# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.013 0.044 0.075 0.099 0.083 0.019 0.603 2 K 0.082 0.007 0.050 0.075 0.102 0.077 0.031 0.575 3 I 0.043 0.001 0.064 0.065 0.076 0.061 0.005 0.684 4 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.990 5 K 0.007 0.001 0.173 0.180 0.378 0.047 0.001 0.213 6 I 0.016 0.001 0.364 0.186 0.213 0.016 0.001 0.203 7 Y 0.003 0.001 0.450 0.232 0.249 0.009 0.001 0.056 8 V 0.003 0.001 0.261 0.244 0.330 0.024 0.001 0.136 9 E 0.002 0.001 0.209 0.143 0.485 0.030 0.001 0.130 10 G 0.004 0.001 0.051 0.252 0.326 0.075 0.003 0.286 11 E 0.044 0.001 0.030 0.081 0.138 0.113 0.007 0.587 12 L 0.044 0.003 0.039 0.198 0.263 0.118 0.004 0.331 13 N 0.026 0.005 0.016 0.187 0.316 0.128 0.008 0.314 14 D 0.021 0.004 0.013 0.056 0.095 0.071 0.011 0.729 15 G 0.047 0.006 0.014 0.062 0.053 0.186 0.055 0.577 16 D 0.462 0.002 0.019 0.068 0.035 0.146 0.082 0.185 17 R 0.106 0.001 0.087 0.094 0.195 0.302 0.006 0.210 18 V 0.005 0.001 0.034 0.390 0.515 0.027 0.001 0.029 19 A 0.001 0.001 0.037 0.402 0.531 0.005 0.001 0.023 20 I 0.001 0.001 0.045 0.346 0.556 0.005 0.001 0.048 21 E 0.001 0.001 0.073 0.372 0.520 0.007 0.001 0.027 22 K 0.001 0.001 0.023 0.277 0.575 0.030 0.001 0.094 23 D 0.003 0.001 0.024 0.079 0.289 0.080 0.004 0.521 24 G 0.026 0.001 0.016 0.043 0.065 0.170 0.021 0.657 25 N 0.254 0.001 0.010 0.026 0.032 0.404 0.022 0.250 26 A 0.131 0.002 0.036 0.139 0.157 0.240 0.011 0.285 27 I 0.035 0.002 0.032 0.276 0.525 0.060 0.001 0.070 28 I 0.004 0.001 0.034 0.393 0.478 0.012 0.001 0.078 29 F 0.002 0.001 0.024 0.340 0.543 0.009 0.001 0.080 30 L 0.003 0.002 0.034 0.318 0.584 0.010 0.001 0.049 31 E 0.005 0.004 0.021 0.260 0.540 0.043 0.002 0.124 32 K 0.015 0.006 0.022 0.075 0.268 0.084 0.006 0.523 33 D 0.034 0.011 0.010 0.038 0.080 0.123 0.010 0.695 34 E 0.153 0.010 0.011 0.035 0.039 0.153 0.021 0.579 35 E 0.071 0.016 0.013 0.040 0.045 0.163 0.014 0.637 36 Y 0.150 0.038 0.042 0.085 0.142 0.084 0.011 0.448 37 S 0.012 0.026 0.020 0.057 0.082 0.062 0.004 0.736 38 G 0.022 0.019 0.013 0.026 0.062 0.071 0.011 0.775 39 N 0.128 0.018 0.016 0.018 0.020 0.133 0.024 0.643 40 G 0.221 0.015 0.029 0.033 0.019 0.098 0.058 0.526 41 K 0.237 0.008 0.077 0.040 0.051 0.237 0.013 0.335 42 L 0.030 0.008 0.093 0.067 0.113 0.160 0.004 0.524 43 L 0.027 0.026 0.095 0.168 0.344 0.131 0.002 0.207 44 Y 0.016 0.042 0.125 0.171 0.319 0.086 0.004 0.238 45 Q 0.020 0.103 0.080 0.108 0.215 0.078 0.004 0.393 46 V 0.028 0.128 0.074 0.120 0.149 0.087 0.008 0.405 47 I 0.031 0.331 0.033 0.080 0.117 0.094 0.009 0.305 48 Y 0.022 0.442 0.057 0.034 0.133 0.030 0.007 0.274 49 D 0.019 0.431 0.014 0.013 0.039 0.057 0.008 0.418 50 D 0.070 0.393 0.005 0.004 0.008 0.088 0.019 0.414 51 L 0.071 0.777 0.003 0.002 0.003 0.016 0.009 0.119 52 A 0.012 0.929 0.005 0.002 0.003 0.006 0.004 0.040 53 K 0.044 0.846 0.004 0.003 0.003 0.008 0.016 0.075 54 Y 0.186 0.662 0.022 0.005 0.006 0.008 0.027 0.085 55 M 0.065 0.810 0.022 0.010 0.010 0.010 0.012 0.059 56 S 0.053 0.539 0.063 0.023 0.027 0.044 0.033 0.218 57 L 0.089 0.331 0.063 0.020 0.036 0.036 0.022 0.402 58 D 0.086 0.212 0.033 0.017 0.021 0.170 0.025 0.435 59 T 0.166 0.103 0.020 0.012 0.011 0.153 0.028 0.507 60 L 0.173 0.297 0.054 0.029 0.035 0.152 0.023 0.236 61 K 0.130 0.190 0.080 0.078 0.116 0.130 0.026 0.250 62 K 0.029 0.077 0.073 0.060 0.073 0.061 0.013 0.613 63 D 0.065 0.036 0.142 0.122 0.129 0.096 0.025 0.386 64 V 0.068 0.019 0.477 0.142 0.134 0.040 0.016 0.104 65 L 0.008 0.006 0.642 0.130 0.143 0.016 0.005 0.051 66 I 0.002 0.002 0.664 0.149 0.141 0.007 0.002 0.033 67 Q 0.003 0.003 0.506 0.107 0.181 0.016 0.004 0.181 68 Y 0.003 0.001 0.506 0.123 0.155 0.042 0.002 0.168 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 D 0.002 0.001 0.025 0.038 0.149 0.165 0.002 0.617 71 K 0.093 0.001 0.010 0.009 0.015 0.090 0.010 0.772 72 H 0.138 0.003 0.014 0.027 0.025 0.323 0.016 0.455 73 T 0.229 0.005 0.031 0.048 0.057 0.267 0.014 0.350 74 L 0.074 0.013 0.086 0.119 0.176 0.121 0.004 0.408 75 T 0.014 0.005 0.068 0.387 0.424 0.033 0.002 0.067 76 Y 0.010 0.007 0.057 0.266 0.392 0.020 0.002 0.245 77 L 0.006 0.005 0.090 0.285 0.532 0.011 0.002 0.068 78 K 0.006 0.012 0.041 0.271 0.440 0.079 0.003 0.148 79 A 0.006 0.011 0.024 0.073 0.162 0.048 0.006 0.670 80 G 0.079 0.018 0.041 0.081 0.111 0.102 0.076 0.491 81 T 0.718 0.001 0.017 0.025 0.018 0.071 0.034 0.116 82 K 0.024 0.003 0.185 0.107 0.076 0.087 0.010 0.508 83 L 0.030 0.004 0.060 0.163 0.495 0.086 0.003 0.159 84 I 0.011 0.002 0.223 0.391 0.324 0.014 0.003 0.032 85 S 0.004 0.002 0.062 0.079 0.175 0.014 0.003 0.662 86 V 0.003 0.001 0.389 0.330 0.241 0.007 0.001 0.028 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 A 0.001 0.001 0.085 0.088 0.577 0.038 0.001 0.210 89 E 0.055 0.001 0.123 0.169 0.137 0.100 0.004 0.411 90 G 0.046 0.001 0.051 0.068 0.091 0.049 0.007 0.688 91 Y 0.071 0.001 0.298 0.120 0.138 0.055 0.003 0.315 92 K 0.009 0.001 0.261 0.239 0.197 0.044 0.003 0.245 93 V 0.004 0.001 0.084 0.053 0.143 0.023 0.002 0.692 94 Y 0.003 0.001 0.411 0.230 0.214 0.019 0.001 0.121 95 P 0.001 0.001 0.009 0.011 0.013 0.005 0.001 0.961 96 I 0.003 0.001 0.249 0.099 0.330 0.041 0.002 0.275 97 M 0.029 0.005 0.183 0.151 0.190 0.080 0.004 0.359 98 D 0.034 0.009 0.074 0.142 0.210 0.122 0.010 0.398 99 F 0.096 0.009 0.071 0.051 0.133 0.162 0.010 0.468 100 G 0.092 0.030 0.058 0.099 0.106 0.161 0.023 0.432 101 F 0.198 0.016 0.053 0.140 0.142 0.118 0.025 0.309 102 R 0.035 0.024 0.044 0.128 0.155 0.071 0.006 0.537 103 V 0.031 0.028 0.050 0.163 0.402 0.066 0.005 0.256 104 L 0.025 0.074 0.050 0.276 0.294 0.086 0.006 0.189 105 K 0.027 0.071 0.031 0.117 0.180 0.071 0.015 0.487 106 G 0.090 0.081 0.047 0.089 0.126 0.079 0.049 0.438 107 Y 0.286 0.028 0.029 0.059 0.061 0.155 0.035 0.347 108 R 0.032 0.019 0.034 0.070 0.071 0.131 0.014 0.630 109 L 0.072 0.031 0.035 0.151 0.421 0.125 0.008 0.157 110 A 0.051 0.024 0.041 0.342 0.443 0.053 0.004 0.042 111 T 0.021 0.027 0.019 0.279 0.402 0.042 0.003 0.207 112 L 0.013 0.018 0.034 0.383 0.492 0.018 0.003 0.039 113 E 0.025 0.032 0.016 0.422 0.388 0.035 0.004 0.078 114 S 0.012 0.020 0.025 0.318 0.509 0.016 0.009 0.090 115 K 0.038 0.014 0.030 0.128 0.256 0.101 0.023 0.411 116 K 0.049 0.006 0.011 0.027 0.042 0.391 0.035 0.439 117 G 0.084 0.030 0.038 0.140 0.047 0.116 0.094 0.449 118 D 0.393 0.002 0.034 0.037 0.111 0.313 0.012 0.097 119 L 0.013 0.001 0.038 0.142 0.147 0.053 0.002 0.605 120 R 0.004 0.001 0.047 0.442 0.488 0.008 0.001 0.010 121 Y 0.001 0.001 0.011 0.079 0.112 0.008 0.001 0.789 122 V 0.001 0.001 0.082 0.254 0.635 0.007 0.001 0.021 123 N 0.004 0.002 0.028 0.224 0.395 0.048 0.002 0.297 124 S 0.019 0.002 0.081 0.199 0.390 0.043 0.006 0.259 125 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.986 126 V 0.019 0.001 0.046 0.129 0.262 0.221 0.007 0.315 127 S 0.015 0.001 0.031 0.059 0.055 0.075 0.006 0.758 128 G 0.053 0.003 0.076 0.169 0.190 0.100 0.020 0.389 129 T 0.222 0.001 0.201 0.116 0.160 0.131 0.005 0.165 130 V 0.004 0.001 0.380 0.307 0.214 0.018 0.001 0.075 131 I 0.001 0.001 0.412 0.231 0.303 0.006 0.001 0.047 132 F 0.001 0.001 0.698 0.137 0.149 0.002 0.001 0.014 133 M 0.001 0.001 0.474 0.146 0.284 0.014 0.001 0.081 134 N 0.001 0.001 0.518 0.144 0.269 0.016 0.001 0.050 135 E 0.008 0.001 0.203 0.057 0.180 0.092 0.005 0.454 136 I 0.033 0.001 0.088 0.063 0.160 0.268 0.004 0.384 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 S 0.006 0.001 0.005 0.018 0.052 0.165 0.003 0.750 139 E 0.288 0.004 0.004 0.006 0.009 0.154 0.018 0.516 140 R 0.410 0.033 0.010 0.016 0.027 0.158 0.012 0.335 141 A 0.030 0.019 0.012 0.017 0.017 0.054 0.006 0.844 142 N 0.059 0.034 0.037 0.044 0.041 0.145 0.027 0.614 143 Y 0.422 0.014 0.069 0.055 0.089 0.158 0.023 0.170 144 V 0.077 0.008 0.150 0.283 0.355 0.062 0.005 0.059 145 F 0.005 0.004 0.167 0.283 0.380 0.016 0.001 0.144 146 Y 0.002 0.002 0.278 0.339 0.343 0.006 0.001 0.030 147 M 0.003 0.006 0.166 0.300 0.356 0.018 0.002 0.149 148 L 0.003 0.004 0.240 0.176 0.503 0.012 0.001 0.060 149 E 0.004 0.006 0.060 0.072 0.240 0.096 0.003 0.519 150 E 0.038 0.012 0.030 0.025 0.083 0.162 0.012 0.637