# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.294 0.295 0.094 0.074 0.026 0.078 0.013 0.032 0.007 0.001 2 K 0.067 0.326 0.435 0.062 0.030 0.039 0.012 0.001 0.022 0.001 0.004 3 I 0.004 0.226 0.625 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.116 0.001 0.001 4 P 0.056 0.005 0.874 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 5 K 0.014 0.743 0.099 0.025 0.090 0.008 0.004 0.003 0.013 0.001 0.001 6 I 0.002 0.905 0.061 0.001 0.023 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 Y 0.003 0.790 0.147 0.002 0.026 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 8 V 0.007 0.820 0.103 0.003 0.032 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 9 E 0.057 0.359 0.371 0.041 0.052 0.053 0.005 0.001 0.060 0.001 0.001 10 G 0.066 0.070 0.101 0.025 0.338 0.021 0.061 0.180 0.013 0.126 0.001 11 E 0.099 0.373 0.292 0.065 0.077 0.050 0.014 0.002 0.024 0.003 0.001 12 L 0.160 0.318 0.369 0.063 0.025 0.031 0.006 0.001 0.023 0.002 0.001 13 N 0.213 0.163 0.220 0.142 0.083 0.047 0.058 0.017 0.039 0.016 0.001 14 D 0.133 0.055 0.184 0.396 0.042 0.022 0.121 0.019 0.013 0.013 0.001 15 G 0.024 0.009 0.027 0.020 0.055 0.003 0.089 0.548 0.003 0.221 0.001 16 D 0.079 0.154 0.365 0.205 0.061 0.023 0.071 0.015 0.014 0.010 0.003 17 R 0.018 0.508 0.306 0.055 0.055 0.015 0.020 0.004 0.017 0.002 0.002 18 V 0.004 0.783 0.158 0.004 0.036 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 A 0.002 0.774 0.172 0.002 0.028 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 I 0.001 0.889 0.078 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 E 0.004 0.827 0.111 0.001 0.032 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 22 K 0.026 0.665 0.147 0.010 0.089 0.030 0.003 0.001 0.028 0.002 0.001 23 D 0.054 0.103 0.295 0.201 0.060 0.068 0.148 0.014 0.043 0.011 0.004 24 G 0.028 0.008 0.017 0.019 0.048 0.003 0.097 0.627 0.002 0.150 0.001 25 N 0.058 0.198 0.243 0.275 0.072 0.026 0.087 0.011 0.024 0.004 0.002 26 A 0.022 0.606 0.235 0.035 0.059 0.016 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 27 I 0.013 0.762 0.169 0.005 0.028 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 28 I 0.009 0.805 0.121 0.004 0.033 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 29 F 0.015 0.676 0.170 0.008 0.051 0.046 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 30 L 0.028 0.593 0.258 0.014 0.034 0.041 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 31 E 0.086 0.329 0.377 0.030 0.085 0.041 0.007 0.002 0.036 0.006 0.001 32 K 0.311 0.156 0.255 0.111 0.078 0.031 0.022 0.007 0.017 0.009 0.002 33 D 0.195 0.089 0.159 0.237 0.077 0.045 0.115 0.037 0.030 0.014 0.001 34 E 0.395 0.171 0.215 0.111 0.039 0.024 0.021 0.007 0.012 0.004 0.001 35 E 0.353 0.204 0.243 0.103 0.029 0.030 0.013 0.003 0.020 0.002 0.001 36 Y 0.143 0.412 0.256 0.076 0.034 0.035 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 37 S 0.214 0.096 0.397 0.178 0.032 0.025 0.034 0.003 0.015 0.005 0.001 38 G 0.094 0.018 0.042 0.039 0.088 0.008 0.071 0.414 0.004 0.221 0.001 39 N 0.095 0.080 0.236 0.388 0.032 0.027 0.111 0.006 0.020 0.005 0.002 40 G 0.059 0.049 0.131 0.022 0.110 0.014 0.139 0.327 0.011 0.136 0.001 41 K 0.118 0.297 0.473 0.026 0.037 0.027 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 42 L 0.108 0.438 0.344 0.026 0.022 0.042 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 43 L 0.288 0.290 0.293 0.043 0.023 0.045 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 44 Y 0.333 0.361 0.112 0.058 0.090 0.024 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 45 Q 0.350 0.393 0.114 0.026 0.075 0.019 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 46 V 0.382 0.373 0.172 0.010 0.022 0.032 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 47 I 0.610 0.116 0.093 0.014 0.011 0.139 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 48 Y 0.941 0.012 0.014 0.013 0.003 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 49 D 0.980 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.961 0.001 0.003 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.986 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.959 0.001 0.002 0.033 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.827 0.007 0.011 0.143 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 55 M 0.673 0.050 0.127 0.119 0.002 0.012 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 56 S 0.551 0.060 0.142 0.112 0.017 0.054 0.043 0.002 0.017 0.001 0.001 57 L 0.703 0.057 0.084 0.109 0.013 0.018 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 58 D 0.508 0.036 0.081 0.201 0.015 0.048 0.081 0.010 0.019 0.001 0.001 59 T 0.452 0.113 0.121 0.175 0.034 0.031 0.044 0.009 0.016 0.002 0.001 60 L 0.331 0.213 0.240 0.133 0.019 0.035 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 61 K 0.129 0.305 0.344 0.116 0.047 0.029 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 62 K 0.076 0.539 0.198 0.050 0.112 0.007 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 63 D 0.039 0.371 0.329 0.071 0.069 0.044 0.025 0.004 0.043 0.001 0.002 64 V 0.004 0.880 0.064 0.004 0.038 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 65 L 0.007 0.680 0.267 0.003 0.011 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 66 I 0.003 0.694 0.254 0.002 0.013 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 67 Q 0.011 0.495 0.343 0.008 0.025 0.072 0.002 0.001 0.042 0.001 0.002 68 Y 0.002 0.208 0.537 0.001 0.029 0.023 0.001 0.001 0.196 0.001 0.001 69 P 0.290 0.006 0.570 0.014 0.002 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.089 70 D 0.052 0.072 0.111 0.428 0.044 0.045 0.152 0.045 0.042 0.008 0.001 71 K 0.232 0.111 0.225 0.275 0.036 0.025 0.055 0.016 0.014 0.006 0.005 72 H 0.125 0.195 0.211 0.262 0.071 0.026 0.070 0.017 0.015 0.008 0.001 73 T 0.039 0.584 0.190 0.082 0.071 0.015 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 74 L 0.032 0.604 0.259 0.019 0.050 0.017 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 75 T 0.020 0.786 0.099 0.007 0.064 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 76 Y 0.017 0.722 0.148 0.008 0.045 0.038 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 77 L 0.027 0.537 0.345 0.008 0.016 0.034 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 78 K 0.102 0.440 0.311 0.017 0.046 0.040 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 79 A 0.185 0.123 0.388 0.183 0.048 0.024 0.026 0.001 0.015 0.003 0.004 80 G 0.004 0.001 0.005 0.002 0.028 0.001 0.044 0.706 0.001 0.208 0.001 81 T 0.106 0.187 0.477 0.100 0.070 0.019 0.017 0.003 0.015 0.004 0.002 82 K 0.068 0.393 0.311 0.072 0.053 0.039 0.037 0.006 0.017 0.002 0.003 83 L 0.024 0.555 0.332 0.026 0.025 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 84 I 0.012 0.830 0.095 0.009 0.039 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 85 S 0.014 0.445 0.300 0.026 0.041 0.106 0.007 0.001 0.057 0.001 0.003 86 V 0.001 0.776 0.103 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 87 P 0.015 0.004 0.939 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 88 A 0.095 0.494 0.249 0.041 0.072 0.024 0.003 0.003 0.016 0.002 0.001 89 E 0.082 0.409 0.239 0.111 0.116 0.016 0.009 0.001 0.013 0.002 0.001 90 G 0.017 0.023 0.069 0.015 0.161 0.013 0.107 0.384 0.007 0.204 0.001 91 Y 0.040 0.516 0.275 0.039 0.083 0.018 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 92 K 0.037 0.408 0.421 0.025 0.031 0.047 0.006 0.001 0.021 0.001 0.003 93 V 0.052 0.479 0.333 0.042 0.029 0.040 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 94 Y 0.011 0.523 0.239 0.003 0.098 0.013 0.002 0.001 0.111 0.001 0.001 95 P 0.103 0.016 0.797 0.009 0.004 0.040 0.002 0.001 0.005 0.001 0.023 96 I 0.132 0.551 0.191 0.036 0.041 0.028 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 97 M 0.162 0.426 0.271 0.028 0.062 0.023 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 98 D 0.242 0.166 0.274 0.139 0.045 0.067 0.025 0.003 0.034 0.003 0.001 99 F 0.208 0.124 0.170 0.374 0.045 0.019 0.041 0.003 0.012 0.003 0.001 100 G 0.043 0.005 0.023 0.010 0.077 0.003 0.051 0.468 0.002 0.316 0.001 101 F 0.245 0.182 0.346 0.078 0.076 0.028 0.020 0.003 0.018 0.003 0.002 102 R 0.201 0.426 0.216 0.045 0.040 0.049 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 103 V 0.180 0.406 0.312 0.025 0.012 0.039 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 104 L 0.320 0.308 0.181 0.085 0.026 0.053 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 105 K 0.180 0.205 0.126 0.284 0.095 0.027 0.057 0.002 0.021 0.002 0.001 106 G 0.021 0.005 0.016 0.007 0.069 0.004 0.095 0.580 0.003 0.200 0.001 107 Y 0.143 0.176 0.411 0.092 0.051 0.055 0.031 0.003 0.034 0.002 0.001 108 R 0.236 0.244 0.320 0.076 0.034 0.059 0.010 0.002 0.015 0.002 0.003 109 L 0.242 0.417 0.169 0.072 0.055 0.026 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 110 A 0.096 0.535 0.114 0.046 0.158 0.024 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 111 T 0.027 0.779 0.093 0.010 0.063 0.014 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 112 L 0.032 0.655 0.180 0.012 0.043 0.049 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 113 E 0.062 0.525 0.236 0.049 0.037 0.057 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 114 S 0.098 0.306 0.291 0.055 0.172 0.021 0.014 0.002 0.027 0.013 0.001 115 K 0.305 0.126 0.192 0.111 0.098 0.048 0.059 0.027 0.013 0.020 0.002 116 K 0.090 0.140 0.251 0.404 0.026 0.013 0.052 0.002 0.019 0.003 0.001 117 G 0.008 0.008 0.026 0.004 0.163 0.002 0.041 0.522 0.002 0.223 0.001 118 D 0.069 0.224 0.562 0.030 0.034 0.046 0.013 0.001 0.016 0.001 0.003 119 L 0.034 0.462 0.426 0.023 0.010 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 120 R 0.047 0.717 0.108 0.019 0.077 0.018 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 121 Y 0.026 0.609 0.140 0.030 0.102 0.042 0.008 0.003 0.040 0.001 0.001 122 V 0.041 0.688 0.160 0.027 0.037 0.024 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 123 N 0.059 0.226 0.277 0.083 0.058 0.145 0.039 0.006 0.100 0.004 0.003 124 S 0.012 0.364 0.379 0.003 0.119 0.011 0.004 0.001 0.099 0.007 0.001 125 P 0.119 0.005 0.804 0.010 0.002 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 126 V 0.116 0.442 0.310 0.054 0.041 0.011 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 127 S 0.105 0.098 0.439 0.247 0.042 0.017 0.026 0.002 0.015 0.002 0.006 128 G 0.007 0.056 0.071 0.013 0.297 0.004 0.080 0.381 0.007 0.084 0.001 129 T 0.010 0.531 0.389 0.010 0.027 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 130 V 0.004 0.639 0.322 0.003 0.010 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 131 I 0.007 0.754 0.164 0.003 0.039 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 132 F 0.018 0.448 0.377 0.007 0.030 0.067 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 133 M 0.092 0.490 0.285 0.026 0.036 0.035 0.003 0.001 0.030 0.001 0.002 134 N 0.172 0.228 0.300 0.097 0.083 0.052 0.031 0.006 0.024 0.006 0.003 135 E 0.148 0.206 0.193 0.169 0.088 0.075 0.051 0.021 0.038 0.008 0.002 136 I 0.018 0.258 0.424 0.005 0.034 0.019 0.004 0.001 0.236 0.002 0.001 137 P 0.199 0.005 0.695 0.020 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.057 138 S 0.413 0.106 0.230 0.122 0.054 0.016 0.021 0.018 0.012 0.008 0.001 139 E 0.306 0.103 0.259 0.175 0.034 0.055 0.022 0.010 0.026 0.005 0.003 140 R 0.031 0.234 0.482 0.020 0.039 0.027 0.020 0.001 0.136 0.007 0.001 141 A 0.325 0.015 0.559 0.036 0.005 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.038 142 N 0.106 0.135 0.161 0.347 0.058 0.018 0.097 0.052 0.021 0.003 0.001 143 Y 0.012 0.591 0.219 0.050 0.064 0.016 0.017 0.004 0.025 0.001 0.001 144 V 0.003 0.884 0.088 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 F 0.001 0.911 0.049 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 146 Y 0.003 0.823 0.093 0.002 0.043 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 147 M 0.011 0.374 0.437 0.008 0.015 0.080 0.002 0.001 0.071 0.001 0.002 148 L 0.015 0.317 0.529 0.006 0.035 0.027 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 149 E 0.232 0.045 0.608 0.026 0.019 0.033 0.007 0.003 0.008 0.003 0.018 150 E 0.272 0.168 0.239 0.122 0.068 0.039 0.034 0.022 0.025 0.008 0.002