 0.205 0.187 0.153 0.099 69 P 0.073 0.109 0.038 0.123 0.115 0.118 0.142 0.101 0.082 0.064 0.034 70 D 0.362 0.250 0.059 0.116 0.081 0.043 0.040 0.023 0.013 0.009 0.005 71 K 0.418 0.212 0.045 0.130 0.087 0.042 0.031 0.016 0.009 0.006 0.003 72 H 0.194 0.122 0.037 0.123 0.113 0.097 0.101 0.069 0.064 0.051 0.027 73 T 0.103 0.189 0.064 0.195 0.154 0.109 0.097 0.039 0.028 0.015 0.007 74 L 0.025 0.034 0.038 0.132 0.137 0.193 0.191 0.113 0.073 0.040 0.023 75 T 0.023 0.047 0.077 0.142 0.154 0.149 0.179 0.097 0.069 0.043 0.019 76 Y 0.004 0.024 0.033 0.067 0.081 0.078 0.163 0.205 0.151 0.125 0.070 77 L 0.001 0.002 0.010 0.013 0.013 0.030 0.082 0.127 0.208 0.269 0.245 78 K 0.038 0.075 0.202 0.298 0.240 0.058 0.043 0.019 0.012 0.012 0.004 79 A 0.100 0.328 0.116 0.217 0.121 0.059 0.038 0.010 0.006 0.003 0.002 80 G 0.119 0.035 0.016 0.067 0.068 0.096 0.156 0.129 0.135 0.094 0.085 81 T 0.236 0.212 0.076 0.167 0.123 0.063 0.062 0.027 0.018 0.011 0.004 82 K 0.054 0.119 0.087 0.330 0.181 0.103 0.072 0.027 0.017 0.007 0.004 83 L 0.004 0.005 0.008 0.012 0.013 0.027 0.066 0.086 0.224 0.277 0.278 84 I 0.014 0.050 0.034 0.159 0.159 0.215 0.197 0.078 0.050 0.027 0.016 85 S 0.032 0.124 0.141 0.267 0.129 0.104 0.072 0.037 0.039 0.033 0.022 86 V 0.005 0.004 0.006 0.010 0.019 0.033 0.091 0.237 0.188 0.191 0.216 87 P 0.138 0.352 0.071 0.232 0.131 0.031 0.021 0.010 0.007 0.006 0.002 88 A 0.004 0.003 0.004 0.011 0.009 0.019 0.039 0.054 0.165 0.271 0.419 89 E 0.167 0.320 0.067 0.271 0.133 0.023 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 90 G 0.230 0.168 0.043 0.143 0.098 0.062 0.080 0.050 0.056 0.040 0.030 91 Y 0.024 0.026 0.014 0.061 0.079 0.114 0.139 0.115 0.146 0.138 0.144 92 K 0.128 0.221 0.077 0.256 0.135 0.082 0.059 0.020 0.013 0.006 0.003 93 V 0.028 0.020 0.026 0.053 0.052 0.064 0.123 0.156 0.182 0.173 0.124 94 Y 0.046 0.048 0.031 0.108 0.114 0.133 0.166 0.107 0.110 0.083 0.054 95 P 0.035 0.056 0.038 0.092 0.082 0.100 0.160 0.125 0.137 0.104 0.071 96 I 0.029 0.031 0.032 0.064 0.073 0.081 0.143 0.143 0.146 0.140 0.117 97 M 0.030 0.019 0.021 0.050 0.052 0.083 0.149 0.145 0.166 0.150 0.134 98 D 0.119 0.175 0.081 0.189 0.147 0.077 0.071 0.049 0.040 0.034 0.020 99 F 0.061 0.072 0.035 0.111 0.113 0.131 0.161 0.114 0.096 0.064 0.043 100 G 0.118 0.064 0.042 0.143 0.125 0.114 0.124 0.078 0.084 0.066 0.042 101 F 0.021 0.035 0.035 0.109 0.129 0.157 0.202 0.128 0.097 0.059 0.030 102 R 0.024 0.081 0.072 0.176 0.166 0.137 0.148 0.089 0.057 0.033 0.016 103 V 0.001 0.002 0.006 0.008 0.008 0.016 0.058 0.111 0.204 0.280 0.305 104 L 0.019 0.039 0.067 0.155 0.153 0.129 0.171 0.097 0.077 0.056 0.037 105 K 0.088 0.203 0.193 0.237 0.136 0.060 0.042 0.017 0.012 0.008 0.004 106 G 0.247 0.085 0.046 0.145 0.123 0.116 0.120 0.054 0.035 0.018 0.011 107 Y 0.041 0.035 0.029 0.070 0.088 0.102 0.158 0.140 0.148 0.127 0.062 108 R 0.029 0.078 0.061 0.209 0.167 0.170 0.156 0.066 0.038 0.018 0.008 109 L 0.004 0.010 0.030 0.033 0.036 0.061 0.127 0.139 0.207 0.210 0.144 110 A 0.004 0.009 0.018 0.031 0.041 0.067 0.160 0.208 0.199 0.145 0.118 111 T 0.007 0.031 0.072 0.143 0.123 0.115 0.145 0.105 0.107 0.095 0.056 112 L 0.002 0.003 0.010 0.010 0.013 0.027 0.077 0.138 0.213 0.241 0.267 113 E 0.034 0.060 0.087 0.218 0.207 0.098 0.123 0.068 0.051 0.037 0.016 114 S 0.014 0.017 0.027 0.045 0.041 0.069 0.133 0.134 0.197 0.204 0.120 115 K 0.097 0.200 0.087 0.223 0.159 0.097 0.070 0.027 0.020 0.013 0.007 116 K 0.222 0.157 0.051 0.142 0.114 0.090 0.096 0.055 0.036 0.023 0.014 117 G 0.381 0.138 0.047 0.114 0.093 0.065 0.059 0.035 0.030 0.024 0.013 118 D 0.116 0.213 0.063 0.218 0.175 0.079 0.068 0.031 0.022 0.010 0.006 119 L 0.012 0.009 0.013 0.027 0.028 0.045 0.094 0.121 0.215 0.215 0.222 120 R 0.025 0.053 0.052 0.193 0.204 0.174 0.156 0.063 0.046 0.022 0.011 121 Y 0.012 0.057 0.069 0.144 0.114 0.103 0.137 0.110 0.117 0.082 0.055 122 V 0.004 0.003 0.005 0.011 0.014 0.027 0.088 0.145 0.220 0.243 0.239 123 N 0.049 0.094 0.072 0.233 0.186 0.103 0.108 0.061 0.050 0.028 0.016 124 S 0.018 0.024 0.027 0.056 0.051 0.081 0.143 0.117 0.176 0.162 0.144 125 P 0.139 0.105 0.047 0.201 0.172 0.095 0.105 0.047 0.040 0.028 0.021 126 V 0.066 0.056 0.021 0.078 0.071 0.104 0.146 0.125 0.140 0.096 0.097 127 S 0.190 0.335 0.049 0.218 0.128 0.040 0.021 0.008 0.006 0.003 0.002 128 G 0.112 0.059 0.023 0.075 0.098 0.087 0.142 0.157 0.114 0.073 0.062 129 T 0.028 0.060 0.027 0.125 0.172 0.171 0.160 0.092 0.083 0.054 0.028 130 V 0.002 0.005 0.009 0.019 0.021 0.041 0.109 0.145 0.217 0.229 0.203 131 I 0.001 0.004 0.007 0.015 0.025 0.041 0.115 0.228 0.224 0.201 0.139 132 F 0.002 0.005 0.011 0.019 0.022 0.027 0.073 0.150 0.209 0.259 0.223 133 M 0.002 0.003 0.006 0.011 0.012 0.022 0.066 0.109 0.200 0.270 0.299 134 N 0.015 0.017 0.025 0.067 0.084 0.102 0.175 0.148 0.156 0.125 0.085 135 E 0.035 0.052 0.043 0.135 0.147 0.132 0.165 0.121 0.086 0.056 0.027 136 I 0.024 0.031 0.020 0.062 0.073 0.110 0.180 0.164 0.146 0.120 0.070 137 P 0.167 0.220 0.058 0.157 0.122 0.081 0.080 0.047 0.032 0.024 0.013 138 S 0.499 0.172 0.044 0.086 0.057 0.043 0.038 0.024 0.016 0.012 0.007 139 E 0.470 0.228 0.053 0.117 0.059 0.030 0.020 0.009 0.007 0.005 0.003 140 R 0.157 0.089 0.032 0.110 0.115 0.108 0.135 0.094 0.073 0.046 0.040 141 A 0.151 0.110 0.061 0.144 0.127 0.145 0.126 0.055 0.041 0.026 0.015 142 N 0.058 0.085 0.106 0.254 0.195 0.146 0.089 0.031 0.020 0.011 0.005 143 Y 0.003 0.006 0.014 0.024 0.039 0.069 0.148 0.248 0.202 0.137 0.110 144 V 0.007 0.015 0.035 0.080 0.089 0.126 0.192 0.135 0.138 0.129 0.054 145 F 0.001 0.003 0.016 0.017 0.021 0.041 0.100 0.170 0.231 0.224 0.175 146 Y 0.003 0.015 0.045 0.068 0.085 0.122 0.188 0.178 0.141 0.108 0.046 147 M 0.001 0.002 0.008 0.006 0.005 0.011 0.044 0.094 0.176 0.354 0.299 148 L 0.004 0.007 0.015 0.031 0.040 0.073 0.161 0.216 0.179 0.151 0.124 149 E 0.113 0.252 0.181 0.178 0.108 0.050 0.039 0.030 0.021 0.020 0.008 150 E 0.214 0.090 0.054 0.139 0.148 0.114 0.123 0.059 0.031 0.020 0.009