# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.015 0.003 0.035 0.071 0.108 0.072 0.001 0.001 0.004 0.628 2 K 0.028 0.004 0.001 0.028 0.030 0.068 0.056 0.001 0.001 0.003 0.780 3 I 0.040 0.002 0.002 0.047 0.060 0.077 0.088 0.001 0.001 0.001 0.681 4 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.982 5 K 0.008 0.001 0.001 0.094 0.149 0.245 0.056 0.001 0.001 0.001 0.445 6 I 0.020 0.005 0.001 0.149 0.168 0.131 0.044 0.001 0.001 0.002 0.481 7 Y 0.031 0.003 0.001 0.188 0.241 0.438 0.010 0.001 0.001 0.003 0.086 8 V 0.010 0.010 0.001 0.142 0.271 0.218 0.075 0.001 0.001 0.003 0.271 9 E 0.018 0.008 0.001 0.103 0.164 0.358 0.050 0.001 0.001 0.002 0.296 10 G 0.023 0.011 0.001 0.053 0.159 0.188 0.112 0.002 0.001 0.010 0.442 11 E 0.096 0.007 0.006 0.033 0.106 0.126 0.121 0.002 0.001 0.003 0.501 12 L 0.065 0.005 0.002 0.027 0.196 0.281 0.060 0.001 0.001 0.003 0.361 13 N 0.027 0.007 0.001 0.023 0.170 0.269 0.138 0.001 0.001 0.003 0.361 14 D 0.024 0.004 0.001 0.011 0.039 0.077 0.071 0.001 0.001 0.004 0.769 15 G 0.060 0.006 0.002 0.016 0.072 0.110 0.159 0.002 0.001 0.017 0.557 16 D 0.318 0.003 0.006 0.014 0.063 0.080 0.164 0.001 0.001 0.015 0.337 17 R 0.119 0.002 0.007 0.021 0.117 0.123 0.134 0.001 0.001 0.005 0.472 18 V 0.017 0.001 0.002 0.018 0.328 0.541 0.023 0.001 0.001 0.001 0.070 19 A 0.003 0.001 0.001 0.024 0.321 0.612 0.009 0.001 0.001 0.001 0.031 20 I 0.002 0.001 0.001 0.015 0.340 0.607 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 21 E 0.001 0.001 0.001 0.012 0.441 0.529 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 22 K 0.001 0.001 0.001 0.009 0.434 0.483 0.018 0.001 0.001 0.001 0.054 23 D 0.002 0.001 0.001 0.010 0.182 0.467 0.038 0.001 0.001 0.001 0.299 24 G 0.024 0.001 0.001 0.014 0.067 0.151 0.162 0.001 0.001 0.015 0.565 25 N 0.185 0.002 0.002 0.013 0.049 0.063 0.243 0.001 0.001 0.016 0.426 26 A 0.105 0.005 0.002 0.020 0.166 0.216 0.095 0.001 0.001 0.009 0.382 27 I 0.037 0.005 0.003 0.028 0.291 0.470 0.038 0.001 0.001 0.003 0.126 28 I 0.009 0.002 0.001 0.023 0.402 0.486 0.018 0.001 0.001 0.001 0.058 29 F 0.004 0.003 0.001 0.019 0.333 0.549 0.009 0.001 0.001 0.001 0.081 30 L 0.002 0.004 0.001 0.020 0.335 0.603 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 31 E 0.004 0.009 0.001 0.021 0.313 0.452 0.051 0.001 0.001 0.001 0.146 32 K 0.006 0.006 0.001 0.011 0.061 0.150 0.070 0.001 0.001 0.003 0.693 33 D 0.036 0.010 0.002 0.014 0.043 0.156 0.145 0.001 0.001 0.009 0.584 34 E 0.172 0.013 0.003 0.010 0.017 0.029 0.164 0.001 0.001 0.018 0.573 35 E 0.101 0.023 0.005 0.008 0.015 0.021 0.165 0.003 0.001 0.007 0.652 36 Y 0.258 0.092 0.010 0.025 0.050 0.094 0.078 0.005 0.001 0.004 0.384 37 S 0.050 0.067 0.003 0.020 0.047 0.064 0.060 0.004 0.001 0.005 0.680 38 G 0.041 0.016 0.002 0.008 0.013 0.023 0.076 0.006 0.001 0.006 0.811 39 N 0.212 0.013 0.006 0.009 0.008 0.016 0.170 0.003 0.001 0.004 0.560 40 G 0.141 0.018 0.005 0.017 0.018 0.025 0.157 0.002 0.001 0.020 0.596 41 K 0.086 0.016 0.019 0.024 0.027 0.034 0.262 0.001 0.001 0.006 0.526 42 L 0.055 0.023 0.003 0.039 0.047 0.073 0.179 0.001 0.001 0.003 0.576 43 L 0.046 0.078 0.003 0.066 0.122 0.264 0.110 0.001 0.001 0.005 0.304 44 Y 0.034 0.147 0.002 0.053 0.099 0.242 0.099 0.001 0.001 0.003 0.320 45 Q 0.055 0.241 0.002 0.049 0.074 0.111 0.061 0.002 0.001 0.003 0.402 46 V 0.025 0.287 0.004 0.028 0.056 0.054 0.079 0.002 0.001 0.003 0.461 47 I 0.025 0.477 0.010 0.025 0.030 0.072 0.074 0.003 0.001 0.002 0.281 48 Y 0.034 0.672 0.005 0.042 0.015 0.050 0.013 0.002 0.001 0.001 0.164 49 D 0.012 0.727 0.002 0.005 0.007 0.008 0.025 0.002 0.001 0.001 0.211 50 D 0.062 0.669 0.003 0.004 0.002 0.003 0.071 0.004 0.001 0.002 0.182 51 L 0.057 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.045 52 A 0.018 0.932 0.008 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.031 53 K 0.028 0.909 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.040 54 Y 0.122 0.795 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.033 55 M 0.070 0.837 0.017 0.004 0.007 0.004 0.004 0.021 0.001 0.001 0.035 56 S 0.052 0.498 0.037 0.010 0.015 0.013 0.032 0.047 0.001 0.001 0.293 57 L 0.142 0.338 0.021 0.029 0.019 0.043 0.023 0.025 0.001 0.002 0.358 58 D 0.101 0.162 0.012 0.020 0.015 0.023 0.210 0.015 0.001 0.005 0.437 59 T 0.252 0.052 0.019 0.025 0.010 0.013 0.153 0.011 0.001 0.017 0.447 60 L 0.200 0.121 0.066 0.080 0.035 0.041 0.151 0.009 0.001 0.008 0.289 61 K 0.151 0.042 0.016 0.122 0.093 0.102 0.139 0.006 0.001 0.011 0.317 62 K 0.039 0.009 0.004 0.072 0.056 0.077 0.047 0.006 0.001 0.003 0.688 63 D 0.037 0.003 0.004 0.170 0.088 0.146 0.067 0.004 0.001 0.003 0.479 64 V 0.042 0.001 0.003 0.460 0.145 0.140 0.048 0.001 0.001 0.002 0.160 65 L 0.003 0.001 0.001 0.658 0.102 0.119 0.023 0.001 0.001 0.001 0.093 66 I 0.001 0.001 0.001 0.794 0.052 0.136 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 67 Q 0.002 0.001 0.001 0.786 0.046 0.095 0.009 0.001 0.001 0.002 0.059 68 Y 0.002 0.001 0.001 0.508 0.096 0.125 0.055 0.001 0.001 0.002 0.210 69 P 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.014 0.057 0.001 0.001 0.001 0.894 70 D 0.004 0.001 0.001 0.033 0.017 0.036 0.216 0.001 0.001 0.003 0.691 71 K 0.151 0.001 0.001 0.019 0.012 0.025 0.103 0.001 0.001 0.016 0.673 72 H 0.080 0.004 0.001 0.015 0.021 0.023 0.236 0.001 0.001 0.014 0.606 73 T 0.203 0.006 0.002 0.020 0.058 0.086 0.225 0.001 0.001 0.008 0.394 74 L 0.116 0.016 0.006 0.035 0.094 0.153 0.075 0.001 0.001 0.005 0.499 75 T 0.013 0.007 0.001 0.050 0.423 0.408 0.039 0.001 0.001 0.002 0.056 76 Y 0.011 0.015 0.001 0.037 0.253 0.406 0.038 0.001 0.001 0.001 0.236 77 L 0.012 0.013 0.001 0.071 0.269 0.601 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 78 K 0.005 0.029 0.001 0.038 0.377 0.267 0.099 0.001 0.001 0.001 0.182 79 A 0.007 0.022 0.001 0.036 0.166 0.265 0.050 0.002 0.001 0.003 0.448 80 G 0.065 0.015 0.003 0.050 0.115 0.314 0.100 0.003 0.001 0.028 0.306 81 T 0.459 0.007 0.027 0.024 0.052 0.059 0.099 0.001 0.001 0.010 0.261 82 K 0.042 0.006 0.002 0.044 0.211 0.191 0.087 0.001 0.001 0.006 0.409 83 L 0.033 0.009 0.008 0.052 0.147 0.261 0.067 0.001 0.001 0.003 0.419 84 I 0.018 0.004 0.001 0.119 0.371 0.426 0.017 0.001 0.001 0.002 0.043 85 S 0.005 0.002 0.001 0.015 0.050 0.146 0.048 0.001 0.001 0.001 0.732 86 V 0.019 0.002 0.001 0.101 0.347 0.495 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.981 88 A 0.002 0.001 0.001 0.039 0.277 0.573 0.008 0.001 0.001 0.001 0.100 89 E 0.009 0.005 0.001 0.051 0.151 0.202 0.079 0.001 0.001 0.005 0.498 90 G 0.150 0.003 0.001 0.067 0.096 0.139 0.060 0.001 0.001 0.019 0.465 91 Y 0.175 0.009 0.004 0.066 0.109 0.132 0.104 0.001 0.001 0.005 0.396 92 K 0.031 0.001 0.001 0.114 0.279 0.281 0.048 0.001 0.001 0.003 0.243 93 V 0.002 0.001 0.001 0.014 0.016 0.039 0.036 0.001 0.001 0.001 0.892 94 Y 0.028 0.001 0.001 0.297 0.236 0.362 0.019 0.001 0.001 0.002 0.056 95 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 96 I 0.003 0.001 0.001 0.264 0.168 0.460 0.013 0.001 0.001 0.002 0.089 97 M 0.050 0.007 0.001 0.263 0.131 0.199 0.056 0.001 0.001 0.007 0.285 98 D 0.023 0.010 0.001 0.083 0.135 0.133 0.131 0.001 0.001 0.009 0.475 99 F 0.031 0.014 0.001 0.041 0.053 0.095 0.171 0.001 0.001 0.008 0.586 100 G 0.120 0.016 0.003 0.045 0.039 0.084 0.286 0.001 0.001 0.020 0.387 101 F 0.193 0.027 0.011 0.038 0.078 0.078 0.194 0.002 0.001 0.017 0.363 102 R 0.035 0.041 0.006 0.051 0.141 0.169 0.090 0.002 0.001 0.004 0.461 103 V 0.022 0.041 0.003 0.072 0.190 0.289 0.045 0.001 0.001 0.002 0.334 104 L 0.019 0.084 0.001 0.054 0.296 0.292 0.080 0.001 0.001 0.003 0.169 105 K 0.046 0.084 0.001 0.027 0.085 0.135 0.093 0.005 0.001 0.004 0.520 106 G 0.203 0.078 0.006 0.042 0.073 0.160 0.047 0.012 0.001 0.022 0.358 107 Y 0.387 0.026 0.071 0.036 0.096 0.089 0.092 0.002 0.001 0.009 0.192 108 R 0.024 0.013 0.007 0.023 0.110 0.107 0.117 0.002 0.001 0.003 0.594 109 L 0.030 0.015 0.004 0.032 0.199 0.544 0.034 0.001 0.001 0.003 0.139 110 A 0.023 0.022 0.001 0.052 0.336 0.457 0.030 0.001 0.001 0.003 0.076 111 T 0.014 0.028 0.001 0.037 0.315 0.454 0.039 0.001 0.001 0.001 0.110 112 L 0.007 0.027 0.001 0.021 0.417 0.476 0.007 0.001 0.001 0.001 0.043 113 E 0.005 0.042 0.001 0.019 0.416 0.411 0.024 0.002 0.001 0.001 0.079 114 S 0.010 0.014 0.001 0.010 0.398 0.512 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 115 K 0.031 0.012 0.002 0.025 0.122 0.330 0.096 0.005 0.001 0.008 0.370 116 K 0.052 0.007 0.007 0.017 0.015 0.018 0.475 0.002 0.001 0.008 0.400 117 G 0.152 0.010 0.005 0.028 0.113 0.121 0.038 0.003 0.001 0.309 0.222 118 D 0.228 0.004 0.054 0.060 0.075 0.064 0.257 0.001 0.001 0.009 0.248 119 L 0.010 0.001 0.003 0.016 0.037 0.052 0.124 0.001 0.001 0.001 0.756 120 R 0.008 0.001 0.001 0.043 0.318 0.618 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 121 Y 0.002 0.001 0.001 0.039 0.040 0.063 0.059 0.001 0.001 0.001 0.795 122 V 0.010 0.001 0.001 0.229 0.241 0.493 0.003 0.001 0.001 0.002 0.020 123 N 0.005 0.004 0.001 0.058 0.108 0.172 0.128 0.001 0.001 0.002 0.523 124 S 0.009 0.002 0.001 0.083 0.325 0.394 0.033 0.001 0.001 0.002 0.150 125 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.965 126 V 0.029 0.002 0.001 0.070 0.146 0.254 0.191 0.001 0.001 0.010 0.295 127 S 0.053 0.003 0.001 0.024 0.045 0.061 0.093 0.001 0.001 0.015 0.705 128 G 0.140 0.004 0.003 0.053 0.124 0.168 0.059 0.001 0.001 0.019 0.429 129 T 0.188 0.002 0.004 0.137 0.183 0.174 0.118 0.001 0.001 0.004 0.189 130 V 0.010 0.001 0.001 0.153 0.285 0.293 0.043 0.001 0.001 0.001 0.213 131 I 0.002 0.001 0.001 0.218 0.272 0.477 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 132 F 0.001 0.001 0.001 0.404 0.210 0.320 0.009 0.001 0.001 0.001 0.054 133 M 0.002 0.001 0.001 0.397 0.227 0.335 0.006 0.001 0.001 0.002 0.029 134 N 0.002 0.004 0.001 0.189 0.238 0.329 0.046 0.001 0.001 0.002 0.191 135 E 0.006 0.003 0.001 0.097 0.074 0.227 0.109 0.001 0.001 0.005 0.477 136 I 0.041 0.002 0.002 0.059 0.035 0.074 0.263 0.001 0.001 0.008 0.515 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.990 138 S 0.009 0.001 0.001 0.004 0.010 0.027 0.068 0.001 0.001 0.001 0.879 139 E 0.222 0.010 0.001 0.009 0.016 0.024 0.083 0.001 0.001 0.009 0.626 140 R 0.304 0.011 0.002 0.010 0.020 0.026 0.072 0.001 0.001 0.004 0.550 141 A 0.036 0.003 0.001 0.006 0.011 0.015 0.038 0.001 0.001 0.001 0.888 142 N 0.072 0.011 0.001 0.071 0.155 0.204 0.114 0.001 0.001 0.008 0.363 143 Y 0.175 0.011 0.005 0.105 0.130 0.132 0.081 0.001 0.001 0.007 0.354 144 V 0.022 0.004 0.001 0.291 0.300 0.295 0.033 0.001 0.001 0.002 0.052 145 F 0.005 0.003 0.001 0.353 0.223 0.298 0.019 0.001 0.001 0.001 0.097 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.475 0.205 0.302 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 147 M 0.002 0.004 0.001 0.422 0.155 0.277 0.020 0.001 0.001 0.002 0.118 148 L 0.002 0.005 0.001 0.426 0.160 0.331 0.017 0.001 0.001 0.003 0.056 149 E 0.003 0.004 0.001 0.090 0.055 0.137 0.104 0.001 0.001 0.003 0.602 150 E 0.006 0.002 0.001 0.026 0.015 0.036 0.128 0.001 0.001 0.003 0.783