# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.36989 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.106 0.106 0.143 0.144 0.113 0.082 0.063 0.037 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 2 K 0.149 0.142 0.135 0.151 0.135 0.099 0.077 0.058 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 3 I 0.060 0.073 0.087 0.121 0.174 0.146 0.113 0.094 0.058 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 4 P 0.033 0.027 0.048 0.081 0.109 0.147 0.163 0.092 0.088 0.087 0.056 0.032 0.021 0.012 5 K 0.019 0.023 0.046 0.083 0.147 0.138 0.162 0.083 0.089 0.084 0.059 0.031 0.014 0.021 6 I 0.005 0.002 0.004 0.008 0.015 0.031 0.042 0.057 0.100 0.148 0.274 0.172 0.095 0.048 7 Y 0.007 0.006 0.009 0.027 0.029 0.046 0.078 0.107 0.146 0.124 0.150 0.141 0.081 0.049 8 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.039 0.127 0.185 0.187 0.209 0.149 0.052 0.017 9 E 0.003 0.005 0.008 0.016 0.028 0.060 0.082 0.289 0.182 0.124 0.127 0.040 0.029 0.006 10 G 0.058 0.095 0.086 0.104 0.121 0.112 0.097 0.083 0.069 0.058 0.066 0.030 0.011 0.011 11 E 0.060 0.085 0.145 0.140 0.183 0.126 0.102 0.057 0.059 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 12 L 0.032 0.048 0.077 0.153 0.203 0.165 0.117 0.095 0.069 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 13 N 0.142 0.192 0.228 0.170 0.109 0.071 0.044 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 14 D 0.328 0.211 0.182 0.112 0.091 0.037 0.018 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.301 0.251 0.154 0.124 0.083 0.042 0.021 0.011 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 16 D 0.186 0.200 0.154 0.138 0.125 0.079 0.049 0.028 0.019 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 17 R 0.023 0.038 0.053 0.107 0.163 0.136 0.150 0.130 0.093 0.054 0.034 0.012 0.005 0.003 18 V 0.007 0.007 0.013 0.026 0.043 0.086 0.108 0.217 0.152 0.119 0.130 0.051 0.030 0.011 19 A 0.007 0.008 0.013 0.027 0.051 0.070 0.084 0.153 0.144 0.144 0.113 0.107 0.052 0.026 20 I 0.009 0.005 0.007 0.015 0.025 0.039 0.060 0.131 0.151 0.194 0.149 0.138 0.060 0.016 21 E 0.024 0.034 0.054 0.105 0.124 0.141 0.134 0.110 0.120 0.068 0.048 0.023 0.009 0.005 22 K 0.082 0.075 0.086 0.135 0.149 0.142 0.104 0.056 0.070 0.044 0.038 0.012 0.004 0.003 23 D 0.218 0.205 0.191 0.135 0.107 0.056 0.038 0.019 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 24 G 0.348 0.233 0.162 0.100 0.066 0.040 0.022 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 25 N 0.284 0.209 0.192 0.108 0.097 0.050 0.028 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.142 0.097 0.109 0.135 0.171 0.117 0.090 0.075 0.031 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 27 I 0.097 0.093 0.101 0.129 0.165 0.115 0.103 0.110 0.042 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 28 I 0.075 0.056 0.068 0.110 0.138 0.141 0.113 0.142 0.064 0.053 0.024 0.011 0.004 0.001 29 F 0.073 0.066 0.092 0.144 0.171 0.131 0.111 0.094 0.058 0.034 0.013 0.009 0.002 0.001 30 L 0.078 0.053 0.079 0.131 0.156 0.169 0.112 0.088 0.065 0.043 0.018 0.006 0.002 0.001 31 E 0.349 0.201 0.154 0.136 0.085 0.036 0.017 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.503 0.212 0.128 0.083 0.037 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 D 0.451 0.235 0.127 0.094 0.056 0.021 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.532 0.236 0.106 0.074 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.635 0.224 0.092 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.123 0.074 0.118 0.214 0.243 0.128 0.061 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.409 0.204 0.140 0.111 0.077 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.532 0.200 0.118 0.077 0.041 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.478 0.222 0.123 0.079 0.049 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.210 0.153 0.152 0.149 0.146 0.094 0.045 0.023 0.014 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 41 K 0.184 0.123 0.127 0.137 0.138 0.113 0.084 0.046 0.026 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 42 L 0.063 0.034 0.046 0.078 0.137 0.163 0.122 0.155 0.087 0.056 0.032 0.015 0.009 0.002 43 L 0.048 0.036 0.042 0.088 0.125 0.141 0.142 0.125 0.104 0.062 0.039 0.031 0.011 0.004 44 Y 0.053 0.051 0.066 0.125 0.144 0.167 0.127 0.085 0.076 0.051 0.033 0.015 0.004 0.002 45 Q 0.205 0.169 0.169 0.130 0.117 0.080 0.052 0.027 0.026 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 46 V 0.156 0.135 0.149 0.171 0.133 0.106 0.064 0.043 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 47 I 0.051 0.063 0.079 0.139 0.184 0.183 0.128 0.080 0.066 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 48 Y 0.030 0.043 0.071 0.152 0.203 0.186 0.140 0.083 0.059 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 49 D 0.483 0.316 0.130 0.041 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.185 0.255 0.256 0.132 0.098 0.043 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.015 0.014 0.025 0.077 0.156 0.201 0.220 0.178 0.087 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 52 A 0.057 0.122 0.174 0.242 0.196 0.108 0.059 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 53 K 0.642 0.238 0.080 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.044 0.062 0.128 0.192 0.245 0.147 0.113 0.047 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 M 0.028 0.025 0.067 0.101 0.191 0.218 0.203 0.110 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 56 S 0.324 0.230 0.160 0.129 0.089 0.040 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.291 0.131 0.126 0.183 0.126 0.069 0.037 0.015 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.399 0.269 0.163 0.091 0.048 0.019 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.214 0.249 0.199 0.160 0.106 0.040 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.047 0.056 0.090 0.165 0.193 0.181 0.143 0.083 0.023 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 61 K 0.068 0.130 0.158 0.176 0.179 0.123 0.076 0.041 0.024 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 62 K 0.013 0.027 0.047 0.114 0.160 0.160 0.148 0.085 0.089 0.066 0.054 0.020 0.009 0.008 63 D 0.004 0.007 0.014 0.036 0.060 0.086 0.128 0.121 0.203 0.137 0.109 0.061 0.019 0.016 64 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.021 0.117 0.149 0.169 0.257 0.139 0.104 0.028 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.074 0.098 0.152 0.199 0.235 0.153 0.063 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.058 0.105 0.207 0.247 0.216 0.103 0.039 67 Q 0.002 0.004 0.007 0.016 0.030 0.049 0.086 0.160 0.193 0.165 0.145 0.076 0.034 0.032 68 Y 0.005 0.010 0.015 0.033 0.065 0.111 0.122 0.155 0.173 0.136 0.102 0.040 0.017 0.016 69 P 0.024 0.059 0.093 0.125 0.175 0.138 0.115 0.101 0.095 0.046 0.019 0.007 0.003 0.002 70 D 0.112 0.155 0.175 0.159 0.146 0.092 0.061 0.043 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 71 K 0.240 0.226 0.203 0.120 0.093 0.053 0.029 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 72 H 0.276 0.190 0.151 0.114 0.103 0.068 0.043 0.031 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 73 T 0.145 0.147 0.132 0.152 0.175 0.097 0.062 0.041 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 74 L 0.066 0.060 0.077 0.118 0.163 0.127 0.128 0.116 0.069 0.039 0.021 0.010 0.004 0.002 75 T 0.064 0.043 0.055 0.084 0.097 0.132 0.129 0.157 0.097 0.066 0.043 0.019 0.011 0.004 76 Y 0.037 0.030 0.044 0.085 0.147 0.148 0.130 0.114 0.098 0.067 0.043 0.033 0.014 0.009 77 L 0.054 0.027 0.036 0.066 0.087 0.117 0.126 0.107 0.111 0.109 0.079 0.050 0.024 0.006 78 K 0.131 0.130 0.157 0.181 0.139 0.098 0.074 0.034 0.029 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 79 A 0.093 0.080 0.105 0.151 0.161 0.147 0.097 0.057 0.051 0.030 0.020 0.006 0.002 0.001 80 G 0.107 0.123 0.124 0.165 0.185 0.121 0.069 0.045 0.033 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 81 T 0.189 0.152 0.139 0.144 0.118 0.086 0.065 0.051 0.028 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 82 K 0.061 0.065 0.104 0.148 0.197 0.146 0.105 0.072 0.051 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 83 L 0.025 0.019 0.025 0.047 0.079 0.117 0.137 0.191 0.141 0.095 0.064 0.036 0.020 0.006 84 I 0.033 0.033 0.044 0.085 0.095 0.107 0.139 0.155 0.116 0.085 0.054 0.032 0.014 0.008 85 S 0.024 0.021 0.030 0.044 0.076 0.096 0.110 0.140 0.140 0.119 0.098 0.060 0.026 0.016 86 V 0.036 0.014 0.021 0.029 0.046 0.074 0.081 0.098 0.130 0.144 0.124 0.104 0.071 0.027 87 P 0.050 0.048 0.067 0.123 0.143 0.115 0.133 0.094 0.084 0.061 0.035 0.024 0.010 0.012 88 A 0.028 0.016 0.021 0.039 0.064 0.113 0.118 0.121 0.146 0.142 0.097 0.055 0.029 0.010 89 E 0.065 0.077 0.099 0.162 0.154 0.136 0.119 0.075 0.049 0.029 0.018 0.009 0.005 0.003 90 G 0.082 0.080 0.086 0.117 0.138 0.125 0.115 0.088 0.069 0.050 0.030 0.013 0.004 0.003 91 Y 0.048 0.046 0.067 0.100 0.135 0.173 0.132 0.116 0.080 0.053 0.030 0.013 0.006 0.002 92 K 0.084 0.085 0.087 0.124 0.130 0.108 0.111 0.098 0.074 0.044 0.028 0.016 0.006 0.004 93 V 0.026 0.021 0.034 0.050 0.078 0.106 0.126 0.181 0.146 0.111 0.063 0.035 0.017 0.007 94 Y 0.040 0.031 0.041 0.056 0.084 0.099 0.113 0.154 0.127 0.096 0.070 0.046 0.029 0.014 95 P 0.034 0.020 0.029 0.050 0.067 0.090 0.104 0.111 0.121 0.139 0.101 0.067 0.040 0.025 96 I 0.031 0.021 0.028 0.054 0.090 0.107 0.119 0.106 0.142 0.112 0.079 0.060 0.029 0.020 97 M 0.038 0.027 0.035 0.065 0.076 0.113 0.137 0.098 0.104 0.100 0.108 0.056 0.031 0.014 98 D 0.075 0.089 0.101 0.133 0.122 0.118 0.130 0.087 0.064 0.030 0.031 0.012 0.005 0.004 99 F 0.037 0.038 0.059 0.089 0.128 0.153 0.132 0.113 0.098 0.072 0.048 0.021 0.009 0.004 100 G 0.046 0.055 0.067 0.103 0.158 0.131 0.123 0.136 0.087 0.054 0.022 0.012 0.005 0.002 101 F 0.087 0.073 0.082 0.123 0.130 0.121 0.103 0.103 0.071 0.058 0.028 0.012 0.007 0.003 102 R 0.065 0.069 0.108 0.158 0.183 0.139 0.102 0.071 0.053 0.028 0.012 0.007 0.002 0.002 103 V 0.042 0.024 0.035 0.062 0.098 0.136 0.143 0.148 0.126 0.097 0.045 0.026 0.014 0.004 104 L 0.051 0.075 0.102 0.183 0.171 0.145 0.108 0.079 0.045 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 105 K 0.132 0.110 0.125 0.146 0.136 0.111 0.081 0.058 0.043 0.026 0.019 0.008 0.003 0.002 106 G 0.073 0.083 0.104 0.129 0.161 0.136 0.105 0.093 0.062 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 107 Y 0.035 0.047 0.059 0.100 0.129 0.136 0.144 0.160 0.088 0.055 0.026 0.011 0.007 0.003 108 R 0.029 0.032 0.052 0.089 0.137 0.155 0.157 0.115 0.096 0.067 0.039 0.018 0.008 0.007 109 L 0.022 0.014 0.024 0.038 0.075 0.110 0.115 0.109 0.136 0.110 0.105 0.072 0.045 0.024 110 A 0.042 0.016 0.021 0.038 0.050 0.075 0.114 0.112 0.136 0.118 0.100 0.090 0.059 0.030 111 T 0.021 0.018 0.025 0.054 0.079 0.095 0.141 0.168 0.129 0.105 0.082 0.046 0.025 0.012 112 L 0.029 0.015 0.020 0.036 0.057 0.113 0.115 0.128 0.132 0.127 0.109 0.067 0.040 0.013 113 E 0.086 0.077 0.098 0.166 0.185 0.122 0.104 0.054 0.050 0.030 0.013 0.009 0.003 0.003 114 S 0.084 0.069 0.077 0.127 0.155 0.138 0.111 0.092 0.072 0.046 0.019 0.007 0.003 0.001 115 K 0.079 0.101 0.122 0.182 0.177 0.143 0.085 0.056 0.032 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 116 K 0.104 0.112 0.134 0.166 0.171 0.114 0.076 0.052 0.039 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 117 G 0.115 0.076 0.101 0.125 0.144 0.141 0.107 0.087 0.049 0.032 0.014 0.005 0.002 0.001 118 D 0.110 0.120 0.123 0.162 0.157 0.113 0.077 0.047 0.039 0.023 0.018 0.006 0.002 0.002 119 L 0.024 0.021 0.032 0.065 0.097 0.111 0.141 0.124 0.131 0.103 0.077 0.047 0.019 0.009 120 R 0.037 0.030 0.042 0.065 0.065 0.094 0.135 0.196 0.143 0.078 0.063 0.028 0.017 0.008 121 Y 0.015 0.010 0.016 0.026 0.055 0.080 0.088 0.175 0.138 0.136 0.110 0.082 0.047 0.023 122 V 0.016 0.007 0.010 0.015 0.028 0.051 0.066 0.118 0.129 0.177 0.134 0.136 0.090 0.022 123 N 0.044 0.055 0.078 0.162 0.169 0.117 0.116 0.071 0.077 0.050 0.026 0.020 0.007 0.007 124 S 0.034 0.040 0.057 0.110 0.115 0.152 0.139 0.108 0.098 0.067 0.052 0.018 0.006 0.004 125 P 0.035 0.058 0.067 0.116 0.149 0.170 0.136 0.124 0.082 0.034 0.017 0.007 0.004 0.002 126 V 0.020 0.053 0.081 0.141 0.154 0.149 0.149 0.125 0.059 0.044 0.015 0.006 0.003 0.002 127 S 0.036 0.064 0.114 0.114 0.163 0.157 0.126 0.097 0.063 0.036 0.017 0.007 0.003 0.002 128 G 0.008 0.017 0.031 0.065 0.107 0.141 0.149 0.113 0.123 0.102 0.078 0.030 0.022 0.014 129 T 0.003 0.005 0.011 0.026 0.047 0.072 0.134 0.124 0.171 0.147 0.126 0.069 0.033 0.033 130 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.039 0.093 0.134 0.179 0.223 0.134 0.104 0.062 131 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.037 0.073 0.126 0.229 0.230 0.175 0.110 132 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.042 0.078 0.167 0.243 0.218 0.144 0.091 133 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.066 0.113 0.163 0.230 0.221 0.120 0.057 134 N 0.001 0.003 0.005 0.013 0.022 0.049 0.085 0.222 0.167 0.155 0.149 0.066 0.040 0.023 135 E 0.007 0.022 0.029 0.056 0.107 0.107 0.135 0.158 0.150 0.102 0.072 0.034 0.011 0.011 136 I 0.011 0.029 0.056 0.095 0.138 0.178 0.157 0.135 0.103 0.062 0.024 0.007 0.003 0.002 137 P 0.124 0.156 0.199 0.147 0.143 0.094 0.054 0.035 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 138 S 0.208 0.170 0.189 0.163 0.126 0.064 0.036 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 139 E 0.264 0.252 0.166 0.134 0.099 0.041 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.126 0.159 0.159 0.178 0.152 0.095 0.060 0.043 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 141 A 0.078 0.086 0.109 0.138 0.169 0.149 0.124 0.081 0.034 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 142 N 0.035 0.056 0.075 0.127 0.170 0.174 0.133 0.089 0.061 0.037 0.026 0.009 0.005 0.003 143 Y 0.008 0.008 0.016 0.034 0.060 0.101 0.156 0.123 0.157 0.109 0.099 0.078 0.030 0.021 144 V 0.002 0.003 0.006 0.013 0.028 0.050 0.094 0.177 0.171 0.155 0.148 0.082 0.046 0.024 145 F 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.031 0.067 0.105 0.134 0.201 0.204 0.147 0.078 146 Y 0.004 0.002 0.004 0.009 0.015 0.025 0.049 0.101 0.145 0.199 0.154 0.145 0.089 0.060 147 M 0.003 0.003 0.004 0.011 0.025 0.039 0.060 0.116 0.169 0.192 0.162 0.112 0.066 0.038 148 L 0.007 0.008 0.012 0.033 0.052 0.123 0.139 0.135 0.146 0.132 0.108 0.057 0.031 0.017 149 E 0.054 0.090 0.107 0.151 0.185 0.132 0.117 0.067 0.048 0.022 0.016 0.007 0.003 0.002 150 E 0.074 0.117 0.137 0.163 0.177 0.124 0.088 0.052 0.037 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001