# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.190 0.097 0.027 0.309 0.019 0.018 0.030 0.035 0.093 0.059 2 K 0.155 0.225 0.097 0.015 0.351 0.016 0.028 0.018 0.020 0.041 0.034 3 I 0.213 0.322 0.105 0.015 0.250 0.011 0.012 0.009 0.010 0.010 0.042 4 P 0.110 0.312 0.058 0.017 0.331 0.030 0.073 0.018 0.017 0.013 0.021 5 K 0.291 0.076 0.007 0.002 0.584 0.002 0.007 0.004 0.004 0.004 0.021 6 I 0.212 0.111 0.006 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 7 Y 0.266 0.075 0.005 0.001 0.611 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.032 8 V 0.426 0.064 0.023 0.025 0.268 0.014 0.007 0.007 0.003 0.013 0.151 9 E 0.066 0.088 0.052 0.241 0.097 0.183 0.131 0.040 0.028 0.033 0.041 10 G 0.059 0.115 0.211 0.218 0.072 0.036 0.018 0.015 0.022 0.173 0.060 11 E 0.123 0.255 0.091 0.018 0.391 0.007 0.008 0.016 0.013 0.041 0.037 12 L 0.178 0.258 0.075 0.019 0.294 0.021 0.022 0.031 0.028 0.022 0.052 13 N 0.094 0.058 0.180 0.183 0.055 0.134 0.104 0.065 0.044 0.034 0.049 14 D 0.018 0.045 0.069 0.204 0.028 0.108 0.182 0.174 0.119 0.037 0.015 15 G 0.041 0.048 0.077 0.214 0.029 0.070 0.026 0.036 0.047 0.350 0.062 16 D 0.069 0.161 0.073 0.034 0.175 0.031 0.052 0.036 0.044 0.231 0.093 17 R 0.263 0.148 0.014 0.003 0.503 0.005 0.018 0.006 0.007 0.010 0.024 18 V 0.238 0.087 0.006 0.002 0.633 0.004 0.006 0.001 0.002 0.002 0.018 19 A 0.238 0.064 0.004 0.001 0.676 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 20 I 0.273 0.074 0.005 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 21 E 0.310 0.151 0.064 0.026 0.328 0.011 0.006 0.002 0.001 0.008 0.091 22 K 0.126 0.065 0.149 0.213 0.090 0.084 0.081 0.038 0.030 0.039 0.084 23 D 0.022 0.059 0.114 0.406 0.038 0.117 0.078 0.041 0.056 0.057 0.013 24 G 0.039 0.046 0.050 0.234 0.042 0.087 0.042 0.031 0.060 0.310 0.061 25 N 0.101 0.176 0.060 0.040 0.193 0.028 0.043 0.027 0.038 0.196 0.097 26 A 0.213 0.109 0.010 0.003 0.603 0.005 0.013 0.007 0.008 0.008 0.020 27 I 0.259 0.062 0.004 0.001 0.651 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.009 28 I 0.246 0.087 0.007 0.002 0.620 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.027 29 F 0.351 0.083 0.009 0.003 0.458 0.002 0.004 0.003 0.002 0.010 0.075 30 L 0.189 0.226 0.052 0.018 0.300 0.012 0.013 0.009 0.008 0.048 0.125 31 E 0.096 0.240 0.301 0.052 0.233 0.019 0.012 0.008 0.005 0.013 0.021 32 K 0.041 0.201 0.075 0.050 0.084 0.056 0.115 0.150 0.168 0.040 0.020 33 D 0.080 0.085 0.065 0.044 0.094 0.027 0.034 0.073 0.088 0.318 0.092 34 E 0.067 0.207 0.094 0.015 0.186 0.018 0.031 0.144 0.112 0.084 0.041 35 E 0.134 0.190 0.065 0.012 0.223 0.015 0.049 0.118 0.058 0.077 0.059 36 Y 0.192 0.137 0.051 0.048 0.197 0.038 0.037 0.072 0.038 0.085 0.104 37 S 0.033 0.126 0.178 0.237 0.046 0.108 0.083 0.094 0.047 0.030 0.017 38 G 0.025 0.018 0.060 0.169 0.021 0.084 0.075 0.156 0.115 0.219 0.058 39 N 0.060 0.227 0.135 0.067 0.149 0.039 0.042 0.059 0.061 0.134 0.028 40 G 0.072 0.095 0.057 0.035 0.075 0.046 0.036 0.068 0.063 0.344 0.109 41 K 0.086 0.309 0.060 0.007 0.332 0.009 0.029 0.074 0.039 0.036 0.022 42 L 0.285 0.100 0.010 0.002 0.471 0.005 0.010 0.065 0.019 0.009 0.025 43 L 0.196 0.130 0.019 0.010 0.298 0.021 0.025 0.196 0.042 0.020 0.045 44 Y 0.135 0.108 0.024 0.009 0.251 0.018 0.021 0.309 0.061 0.031 0.034 45 Q 0.140 0.107 0.021 0.006 0.241 0.007 0.016 0.346 0.052 0.031 0.034 46 V 0.088 0.137 0.026 0.005 0.213 0.008 0.028 0.409 0.040 0.019 0.027 47 I 0.098 0.150 0.034 0.007 0.098 0.008 0.024 0.451 0.047 0.044 0.040 48 Y 0.007 0.009 0.002 0.001 0.013 0.002 0.002 0.774 0.180 0.007 0.003 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.881 0.096 0.003 0.001 50 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.915 0.049 0.020 0.001 51 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.874 0.096 0.015 0.003 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.791 0.200 0.003 0.001 53 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.830 0.110 0.010 0.001 54 Y 0.011 0.008 0.005 0.001 0.012 0.003 0.061 0.663 0.116 0.108 0.013 55 M 0.041 0.247 0.062 0.005 0.117 0.010 0.035 0.243 0.113 0.100 0.028 56 S 0.117 0.157 0.074 0.007 0.158 0.013 0.034 0.181 0.057 0.103 0.098 57 L 0.018 0.138 0.033 0.007 0.056 0.012 0.049 0.337 0.302 0.040 0.008 58 D 0.021 0.046 0.031 0.017 0.038 0.026 0.093 0.409 0.210 0.089 0.019 59 T 0.060 0.028 0.009 0.006 0.059 0.008 0.028 0.338 0.245 0.185 0.034 60 L 0.104 0.197 0.059 0.009 0.175 0.017 0.038 0.136 0.104 0.120 0.042 61 K 0.235 0.127 0.087 0.010 0.262 0.019 0.030 0.059 0.034 0.076 0.061 62 K 0.115 0.271 0.044 0.008 0.287 0.037 0.099 0.048 0.041 0.029 0.023 63 D 0.244 0.078 0.010 0.012 0.324 0.036 0.141 0.017 0.019 0.054 0.064 64 V 0.216 0.040 0.003 0.001 0.726 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 65 L 0.149 0.037 0.001 0.001 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 66 I 0.345 0.046 0.002 0.001 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 67 Q 0.206 0.167 0.044 0.011 0.410 0.008 0.006 0.001 0.001 0.016 0.129 68 Y 0.157 0.292 0.193 0.034 0.245 0.009 0.007 0.004 0.003 0.013 0.042 69 P 0.055 0.174 0.096 0.155 0.092 0.123 0.105 0.055 0.083 0.040 0.023 70 D 0.059 0.115 0.163 0.135 0.102 0.070 0.049 0.049 0.072 0.146 0.039 71 K 0.067 0.060 0.033 0.023 0.081 0.032 0.074 0.180 0.193 0.192 0.065 72 H 0.073 0.224 0.114 0.018 0.141 0.029 0.040 0.082 0.059 0.169 0.052 73 T 0.141 0.215 0.036 0.011 0.288 0.015 0.039 0.090 0.054 0.060 0.051 74 L 0.354 0.077 0.009 0.004 0.431 0.006 0.011 0.038 0.028 0.011 0.032 75 T 0.135 0.167 0.025 0.006 0.554 0.015 0.019 0.036 0.011 0.009 0.022 76 Y 0.349 0.078 0.006 0.002 0.471 0.003 0.008 0.015 0.004 0.017 0.047 77 L 0.163 0.198 0.086 0.032 0.287 0.016 0.014 0.052 0.026 0.045 0.080 78 K 0.062 0.083 0.201 0.120 0.084 0.118 0.105 0.129 0.051 0.022 0.024 79 A 0.015 0.178 0.077 0.077 0.038 0.053 0.244 0.159 0.112 0.037 0.010 80 G 0.038 0.017 0.024 0.053 0.020 0.016 0.007 0.015 0.021 0.584 0.206 81 T 0.026 0.517 0.172 0.009 0.174 0.010 0.014 0.018 0.018 0.028 0.016 82 K 0.274 0.136 0.017 0.004 0.409 0.009 0.023 0.022 0.021 0.019 0.066 83 L 0.337 0.120 0.015 0.012 0.400 0.009 0.008 0.012 0.014 0.013 0.059 84 I 0.117 0.152 0.024 0.011 0.561 0.030 0.051 0.018 0.009 0.011 0.017 85 S 0.418 0.077 0.019 0.005 0.361 0.003 0.004 0.005 0.006 0.019 0.085 86 V 0.060 0.426 0.124 0.008 0.349 0.007 0.005 0.003 0.003 0.006 0.009 87 P 0.238 0.231 0.054 0.004 0.426 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.029 88 A 0.201 0.090 0.035 0.057 0.107 0.059 0.069 0.070 0.106 0.054 0.151 89 E 0.011 0.045 0.031 0.220 0.021 0.235 0.346 0.036 0.025 0.024 0.007 90 G 0.057 0.057 0.071 0.243 0.049 0.022 0.012 0.015 0.027 0.297 0.150 91 Y 0.104 0.320 0.085 0.018 0.374 0.007 0.006 0.008 0.010 0.028 0.039 92 K 0.178 0.176 0.025 0.004 0.561 0.006 0.010 0.005 0.004 0.006 0.025 93 V 0.355 0.128 0.026 0.015 0.243 0.010 0.010 0.009 0.011 0.015 0.178 94 Y 0.112 0.321 0.184 0.024 0.275 0.019 0.014 0.015 0.008 0.009 0.020 95 P 0.146 0.297 0.081 0.008 0.363 0.007 0.008 0.026 0.016 0.012 0.034 96 I 0.331 0.107 0.018 0.009 0.277 0.010 0.016 0.058 0.041 0.046 0.088 97 M 0.058 0.191 0.099 0.037 0.162 0.095 0.108 0.146 0.056 0.028 0.022 98 D 0.183 0.125 0.193 0.057 0.197 0.034 0.040 0.065 0.025 0.042 0.040 99 F 0.036 0.136 0.057 0.090 0.079 0.057 0.089 0.256 0.135 0.048 0.017 100 G 0.058 0.051 0.071 0.215 0.040 0.049 0.029 0.105 0.079 0.193 0.109 101 F 0.067 0.332 0.136 0.018 0.241 0.009 0.013 0.063 0.034 0.045 0.042 102 R 0.185 0.165 0.017 0.003 0.495 0.005 0.014 0.056 0.017 0.014 0.030 103 V 0.250 0.094 0.026 0.012 0.188 0.014 0.024 0.181 0.080 0.032 0.098 104 L 0.055 0.049 0.072 0.095 0.058 0.177 0.207 0.199 0.042 0.021 0.025 105 K 0.016 0.175 0.140 0.235 0.029 0.092 0.126 0.106 0.045 0.026 0.010 106 G 0.023 0.011 0.026 0.093 0.012 0.018 0.007 0.028 0.025 0.632 0.127 107 Y 0.053 0.456 0.144 0.008 0.235 0.006 0.008 0.028 0.021 0.024 0.017 108 R 0.223 0.145 0.026 0.008 0.281 0.038 0.065 0.071 0.042 0.032 0.068 109 L 0.308 0.121 0.020 0.015 0.323 0.014 0.024 0.054 0.034 0.019 0.066 110 A 0.170 0.140 0.021 0.005 0.527 0.013 0.021 0.055 0.025 0.008 0.014 111 T 0.296 0.062 0.007 0.002 0.534 0.004 0.007 0.028 0.014 0.009 0.037 112 L 0.229 0.170 0.028 0.006 0.378 0.008 0.014 0.035 0.018 0.027 0.086 113 E 0.132 0.181 0.045 0.023 0.306 0.038 0.072 0.037 0.018 0.088 0.060 114 S 0.055 0.284 0.490 0.027 0.092 0.006 0.005 0.011 0.010 0.009 0.010 115 K 0.011 0.011 0.019 0.022 0.012 0.066 0.239 0.367 0.210 0.027 0.016 116 K 0.041 0.254 0.106 0.128 0.067 0.044 0.143 0.034 0.048 0.116 0.019 117 G 0.028 0.054 0.076 0.246 0.033 0.061 0.011 0.020 0.031 0.266 0.174 118 D 0.101 0.267 0.066 0.020 0.356 0.009 0.057 0.023 0.019 0.054 0.029 119 L 0.591 0.032 0.002 0.001 0.330 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.031 120 R 0.080 0.251 0.032 0.013 0.448 0.058 0.059 0.021 0.013 0.006 0.019 121 Y 0.432 0.023 0.003 0.001 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 122 V 0.232 0.148 0.020 0.014 0.394 0.017 0.013 0.009 0.009 0.030 0.114 123 N 0.221 0.108 0.061 0.036 0.247 0.034 0.039 0.008 0.013 0.115 0.119 124 S 0.057 0.405 0.272 0.025 0.202 0.007 0.006 0.005 0.007 0.009 0.006 125 P 0.202 0.230 0.150 0.032 0.221 0.024 0.022 0.019 0.021 0.030 0.049 126 V 0.110 0.097 0.090 0.061 0.117 0.076 0.224 0.061 0.092 0.036 0.036 127 S 0.047 0.053 0.041 0.241 0.042 0.159 0.158 0.045 0.070 0.102 0.042 128 G 0.054 0.085 0.049 0.227 0.064 0.063 0.047 0.017 0.029 0.284 0.082 129 T 0.188 0.068 0.006 0.003 0.698 0.004 0.014 0.003 0.002 0.006 0.009 130 V 0.253 0.033 0.001 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 131 I 0.218 0.080 0.005 0.001 0.679 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 132 F 0.413 0.041 0.003 0.001 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 133 M 0.264 0.120 0.016 0.017 0.285 0.013 0.007 0.004 0.005 0.029 0.239 134 N 0.137 0.133 0.068 0.064 0.238 0.058 0.087 0.029 0.032 0.076 0.078 135 E 0.094 0.196 0.140 0.039 0.176 0.017 0.022 0.024 0.055 0.193 0.044 136 I 0.080 0.407 0.174 0.014 0.236 0.009 0.010 0.016 0.023 0.016 0.016 137 P 0.066 0.253 0.117 0.027 0.141 0.037 0.068 0.089 0.131 0.040 0.031 138 S 0.066 0.107 0.057 0.026 0.084 0.034 0.122 0.170 0.224 0.082 0.029 139 E 0.084 0.097 0.080 0.027 0.083 0.036 0.058 0.081 0.092 0.295 0.067 140 R 0.178 0.212 0.147 0.022 0.262 0.015 0.021 0.033 0.028 0.050 0.032 141 A 0.099 0.100 0.041 0.032 0.124 0.086 0.099 0.147 0.155 0.069 0.048 142 N 0.124 0.108 0.023 0.021 0.192 0.044 0.181 0.039 0.041 0.183 0.042 143 Y 0.280 0.039 0.002 0.001 0.649 0.002 0.007 0.003 0.002 0.004 0.009 144 V 0.200 0.040 0.001 0.001 0.736 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.009 145 F 0.254 0.039 0.002 0.001 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 146 Y 0.213 0.051 0.003 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 147 M 0.334 0.089 0.008 0.004 0.338 0.003 0.004 0.002 0.002 0.024 0.193 148 L 0.135 0.298 0.126 0.025 0.323 0.012 0.008 0.004 0.004 0.018 0.046 149 E 0.064 0.326 0.200 0.050 0.165 0.031 0.031 0.043 0.050 0.022 0.019 150 E 0.080 0.136 0.060 0.024 0.139 0.024 0.074 0.165 0.173 0.089 0.037