# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.016 0.619 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.010 0.141 0.027 0.102 0.068 2 K 0.003 0.016 0.699 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 0.106 0.023 0.036 0.085 3 I 0.003 0.007 0.706 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.018 0.085 0.020 0.074 0.064 4 P 0.007 0.003 0.508 0.139 0.024 0.001 0.002 0.001 0.033 0.080 0.057 0.022 0.124 5 K 0.033 0.006 0.138 0.096 0.036 0.002 0.025 0.006 0.065 0.080 0.040 0.415 0.059 6 I 0.294 0.003 0.029 0.006 0.002 0.001 0.074 0.037 0.079 0.004 0.002 0.021 0.450 7 Y 0.570 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.053 0.057 0.065 0.001 0.001 0.202 0.038 8 V 0.510 0.002 0.016 0.006 0.001 0.001 0.095 0.052 0.086 0.002 0.001 0.091 0.137 9 E 0.183 0.005 0.104 0.092 0.002 0.002 0.080 0.016 0.071 0.019 0.026 0.126 0.274 10 G 0.080 0.007 0.204 0.094 0.004 0.002 0.009 0.002 0.045 0.155 0.055 0.201 0.142 11 E 0.030 0.014 0.250 0.007 0.006 0.003 0.004 0.001 0.016 0.108 0.033 0.199 0.330 12 L 0.032 0.059 0.223 0.008 0.017 0.006 0.004 0.001 0.012 0.069 0.053 0.070 0.447 13 N 0.018 0.014 0.329 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.103 0.116 0.279 0.105 14 D 0.010 0.006 0.065 0.014 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.212 0.563 0.034 0.069 15 G 0.005 0.003 0.046 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.710 0.029 0.021 16 D 0.039 0.007 0.327 0.043 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.188 0.127 0.071 0.181 17 R 0.186 0.006 0.119 0.031 0.002 0.001 0.012 0.001 0.016 0.019 0.009 0.338 0.260 18 V 0.545 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.057 0.003 0.008 0.001 0.001 0.056 0.312 19 A 0.711 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.061 0.003 0.003 0.001 0.001 0.182 0.029 20 I 0.743 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.003 0.003 0.001 0.001 0.046 0.153 21 E 0.552 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.031 0.005 0.008 0.001 0.001 0.149 0.239 22 K 0.268 0.002 0.044 0.041 0.001 0.001 0.009 0.002 0.009 0.022 0.024 0.226 0.352 23 D 0.036 0.001 0.037 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.608 0.088 0.077 24 G 0.019 0.001 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.685 0.022 0.024 25 N 0.166 0.005 0.133 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.113 0.076 0.241 0.245 26 A 0.536 0.002 0.019 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.002 0.002 0.082 0.335 27 I 0.797 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.078 28 I 0.802 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.095 29 F 0.793 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.099 30 L 0.591 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.099 0.281 31 E 0.187 0.002 0.090 0.025 0.002 0.002 0.004 0.001 0.005 0.015 0.010 0.410 0.248 32 K 0.070 0.005 0.077 0.040 0.036 0.024 0.002 0.001 0.006 0.077 0.341 0.076 0.247 33 D 0.030 0.011 0.133 0.026 0.057 0.022 0.001 0.001 0.003 0.155 0.357 0.130 0.074 34 E 0.024 0.017 0.272 0.012 0.077 0.046 0.002 0.001 0.004 0.178 0.102 0.093 0.174 35 E 0.027 0.056 0.254 0.013 0.044 0.053 0.003 0.001 0.009 0.090 0.097 0.116 0.238 36 Y 0.019 0.059 0.301 0.012 0.044 0.059 0.003 0.001 0.009 0.094 0.128 0.091 0.179 37 S 0.008 0.019 0.334 0.021 0.035 0.051 0.001 0.001 0.005 0.113 0.285 0.064 0.063 38 G 0.003 0.015 0.131 0.008 0.031 0.038 0.001 0.001 0.003 0.212 0.511 0.026 0.022 39 N 0.003 0.012 0.204 0.014 0.018 0.031 0.001 0.001 0.003 0.232 0.446 0.013 0.023 40 G 0.008 0.023 0.331 0.019 0.017 0.041 0.001 0.001 0.008 0.282 0.183 0.043 0.043 41 K 0.041 0.044 0.328 0.020 0.019 0.101 0.008 0.003 0.030 0.112 0.031 0.099 0.164 42 L 0.107 0.038 0.105 0.028 0.016 0.157 0.054 0.017 0.059 0.023 0.015 0.108 0.271 43 L 0.201 0.013 0.074 0.089 0.015 0.179 0.060 0.025 0.058 0.014 0.025 0.119 0.127 44 Y 0.147 0.008 0.065 0.052 0.022 0.340 0.047 0.011 0.038 0.031 0.030 0.107 0.101 45 Q 0.165 0.006 0.043 0.018 0.016 0.486 0.025 0.012 0.048 0.030 0.022 0.055 0.077 46 V 0.133 0.022 0.042 0.011 0.017 0.488 0.029 0.015 0.032 0.032 0.037 0.067 0.073 47 I 0.117 0.035 0.115 0.007 0.020 0.384 0.008 0.009 0.030 0.036 0.040 0.059 0.140 48 Y 0.002 0.002 0.045 0.002 0.011 0.880 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.004 0.008 49 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.066 0.897 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 0.789 0.001 0.001 0.001 0.002 0.154 0.001 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.035 0.875 0.001 0.001 0.001 0.004 0.074 0.001 0.001 55 M 0.001 0.009 0.054 0.001 0.026 0.768 0.001 0.001 0.002 0.048 0.083 0.002 0.006 56 S 0.001 0.004 0.349 0.001 0.016 0.358 0.001 0.001 0.005 0.125 0.126 0.007 0.008 57 L 0.001 0.003 0.130 0.001 0.065 0.492 0.001 0.001 0.002 0.058 0.242 0.001 0.004 58 D 0.001 0.004 0.163 0.002 0.092 0.335 0.001 0.001 0.004 0.124 0.269 0.003 0.004 59 T 0.001 0.009 0.144 0.002 0.339 0.268 0.001 0.001 0.011 0.060 0.141 0.004 0.022 60 L 0.003 0.024 0.361 0.010 0.132 0.128 0.001 0.002 0.052 0.090 0.109 0.025 0.062 61 K 0.011 0.010 0.388 0.032 0.063 0.035 0.002 0.002 0.057 0.107 0.112 0.100 0.080 62 K 0.020 0.006 0.244 0.098 0.049 0.015 0.004 0.004 0.062 0.120 0.214 0.034 0.131 63 D 0.046 0.005 0.252 0.156 0.012 0.006 0.028 0.014 0.084 0.131 0.068 0.116 0.083 64 V 0.319 0.002 0.057 0.011 0.003 0.001 0.086 0.114 0.260 0.012 0.004 0.051 0.080 65 L 0.360 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.173 0.206 0.153 0.002 0.001 0.033 0.053 66 I 0.283 0.003 0.017 0.008 0.001 0.001 0.247 0.148 0.134 0.002 0.001 0.106 0.051 67 Q 0.191 0.006 0.056 0.012 0.001 0.001 0.078 0.113 0.321 0.008 0.001 0.054 0.159 68 Y 0.012 0.006 0.603 0.010 0.001 0.001 0.008 0.005 0.082 0.059 0.008 0.077 0.127 69 P 0.002 0.005 0.330 0.019 0.012 0.002 0.001 0.001 0.015 0.196 0.351 0.012 0.053 70 D 0.001 0.003 0.073 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.556 0.012 0.003 71 K 0.001 0.009 0.162 0.002 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.359 0.401 0.005 0.024 72 H 0.008 0.035 0.353 0.017 0.024 0.011 0.001 0.001 0.005 0.286 0.148 0.066 0.046 73 T 0.058 0.034 0.295 0.038 0.020 0.036 0.007 0.001 0.024 0.083 0.049 0.097 0.259 74 L 0.242 0.014 0.075 0.045 0.007 0.020 0.037 0.004 0.016 0.014 0.010 0.100 0.416 75 T 0.449 0.004 0.010 0.019 0.001 0.008 0.042 0.004 0.009 0.002 0.002 0.356 0.094 76 Y 0.653 0.003 0.004 0.004 0.001 0.007 0.031 0.005 0.005 0.001 0.001 0.066 0.220 77 L 0.472 0.013 0.025 0.032 0.003 0.009 0.030 0.009 0.012 0.004 0.003 0.158 0.231 78 K 0.228 0.005 0.078 0.034 0.008 0.009 0.007 0.002 0.006 0.027 0.034 0.371 0.191 79 A 0.036 0.003 0.029 0.069 0.018 0.011 0.001 0.001 0.005 0.060 0.664 0.038 0.065 80 G 0.015 0.002 0.038 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.756 0.025 0.019 81 T 0.063 0.007 0.366 0.049 0.009 0.002 0.002 0.001 0.006 0.158 0.027 0.175 0.137 82 K 0.136 0.012 0.113 0.009 0.003 0.002 0.018 0.002 0.033 0.023 0.014 0.270 0.365 83 L 0.376 0.004 0.047 0.036 0.001 0.001 0.039 0.006 0.025 0.004 0.003 0.036 0.421 84 I 0.096 0.001 0.013 0.026 0.001 0.001 0.026 0.003 0.015 0.003 0.001 0.808 0.009 85 S 0.160 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.031 0.003 0.011 0.002 0.001 0.003 0.778 86 V 0.057 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.009 0.003 0.027 0.004 0.001 0.845 0.013 87 P 0.036 0.006 0.087 0.004 0.001 0.001 0.009 0.005 0.051 0.008 0.002 0.011 0.781 88 A 0.027 0.005 0.346 0.028 0.015 0.001 0.006 0.002 0.026 0.045 0.024 0.392 0.085 89 E 0.005 0.003 0.070 0.178 0.036 0.004 0.002 0.001 0.029 0.098 0.532 0.012 0.030 90 G 0.006 0.006 0.071 0.014 0.034 0.002 0.001 0.001 0.006 0.290 0.521 0.030 0.018 91 Y 0.063 0.012 0.479 0.010 0.008 0.003 0.014 0.008 0.109 0.080 0.008 0.049 0.157 92 K 0.103 0.022 0.134 0.009 0.002 0.003 0.056 0.034 0.270 0.020 0.004 0.237 0.104 93 V 0.112 0.015 0.150 0.052 0.002 0.003 0.086 0.046 0.169 0.017 0.009 0.040 0.300 94 Y 0.032 0.005 0.322 0.109 0.002 0.004 0.030 0.017 0.096 0.060 0.005 0.280 0.038 95 P 0.055 0.007 0.185 0.011 0.009 0.011 0.041 0.021 0.166 0.045 0.017 0.034 0.400 96 I 0.095 0.020 0.211 0.022 0.038 0.046 0.027 0.029 0.182 0.041 0.041 0.124 0.125 97 M 0.054 0.029 0.329 0.035 0.047 0.056 0.014 0.010 0.054 0.082 0.066 0.077 0.147 98 D 0.029 0.014 0.360 0.019 0.050 0.085 0.003 0.002 0.021 0.155 0.091 0.090 0.081 99 F 0.010 0.013 0.161 0.025 0.051 0.168 0.002 0.001 0.021 0.125 0.343 0.018 0.062 100 G 0.011 0.007 0.139 0.028 0.028 0.134 0.001 0.001 0.007 0.131 0.465 0.022 0.027 101 F 0.052 0.017 0.261 0.017 0.048 0.188 0.004 0.001 0.012 0.121 0.065 0.076 0.139 102 R 0.120 0.027 0.079 0.008 0.028 0.209 0.012 0.003 0.024 0.028 0.030 0.144 0.288 103 V 0.076 0.054 0.079 0.024 0.026 0.175 0.024 0.007 0.016 0.015 0.050 0.080 0.374 104 L 0.071 0.013 0.153 0.045 0.035 0.119 0.008 0.003 0.009 0.047 0.071 0.349 0.078 105 K 0.015 0.004 0.062 0.022 0.022 0.086 0.001 0.001 0.007 0.076 0.604 0.018 0.083 106 G 0.007 0.002 0.052 0.012 0.008 0.016 0.001 0.001 0.002 0.100 0.771 0.018 0.013 107 Y 0.045 0.012 0.360 0.026 0.014 0.026 0.002 0.001 0.006 0.244 0.051 0.131 0.083 108 R 0.128 0.013 0.119 0.016 0.008 0.024 0.012 0.002 0.021 0.036 0.027 0.149 0.445 109 L 0.364 0.008 0.047 0.056 0.007 0.019 0.029 0.009 0.023 0.008 0.017 0.080 0.333 110 A 0.368 0.003 0.013 0.040 0.004 0.013 0.056 0.007 0.010 0.004 0.005 0.422 0.054 111 T 0.687 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.034 0.005 0.004 0.001 0.001 0.021 0.235 112 L 0.516 0.003 0.010 0.031 0.002 0.007 0.042 0.004 0.007 0.003 0.003 0.310 0.061 113 E 0.495 0.006 0.030 0.013 0.003 0.005 0.014 0.004 0.015 0.011 0.013 0.121 0.270 114 S 0.092 0.010 0.264 0.036 0.005 0.004 0.005 0.001 0.008 0.068 0.043 0.125 0.338 115 K 0.015 0.004 0.243 0.034 0.012 0.005 0.001 0.001 0.005 0.237 0.269 0.138 0.036 116 K 0.007 0.003 0.066 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.139 0.680 0.010 0.066 117 G 0.034 0.014 0.206 0.018 0.019 0.003 0.001 0.001 0.004 0.367 0.166 0.127 0.040 118 D 0.153 0.015 0.220 0.018 0.007 0.005 0.013 0.002 0.023 0.053 0.016 0.200 0.273 119 L 0.301 0.015 0.041 0.021 0.004 0.002 0.035 0.006 0.021 0.006 0.004 0.053 0.494 120 R 0.315 0.002 0.018 0.032 0.001 0.002 0.027 0.004 0.015 0.003 0.002 0.523 0.055 121 Y 0.443 0.003 0.009 0.008 0.002 0.001 0.062 0.007 0.015 0.002 0.002 0.050 0.397 122 V 0.403 0.006 0.036 0.031 0.003 0.002 0.050 0.005 0.018 0.008 0.006 0.287 0.145 123 N 0.169 0.010 0.145 0.046 0.004 0.003 0.010 0.002 0.027 0.049 0.023 0.253 0.258 124 S 0.024 0.013 0.333 0.009 0.009 0.002 0.002 0.001 0.012 0.135 0.041 0.192 0.226 125 P 0.006 0.013 0.556 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 0.125 0.086 0.028 0.147 126 V 0.004 0.007 0.407 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.009 0.286 0.090 0.141 0.022 127 S 0.003 0.005 0.238 0.041 0.018 0.001 0.001 0.001 0.011 0.306 0.290 0.010 0.077 128 G 0.015 0.012 0.276 0.082 0.015 0.001 0.007 0.001 0.026 0.268 0.112 0.128 0.058 129 T 0.260 0.003 0.096 0.035 0.002 0.001 0.063 0.047 0.280 0.014 0.002 0.054 0.143 130 V 0.399 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.227 0.129 0.093 0.001 0.001 0.042 0.093 131 I 0.349 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.311 0.186 0.064 0.001 0.001 0.051 0.026 132 F 0.273 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.297 0.198 0.105 0.001 0.001 0.065 0.048 133 M 0.314 0.003 0.033 0.026 0.002 0.001 0.134 0.095 0.183 0.006 0.002 0.051 0.152 134 N 0.088 0.008 0.206 0.050 0.012 0.005 0.042 0.013 0.132 0.068 0.037 0.223 0.117 135 E 0.045 0.024 0.296 0.023 0.022 0.005 0.009 0.004 0.074 0.182 0.091 0.043 0.181 136 I 0.003 0.020 0.543 0.004 0.015 0.002 0.001 0.001 0.009 0.264 0.032 0.079 0.028 137 P 0.001 0.010 0.619 0.003 0.032 0.005 0.001 0.001 0.003 0.157 0.116 0.007 0.047 138 S 0.001 0.018 0.222 0.003 0.095 0.013 0.001 0.001 0.002 0.247 0.377 0.012 0.010 139 E 0.001 0.024 0.383 0.003 0.050 0.008 0.001 0.001 0.002 0.349 0.153 0.009 0.019 140 R 0.001 0.018 0.622 0.005 0.045 0.006 0.001 0.001 0.003 0.198 0.053 0.020 0.029 141 A 0.002 0.014 0.389 0.068 0.054 0.014 0.001 0.001 0.021 0.136 0.228 0.015 0.057 142 N 0.015 0.012 0.306 0.103 0.048 0.008 0.005 0.002 0.046 0.167 0.106 0.089 0.093 143 Y 0.152 0.007 0.137 0.058 0.009 0.006 0.072 0.043 0.211 0.032 0.007 0.094 0.173 144 V 0.278 0.002 0.012 0.011 0.001 0.001 0.248 0.181 0.141 0.002 0.001 0.056 0.064 145 F 0.262 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.365 0.241 0.056 0.001 0.001 0.030 0.032 146 Y 0.359 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.186 0.249 0.106 0.001 0.001 0.078 0.014 147 M 0.333 0.004 0.018 0.008 0.001 0.002 0.154 0.126 0.113 0.003 0.002 0.022 0.215 148 L 0.077 0.009 0.239 0.117 0.007 0.007 0.038 0.022 0.135 0.041 0.013 0.214 0.081 149 E 0.013 0.006 0.508 0.019 0.021 0.019 0.004 0.002 0.048 0.156 0.053 0.035 0.115 150 E 0.007 0.009 0.354 0.011 0.152 0.053 0.001 0.001 0.014 0.213 0.127 0.023 0.036