# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.025 0.043 0.090 0.109 0.013 0.714 2 K 0.025 0.002 0.031 0.079 0.108 0.119 0.025 0.611 3 I 0.034 0.002 0.026 0.101 0.075 0.100 0.037 0.626 4 P 0.003 0.001 0.193 0.079 0.229 0.078 0.059 0.358 5 K 0.001 0.001 0.382 0.171 0.302 0.023 0.032 0.089 6 I 0.001 0.001 0.182 0.243 0.235 0.038 0.012 0.289 7 Y 0.001 0.001 0.374 0.333 0.250 0.007 0.016 0.020 8 V 0.059 0.001 0.166 0.162 0.288 0.035 0.056 0.233 9 E 0.032 0.001 0.122 0.153 0.143 0.063 0.031 0.456 10 G 0.017 0.001 0.017 0.046 0.120 0.077 0.008 0.716 11 E 0.012 0.001 0.028 0.183 0.227 0.076 0.056 0.418 12 L 0.053 0.001 0.009 0.063 0.062 0.074 0.030 0.709 13 N 0.445 0.001 0.015 0.053 0.108 0.045 0.041 0.293 14 D 0.024 0.001 0.003 0.014 0.033 0.098 0.005 0.823 15 G 0.003 0.001 0.002 0.052 0.112 0.113 0.006 0.712 16 D 0.002 0.001 0.011 0.217 0.587 0.044 0.028 0.111 17 R 0.002 0.001 0.020 0.354 0.506 0.020 0.025 0.072 18 V 0.001 0.001 0.019 0.460 0.417 0.016 0.014 0.073 19 A 0.001 0.001 0.038 0.520 0.394 0.008 0.010 0.029 20 I 0.001 0.001 0.029 0.461 0.404 0.015 0.024 0.066 21 E 0.026 0.001 0.036 0.312 0.365 0.040 0.055 0.166 22 K 0.292 0.002 0.016 0.083 0.116 0.078 0.042 0.373 23 D 0.041 0.002 0.005 0.031 0.054 0.118 0.015 0.734 24 G 0.007 0.003 0.005 0.051 0.120 0.127 0.017 0.669 25 N 0.005 0.005 0.015 0.266 0.402 0.058 0.048 0.201 26 A 0.005 0.004 0.027 0.302 0.428 0.038 0.033 0.163 27 I 0.003 0.004 0.041 0.445 0.376 0.021 0.031 0.080 28 I 0.004 0.002 0.033 0.347 0.439 0.027 0.026 0.122 29 F 0.005 0.003 0.037 0.376 0.388 0.031 0.040 0.121 30 L 0.051 0.008 0.031 0.209 0.283 0.055 0.048 0.314 31 E 0.188 0.032 0.025 0.096 0.133 0.079 0.087 0.360 32 K 0.054 0.038 0.009 0.039 0.050 0.087 0.025 0.697 33 D 0.178 0.032 0.006 0.033 0.057 0.077 0.064 0.554 34 E 0.045 0.018 0.017 0.108 0.098 0.098 0.088 0.527 35 E 0.096 0.010 0.015 0.033 0.064 0.071 0.047 0.663 36 Y 0.284 0.011 0.008 0.032 0.028 0.068 0.090 0.479 37 S 0.131 0.008 0.006 0.017 0.020 0.082 0.016 0.721 38 G 0.066 0.010 0.003 0.005 0.013 0.077 0.008 0.818 39 N 0.025 0.028 0.005 0.021 0.020 0.124 0.025 0.751 40 G 0.034 0.107 0.015 0.055 0.068 0.108 0.101 0.511 41 K 0.034 0.176 0.050 0.161 0.104 0.073 0.159 0.243 42 L 0.065 0.257 0.071 0.074 0.139 0.054 0.049 0.292 43 L 0.038 0.348 0.156 0.068 0.111 0.041 0.089 0.149 44 Y 0.018 0.451 0.076 0.061 0.076 0.032 0.146 0.140 45 Q 0.017 0.516 0.072 0.080 0.071 0.025 0.118 0.101 46 V 0.020 0.640 0.075 0.034 0.045 0.018 0.074 0.094 47 I 0.012 0.883 0.012 0.008 0.010 0.007 0.038 0.030 48 Y 0.025 0.920 0.002 0.002 0.002 0.003 0.034 0.011 49 D 0.017 0.875 0.004 0.004 0.002 0.005 0.065 0.029 50 D 0.060 0.801 0.006 0.002 0.005 0.007 0.049 0.071 51 L 0.092 0.807 0.007 0.002 0.003 0.009 0.044 0.037 52 A 0.098 0.260 0.027 0.008 0.010 0.056 0.311 0.231 53 K 0.074 0.334 0.012 0.009 0.011 0.062 0.087 0.413 54 Y 0.095 0.168 0.036 0.007 0.015 0.107 0.119 0.452 55 M 0.052 0.041 0.048 0.018 0.011 0.154 0.133 0.544 56 S 0.151 0.147 0.010 0.004 0.005 0.094 0.061 0.528 57 L 0.090 0.074 0.022 0.005 0.004 0.101 0.068 0.636 58 D 0.050 0.084 0.027 0.015 0.011 0.079 0.101 0.633 59 T 0.045 0.020 0.060 0.014 0.022 0.107 0.066 0.665 60 L 0.060 0.009 0.121 0.032 0.043 0.087 0.044 0.603 61 K 0.093 0.005 0.067 0.026 0.040 0.098 0.044 0.627 62 K 0.012 0.003 0.071 0.026 0.055 0.120 0.044 0.669 63 D 0.001 0.001 0.212 0.058 0.207 0.111 0.058 0.350 64 V 0.001 0.001 0.293 0.174 0.316 0.035 0.044 0.137 65 L 0.001 0.001 0.454 0.248 0.154 0.028 0.021 0.094 66 I 0.001 0.001 0.407 0.231 0.195 0.025 0.029 0.112 67 Q 0.003 0.001 0.510 0.081 0.191 0.029 0.024 0.161 68 Y 0.124 0.001 0.141 0.067 0.079 0.128 0.080 0.380 69 P 0.021 0.001 0.013 0.019 0.020 0.160 0.021 0.745 70 D 0.105 0.021 0.021 0.022 0.065 0.129 0.082 0.555 71 K 0.040 0.015 0.012 0.034 0.040 0.128 0.102 0.630 72 H 0.011 0.033 0.045 0.153 0.156 0.127 0.096 0.379 73 T 0.025 0.057 0.030 0.174 0.315 0.063 0.086 0.251 74 L 0.010 0.027 0.016 0.291 0.245 0.049 0.035 0.326 75 T 0.011 0.028 0.030 0.281 0.466 0.030 0.042 0.112 76 Y 0.016 0.013 0.033 0.335 0.311 0.035 0.086 0.171 77 L 0.140 0.006 0.023 0.210 0.153 0.048 0.138 0.282 78 K 0.518 0.007 0.011 0.065 0.088 0.029 0.033 0.250 79 A 0.047 0.003 0.021 0.013 0.055 0.081 0.011 0.769 80 G 0.010 0.002 0.005 0.047 0.056 0.108 0.009 0.764 81 T 0.008 0.001 0.017 0.142 0.278 0.081 0.043 0.430 82 K 0.007 0.001 0.148 0.296 0.338 0.033 0.051 0.126 83 L 0.012 0.001 0.052 0.092 0.166 0.060 0.034 0.584 84 I 0.002 0.001 0.288 0.297 0.269 0.034 0.020 0.089 85 S 0.007 0.001 0.027 0.078 0.171 0.061 0.009 0.647 86 V 0.005 0.001 0.089 0.334 0.208 0.059 0.049 0.254 87 P 0.140 0.003 0.056 0.095 0.128 0.092 0.050 0.436 88 A 0.195 0.004 0.031 0.081 0.105 0.086 0.042 0.455 89 E 0.017 0.003 0.037 0.043 0.088 0.113 0.021 0.678 90 G 0.008 0.003 0.055 0.112 0.220 0.102 0.044 0.456 91 Y 0.005 0.003 0.088 0.184 0.216 0.082 0.051 0.372 92 K 0.006 0.007 0.189 0.241 0.261 0.054 0.040 0.203 93 V 0.015 0.010 0.060 0.131 0.146 0.074 0.025 0.539 94 Y 0.035 0.028 0.129 0.149 0.194 0.069 0.070 0.326 95 P 0.091 0.032 0.088 0.092 0.172 0.082 0.085 0.358 96 I 0.074 0.020 0.076 0.082 0.106 0.107 0.125 0.411 97 M 0.167 0.022 0.035 0.044 0.065 0.095 0.071 0.501 98 D 0.267 0.038 0.017 0.030 0.068 0.072 0.050 0.460 99 F 0.035 0.021 0.022 0.021 0.069 0.140 0.034 0.658 100 G 0.015 0.024 0.012 0.082 0.100 0.116 0.040 0.612 101 F 0.016 0.022 0.019 0.164 0.244 0.069 0.038 0.427 102 R 0.027 0.027 0.091 0.288 0.241 0.040 0.122 0.163 103 V 0.068 0.009 0.017 0.122 0.095 0.064 0.049 0.577 104 L 0.238 0.021 0.047 0.084 0.189 0.056 0.047 0.319 105 K 0.075 0.021 0.018 0.040 0.100 0.075 0.015 0.656 106 G 0.026 0.025 0.007 0.041 0.097 0.107 0.035 0.664 107 Y 0.011 0.023 0.033 0.223 0.268 0.080 0.174 0.188 108 R 0.019 0.038 0.037 0.285 0.429 0.028 0.061 0.103 109 L 0.039 0.031 0.049 0.158 0.429 0.046 0.044 0.204 110 A 0.006 0.014 0.078 0.307 0.400 0.038 0.060 0.098 111 T 0.006 0.007 0.035 0.258 0.502 0.032 0.061 0.100 112 L 0.011 0.005 0.054 0.325 0.389 0.040 0.043 0.133 113 E 0.021 0.004 0.035 0.262 0.237 0.073 0.075 0.292 114 S 0.040 0.002 0.021 0.198 0.272 0.072 0.057 0.337 115 K 0.105 0.004 0.040 0.067 0.195 0.101 0.075 0.412 116 K 0.015 0.001 0.009 0.088 0.092 0.102 0.021 0.672 117 G 0.008 0.001 0.022 0.077 0.272 0.090 0.018 0.512 118 D 0.007 0.002 0.046 0.341 0.424 0.037 0.034 0.111 119 L 0.003 0.001 0.010 0.098 0.140 0.062 0.010 0.678 120 R 0.004 0.001 0.086 0.391 0.413 0.020 0.032 0.052 121 Y 0.011 0.001 0.015 0.117 0.212 0.060 0.015 0.571 122 V 0.004 0.001 0.055 0.286 0.443 0.041 0.022 0.149 123 N 0.016 0.001 0.028 0.129 0.274 0.099 0.033 0.420 124 S 0.019 0.001 0.041 0.200 0.214 0.101 0.083 0.341 125 P 0.085 0.002 0.021 0.041 0.081 0.144 0.050 0.577 126 V 0.075 0.008 0.029 0.068 0.160 0.137 0.070 0.454 127 S 0.002 0.002 0.024 0.050 0.112 0.212 0.026 0.572 128 G 0.001 0.002 0.054 0.181 0.520 0.062 0.046 0.134 129 T 0.001 0.002 0.110 0.352 0.454 0.014 0.035 0.033 130 V 0.001 0.001 0.132 0.625 0.192 0.007 0.023 0.020 131 I 0.001 0.001 0.267 0.393 0.279 0.007 0.025 0.028 132 F 0.007 0.002 0.186 0.304 0.396 0.015 0.033 0.057 133 M 0.035 0.002 0.144 0.200 0.247 0.073 0.042 0.257 134 N 0.022 0.003 0.101 0.103 0.199 0.131 0.044 0.398 135 E 0.014 0.003 0.020 0.024 0.040 0.114 0.023 0.761 136 I 0.115 0.013 0.039 0.032 0.038 0.102 0.120 0.542 137 P 0.191 0.008 0.009 0.011 0.010 0.084 0.056 0.630 138 S 0.030 0.003 0.009 0.006 0.010 0.106 0.032 0.804 139 E 0.033 0.002 0.011 0.008 0.015 0.115 0.034 0.782 140 R 0.209 0.007 0.009 0.013 0.019 0.107 0.074 0.561 141 A 0.015 0.005 0.013 0.009 0.019 0.176 0.040 0.723 142 N 0.002 0.008 0.061 0.042 0.149 0.197 0.058 0.482 143 Y 0.001 0.005 0.131 0.142 0.381 0.092 0.077 0.171 144 V 0.001 0.003 0.278 0.315 0.276 0.024 0.040 0.063 145 F 0.001 0.002 0.339 0.309 0.262 0.010 0.039 0.039 146 Y 0.001 0.001 0.597 0.215 0.141 0.005 0.028 0.013 147 M 0.003 0.001 0.341 0.192 0.286 0.028 0.036 0.112 148 L 0.092 0.003 0.179 0.160 0.205 0.082 0.083 0.197 149 E 0.149 0.006 0.030 0.036 0.050 0.125 0.051 0.552 150 E 0.029 0.006 0.009 0.013 0.023 0.109 0.024 0.787