# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.604 0.190 0.103 0.064 0.029 0.009 0.001 2 K 0.468 0.303 0.133 0.061 0.025 0.009 0.001 3 I 0.119 0.116 0.162 0.225 0.218 0.131 0.029 4 P 0.100 0.141 0.175 0.200 0.209 0.143 0.031 5 K 0.124 0.185 0.209 0.200 0.158 0.097 0.027 6 I 0.023 0.033 0.051 0.094 0.233 0.397 0.170 7 Y 0.025 0.044 0.070 0.122 0.215 0.340 0.185 8 V 0.020 0.036 0.061 0.148 0.231 0.325 0.180 9 E 0.042 0.095 0.144 0.206 0.273 0.197 0.042 10 G 0.113 0.208 0.231 0.233 0.153 0.058 0.005 11 E 0.244 0.351 0.225 0.114 0.048 0.017 0.001 12 L 0.106 0.126 0.258 0.301 0.157 0.049 0.003 13 N 0.348 0.245 0.211 0.130 0.053 0.012 0.001 14 D 0.513 0.298 0.117 0.051 0.016 0.004 0.001 15 G 0.511 0.296 0.097 0.059 0.029 0.007 0.001 16 D 0.240 0.301 0.218 0.148 0.069 0.021 0.002 17 R 0.074 0.196 0.300 0.267 0.120 0.040 0.003 18 V 0.015 0.048 0.109 0.185 0.372 0.248 0.022 19 A 0.013 0.042 0.109 0.189 0.283 0.315 0.049 20 I 0.010 0.027 0.057 0.132 0.256 0.418 0.100 21 E 0.029 0.104 0.256 0.346 0.184 0.075 0.007 22 K 0.129 0.232 0.264 0.235 0.111 0.028 0.001 23 D 0.422 0.356 0.124 0.064 0.027 0.007 0.001 24 G 0.376 0.299 0.160 0.106 0.048 0.011 0.001 25 N 0.342 0.349 0.190 0.083 0.028 0.008 0.001 26 A 0.142 0.247 0.221 0.224 0.125 0.037 0.003 27 I 0.075 0.182 0.235 0.262 0.178 0.066 0.003 28 I 0.041 0.113 0.208 0.259 0.246 0.127 0.007 29 F 0.034 0.113 0.224 0.256 0.246 0.121 0.007 30 L 0.030 0.081 0.206 0.334 0.276 0.070 0.002 31 E 0.284 0.374 0.221 0.089 0.028 0.004 0.001 32 K 0.496 0.341 0.101 0.046 0.014 0.002 0.001 33 D 0.607 0.285 0.077 0.025 0.005 0.001 0.001 34 E 0.428 0.325 0.159 0.069 0.018 0.001 0.001 35 E 0.613 0.344 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.092 0.138 0.375 0.318 0.073 0.005 0.001 37 S 0.576 0.292 0.102 0.025 0.006 0.001 0.001 38 G 0.595 0.297 0.082 0.022 0.004 0.001 0.001 39 N 0.521 0.364 0.086 0.023 0.006 0.001 0.001 40 G 0.139 0.331 0.228 0.212 0.076 0.014 0.001 41 K 0.020 0.129 0.302 0.355 0.148 0.045 0.001 42 L 0.009 0.027 0.102 0.202 0.317 0.297 0.046 43 L 0.004 0.016 0.050 0.114 0.248 0.395 0.174 44 Y 0.002 0.017 0.046 0.121 0.274 0.416 0.124 45 Q 0.010 0.105 0.250 0.303 0.220 0.097 0.015 46 V 0.002 0.023 0.067 0.181 0.361 0.317 0.048 47 I 0.001 0.008 0.030 0.095 0.331 0.457 0.077 48 Y 0.002 0.016 0.059 0.185 0.342 0.348 0.049 49 D 0.075 0.364 0.307 0.164 0.071 0.018 0.001 50 D 0.015 0.096 0.311 0.361 0.181 0.033 0.003 51 L 0.001 0.003 0.005 0.017 0.173 0.661 0.141 52 A 0.004 0.042 0.204 0.461 0.217 0.069 0.003 53 K 0.043 0.275 0.326 0.270 0.061 0.025 0.001 54 Y 0.005 0.028 0.154 0.324 0.381 0.105 0.002 55 M 0.009 0.018 0.037 0.117 0.346 0.436 0.036 56 S 0.104 0.381 0.324 0.139 0.044 0.008 0.001 57 L 0.142 0.284 0.267 0.234 0.060 0.012 0.001 58 D 0.455 0.398 0.103 0.031 0.011 0.001 0.001 59 T 0.303 0.473 0.138 0.063 0.020 0.003 0.001 60 L 0.033 0.082 0.210 0.300 0.329 0.044 0.002 61 K 0.067 0.269 0.308 0.240 0.095 0.021 0.001 62 K 0.136 0.336 0.253 0.165 0.082 0.026 0.001 63 D 0.020 0.077 0.253 0.408 0.183 0.055 0.004 64 V 0.001 0.003 0.008 0.024 0.183 0.634 0.146 65 L 0.003 0.009 0.029 0.090 0.174 0.394 0.301 66 I 0.002 0.006 0.015 0.036 0.116 0.458 0.367 67 Q 0.008 0.046 0.146 0.243 0.289 0.207 0.060 68 Y 0.006 0.027 0.074 0.152 0.316 0.369 0.057 69 P 0.042 0.125 0.233 0.296 0.212 0.086 0.007 70 D 0.319 0.338 0.182 0.099 0.046 0.015 0.001 71 K 0.397 0.324 0.162 0.082 0.027 0.007 0.001 72 H 0.267 0.292 0.203 0.143 0.075 0.019 0.002 73 T 0.150 0.337 0.224 0.176 0.084 0.028 0.002 74 L 0.030 0.097 0.186 0.298 0.274 0.109 0.005 75 T 0.030 0.120 0.215 0.253 0.245 0.128 0.008 76 Y 0.012 0.050 0.144 0.241 0.318 0.212 0.023 77 L 0.016 0.048 0.115 0.274 0.329 0.196 0.021 78 K 0.104 0.275 0.285 0.210 0.106 0.020 0.001 79 A 0.236 0.408 0.196 0.113 0.036 0.010 0.001 80 G 0.115 0.201 0.251 0.270 0.125 0.036 0.002 81 T 0.193 0.291 0.262 0.179 0.059 0.015 0.001 82 K 0.121 0.318 0.307 0.175 0.059 0.018 0.002 83 L 0.039 0.051 0.093 0.215 0.349 0.222 0.032 84 I 0.026 0.121 0.204 0.300 0.229 0.113 0.008 85 S 0.051 0.140 0.208 0.250 0.205 0.125 0.020 86 V 0.020 0.043 0.082 0.173 0.279 0.325 0.078 87 P 0.056 0.173 0.225 0.257 0.180 0.092 0.017 88 A 0.045 0.075 0.149 0.273 0.248 0.172 0.038 89 E 0.247 0.362 0.198 0.111 0.059 0.021 0.002 90 G 0.180 0.244 0.176 0.190 0.120 0.076 0.015 91 Y 0.068 0.085 0.165 0.252 0.270 0.132 0.027 92 K 0.171 0.292 0.234 0.167 0.082 0.044 0.010 93 V 0.074 0.090 0.120 0.198 0.249 0.204 0.064 94 Y 0.095 0.126 0.151 0.220 0.196 0.168 0.044 95 P 0.109 0.123 0.141 0.192 0.191 0.182 0.062 96 I 0.084 0.092 0.110 0.171 0.204 0.224 0.116 97 M 0.092 0.099 0.121 0.187 0.226 0.201 0.074 98 D 0.154 0.220 0.216 0.184 0.125 0.077 0.025 99 F 0.133 0.174 0.173 0.199 0.162 0.119 0.040 100 G 0.111 0.125 0.136 0.189 0.209 0.177 0.053 101 F 0.129 0.167 0.198 0.212 0.168 0.105 0.020 102 R 0.115 0.204 0.242 0.213 0.137 0.074 0.015 103 V 0.052 0.056 0.079 0.187 0.288 0.276 0.061 104 L 0.089 0.159 0.227 0.256 0.186 0.074 0.008 105 K 0.204 0.301 0.220 0.160 0.075 0.034 0.005 106 G 0.166 0.233 0.223 0.206 0.115 0.049 0.008 107 Y 0.096 0.170 0.229 0.266 0.152 0.076 0.010 108 R 0.057 0.145 0.235 0.260 0.184 0.102 0.016 109 L 0.032 0.043 0.078 0.164 0.253 0.319 0.111 110 A 0.023 0.039 0.057 0.128 0.239 0.371 0.143 111 T 0.035 0.083 0.141 0.244 0.209 0.209 0.079 112 L 0.025 0.044 0.073 0.135 0.225 0.359 0.138 113 E 0.076 0.153 0.203 0.227 0.182 0.125 0.035 114 S 0.098 0.129 0.134 0.201 0.227 0.162 0.048 115 K 0.144 0.206 0.182 0.165 0.173 0.107 0.024 116 K 0.147 0.186 0.198 0.198 0.141 0.105 0.025 117 G 0.195 0.172 0.159 0.171 0.159 0.111 0.033 118 D 0.124 0.178 0.197 0.202 0.146 0.110 0.043 119 L 0.048 0.042 0.063 0.124 0.231 0.340 0.151 120 R 0.078 0.134 0.173 0.201 0.214 0.159 0.041 121 Y 0.073 0.120 0.154 0.203 0.192 0.189 0.070 122 V 0.044 0.046 0.070 0.154 0.240 0.327 0.120 123 N 0.124 0.206 0.218 0.208 0.144 0.083 0.017 124 S 0.170 0.187 0.177 0.193 0.165 0.092 0.016 125 P 0.234 0.250 0.185 0.175 0.098 0.050 0.009 126 V 0.193 0.191 0.212 0.203 0.134 0.057 0.010 127 S 0.263 0.353 0.211 0.101 0.046 0.021 0.005 128 G 0.050 0.077 0.115 0.225 0.302 0.188 0.042 129 T 0.020 0.057 0.118 0.223 0.290 0.235 0.057 130 V 0.007 0.013 0.026 0.060 0.146 0.463 0.286 131 I 0.006 0.009 0.021 0.059 0.139 0.340 0.425 132 F 0.004 0.010 0.018 0.045 0.121 0.362 0.439 133 M 0.007 0.016 0.032 0.069 0.169 0.391 0.315 134 N 0.020 0.072 0.122 0.202 0.252 0.260 0.071 135 E 0.057 0.150 0.194 0.224 0.226 0.134 0.015 136 I 0.092 0.136 0.187 0.253 0.226 0.098 0.008 137 P 0.337 0.278 0.200 0.112 0.055 0.017 0.001 138 S 0.538 0.252 0.125 0.063 0.018 0.004 0.001 139 E 0.616 0.254 0.082 0.033 0.012 0.003 0.001 140 R 0.337 0.266 0.192 0.141 0.047 0.014 0.001 141 A 0.362 0.284 0.175 0.105 0.055 0.017 0.001 142 N 0.166 0.290 0.271 0.179 0.066 0.025 0.004 143 Y 0.031 0.051 0.099 0.196 0.310 0.251 0.062 144 V 0.019 0.050 0.101 0.221 0.260 0.277 0.073 145 F 0.016 0.032 0.057 0.117 0.236 0.404 0.139 146 Y 0.020 0.058 0.123 0.220 0.250 0.255 0.074 147 M 0.019 0.037 0.077 0.180 0.232 0.340 0.115 148 L 0.046 0.080 0.156 0.279 0.241 0.167 0.032 149 E 0.408 0.309 0.140 0.081 0.044 0.016 0.002 150 E 0.579 0.258 0.086 0.050 0.019 0.007 0.001