# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.002 0.036 0.041 0.045 0.119 0.001 0.001 0.011 0.735 2 K 0.015 0.004 0.001 0.036 0.075 0.147 0.084 0.002 0.001 0.015 0.622 3 I 0.014 0.001 0.001 0.023 0.071 0.078 0.211 0.001 0.001 0.048 0.553 4 P 0.004 0.002 0.001 0.307 0.134 0.198 0.113 0.001 0.001 0.043 0.199 5 K 0.001 0.001 0.001 0.363 0.100 0.282 0.056 0.001 0.001 0.036 0.162 6 I 0.001 0.002 0.001 0.492 0.214 0.193 0.018 0.001 0.001 0.010 0.070 7 Y 0.005 0.001 0.001 0.330 0.115 0.454 0.014 0.001 0.001 0.028 0.053 8 V 0.029 0.004 0.001 0.285 0.192 0.175 0.041 0.002 0.001 0.035 0.236 9 E 0.035 0.004 0.001 0.216 0.108 0.134 0.053 0.002 0.001 0.022 0.426 10 G 0.017 0.003 0.001 0.108 0.087 0.166 0.081 0.001 0.001 0.030 0.507 11 E 0.010 0.002 0.001 0.052 0.074 0.161 0.116 0.001 0.001 0.026 0.556 12 L 0.051 0.007 0.002 0.019 0.090 0.107 0.118 0.002 0.001 0.044 0.558 13 N 0.305 0.005 0.001 0.015 0.048 0.057 0.085 0.002 0.001 0.048 0.432 14 D 0.045 0.004 0.001 0.009 0.020 0.034 0.074 0.001 0.001 0.018 0.796 15 G 0.006 0.003 0.001 0.011 0.043 0.087 0.107 0.001 0.001 0.020 0.723 16 D 0.003 0.002 0.001 0.030 0.174 0.471 0.073 0.001 0.001 0.023 0.223 17 R 0.001 0.001 0.001 0.027 0.210 0.631 0.028 0.001 0.001 0.012 0.091 18 V 0.001 0.001 0.001 0.049 0.405 0.459 0.016 0.001 0.001 0.008 0.061 19 A 0.001 0.001 0.001 0.103 0.372 0.451 0.011 0.001 0.001 0.008 0.054 20 I 0.001 0.002 0.001 0.081 0.286 0.483 0.034 0.001 0.001 0.017 0.095 21 E 0.024 0.004 0.001 0.041 0.212 0.459 0.051 0.001 0.001 0.062 0.144 22 K 0.265 0.010 0.002 0.034 0.118 0.137 0.070 0.002 0.001 0.064 0.298 23 D 0.069 0.013 0.001 0.025 0.047 0.074 0.091 0.001 0.001 0.027 0.651 24 G 0.007 0.010 0.001 0.021 0.056 0.124 0.109 0.001 0.001 0.025 0.648 25 N 0.007 0.011 0.001 0.035 0.163 0.449 0.057 0.001 0.001 0.030 0.247 26 A 0.009 0.007 0.001 0.022 0.265 0.483 0.033 0.001 0.001 0.017 0.163 27 I 0.006 0.006 0.001 0.026 0.394 0.353 0.027 0.001 0.001 0.019 0.166 28 I 0.003 0.008 0.001 0.048 0.366 0.387 0.029 0.001 0.001 0.020 0.138 29 F 0.006 0.015 0.001 0.033 0.241 0.463 0.048 0.001 0.001 0.029 0.164 30 L 0.042 0.020 0.002 0.028 0.213 0.352 0.044 0.002 0.001 0.055 0.241 31 E 0.124 0.044 0.003 0.035 0.128 0.175 0.082 0.004 0.001 0.056 0.348 32 K 0.055 0.081 0.001 0.022 0.035 0.056 0.073 0.004 0.001 0.026 0.647 33 D 0.163 0.057 0.001 0.023 0.026 0.050 0.105 0.008 0.001 0.094 0.471 34 E 0.056 0.038 0.003 0.030 0.034 0.049 0.109 0.003 0.001 0.067 0.612 35 E 0.036 0.019 0.003 0.022 0.031 0.041 0.094 0.003 0.001 0.056 0.694 36 Y 0.131 0.019 0.006 0.014 0.030 0.043 0.110 0.008 0.002 0.069 0.567 37 S 0.185 0.014 0.002 0.010 0.018 0.022 0.086 0.003 0.001 0.034 0.626 38 G 0.086 0.015 0.001 0.010 0.012 0.021 0.085 0.002 0.001 0.022 0.746 39 N 0.015 0.028 0.001 0.009 0.026 0.038 0.102 0.001 0.001 0.019 0.760 40 G 0.009 0.061 0.001 0.023 0.069 0.112 0.151 0.001 0.001 0.052 0.520 41 K 0.016 0.127 0.004 0.055 0.152 0.256 0.080 0.004 0.001 0.070 0.236 42 L 0.028 0.245 0.002 0.035 0.157 0.201 0.052 0.005 0.001 0.052 0.222 43 L 0.034 0.471 0.003 0.052 0.121 0.119 0.020 0.005 0.001 0.042 0.131 44 Y 0.013 0.598 0.002 0.044 0.075 0.120 0.019 0.002 0.001 0.026 0.100 45 Q 0.009 0.574 0.004 0.031 0.060 0.103 0.026 0.003 0.001 0.062 0.125 46 V 0.010 0.705 0.013 0.017 0.044 0.041 0.026 0.006 0.004 0.053 0.081 47 I 0.017 0.915 0.005 0.003 0.005 0.006 0.004 0.005 0.002 0.011 0.025 48 Y 0.050 0.883 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.016 0.028 49 D 0.027 0.809 0.007 0.004 0.003 0.004 0.010 0.007 0.005 0.049 0.075 50 D 0.038 0.783 0.013 0.003 0.002 0.003 0.012 0.008 0.009 0.054 0.075 51 L 0.104 0.706 0.017 0.003 0.003 0.003 0.017 0.014 0.008 0.041 0.084 52 A 0.149 0.196 0.018 0.008 0.010 0.015 0.048 0.023 0.011 0.177 0.345 53 K 0.091 0.143 0.012 0.016 0.015 0.023 0.064 0.011 0.009 0.103 0.514 54 Y 0.034 0.083 0.009 0.028 0.024 0.018 0.082 0.005 0.004 0.057 0.655 55 M 0.030 0.010 0.007 0.024 0.019 0.029 0.160 0.008 0.004 0.151 0.558 56 S 0.117 0.052 0.011 0.022 0.015 0.022 0.119 0.012 0.006 0.055 0.569 57 L 0.258 0.038 0.004 0.019 0.017 0.015 0.080 0.010 0.002 0.028 0.530 58 D 0.096 0.023 0.005 0.030 0.019 0.034 0.089 0.006 0.002 0.041 0.654 59 T 0.060 0.008 0.006 0.029 0.013 0.039 0.169 0.003 0.002 0.058 0.612 60 L 0.033 0.005 0.003 0.030 0.033 0.046 0.153 0.002 0.001 0.038 0.656 61 K 0.034 0.004 0.001 0.053 0.030 0.048 0.212 0.002 0.001 0.054 0.563 62 K 0.004 0.002 0.001 0.138 0.096 0.141 0.115 0.001 0.001 0.053 0.449 63 D 0.001 0.001 0.001 0.193 0.104 0.197 0.086 0.001 0.001 0.098 0.321 64 V 0.001 0.001 0.001 0.447 0.137 0.263 0.020 0.001 0.001 0.065 0.068 65 L 0.001 0.001 0.001 0.482 0.134 0.169 0.026 0.001 0.001 0.096 0.091 66 I 0.001 0.001 0.001 0.524 0.194 0.180 0.016 0.001 0.001 0.028 0.057 67 Q 0.008 0.001 0.001 0.354 0.108 0.140 0.059 0.001 0.001 0.041 0.287 68 Y 0.055 0.006 0.001 0.124 0.076 0.102 0.089 0.001 0.001 0.069 0.477 69 P 0.027 0.002 0.001 0.015 0.008 0.013 0.136 0.001 0.001 0.045 0.753 70 D 0.053 0.016 0.001 0.013 0.014 0.020 0.109 0.001 0.001 0.076 0.698 71 K 0.027 0.004 0.001 0.009 0.014 0.028 0.105 0.001 0.001 0.076 0.736 72 H 0.014 0.023 0.001 0.032 0.062 0.081 0.102 0.001 0.001 0.089 0.594 73 T 0.012 0.024 0.001 0.039 0.118 0.343 0.098 0.001 0.001 0.042 0.323 74 L 0.006 0.044 0.001 0.054 0.258 0.330 0.057 0.001 0.001 0.049 0.200 75 T 0.003 0.018 0.001 0.068 0.305 0.488 0.019 0.001 0.001 0.029 0.070 76 Y 0.004 0.017 0.002 0.037 0.305 0.446 0.039 0.001 0.001 0.046 0.102 77 L 0.081 0.007 0.005 0.037 0.186 0.358 0.049 0.003 0.002 0.147 0.125 78 K 0.142 0.003 0.002 0.060 0.166 0.181 0.063 0.002 0.001 0.078 0.303 79 A 0.017 0.004 0.001 0.037 0.052 0.079 0.145 0.001 0.001 0.019 0.647 80 G 0.008 0.001 0.001 0.024 0.069 0.279 0.081 0.001 0.001 0.020 0.516 81 T 0.011 0.001 0.001 0.045 0.136 0.236 0.089 0.001 0.001 0.026 0.455 82 K 0.009 0.001 0.001 0.040 0.161 0.476 0.035 0.001 0.001 0.012 0.265 83 L 0.004 0.001 0.001 0.028 0.169 0.156 0.088 0.001 0.001 0.027 0.529 84 I 0.002 0.001 0.001 0.173 0.227 0.333 0.048 0.001 0.001 0.011 0.205 85 S 0.001 0.001 0.001 0.064 0.120 0.287 0.070 0.001 0.001 0.017 0.439 86 V 0.006 0.002 0.001 0.058 0.305 0.313 0.071 0.001 0.001 0.019 0.223 87 P 0.174 0.008 0.001 0.049 0.068 0.230 0.089 0.003 0.001 0.036 0.343 88 A 0.320 0.005 0.001 0.050 0.038 0.073 0.062 0.002 0.001 0.040 0.410 89 E 0.010 0.002 0.001 0.047 0.034 0.058 0.142 0.001 0.001 0.013 0.694 90 G 0.005 0.003 0.001 0.053 0.047 0.207 0.094 0.001 0.001 0.021 0.570 91 Y 0.006 0.001 0.001 0.071 0.203 0.261 0.077 0.001 0.001 0.022 0.358 92 K 0.004 0.002 0.001 0.078 0.204 0.293 0.058 0.001 0.001 0.020 0.341 93 V 0.005 0.004 0.001 0.086 0.187 0.163 0.085 0.001 0.001 0.026 0.443 94 Y 0.015 0.008 0.001 0.178 0.187 0.261 0.075 0.001 0.001 0.053 0.222 95 P 0.020 0.021 0.001 0.145 0.112 0.199 0.068 0.001 0.001 0.056 0.376 96 I 0.024 0.020 0.003 0.096 0.126 0.177 0.099 0.002 0.001 0.073 0.379 97 M 0.080 0.039 0.006 0.057 0.095 0.164 0.096 0.005 0.002 0.066 0.392 98 D 0.291 0.044 0.003 0.038 0.043 0.081 0.051 0.009 0.001 0.049 0.390 99 F 0.083 0.043 0.001 0.027 0.075 0.079 0.107 0.004 0.001 0.020 0.560 100 G 0.016 0.029 0.001 0.021 0.059 0.213 0.082 0.002 0.001 0.025 0.554 101 F 0.006 0.032 0.001 0.046 0.259 0.194 0.066 0.001 0.001 0.035 0.360 102 R 0.005 0.012 0.002 0.031 0.277 0.450 0.057 0.001 0.001 0.037 0.126 103 V 0.043 0.035 0.003 0.019 0.176 0.201 0.085 0.003 0.001 0.075 0.358 104 L 0.182 0.028 0.002 0.046 0.160 0.156 0.045 0.004 0.001 0.085 0.291 105 K 0.025 0.048 0.001 0.024 0.064 0.096 0.062 0.001 0.001 0.030 0.649 106 G 0.010 0.082 0.001 0.021 0.066 0.116 0.071 0.001 0.001 0.041 0.592 107 Y 0.018 0.021 0.001 0.018 0.117 0.250 0.086 0.003 0.001 0.267 0.218 108 R 0.018 0.095 0.003 0.040 0.191 0.287 0.065 0.003 0.001 0.089 0.207 109 L 0.020 0.093 0.001 0.055 0.291 0.247 0.033 0.002 0.001 0.044 0.215 110 A 0.011 0.016 0.001 0.041 0.234 0.512 0.021 0.002 0.001 0.061 0.101 111 T 0.011 0.008 0.001 0.047 0.173 0.499 0.042 0.001 0.001 0.055 0.163 112 L 0.008 0.006 0.002 0.049 0.308 0.297 0.059 0.001 0.001 0.045 0.226 113 E 0.018 0.005 0.004 0.033 0.173 0.255 0.149 0.001 0.001 0.064 0.297 114 S 0.109 0.004 0.003 0.025 0.061 0.117 0.074 0.003 0.001 0.066 0.537 115 K 0.207 0.006 0.001 0.022 0.041 0.045 0.123 0.002 0.001 0.034 0.519 116 K 0.007 0.002 0.001 0.016 0.022 0.054 0.113 0.001 0.001 0.022 0.763 117 G 0.003 0.004 0.001 0.052 0.078 0.127 0.171 0.001 0.001 0.034 0.531 118 D 0.003 0.002 0.001 0.058 0.149 0.617 0.026 0.001 0.001 0.019 0.126 119 L 0.004 0.001 0.001 0.042 0.325 0.299 0.052 0.001 0.001 0.023 0.252 120 R 0.002 0.001 0.001 0.114 0.324 0.452 0.014 0.001 0.001 0.012 0.080 121 Y 0.004 0.001 0.001 0.054 0.201 0.402 0.034 0.001 0.001 0.033 0.270 122 V 0.010 0.002 0.001 0.055 0.290 0.370 0.028 0.001 0.001 0.020 0.222 123 N 0.018 0.002 0.001 0.024 0.147 0.283 0.073 0.001 0.001 0.040 0.413 124 S 0.027 0.003 0.002 0.020 0.113 0.197 0.121 0.001 0.001 0.054 0.463 125 P 0.044 0.002 0.001 0.026 0.039 0.064 0.144 0.001 0.001 0.049 0.631 126 V 0.016 0.002 0.001 0.029 0.021 0.045 0.238 0.001 0.001 0.058 0.590 127 S 0.001 0.001 0.001 0.061 0.029 0.056 0.204 0.001 0.001 0.084 0.563 128 G 0.001 0.001 0.001 0.275 0.066 0.163 0.081 0.001 0.001 0.232 0.182 129 T 0.001 0.001 0.001 0.479 0.086 0.199 0.025 0.001 0.001 0.165 0.045 130 V 0.001 0.001 0.001 0.621 0.074 0.091 0.011 0.001 0.001 0.178 0.025 131 I 0.001 0.001 0.001 0.748 0.088 0.076 0.006 0.001 0.001 0.067 0.015 132 F 0.003 0.001 0.001 0.532 0.141 0.210 0.011 0.001 0.001 0.062 0.040 133 M 0.024 0.002 0.001 0.354 0.116 0.164 0.042 0.001 0.001 0.093 0.204 134 N 0.008 0.001 0.001 0.209 0.103 0.141 0.120 0.001 0.001 0.051 0.366 135 E 0.010 0.002 0.001 0.041 0.032 0.056 0.209 0.001 0.001 0.024 0.624 136 I 0.185 0.008 0.001 0.009 0.022 0.025 0.068 0.007 0.001 0.024 0.650 137 P 0.413 0.005 0.001 0.006 0.010 0.010 0.089 0.003 0.001 0.031 0.433 138 S 0.027 0.004 0.001 0.006 0.006 0.012 0.128 0.001 0.001 0.020 0.793 139 E 0.039 0.007 0.002 0.007 0.011 0.016 0.146 0.001 0.001 0.038 0.733 140 R 0.131 0.006 0.001 0.015 0.026 0.050 0.176 0.003 0.001 0.138 0.454 141 A 0.005 0.004 0.001 0.027 0.044 0.049 0.214 0.001 0.001 0.038 0.618 142 N 0.001 0.002 0.001 0.118 0.149 0.416 0.067 0.001 0.001 0.058 0.189 143 Y 0.001 0.001 0.001 0.123 0.192 0.489 0.026 0.001 0.001 0.092 0.077 144 V 0.001 0.001 0.001 0.281 0.294 0.321 0.013 0.001 0.001 0.057 0.034 145 F 0.001 0.001 0.001 0.335 0.258 0.293 0.011 0.001 0.001 0.070 0.033 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.316 0.319 0.273 0.012 0.001 0.001 0.040 0.039 147 M 0.004 0.001 0.001 0.188 0.249 0.349 0.036 0.001 0.001 0.046 0.127 148 L 0.044 0.005 0.001 0.111 0.150 0.244 0.081 0.001 0.001 0.075 0.288 149 E 0.075 0.006 0.001 0.053 0.050 0.075 0.136 0.001 0.001 0.052 0.550 150 E 0.032 0.009 0.001 0.017 0.020 0.031 0.126 0.001 0.001 0.028 0.734